ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 30375

back

Distances from reference structure (by RMSD)

12, 69, 186, 120, 65, 34, 12, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.063, 0.124, 0.186, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.124 std_dev=0.061
N1 B 0, 0.077, 0.155, 0.233, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.155 std_dev=0.078
N3 A 0, 0.142, 0.270, 0.398, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.270 std_dev=0.128
N9 A 0, 0.114, 0.251, 0.387, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.251 std_dev=0.137
C1' A 0, 0.138, 0.283, 0.428, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.283 std_dev=0.145
C5 A 0, 0.160, 0.307, 0.455, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.307 std_dev=0.148
C6 A 0, 0.147, 0.296, 0.446, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.296 std_dev=0.149
N1 A 0, 0.165, 0.315, 0.465, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.315 std_dev=0.150
C4 B 0, 0.154, 0.308, 0.463, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.308 std_dev=0.154
C1' B 0, 0.155, 0.320, 0.485, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.320 std_dev=0.165
C2 A 0, 0.175, 0.366, 0.557, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.366 std_dev=0.191
C2' B 0, 0.156, 0.364, 0.572, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.364 std_dev=0.208
N6 A 0, 0.252, 0.480, 0.707, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.480 std_dev=0.227
C2 B 0, 0.094, 0.323, 0.552, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.323 std_dev=0.229
C5 B 0, 0.071, 0.301, 0.530, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.301 std_dev=0.230
C6 B 0, 0.046, 0.277, 0.508, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.277 std_dev=0.231
O4 B 0, 0.262, 0.498, 0.735, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.498 std_dev=0.237
N3 B 0, 0.140, 0.389, 0.638, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.389 std_dev=0.249
C8 A 0, 0.250, 0.525, 0.801, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.525 std_dev=0.276
O2' B 0, 0.145, 0.429, 0.712, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.429 std_dev=0.284
N7 A 0, 0.281, 0.570, 0.858, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.570 std_dev=0.288
O4' B 0, 0.312, 0.615, 0.918, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.615 std_dev=0.303
C3' B 0, 0.334, 0.646, 0.957, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.646 std_dev=0.312
C2' A 0, 0.115, 0.458, 0.802, 2.759 max_d=2.759 avg_d=0.458 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.401, 0.761, 1.122, 2.191 max_d=2.191 avg_d=0.761 std_dev=0.361
O4' A 0, 0.192, 0.559, 0.925, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.559 std_dev=0.367
O3' B 0, 0.452, 0.872, 1.293, 2.654 max_d=2.654 avg_d=0.872 std_dev=0.420
O2 B 0, 0.114, 0.545, 0.975, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.545 std_dev=0.431
C3' A 0, 0.168, 0.663, 1.159, 2.226 max_d=2.226 avg_d=0.663 std_dev=0.496
C5' B 0, 0.549, 1.102, 1.656, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.102 std_dev=0.554
C4' A 0, 0.138, 0.706, 1.274, 2.409 max_d=2.409 avg_d=0.706 std_dev=0.568
O2' A 0, 0.006, 0.655, 1.305, 3.991 max_d=3.991 avg_d=0.655 std_dev=0.650
O3' A 0, 0.264, 0.927, 1.590, 2.784 max_d=2.784 avg_d=0.927 std_dev=0.663
O5' B 0, 0.530, 1.220, 1.911, 3.362 max_d=3.362 avg_d=1.220 std_dev=0.690
C5' A 0, 0.191, 1.004, 1.816, 3.638 max_d=3.638 avg_d=1.004 std_dev=0.812
O5' A 0, 0.324, 1.161, 1.998, 4.484 max_d=4.484 avg_d=1.161 std_dev=0.837
P B 0, 0.639, 1.692, 2.746, 4.644 max_d=4.644 avg_d=1.692 std_dev=1.053
P A 0, 0.544, 1.611, 2.679, 6.131 max_d=6.131 avg_d=1.611 std_dev=1.068
OP2 B 0, 0.413, 1.606, 2.799, 6.754 max_d=6.754 avg_d=1.606 std_dev=1.193
OP1 A 0, 0.737, 2.015, 3.292, 5.690 max_d=5.690 avg_d=2.015 std_dev=1.277
OP1 B 0, 0.750, 2.176, 3.602, 5.457 max_d=5.457 avg_d=2.176 std_dev=1.426
OP2 A 0, 0.587, 2.093, 3.599, 8.909 max_d=8.909 avg_d=2.093 std_dev=1.506

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.24 0.46 0.47 0.28
C2 0.04 0.00 0.28 0.21 0.01 0.15 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.28 0.23 0.40 0.71 0.86 0.52
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.15 0.02 0.10 0.11 0.15 0.14 0.23 0.27 0.13 0.09 0.04 0.00 0.03 0.02 0.34 0.54 0.57 0.42
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.18 0.01 0.23 0.02 0.25 0.25 0.23 0.18 0.27 0.27 0.15 0.02 0.01 0.02 0.29 0.43 0.42 0.29
C4 0.02 0.01 0.15 0.18 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.12 0.43 0.70 0.86 0.53
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.20 0.10 0.15 0.09 0.17 0.07 0.18 0.03 0.00 0.02 0.24 0.29 0.08
C5 0.01 0.01 0.10 0.23 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.16 0.06 0.55 0.86 1.12 0.70
C5' 0.04 0.19 0.11 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.15 0.27 0.15 0.18 0.18 0.26 0.11 0.09 0.13 0.02 0.01 0.26 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.25 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.19 0.11 0.55 0.89 1.19 0.73
C8 0.01 0.01 0.14 0.25 0.01 0.20 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.31 0.18 0.14 0.60 0.81 1.04 0.70
N1 0.03 0.00 0.23 0.23 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.23 0.18 0.48 0.81 1.05 0.63
N3 0.04 0.00 0.27 0.18 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.27 0.23 0.36 0.64 0.74 0.45
N6 0.02 0.01 0.13 0.27 0.01 0.09 0.02 0.18 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.18 0.21 0.08 0.61 1.00 1.36 0.83
N7 0.01 0.01 0.09 0.27 0.01 0.17 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.29 0.19 0.08 0.64 0.95 1.26 0.82
N9 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.10 0.02 0.41 0.63 0.76 0.49
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.10 0.18 0.16 0.09 0.15 0.31 0.17 0.24 0.18 0.29 0.13 0.00 0.06 0.13 0.20 0.51 0.55 0.35
O3' 0.19 0.28 0.03 0.01 0.16 0.03 0.16 0.13 0.19 0.18 0.23 0.27 0.21 0.19 0.10 0.06 0.00 0.12 0.29 0.48 0.44 0.27
O4' 0.01 0.23 0.02 0.02 0.12 0.00 0.06 0.02 0.11 0.14 0.18 0.23 0.08 0.08 0.02 0.13 0.12 0.00 0.18 0.41 0.44 0.25
O5' 0.24 0.40 0.34 0.29 0.43 0.02 0.55 0.01 0.55 0.60 0.48 0.36 0.61 0.64 0.41 0.20 0.29 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.46 0.71 0.54 0.43 0.70 0.24 0.86 0.26 0.89 0.81 0.81 0.64 1.00 0.95 0.63 0.51 0.48 0.41 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.86 0.57 0.42 0.86 0.29 1.12 0.32 1.19 1.04 1.05 0.74 1.36 1.26 0.76 0.55 0.44 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.52 0.42 0.29 0.53 0.08 0.70 0.02 0.73 0.70 0.63 0.45 0.83 0.82 0.49 0.35 0.27 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.22 0.21 0.27 0.22 0.35 0.24 0.40 0.26 0.23 0.22 0.24 0.23 0.37 0.23 0.36 0.34 0.45 0.34 0.37
C2 0.28 0.26 0.21 0.22 0.33 0.25 0.32 0.26 0.29 0.27 0.31 0.25 0.16 0.29 0.36 0.36 0.26 0.41 0.39 0.40
C2' 0.38 0.42 0.40 0.42 0.40 0.42 0.39 0.47 0.38 0.38 0.42 0.47 0.46 0.54 0.41 0.41 0.44 0.60 0.44 0.47
C3' 0.30 0.34 0.31 0.46 0.32 0.51 0.33 0.65 0.34 0.31 0.35 0.41 0.32 0.63 0.33 0.42 0.61 0.90 0.64 0.69
C4 0.23 0.22 0.14 0.14 0.25 0.25 0.23 0.27 0.22 0.21 0.26 0.23 0.15 0.26 0.28 0.34 0.20 0.28 0.25 0.29
C4' 0.43 0.39 0.47 0.60 0.43 0.58 0.46 0.67 0.47 0.42 0.40 0.39 0.41 0.74 0.43 0.51 0.67 0.89 0.73 0.73
C5 0.27 0.28 0.15 0.15 0.33 0.28 0.29 0.31 0.27 0.26 0.33 0.28 0.15 0.26 0.37 0.39 0.23 0.32 0.32 0.35
C5' 0.43 0.42 0.50 0.65 0.45 0.60 0.49 0.71 0.49 0.44 0.43 0.41 0.43 0.81 0.46 0.51 0.73 0.99 0.81 0.81
C6 0.30 0.33 0.19 0.19 0.41 0.28 0.37 0.31 0.33 0.31 0.40 0.32 0.15 0.27 0.46 0.42 0.27 0.39 0.41 0.42
C8 0.26 0.23 0.16 0.19 0.25 0.33 0.24 0.39 0.24 0.22 0.26 0.25 0.19 0.31 0.28 0.40 0.29 0.40 0.31 0.36
N1 0.31 0.34 0.22 0.23 0.42 0.27 0.39 0.29 0.35 0.32 0.40 0.32 0.16 0.30 0.47 0.41 0.30 0.46 0.46 0.46
N3 0.23 0.21 0.14 0.15 0.25 0.21 0.23 0.22 0.22 0.20 0.24 0.21 0.13 0.25 0.27 0.31 0.18 0.28 0.26 0.30
N6 0.33 0.38 0.21 0.21 0.49 0.31 0.43 0.35 0.38 0.35 0.47 0.36 0.16 0.28 0.55 0.46 0.31 0.44 0.47 0.47
N7 0.28 0.28 0.15 0.16 0.32 0.32 0.29 0.37 0.27 0.26 0.32 0.29 0.17 0.28 0.35 0.42 0.27 0.36 0.32 0.36
N9 0.23 0.20 0.16 0.19 0.22 0.30 0.21 0.34 0.22 0.20 0.23 0.23 0.18 0.30 0.24 0.35 0.26 0.35 0.27 0.31
O2' 0.50 0.50 0.63 0.71 0.51 0.56 0.52 0.56 0.52 0.50 0.50 0.51 0.65 0.90 0.51 0.49 0.58 0.71 0.60 0.58
O3' 0.56 0.59 0.56 0.74 0.60 0.78 0.62 0.93 0.62 0.58 0.60 0.62 0.51 0.88 0.60 0.66 0.92 1.21 0.94 0.99
O4' 0.45 0.41 0.46 0.52 0.42 0.54 0.44 0.58 0.45 0.43 0.41 0.40 0.44 0.61 0.42 0.52 0.56 0.67 0.58 0.58
O5' 0.39 0.35 0.39 0.51 0.36 0.53 0.40 0.63 0.41 0.37 0.35 0.36 0.37 0.68 0.36 0.50 0.61 0.87 0.69 0.69
OP1 0.67 0.68 0.66 0.81 0.71 0.83 0.72 1.00 0.72 0.68 0.70 0.69 0.59 0.97 0.72 0.77 0.99 1.36 1.11 1.12
OP2 0.52 0.57 0.47 0.55 0.54 0.59 0.51 0.71 0.52 0.52 0.58 0.64 0.48 0.72 0.56 0.58 0.68 0.96 0.76 0.77
P 0.42 0.40 0.41 0.56 0.41 0.59 0.44 0.73 0.45 0.41 0.41 0.43 0.38 0.75 0.41 0.54 0.71 1.03 0.80 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.21 0.25 0.22
C2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.05 0.17 0.39 0.31 0.27
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.10 0.03 0.08 0.18 0.00 0.03 0.08 0.01 0.13 0.17 0.20 0.13
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.12 0.01 0.14 0.02 0.14 0.07 0.12 0.16 0.02 0.01 0.14 0.01 0.19 0.24 0.25 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01 0.03 0.31 0.61 0.57 0.44
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.05 0.06 0.07 0.02 0.08 0.00 0.01 0.16 0.20 0.08
C5 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.18 0.01 0.05 0.38 0.62 0.65 0.50
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.15 0.08 0.10 0.07 0.06 0.04 0.15 0.01 0.01 0.24 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.16 0.01 0.06 0.34 0.48 0.53 0.43
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.20 0.35 0.34 0.29
N3 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.01 0.04 0.23 0.51 0.42 0.34
O2 0.04 0.01 0.18 0.16 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.20 0.02 0.09 0.13 0.34 0.24 0.23
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.03 0.07 0.16 0.00 0.06 0.07 0.06 0.08 0.17 0.16 0.11
O3' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.15 0.02 0.18 0.04 0.16 0.07 0.14 0.20 0.06 0.00 0.18 0.02 0.21 0.41 0.32 0.24
O4 0.02 0.02 0.08 0.14 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.18 0.00 0.04 0.33 0.68 0.64 0.47
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04 0.09 0.06 0.02 0.04 0.00 0.12 0.24 0.33 0.26
O5' 0.10 0.17 0.13 0.19 0.31 0.01 0.38 0.01 0.34 0.20 0.23 0.13 0.08 0.21 0.33 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.39 0.17 0.24 0.61 0.16 0.62 0.24 0.48 0.35 0.51 0.34 0.17 0.41 0.68 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.31 0.20 0.25 0.57 0.20 0.65 0.24 0.53 0.34 0.42 0.24 0.16 0.32 0.64 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.27 0.13 0.16 0.44 0.08 0.50 0.02 0.43 0.29 0.34 0.23 0.11 0.24 0.47 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00