ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 30370

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 65, 91, 85, 81, 35, 3, 6, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2' A 0, 0.559, 1.723, 2.887, 3.815 max_d=3.815 avg_d=1.723 std_dev=1.164
O2' B 0, 0.562, 1.758, 2.954, 4.034 max_d=4.034 avg_d=1.758 std_dev=1.196
N3 A 0, 0.498, 2.496, 4.495, 4.717 max_d=4.717 avg_d=2.496 std_dev=1.998
N3 B 0, 0.421, 2.427, 4.433, 4.677 max_d=4.677 avg_d=2.427 std_dev=2.006
C2 B 0, 0.475, 2.490, 4.504, 4.890 max_d=4.890 avg_d=2.490 std_dev=2.014
C2 A 0, 0.547, 2.563, 4.578, 4.927 max_d=4.927 avg_d=2.563 std_dev=2.016
C2' B 0, 0.543, 2.651, 4.759, 5.343 max_d=5.343 avg_d=2.651 std_dev=2.108
C2' A 0, 0.585, 2.718, 4.852, 5.486 max_d=5.486 avg_d=2.718 std_dev=2.133
O3' A 0, 0.847, 3.463, 6.080, 7.119 max_d=7.119 avg_d=3.463 std_dev=2.616
C1' B 0, 0.543, 3.168, 5.792, 5.883 max_d=5.883 avg_d=3.168 std_dev=2.624
C1' A 0, 0.537, 3.180, 5.823, 6.074 max_d=6.074 avg_d=3.180 std_dev=2.643
O3' B 0, 1.078, 3.738, 6.398, 8.557 max_d=8.557 avg_d=3.738 std_dev=2.660
C3' A 0, 0.826, 3.701, 6.575, 7.028 max_d=7.028 avg_d=3.701 std_dev=2.874
C3' B 0, 0.847, 3.745, 6.643, 7.602 max_d=7.602 avg_d=3.745 std_dev=2.898
N1 A 0, 0.588, 3.532, 6.476, 6.826 max_d=6.826 avg_d=3.532 std_dev=2.944
N1 B 0, 0.570, 3.535, 6.501, 6.817 max_d=6.817 avg_d=3.535 std_dev=2.965
C4 B 0, 0.477, 3.587, 6.697, 6.787 max_d=6.787 avg_d=3.587 std_dev=3.110
C4' A 0, 0.839, 3.963, 7.086, 7.396 max_d=7.396 avg_d=3.963 std_dev=3.123
C4 A 0, 0.455, 3.580, 6.705, 6.782 max_d=6.782 avg_d=3.580 std_dev=3.125
C4' B 0, 0.844, 4.002, 7.160, 7.377 max_d=7.377 avg_d=4.002 std_dev=3.158
O4' B 0, 0.836, 4.203, 7.570, 7.579 max_d=7.579 avg_d=4.203 std_dev=3.367
O4' A 0, 0.778, 4.169, 7.559, 7.845 max_d=7.845 avg_d=4.169 std_dev=3.391
N9 B 0, 0.601, 3.997, 7.392, 7.374 max_d=7.374 avg_d=3.997 std_dev=3.396
N9 A 0, 0.571, 3.995, 7.418, 7.453 max_d=7.453 avg_d=3.995 std_dev=3.424
C6 A 0, 0.689, 4.755, 8.821, 9.063 max_d=9.063 avg_d=4.755 std_dev=4.066
C6 B 0, 0.644, 4.770, 8.896, 8.999 max_d=8.999 avg_d=4.770 std_dev=4.126
C5 A 0, 0.676, 4.832, 8.988, 9.080 max_d=9.080 avg_d=4.832 std_dev=4.156
C5 B 0, 0.654, 4.840, 9.025, 9.037 max_d=9.037 avg_d=4.840 std_dev=4.186
C5' A 0, 1.200, 5.417, 9.634, 9.848 max_d=9.848 avg_d=5.417 std_dev=4.217
C5' B 0, 1.193, 5.486, 9.780, 9.989 max_d=9.989 avg_d=5.486 std_dev=4.294
C8 B 0, 0.858, 5.465, 10.072, 9.952 max_d=9.952 avg_d=5.465 std_dev=4.607
C8 A 0, 0.858, 5.479, 10.101, 10.027 max_d=10.027 avg_d=5.479 std_dev=4.621
N6 A 0, 0.964, 5.958, 10.952, 11.202 max_d=11.202 avg_d=5.958 std_dev=4.994
N7 A 0, 0.970, 6.064, 11.158, 11.058 max_d=11.058 avg_d=6.064 std_dev=5.094
O5' A 0, 1.486, 6.592, 11.698, 11.708 max_d=11.708 avg_d=6.592 std_dev=5.106
N6 B 0, 0.865, 5.974, 11.082, 11.122 max_d=11.122 avg_d=5.974 std_dev=5.108
N7 B 0, 0.912, 6.046, 11.179, 11.065 max_d=11.065 avg_d=6.046 std_dev=5.133
O5' B 0, 1.396, 6.536, 11.677, 11.951 max_d=11.951 avg_d=6.536 std_dev=5.140
P A 0, 2.184, 8.435, 14.686, 14.673 max_d=14.673 avg_d=8.435 std_dev=6.251
OP1 A 0, 2.507, 8.821, 15.134, 15.229 max_d=15.229 avg_d=8.821 std_dev=6.313
P B 0, 2.014, 8.337, 14.661, 14.961 max_d=14.961 avg_d=8.337 std_dev=6.323
OP1 B 0, 2.166, 8.530, 14.894, 15.833 max_d=15.833 avg_d=8.530 std_dev=6.364
OP2 B 0, 2.516, 9.364, 16.212, 16.103 max_d=16.103 avg_d=9.364 std_dev=6.848
OP2 A 0, 2.500, 9.502, 16.504, 16.481 max_d=16.481 avg_d=9.502 std_dev=7.002

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.18 0.25 0.23 0.14
C2 0.04 0.00 0.19 0.19 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.24 0.08 0.30 0.47 0.54 0.26
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.02 0.07 0.10 0.11 0.09 0.16 0.19 0.09 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.24 0.32 0.25 0.24
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.14 0.01 0.18 0.02 0.19 0.20 0.19 0.17 0.21 0.21 0.12 0.02 0.01 0.02 0.15 0.25 0.20 0.12
C4 0.02 0.01 0.10 0.14 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.12 0.04 0.31 0.44 0.53 0.28
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.06 0.06 0.08 0.10 0.05 0.16 0.02 0.00 0.02 0.21 0.19 0.13
C5 0.02 0.01 0.07 0.18 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.12 0.03 0.38 0.58 0.71 0.40
C5' 0.05 0.08 0.10 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.10 0.07 0.16 0.17 0.08 0.07 0.11 0.02 0.01 0.22 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.19 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.05 0.38 0.62 0.76 0.42
C8 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.15 0.17 0.06 0.39 0.53 0.65 0.41
N1 0.04 0.00 0.16 0.19 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.20 0.07 0.35 0.56 0.67 0.34
N3 0.04 0.01 0.19 0.17 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.17 0.23 0.08 0.27 0.40 0.44 0.21
N6 0.02 0.01 0.09 0.21 0.02 0.08 0.02 0.16 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.19 0.16 0.05 0.42 0.72 0.88 0.50
N7 0.01 0.01 0.07 0.21 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.17 0.17 0.04 0.43 0.64 0.81 0.49
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.07 0.01 0.30 0.38 0.45 0.25
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.14 0.16 0.16 0.07 0.18 0.15 0.19 0.17 0.19 0.17 0.10 0.00 0.05 0.11 0.15 0.37 0.20 0.23
O3' 0.14 0.24 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.11 0.15 0.17 0.20 0.23 0.16 0.17 0.07 0.05 0.00 0.11 0.18 0.46 0.22 0.22
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.07 0.08 0.05 0.04 0.01 0.11 0.11 0.00 0.13 0.20 0.22 0.15
O5' 0.18 0.30 0.24 0.15 0.31 0.02 0.38 0.01 0.38 0.39 0.35 0.27 0.42 0.43 0.30 0.15 0.18 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.47 0.32 0.25 0.44 0.21 0.58 0.22 0.62 0.53 0.56 0.40 0.72 0.64 0.38 0.37 0.46 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.54 0.25 0.20 0.53 0.19 0.71 0.25 0.76 0.65 0.67 0.44 0.88 0.81 0.45 0.20 0.22 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.26 0.24 0.12 0.28 0.13 0.40 0.02 0.42 0.41 0.34 0.21 0.50 0.49 0.25 0.23 0.22 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 1.60 0.40 0.71 0.92 0.84 1.00 0.90 1.33 0.42 1.60 1.25 1.36 0.70 0.47 0.68 1.11 0.52 0.64 1.06 0.55 0.73
C2 1.88 0.31 2.03 2.03 1.00 2.09 0.65 2.02 0.30 1.24 0.39 0.91 0.38 0.85 1.41 2.28 2.14 1.95 1.84 1.90 1.62 1.81
C2' 0.46 1.90 0.31 0.57 1.25 0.75 1.27 0.87 1.57 0.68 1.85 1.62 1.57 0.94 0.78 0.44 0.99 0.50 0.62 1.11 0.60 0.77
C3' 0.78 1.87 0.58 0.32 1.37 0.45 1.36 0.59 1.59 0.90 1.82 1.67 1.58 1.09 1.02 0.55 0.61 0.58 0.44 0.95 0.54 0.64
C4 1.09 0.72 1.29 1.41 0.26 1.52 0.26 1.49 0.61 0.56 0.88 0.27 0.74 0.28 0.63 1.64 1.63 1.29 1.26 1.45 1.06 1.26
C4' 0.90 1.84 0.84 0.52 1.42 0.39 1.41 0.42 1.60 0.99 1.80 1.68 1.59 1.16 1.11 0.80 0.63 0.61 0.39 0.85 0.58 0.55
C5 1.17 0.42 1.30 1.40 0.45 1.50 0.31 1.49 0.40 0.71 0.58 0.36 0.52 0.44 0.78 1.58 1.57 1.35 1.28 1.44 1.10 1.28
C5' 0.98 1.72 0.97 0.70 1.38 0.52 1.37 0.47 1.53 1.04 1.69 1.58 1.52 1.17 1.14 0.96 0.75 0.74 0.53 0.88 0.71 0.64
C6 1.55 0.44 1.65 1.69 0.88 1.78 0.64 1.75 0.39 1.08 0.38 0.82 0.38 0.79 1.19 1.88 1.80 1.67 1.57 1.66 1.39 1.56
C8 0.50 0.94 0.62 0.82 0.40 0.94 0.51 0.98 0.81 0.26 1.03 0.58 0.89 0.33 0.26 0.86 1.07 0.75 0.76 1.08 0.64 0.82
N1 1.87 0.62 1.97 1.97 1.17 2.05 0.86 1.99 0.49 1.34 0.39 1.14 0.38 1.01 1.49 2.17 2.06 1.95 1.83 1.88 1.65 1.81
N3 1.47 0.66 1.72 1.78 0.43 1.85 0.24 1.79 0.55 0.80 0.87 0.28 0.71 0.41 0.92 2.09 1.97 1.62 1.56 1.69 1.32 1.53
N6 1.58 0.66 1.64 1.67 1.03 1.77 0.81 1.75 0.57 1.18 0.50 0.99 0.48 0.93 1.28 1.82 1.76 1.70 1.59 1.66 1.43 1.58
N7 0.82 0.58 0.92 1.06 0.28 1.18 0.30 1.20 0.53 0.46 0.71 0.30 0.64 0.29 0.49 1.16 1.25 1.03 0.99 1.22 0.83 1.01
N9 0.56 1.12 0.75 0.98 0.44 1.10 0.58 1.13 0.93 0.24 1.20 0.69 1.01 0.34 0.24 1.08 1.27 0.84 0.88 1.19 0.72 0.92
O2' 0.74 2.21 0.49 0.57 1.64 0.68 1.59 0.83 1.86 0.95 2.11 2.05 1.81 1.23 1.13 0.39 1.11 0.41 0.59 1.13 0.62 0.75
O3' 1.20 2.04 0.97 0.59 1.65 0.61 1.60 0.66 1.78 1.21 1.98 1.91 1.75 1.36 1.36 1.04 0.62 0.92 0.61 1.00 0.72 0.77
O4' 0.49 1.63 0.46 0.47 1.13 0.49 1.17 0.59 1.42 0.70 1.63 1.38 1.44 0.92 0.77 0.40 0.79 0.38 0.41 0.91 0.51 0.55
O5' 0.73 1.47 0.67 0.50 1.11 0.47 1.13 0.51 1.31 0.83 1.47 1.30 1.32 0.96 0.88 0.65 0.64 0.62 0.53 0.96 0.64 0.69
OP1 1.22 1.52 1.18 1.10 1.36 1.05 1.36 1.02 1.43 1.23 1.51 1.45 1.43 1.28 1.27 1.21 1.16 1.15 1.17 1.45 1.25 1.28
OP2 0.64 1.23 0.58 0.59 0.91 0.64 0.96 0.73 1.12 0.74 1.26 1.05 1.15 0.84 0.75 0.59 0.78 0.67 0.79 1.24 0.84 0.96
P 0.85 1.35 0.82 0.74 1.09 0.70 1.11 0.72 1.24 0.91 1.36 1.21 1.26 0.99 0.94 0.82 0.85 0.79 0.83 1.20 0.91 0.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.23 0.22 0.31 0.20
C2 0.04 0.00 0.20 0.21 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.28 0.11 0.37 0.34 0.68 0.46
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.12 0.01 0.09 0.03 0.12 0.09 0.17 0.19 0.11 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.14 0.26 0.21 0.12
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.15 0.00 0.16 0.02 0.19 0.14 0.21 0.19 0.20 0.15 0.09 0.02 0.01 0.02 0.12 0.28 0.18 0.13
C4 0.02 0.01 0.12 0.15 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.06 0.40 0.35 0.66 0.47
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.11 0.07 0.05 0.10 0.11 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.22 0.12 0.08
C5 0.01 0.01 0.09 0.16 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.19 0.04 0.49 0.49 0.86 0.62
C5' 0.03 0.12 0.03 0.02 0.12 0.01 0.17 0.00 0.18 0.19 0.15 0.09 0.21 0.21 0.11 0.05 0.05 0.02 0.01 0.16 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.24 0.07 0.49 0.52 0.91 0.65
C8 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.15 0.06 0.52 0.49 0.78 0.60
N1 0.03 0.00 0.17 0.21 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.16 0.27 0.09 0.44 0.44 0.82 0.57
N3 0.04 0.01 0.19 0.19 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.24 0.11 0.33 0.28 0.57 0.39
N6 0.02 0.02 0.11 0.20 0.01 0.10 0.02 0.21 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.25 0.06 0.53 0.62 1.03 0.73
N7 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.17 0.04 0.55 0.60 0.95 0.70
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.02 0.39 0.32 0.57 0.42
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.10 0.07 0.08 0.05 0.12 0.07 0.16 0.18 0.11 0.06 0.04 0.00 0.05 0.06 0.06 0.37 0.19 0.15
O3' 0.04 0.28 0.02 0.01 0.17 0.02 0.19 0.05 0.24 0.15 0.27 0.24 0.25 0.17 0.09 0.05 0.00 0.03 0.20 0.44 0.32 0.27
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.07 0.06 0.09 0.11 0.06 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.20 0.24 0.24 0.19
O5' 0.23 0.37 0.14 0.12 0.40 0.02 0.49 0.01 0.49 0.52 0.44 0.33 0.53 0.55 0.39 0.06 0.20 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.34 0.26 0.28 0.35 0.22 0.49 0.16 0.52 0.49 0.44 0.28 0.62 0.60 0.32 0.37 0.44 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.68 0.21 0.18 0.66 0.12 0.86 0.16 0.91 0.78 0.82 0.57 1.03 0.95 0.57 0.19 0.32 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.46 0.12 0.13 0.47 0.08 0.62 0.02 0.65 0.60 0.57 0.39 0.73 0.70 0.42 0.15 0.27 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00