ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 30368

back

Distances from reference structure (by RMSD)

17, 30, 50, 22, 33, 39, 54, 22, 11, 4, 1, 3, 13, 114, 41, 27, 0, 4, 15, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 B 0, 0.152, 0.320, 0.488, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.320 std_dev=0.168
C4 A 0, 0.111, 0.360, 0.609, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.360 std_dev=0.249
C6 B 0, 0.210, 0.495, 0.781, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.495 std_dev=0.285
C5 A 0, 0.243, 0.546, 0.849, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.546 std_dev=0.303
C4 B 0, 0.093, 0.415, 0.737, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.415 std_dev=0.322
N9 A 0, 0.268, 0.634, 1.001, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.634 std_dev=0.367
N7 B 0, 0.368, 0.771, 1.174, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.771 std_dev=0.403
C8 A 0, 0.520, 0.965, 1.409, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.965 std_dev=0.445
N1 B 0, 0.303, 0.750, 1.198, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.750 std_dev=0.447
N3 B 0, 0.258, 0.744, 1.229, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.744 std_dev=0.485
C6 A 0, 0.429, 0.924, 1.420, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.924 std_dev=0.495
C2 B 0, 0.392, 0.892, 1.392, 2.151 max_d=2.151 avg_d=0.892 std_dev=0.500
N7 A 0, 0.451, 0.954, 1.457, 2.297 max_d=2.297 avg_d=0.954 std_dev=0.503
O6 B 0, 0.309, 0.816, 1.322, 2.431 max_d=2.431 avg_d=0.816 std_dev=0.506
N3 A 0, 0.320, 0.839, 1.357, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.839 std_dev=0.519
C8 B 0, 0.430, 0.950, 1.469, 2.226 max_d=2.226 avg_d=0.950 std_dev=0.519
N9 B 0, 0.229, 0.759, 1.288, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.759 std_dev=0.530
C2 A 0, 0.443, 1.100, 1.757, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.100 std_dev=0.657
N1 A 0, 0.395, 1.094, 1.794, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.094 std_dev=0.699
C1' A 0, 0.303, 1.050, 1.797, 2.585 max_d=2.585 avg_d=1.050 std_dev=0.747
N6 A 0, 0.644, 1.394, 2.143, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.394 std_dev=0.750
N2 B 0, 0.634, 1.401, 2.167, 3.368 max_d=3.368 avg_d=1.401 std_dev=0.766
C1' B 0, 0.212, 1.102, 1.991, 3.333 max_d=3.333 avg_d=1.102 std_dev=0.890
C2' A 0, 0.499, 1.464, 2.429, 3.465 max_d=3.465 avg_d=1.464 std_dev=0.965
O4' B 0, 0.504, 1.537, 2.571, 4.227 max_d=4.227 avg_d=1.537 std_dev=1.033
O4' A 0, 0.451, 1.486, 2.521, 3.781 max_d=3.781 avg_d=1.486 std_dev=1.035
C2' B 0, 0.212, 1.256, 2.299, 3.965 max_d=3.965 avg_d=1.256 std_dev=1.043
C3' B 0, 0.471, 1.596, 2.721, 4.580 max_d=4.580 avg_d=1.596 std_dev=1.125
C3' A 0, 0.639, 1.783, 2.927, 4.203 max_d=4.203 avg_d=1.783 std_dev=1.144
OP2 B 0, 1.408, 2.644, 3.880, 4.973 max_d=4.973 avg_d=2.644 std_dev=1.236
O5' B 0, 0.899, 2.146, 3.392, 5.556 max_d=5.556 avg_d=2.146 std_dev=1.247
C4' A 0, 0.648, 1.936, 3.225, 4.794 max_d=4.794 avg_d=1.936 std_dev=1.288
C4' B 0, 0.572, 1.863, 3.154, 5.282 max_d=5.282 avg_d=1.863 std_dev=1.291
O2' A 0, 0.674, 2.008, 3.342, 4.718 max_d=4.718 avg_d=2.008 std_dev=1.334
O2' B 0, 0.183, 1.535, 2.888, 5.063 max_d=5.063 avg_d=1.535 std_dev=1.353
P B 0, 1.309, 2.664, 4.019, 6.143 max_d=6.143 avg_d=2.664 std_dev=1.355
O3' B 0, 0.544, 1.923, 3.302, 5.609 max_d=5.609 avg_d=1.923 std_dev=1.379
C5' B 0, 0.946, 2.350, 3.755, 6.047 max_d=6.047 avg_d=2.350 std_dev=1.405
O3' A 0, 0.770, 2.276, 3.783, 5.681 max_d=5.681 avg_d=2.276 std_dev=1.506
C5' A 0, 0.931, 2.458, 3.984, 6.017 max_d=6.017 avg_d=2.458 std_dev=1.526
O5' A 0, 1.035, 2.587, 4.140, 5.765 max_d=5.765 avg_d=2.587 std_dev=1.553
OP1 B 0, 1.376, 3.034, 4.692, 8.065 max_d=8.065 avg_d=3.034 std_dev=1.658
P A 0, 1.338, 3.486, 5.635, 7.834 max_d=7.834 avg_d=3.486 std_dev=2.149
OP1 A 0, 2.162, 4.471, 6.780, 9.193 max_d=9.193 avg_d=4.471 std_dev=2.309
OP2 A 0, 1.611, 3.962, 6.313, 9.580 max_d=9.580 avg_d=3.962 std_dev=2.351

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.26 0.01 0.26 0.61 0.40 0.28
C2 0.04 0.00 0.34 0.28 0.01 0.18 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.38 0.28 0.49 0.87 0.86 0.52
C2' 0.00 0.34 0.00 0.01 0.19 0.02 0.11 0.16 0.18 0.15 0.28 0.34 0.14 0.08 0.03 0.00 0.03 0.02 0.45 0.70 0.55 0.50
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.24 0.01 0.30 0.03 0.32 0.31 0.31 0.25 0.35 0.34 0.20 0.02 0.01 0.02 0.33 0.51 0.40 0.29
C4 0.02 0.01 0.19 0.24 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.21 0.15 0.47 0.88 0.84 0.52
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.12 0.21 0.14 0.17 0.13 0.19 0.09 0.25 0.03 0.01 0.02 0.41 0.26 0.21
C5 0.02 0.01 0.11 0.30 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.16 0.08 0.58 1.09 1.11 0.73
C5' 0.06 0.28 0.16 0.03 0.18 0.01 0.21 0.00 0.24 0.29 0.26 0.25 0.26 0.29 0.14 0.10 0.18 0.02 0.01 0.28 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.32 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.22 0.14 0.60 1.13 1.19 0.77
C8 0.02 0.01 0.15 0.31 0.01 0.21 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.33 0.18 0.16 0.61 1.07 1.00 0.73
N1 0.03 0.01 0.28 0.31 0.01 0.14 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.31 0.23 0.55 1.02 1.06 0.65
N3 0.04 0.01 0.34 0.25 0.00 0.17 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.38 0.28 0.43 0.79 0.72 0.43
N6 0.02 0.01 0.14 0.35 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.30 0.23 0.11 0.66 1.28 1.36 0.90
N7 0.01 0.01 0.08 0.34 0.01 0.19 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.32 0.19 0.08 0.66 1.23 1.24 0.87
N9 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.11 0.01 0.43 0.81 0.71 0.47
O2' 0.02 0.34 0.00 0.02 0.21 0.25 0.25 0.10 0.27 0.33 0.30 0.32 0.30 0.32 0.17 0.00 0.06 0.17 0.26 0.74 0.48 0.48
O3' 0.26 0.38 0.03 0.01 0.21 0.03 0.16 0.18 0.22 0.18 0.31 0.38 0.23 0.19 0.11 0.06 0.00 0.18 0.30 0.71 0.40 0.34
O4' 0.01 0.28 0.02 0.02 0.15 0.01 0.08 0.02 0.14 0.16 0.23 0.28 0.11 0.08 0.01 0.17 0.18 0.00 0.17 0.53 0.37 0.26
O5' 0.26 0.49 0.45 0.33 0.47 0.02 0.58 0.01 0.60 0.61 0.55 0.43 0.66 0.66 0.43 0.26 0.30 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.61 0.87 0.70 0.51 0.88 0.41 1.09 0.28 1.13 1.07 1.02 0.79 1.28 1.23 0.81 0.74 0.71 0.53 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.86 0.55 0.40 0.84 0.26 1.11 0.37 1.19 1.00 1.06 0.72 1.36 1.24 0.71 0.48 0.40 0.37 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.52 0.50 0.29 0.52 0.21 0.73 0.02 0.77 0.73 0.65 0.43 0.90 0.87 0.47 0.48 0.34 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.60 1.48 0.61 0.87 0.87 1.03 0.92 1.07 1.22 0.52 1.47 1.81 1.16 0.67 0.58 0.90 1.21 0.80 0.94 1.26 1.11 0.84 0.95
C2 1.89 0.43 2.05 2.03 1.14 2.08 0.83 2.02 0.41 1.37 0.27 0.34 1.04 1.04 1.51 2.21 2.09 1.96 1.92 0.31 1.84 1.88 1.86
C2' 0.89 1.79 0.70 0.83 1.29 1.08 1.31 1.17 1.53 0.96 1.75 2.04 1.55 1.10 1.01 0.77 1.03 0.98 1.00 1.55 1.16 0.93 1.05
C3' 0.96 1.75 0.74 0.68 1.33 0.89 1.32 0.99 1.52 1.01 1.71 1.97 1.56 1.13 1.08 0.75 0.82 0.94 0.88 1.52 1.09 0.84 0.96
C4 1.19 0.50 1.40 1.50 0.41 1.59 0.26 1.57 0.37 0.73 0.60 0.89 0.32 0.43 0.79 1.68 1.70 1.39 1.42 0.49 1.44 1.35 1.39
C4' 1.04 1.80 0.91 0.86 1.40 0.91 1.40 0.94 1.59 1.06 1.77 2.00 1.61 1.19 1.15 0.88 1.02 0.97 0.95 1.60 1.12 0.94 0.99
C5 1.31 0.41 1.48 1.56 0.71 1.62 0.55 1.62 0.39 0.94 0.42 0.52 0.62 0.70 1.00 1.67 1.74 1.48 1.49 0.41 1.48 1.45 1.46
C5' 1.12 1.71 1.04 1.04 1.38 1.02 1.39 1.03 1.56 1.13 1.71 1.88 1.54 1.23 1.19 1.00 1.20 1.08 1.09 1.58 1.26 1.12 1.14
C6 1.67 0.82 1.80 1.83 1.18 1.87 0.99 1.86 0.75 1.33 0.67 0.69 1.14 1.11 1.41 1.92 1.93 1.77 1.75 0.66 1.69 1.76 1.72
C8 0.78 0.70 0.89 1.10 0.37 1.19 0.37 1.23 0.58 0.48 0.76 0.99 0.45 0.33 0.50 1.11 1.39 1.02 1.10 0.66 1.19 1.03 1.10
N1 1.93 0.97 2.05 2.04 1.42 2.07 1.17 2.04 0.84 1.55 0.73 0.76 1.40 1.30 1.66 2.14 2.09 1.99 1.96 0.69 1.87 1.97 1.92
N3 1.48 0.47 1.72 1.76 0.53 1.84 0.29 1.78 0.33 0.91 0.62 0.99 0.35 0.54 1.00 2.04 1.90 1.63 1.64 0.48 1.62 1.55 1.58
N6 1.72 1.15 1.83 1.86 1.38 1.89 1.24 1.89 1.07 1.48 1.02 1.07 1.37 1.32 1.54 1.89 1.95 1.82 1.80 0.98 1.73 1.85 1.79
N7 1.04 0.45 1.17 1.32 0.52 1.39 0.43 1.41 0.42 0.73 0.51 0.63 0.45 0.53 0.76 1.35 1.56 1.24 1.28 0.48 1.32 1.24 1.27
N9 0.78 0.91 0.93 1.14 0.39 1.26 0.43 1.28 0.72 0.43 0.96 1.27 0.57 0.30 0.45 1.23 1.43 1.03 1.13 0.80 1.23 1.04 1.12
O2' 1.20 2.17 1.05 1.13 1.74 1.23 1.74 1.32 1.93 1.35 2.11 2.31 2.01 1.52 1.42 0.94 1.31 1.11 1.17 1.93 1.33 1.15 1.21
O3' 1.24 1.88 1.07 0.92 1.56 1.03 1.55 1.13 1.70 1.30 1.84 2.03 1.74 1.40 1.36 1.11 0.93 1.16 1.06 1.70 1.25 1.06 1.14
O4' 0.80 1.61 0.75 0.91 1.13 0.96 1.16 1.01 1.40 0.81 1.61 1.86 1.35 0.95 0.87 0.81 1.20 0.84 0.98 1.44 1.15 0.95 1.00
O5' 0.94 1.42 0.90 0.96 1.11 0.99 1.12 1.03 1.29 0.92 1.43 1.60 1.24 1.00 0.96 0.91 1.15 0.99 1.06 1.32 1.28 1.07 1.14
OP1 1.53 1.62 1.60 1.64 1.54 1.58 1.55 1.60 1.61 1.52 1.65 1.68 1.55 1.53 1.52 1.60 1.76 1.56 1.76 1.63 2.01 1.83 1.88
OP2 1.08 1.25 1.05 1.15 1.06 1.21 1.07 1.26 1.18 1.02 1.28 1.40 1.13 1.02 1.03 1.11 1.35 1.19 1.35 1.21 1.66 1.38 1.49
P 1.20 1.41 1.23 1.29 1.25 1.27 1.27 1.29 1.36 1.19 1.44 1.52 1.30 1.22 1.19 1.24 1.44 1.25 1.43 1.40 1.67 1.47 1.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.25 0.02 0.36 0.33 0.26
C2 0.04 0.00 0.24 0.26 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.32 0.10 0.44 0.02 0.55 0.74 0.49
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.09 0.12 0.10 0.19 0.28 0.23 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.34 0.11 0.42 0.31 0.36
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.20 0.01 0.22 0.03 0.25 0.20 0.27 0.29 0.23 0.22 0.14 0.02 0.01 0.02 0.32 0.26 0.42 0.20 0.27
C4 0.02 0.01 0.13 0.20 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.18 0.06 0.47 0.01 0.58 0.73 0.51
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.13 0.10 0.12 0.09 0.14 0.07 0.16 0.03 0.00 0.02 0.12 0.17 0.24 0.06
C5 0.01 0.01 0.08 0.22 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.18 0.04 0.60 0.01 0.73 0.95 0.67
C5' 0.05 0.15 0.09 0.03 0.14 0.01 0.20 0.00 0.21 0.22 0.18 0.16 0.13 0.24 0.13 0.08 0.10 0.02 0.01 0.24 0.27 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.23 0.05 0.61 0.01 0.77 1.04 0.71
C8 0.01 0.01 0.10 0.20 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.17 0.07 0.62 0.02 0.73 0.84 0.65
N1 0.03 0.01 0.19 0.27 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.29 0.08 0.53 0.02 0.67 0.92 0.61
N2 0.05 0.01 0.28 0.29 0.01 0.12 0.01 0.16 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.39 0.12 0.39 0.03 0.50 0.68 0.44
N3 0.04 0.01 0.23 0.23 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.28 0.10 0.39 0.02 0.49 0.62 0.42
N7 0.01 0.01 0.06 0.22 0.01 0.14 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.19 0.05 0.68 0.02 0.83 1.05 0.76
N9 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.08 0.01 0.45 0.02 0.54 0.61 0.46
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.14 0.16 0.15 0.08 0.17 0.16 0.19 0.24 0.18 0.17 0.10 0.00 0.05 0.12 0.18 0.18 0.30 0.25 0.26
O3' 0.13 0.32 0.02 0.01 0.18 0.03 0.18 0.10 0.23 0.17 0.29 0.39 0.28 0.19 0.08 0.05 0.00 0.09 0.28 0.25 0.53 0.27 0.29
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.05 0.07 0.08 0.12 0.10 0.05 0.01 0.12 0.09 0.00 0.19 0.05 0.28 0.30 0.19
O5' 0.25 0.44 0.34 0.32 0.47 0.02 0.60 0.01 0.61 0.62 0.53 0.39 0.39 0.68 0.45 0.18 0.28 0.19 0.00 0.67 0.05 0.03 0.02
O6 0.02 0.02 0.11 0.26 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.18 0.25 0.05 0.67 0.00 0.86 1.17 0.80
OP1 0.36 0.55 0.42 0.42 0.58 0.17 0.73 0.27 0.77 0.73 0.67 0.50 0.49 0.83 0.54 0.30 0.53 0.28 0.05 0.86 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.74 0.31 0.20 0.73 0.24 0.95 0.35 1.04 0.84 0.92 0.68 0.62 1.05 0.61 0.25 0.27 0.30 0.03 1.17 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.49 0.36 0.27 0.51 0.06 0.67 0.02 0.71 0.65 0.61 0.44 0.42 0.76 0.46 0.26 0.29 0.19 0.02 0.80 0.01 0.01 0.00