ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 29668

back

Distances from reference structure (by RMSD)

46, 10, 50, 6, 0, 3, 8, 5, 0, 2, 1, 8, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 70,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.112, 0.592, 1.072, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.592 std_dev=0.480
N1 B 0, -0.015, 0.546, 1.108, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.546 std_dev=0.562
C4 A 0, 0.034, 0.615, 1.195, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.615 std_dev=0.580
C6 B 0, 0.084, 0.812, 1.541, 2.401 max_d=2.401 avg_d=0.812 std_dev=0.728
N3 A 0, -0.013, 0.736, 1.485, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.736 std_dev=0.749
O4 A 0, 0.113, 0.954, 1.796, 2.300 max_d=2.300 avg_d=0.954 std_dev=0.841
C6 A 0, -0.016, 0.827, 1.669, 2.177 max_d=2.177 avg_d=0.827 std_dev=0.842
C2 A 0, 0.003, 0.868, 1.733, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.868 std_dev=0.865
C1' B 0, 0.062, 0.929, 1.796, 2.361 max_d=2.361 avg_d=0.929 std_dev=0.867
O2 B 0, 0.267, 1.187, 2.107, 4.381 max_d=4.381 avg_d=1.187 std_dev=0.920
O2 A 0, 0.157, 1.175, 2.192, 2.775 max_d=2.775 avg_d=1.175 std_dev=1.017
N1 A 0, -0.178, 0.869, 1.917, 2.449 max_d=2.449 avg_d=0.869 std_dev=1.048
C2 B 0, 0.021, 1.069, 2.118, 2.699 max_d=2.699 avg_d=1.069 std_dev=1.048
O2' A 0, 0.374, 1.550, 2.726, 3.758 max_d=3.758 avg_d=1.550 std_dev=1.176
C2' A 0, 0.096, 1.354, 2.613, 3.359 max_d=3.359 avg_d=1.354 std_dev=1.259
O2' B 0, 0.426, 1.750, 3.074, 3.975 max_d=3.975 avg_d=1.750 std_dev=1.324
C5 B 0, 0.020, 1.352, 2.684, 3.624 max_d=3.624 avg_d=1.352 std_dev=1.332
C1' A 0, -0.210, 1.279, 2.769, 3.589 max_d=3.589 avg_d=1.279 std_dev=1.489
C2' B 0, 0.142, 1.751, 3.361, 4.069 max_d=4.069 avg_d=1.751 std_dev=1.609
O4' B 0, -0.132, 1.506, 3.143, 3.947 max_d=3.947 avg_d=1.506 std_dev=1.638
OP2 A 0, 0.604, 2.440, 4.276, 5.763 max_d=5.763 avg_d=2.440 std_dev=1.836
N3 B 0, -0.254, 1.696, 3.646, 4.588 max_d=4.588 avg_d=1.696 std_dev=1.950
O5' A 0, 0.761, 2.733, 4.704, 5.756 max_d=5.756 avg_d=2.733 std_dev=1.971
O4' A 0, -0.174, 1.881, 3.936, 5.150 max_d=5.150 avg_d=1.881 std_dev=2.055
C4 B 0, -0.355, 1.756, 3.866, 4.907 max_d=4.907 avg_d=1.756 std_dev=2.111
C3' A 0, 0.086, 2.358, 4.630, 5.837 max_d=5.837 avg_d=2.358 std_dev=2.272
P A 0, 0.956, 3.231, 5.506, 7.029 max_d=7.029 avg_d=3.231 std_dev=2.275
C4' A 0, -0.112, 2.416, 4.945, 6.371 max_d=6.371 avg_d=2.416 std_dev=2.528
C4' B 0, -0.181, 2.438, 5.057, 6.180 max_d=6.180 avg_d=2.438 std_dev=2.619
C5' A 0, 0.211, 2.834, 5.457, 6.889 max_d=6.889 avg_d=2.834 std_dev=2.623
C3' B 0, -0.024, 2.648, 5.320, 6.453 max_d=6.453 avg_d=2.648 std_dev=2.672
O5' B 0, 0.066, 2.905, 5.743, 9.044 max_d=9.044 avg_d=2.905 std_dev=2.839
OP1 A 0, 1.797, 4.734, 7.671, 9.039 max_d=9.039 avg_d=4.734 std_dev=2.937
N4 B 0, -0.458, 2.527, 5.512, 6.959 max_d=6.959 avg_d=2.527 std_dev=2.985
O3' A 0, 0.277, 3.291, 6.304, 7.674 max_d=7.674 avg_d=3.291 std_dev=3.013
P B 0, 0.144, 3.354, 6.564, 11.390 max_d=11.390 avg_d=3.354 std_dev=3.210
C5' B 0, -0.240, 2.983, 6.207, 7.635 max_d=7.635 avg_d=2.983 std_dev=3.223
O3' B 0, 0.157, 3.469, 6.780, 8.237 max_d=8.237 avg_d=3.469 std_dev=3.312
OP2 B 0, 0.435, 3.984, 7.533, 11.341 max_d=11.341 avg_d=3.984 std_dev=3.549
OP1 B 0, -0.030, 4.113, 8.256, 13.099 max_d=13.099 avg_d=4.113 std_dev=4.143

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.34 0.02 0.01 0.34 0.52 0.31 0.31
C2 0.02 0.00 0.18 0.28 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.16 0.01 0.09 0.56 1.00 0.44 0.55
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.05 0.02 0.17 0.21 0.21 0.03 0.12 0.35 0.01 0.03 0.05 0.02 0.64 0.83 0.80 0.72
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.38 0.01 0.36 0.02 0.31 0.23 0.35 0.24 0.02 0.01 0.40 0.02 0.37 0.52 0.25 0.39
C4 0.02 0.01 0.05 0.38 0.00 0.15 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.43 0.14 0.01 0.04 0.81 1.57 0.55 0.84
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.15 0.00 0.19 0.01 0.17 0.09 0.10 0.07 0.34 0.03 0.16 0.01 0.02 0.29 0.22 0.03
C5 0.02 0.01 0.17 0.36 0.01 0.19 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.44 0.22 0.01 0.07 0.85 1.57 0.54 0.85
C5' 0.07 0.07 0.21 0.02 0.19 0.01 0.23 0.00 0.20 0.09 0.12 0.06 0.13 0.25 0.20 0.01 0.01 0.36 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.31 0.01 0.17 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.18 0.02 0.09 0.75 1.21 0.45 0.68
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.02 0.09 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.24 0.12 0.02 0.02 0.56 0.91 0.40 0.51
N3 0.02 0.00 0.12 0.35 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.08 0.01 0.07 0.69 1.31 0.51 0.70
O2 0.04 0.01 0.35 0.24 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.31 0.02 0.15 0.45 0.82 0.41 0.45
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.43 0.34 0.44 0.13 0.37 0.24 0.35 0.20 0.00 0.05 0.47 0.24 0.37 0.67 0.75 0.52
O3' 0.34 0.16 0.03 0.01 0.14 0.03 0.22 0.25 0.18 0.12 0.08 0.31 0.05 0.00 0.17 0.23 0.24 0.21 0.33 0.33
O4 0.02 0.01 0.05 0.40 0.01 0.16 0.01 0.20 0.02 0.02 0.01 0.02 0.47 0.17 0.00 0.05 0.85 1.74 0.60 0.91
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.07 0.15 0.24 0.23 0.05 0.00 0.09 0.31 0.27 0.11
O5' 0.34 0.56 0.64 0.37 0.81 0.02 0.85 0.01 0.75 0.56 0.69 0.45 0.37 0.24 0.85 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.52 1.00 0.83 0.52 1.57 0.29 1.57 0.36 1.21 0.91 1.31 0.82 0.67 0.21 1.74 0.31 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.44 0.80 0.25 0.55 0.22 0.54 0.40 0.45 0.40 0.51 0.41 0.75 0.33 0.60 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.55 0.72 0.39 0.84 0.03 0.85 0.02 0.68 0.51 0.70 0.45 0.52 0.33 0.91 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.66 2.41 0.35 0.66 3.53 1.12 2.88 1.44 2.01 1.73 3.31 4.20 2.07 0.43 1.27 0.46 1.13 1.78 1.39 1.31
C2 0.60 2.01 0.37 0.59 2.69 1.05 2.24 1.22 1.64 1.47 2.60 3.01 1.74 0.50 1.11 0.50 0.87 1.37 1.01 0.94
C2' 0.29 1.88 0.19 0.94 3.01 1.59 2.41 1.97 1.54 1.23 2.76 3.72 1.58 0.34 1.47 0.85 1.47 2.28 1.60 1.68
C3' 0.27 2.01 0.19 0.90 3.35 1.50 2.70 1.85 1.73 1.34 3.01 4.22 1.65 0.42 1.44 0.75 1.41 2.20 1.71 1.69
C4 0.53 1.42 0.43 0.46 1.75 0.80 1.40 0.89 1.03 0.99 1.78 1.99 1.37 0.60 0.75 0.56 0.67 1.10 0.93 0.79
C4' 0.65 2.58 0.33 0.66 3.88 1.12 3.11 1.49 2.12 1.81 3.62 4.78 2.24 0.41 1.24 0.42 1.18 1.90 1.54 1.44
C5 0.52 1.70 0.39 0.49 2.21 0.85 1.75 1.02 1.24 1.15 2.21 2.57 1.61 0.54 0.83 0.51 0.79 1.29 1.09 0.95
C5' 0.61 2.52 0.33 0.65 3.74 1.10 2.97 1.47 2.02 1.74 3.54 4.63 2.23 0.39 1.17 0.43 1.18 1.89 1.56 1.46
C6 0.56 2.03 0.35 0.55 2.75 0.96 2.19 1.18 1.55 1.39 2.70 3.23 1.85 0.49 0.98 0.48 0.91 1.47 1.19 1.07
N1 0.61 2.19 0.35 0.60 3.03 1.05 2.45 1.29 1.75 1.55 2.92 3.51 1.92 0.47 1.12 0.47 0.97 1.54 1.20 1.11
N3 0.56 1.59 0.40 0.50 1.98 0.91 1.63 0.98 1.22 1.15 1.97 2.20 1.44 0.57 0.88 0.55 0.68 1.10 0.84 0.74
O2 0.65 2.08 0.42 0.65 2.89 1.14 2.50 1.34 1.86 1.60 2.69 3.18 1.71 0.49 1.25 0.49 0.94 1.44 1.01 0.99
O2' 0.71 2.08 0.56 0.82 3.17 1.45 2.69 1.90 1.90 1.56 2.87 3.80 1.75 0.45 1.30 0.90 1.56 2.31 1.79 1.78
O3' 0.66 2.43 0.50 0.62 3.91 1.18 3.31 1.58 2.28 1.81 3.46 4.84 1.98 0.34 1.11 0.57 1.38 2.09 1.87 1.70
O4 0.56 1.04 0.52 0.45 1.19 0.68 0.95 0.75 0.72 0.75 1.24 1.35 1.09 0.67 0.69 0.61 0.62 0.97 0.92 0.75
O4' 0.89 2.79 0.49 0.56 3.97 0.90 3.20 1.24 2.27 2.01 3.78 4.75 2.47 0.51 1.15 0.44 1.04 1.66 1.40 1.25
O5' 0.96 2.58 0.85 0.85 3.64 1.09 2.95 1.36 2.11 1.88 3.47 4.41 2.33 0.89 1.22 0.69 1.18 1.74 1.57 1.37
OP1 1.33 2.35 1.48 1.61 3.37 1.79 2.77 1.93 2.01 1.80 3.16 4.15 2.16 1.55 1.93 1.34 1.64 2.11 1.84 1.75
OP2 0.85 2.34 0.67 0.48 3.28 0.80 2.70 1.10 1.96 1.72 3.13 3.96 2.11 0.68 0.78 0.59 1.08 1.62 1.65 1.33
P 0.92 2.39 0.88 0.93 3.42 1.19 2.78 1.44 1.97 1.74 3.25 4.18 2.16 0.91 1.25 0.79 1.26 1.81 1.65 1.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.26 0.01 0.15 0.28 0.23 0.14
C2 0.02 0.00 0.18 0.27 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.15 0.09 0.28 0.41 0.72 0.36
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.06 0.03 0.13 0.13 0.16 0.03 0.14 0.07 0.31 0.00 0.02 0.03 0.38 0.31 0.54 0.39
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.39 0.01 0.39 0.02 0.33 0.24 0.34 0.43 0.20 0.02 0.01 0.03 0.28 0.27 0.50 0.26
C4 0.02 0.01 0.06 0.39 0.00 0.16 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.22 0.03 0.49 0.59 1.29 0.63
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.16 0.00 0.21 0.01 0.20 0.09 0.10 0.18 0.08 0.32 0.02 0.00 0.02 0.16 0.28 0.07
C5 0.01 0.01 0.13 0.39 0.00 0.21 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.28 0.07 0.55 0.64 1.35 0.69
C5' 0.04 0.12 0.13 0.02 0.25 0.01 0.30 0.00 0.26 0.13 0.17 0.28 0.10 0.18 0.19 0.02 0.01 0.19 0.31 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.33 0.01 0.20 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.20 0.09 0.47 0.55 1.00 0.55
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.07 0.01 0.30 0.40 0.64 0.35
N3 0.02 0.00 0.14 0.34 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.15 0.07 0.38 0.49 1.02 0.50
N4 0.02 0.01 0.07 0.43 0.01 0.18 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.42 0.28 0.03 0.53 0.65 1.49 0.72
O2 0.04 0.01 0.31 0.20 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.30 0.14 0.19 0.35 0.49 0.24
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.38 0.32 0.42 0.18 0.36 0.22 0.29 0.42 0.15 0.00 0.06 0.21 0.26 0.31 0.60 0.33
O3' 0.26 0.15 0.02 0.01 0.22 0.02 0.28 0.19 0.20 0.07 0.15 0.28 0.30 0.06 0.00 0.15 0.28 0.46 0.47 0.25
O4' 0.01 0.09 0.03 0.03 0.03 0.00 0.07 0.02 0.09 0.01 0.07 0.03 0.14 0.21 0.15 0.00 0.12 0.27 0.30 0.22
O5' 0.15 0.28 0.38 0.28 0.49 0.02 0.55 0.01 0.47 0.30 0.38 0.53 0.19 0.26 0.28 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.28 0.41 0.31 0.27 0.59 0.16 0.64 0.19 0.55 0.40 0.49 0.65 0.35 0.31 0.46 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.72 0.54 0.50 1.29 0.28 1.35 0.31 1.00 0.64 1.02 1.49 0.49 0.60 0.47 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.36 0.39 0.26 0.63 0.07 0.69 0.01 0.55 0.35 0.50 0.72 0.24 0.33 0.25 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00