ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 30596

back

Distances from reference structure (by RMSD)

41, 13, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 18, 5, 25, 66, 4, 96,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.437, 1.118, 1.800, 2.626 max_d=2.626 avg_d=1.118 std_dev=0.681
N1 B 0, 0.213, 0.900, 1.587, 3.073 max_d=3.073 avg_d=0.900 std_dev=0.687
N1 A 0, 0.459, 1.163, 1.866, 2.917 max_d=2.917 avg_d=1.163 std_dev=0.704
N3 A 0, 0.448, 1.183, 1.918, 3.121 max_d=3.121 avg_d=1.183 std_dev=0.735
C4 A 0, -0.055, 0.813, 1.681, 3.752 max_d=3.752 avg_d=0.813 std_dev=0.868
C2 B 0, 0.398, 1.318, 2.238, 3.596 max_d=3.596 avg_d=1.318 std_dev=0.920
C6 B 0, 0.512, 1.516, 2.519, 3.759 max_d=3.759 avg_d=1.516 std_dev=1.004
O4' B 0, 0.624, 1.643, 2.662, 3.556 max_d=3.556 avg_d=1.643 std_dev=1.019
N2 A 0, 0.845, 1.942, 3.039, 3.964 max_d=3.964 avg_d=1.942 std_dev=1.097
N9 A 0, 0.079, 1.191, 2.303, 4.734 max_d=4.734 avg_d=1.191 std_dev=1.112
C1' B 0, 0.557, 1.673, 2.790, 3.799 max_d=3.799 avg_d=1.673 std_dev=1.117
C1' A 0, 0.576, 1.725, 2.874, 4.677 max_d=4.677 avg_d=1.725 std_dev=1.149
C5 A 0, 0.154, 1.464, 2.775, 4.538 max_d=4.538 avg_d=1.464 std_dev=1.310
O2 B 0, 0.820, 2.207, 3.594, 4.817 max_d=4.817 avg_d=2.207 std_dev=1.387
O4' A 0, 0.886, 2.278, 3.669, 6.054 max_d=6.054 avg_d=2.278 std_dev=1.392
N3 B 0, 0.151, 1.590, 3.029, 5.599 max_d=5.599 avg_d=1.590 std_dev=1.439
C5' B 0, 0.965, 2.407, 3.849, 5.703 max_d=5.703 avg_d=2.407 std_dev=1.442
C8 A 0, 0.588, 2.035, 3.481, 6.115 max_d=6.115 avg_d=2.035 std_dev=1.446
C4' B 0, 0.682, 2.153, 3.623, 5.051 max_d=5.051 avg_d=2.153 std_dev=1.470
C5 B 0, 0.363, 1.835, 3.307, 5.383 max_d=5.383 avg_d=1.835 std_dev=1.472
C6 A 0, 0.080, 1.560, 3.039, 4.244 max_d=4.244 avg_d=1.560 std_dev=1.480
C2' A 0, 0.512, 2.072, 3.632, 6.715 max_d=6.715 avg_d=2.072 std_dev=1.560
C4 B 0, 0.162, 1.727, 3.292, 6.599 max_d=6.599 avg_d=1.727 std_dev=1.565
C4' A 0, 1.035, 2.635, 4.236, 6.412 max_d=6.412 avg_d=2.635 std_dev=1.601
C3' A 0, 0.957, 2.589, 4.220, 6.151 max_d=6.151 avg_d=2.589 std_dev=1.631
C2' B 0, 1.000, 2.683, 4.366, 6.003 max_d=6.003 avg_d=2.683 std_dev=1.683
N7 A 0, 0.500, 2.304, 4.109, 6.142 max_d=6.142 avg_d=2.304 std_dev=1.804
C5' A 0, 1.036, 2.998, 4.960, 8.526 max_d=8.526 avg_d=2.998 std_dev=1.962
O5' B 0, 0.855, 2.853, 4.850, 6.259 max_d=6.259 avg_d=2.853 std_dev=1.997
C3' B 0, 0.884, 2.885, 4.887, 6.320 max_d=6.320 avg_d=2.885 std_dev=2.001
O2' A 0, 0.768, 2.935, 5.102, 7.790 max_d=7.790 avg_d=2.935 std_dev=2.167
O6 A 0, 0.193, 2.369, 4.546, 6.199 max_d=6.199 avg_d=2.369 std_dev=2.177
O3' A 0, 1.217, 3.418, 5.618, 7.060 max_d=7.060 avg_d=3.418 std_dev=2.200
N4 B 0, 0.450, 2.651, 4.852, 8.954 max_d=8.954 avg_d=2.651 std_dev=2.201
O5' A 0, 1.485, 3.782, 6.080, 9.248 max_d=9.248 avg_d=3.782 std_dev=2.297
O2' B 0, 1.433, 3.753, 6.072, 7.949 max_d=7.949 avg_d=3.753 std_dev=2.320
OP1 B 0, 1.907, 4.374, 6.842, 7.554 max_d=7.554 avg_d=4.374 std_dev=2.468
P B 0, 1.494, 3.972, 6.449, 7.609 max_d=7.609 avg_d=3.972 std_dev=2.477
P A 0, 1.560, 4.358, 7.155, 11.847 max_d=11.847 avg_d=4.358 std_dev=2.798
O3' B 0, 1.302, 4.105, 6.908, 8.739 max_d=8.739 avg_d=4.105 std_dev=2.803
OP2 B 0, 1.533, 4.443, 7.353, 8.924 max_d=8.924 avg_d=4.443 std_dev=2.910
OP1 A 0, 1.366, 4.441, 7.515, 12.890 max_d=12.890 avg_d=4.441 std_dev=3.074
OP2 A 0, 2.137, 5.470, 8.803, 12.863 max_d=12.863 avg_d=5.470 std_dev=3.333

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.35 0.01 0.38 0.02 0.44 0.63 0.29
C2 0.04 0.00 0.57 0.57 0.01 0.37 0.01 0.58 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.45 0.50 0.84 0.02 1.21 1.30 1.02
C2' 0.01 0.57 0.00 0.01 0.30 0.02 0.14 0.24 0.25 0.28 0.44 0.69 0.56 0.15 0.03 0.00 0.04 0.02 0.50 0.19 0.78 0.61 0.65
C3' 0.02 0.57 0.01 0.00 0.42 0.01 0.43 0.03 0.50 0.32 0.56 0.61 0.51 0.38 0.26 0.03 0.01 0.02 0.36 0.51 0.45 0.47 0.50
C4 0.02 0.01 0.30 0.42 0.00 0.17 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.22 0.26 0.63 0.01 0.83 1.07 0.63
C4' 0.01 0.37 0.02 0.01 0.17 0.00 0.15 0.01 0.18 0.32 0.28 0.47 0.35 0.27 0.11 0.32 0.04 0.01 0.02 0.18 0.24 0.34 0.10
C5 0.01 0.01 0.14 0.43 0.01 0.15 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.20 0.11 0.75 0.02 0.93 1.36 0.75
C5' 0.10 0.58 0.24 0.03 0.29 0.01 0.27 0.00 0.33 0.43 0.47 0.75 0.53 0.39 0.17 0.10 0.24 0.02 0.01 0.33 0.30 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.25 0.50 0.01 0.18 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.28 0.21 0.77 0.01 1.06 1.43 0.84
C8 0.01 0.01 0.28 0.32 0.01 0.32 0.01 0.43 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.55 0.20 0.28 0.99 0.03 0.90 1.50 0.91
N1 0.03 0.01 0.44 0.56 0.01 0.28 0.01 0.47 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.39 0.38 0.79 0.01 1.17 1.36 0.94
N2 0.05 0.01 0.69 0.61 0.01 0.47 0.01 0.75 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.65 0.57 0.60 1.01 0.03 1.45 1.52 1.29
N3 0.04 0.01 0.56 0.51 0.00 0.35 0.01 0.53 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.46 0.41 0.49 0.75 0.02 1.03 1.10 0.86
N7 0.01 0.01 0.15 0.38 0.01 0.27 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.50 0.20 0.15 0.97 0.03 0.99 1.65 0.95
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.22 0.13 0.02 0.62 0.02 0.65 1.00 0.52
O2' 0.02 0.46 0.00 0.03 0.18 0.32 0.27 0.10 0.24 0.55 0.30 0.65 0.46 0.50 0.22 0.00 0.07 0.24 0.27 0.29 0.59 0.56 0.48
O3' 0.35 0.45 0.04 0.01 0.22 0.04 0.20 0.24 0.28 0.20 0.39 0.57 0.41 0.20 0.13 0.07 0.00 0.25 0.30 0.29 0.41 0.47 0.41
O4' 0.01 0.50 0.02 0.02 0.26 0.01 0.11 0.02 0.21 0.28 0.38 0.60 0.49 0.15 0.02 0.24 0.25 0.00 0.41 0.15 0.29 0.71 0.38
O5' 0.38 0.84 0.50 0.36 0.63 0.02 0.75 0.01 0.77 0.99 0.79 1.01 0.75 0.97 0.62 0.27 0.30 0.41 0.00 0.83 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.19 0.51 0.01 0.18 0.02 0.33 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.29 0.29 0.15 0.83 0.00 1.11 1.59 0.92
OP1 0.44 1.21 0.78 0.45 0.83 0.24 0.93 0.30 1.06 0.90 1.17 1.45 1.03 0.99 0.65 0.59 0.41 0.29 0.02 1.11 0.00 0.01 0.01
OP2 0.63 1.30 0.61 0.47 1.07 0.34 1.36 0.40 1.43 1.50 1.36 1.52 1.10 1.65 1.00 0.56 0.47 0.71 0.02 1.59 0.01 0.00 0.01
P 0.29 1.02 0.65 0.50 0.63 0.10 0.75 0.02 0.84 0.91 0.94 1.29 0.86 0.95 0.52 0.48 0.41 0.38 0.01 0.92 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.14 2.43 2.20 1.81 3.04 1.49 3.08 1.14 2.74 2.38 2.75 3.35 2.30 2.68 2.03 1.73 0.87 0.70 1.06 0.51
C2 1.39 1.42 1.36 1.24 1.94 1.02 2.22 0.90 2.04 1.55 1.63 2.09 1.36 1.73 1.48 1.20 0.76 0.78 1.06 0.44
C2' 1.86 2.33 1.90 1.49 3.06 1.19 3.03 0.83 2.59 2.19 2.74 3.48 2.22 2.31 1.68 1.47 0.75 1.26 1.00 0.86
C3' 2.01 2.33 2.11 1.76 3.06 1.39 3.09 1.07 2.68 2.27 2.71 3.48 2.20 2.53 2.01 1.60 0.82 1.13 0.85 0.74
C4 1.95 2.08 1.93 1.61 2.59 1.38 2.72 1.03 2.48 2.11 2.33 2.78 1.96 2.44 1.89 1.62 0.89 0.79 1.12 0.53
C4' 2.38 2.59 2.53 2.18 3.20 1.76 3.26 1.44 2.94 2.58 2.89 3.54 2.44 2.99 2.45 1.94 1.07 0.74 0.92 0.55
C5 2.14 2.22 2.07 1.71 2.59 1.53 2.66 1.04 2.47 2.21 2.41 2.76 2.18 2.68 2.06 1.80 0.99 0.89 1.20 0.62
C5' 2.60 2.69 2.78 2.46 3.24 2.04 3.33 1.71 3.07 2.73 2.95 3.55 2.55 3.28 2.81 2.17 1.37 1.04 1.09 0.91
C6 2.05 2.01 1.92 1.62 2.30 1.50 2.41 1.00 2.28 2.03 2.15 2.44 2.04 2.51 2.00 1.78 1.03 0.97 1.24 0.65
C8 2.35 2.57 2.34 1.90 3.01 1.64 2.98 1.12 2.72 2.47 2.84 3.25 2.52 2.99 2.24 1.91 0.99 0.84 1.18 0.61
N1 1.57 1.50 1.46 1.29 1.89 1.18 2.13 0.88 2.00 1.60 1.66 2.02 1.52 1.95 1.64 1.40 0.90 0.90 1.19 0.56
N2 1.04 1.15 1.08 1.11 1.67 0.81 1.98 0.91 1.81 1.26 1.36 1.81 1.18 1.26 1.27 0.90 0.63 0.75 0.96 0.32
N3 1.66 1.78 1.68 1.47 2.35 1.19 2.56 1.00 2.33 1.87 2.03 2.53 1.65 2.05 1.67 1.39 0.79 0.74 1.03 0.45
N7 2.41 2.56 2.35 1.92 2.88 1.70 2.85 1.11 2.65 2.47 2.78 3.09 2.57 3.04 2.29 1.98 1.05 0.91 1.23 0.65
N9 2.14 2.36 2.15 1.76 2.90 1.50 2.94 1.09 2.66 2.32 2.65 3.14 2.24 2.70 2.04 1.74 0.91 0.77 1.12 0.55
O2' 1.98 2.55 1.98 1.53 3.36 1.28 3.31 0.98 2.79 2.38 3.00 3.82 2.44 2.34 1.63 1.59 0.76 1.23 1.04 0.86
O3' 2.17 2.55 2.24 1.93 3.31 1.60 3.35 1.40 2.91 2.48 2.94 3.74 2.40 2.57 2.14 1.80 0.88 0.97 0.74 0.61
O4' 2.48 2.66 2.63 2.26 3.20 1.87 3.27 1.55 3.00 2.67 2.92 3.47 2.51 3.10 2.50 2.05 1.24 0.61 1.25 0.71
O5' 2.75 2.88 2.94 2.66 3.45 2.19 3.52 1.84 3.26 2.92 3.16 3.74 2.72 3.41 2.99 2.32 1.66 1.39 1.21 1.24
O6 2.33 2.29 2.14 1.81 2.41 1.70 2.43 1.07 2.34 2.24 2.37 2.56 2.40 2.76 2.22 2.03 1.13 1.06 1.29 0.72
OP1 3.21 3.30 3.33 3.14 3.81 2.79 3.88 2.53 3.66 3.35 3.56 4.09 3.13 3.81 3.52 2.86 2.25 2.01 1.62 1.83
OP2 2.87 2.88 3.06 2.87 3.33 2.44 3.45 2.13 3.26 2.95 3.09 3.59 2.79 3.55 3.20 2.49 2.17 2.13 1.78 1.96
P 2.97 3.00 3.14 2.95 3.51 2.53 3.61 2.22 3.40 3.07 3.25 3.79 2.85 3.63 3.32 2.59 2.05 1.86 1.52 1.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.34 0.01 0.25 0.30 0.50 0.25
C2 0.02 0.00 0.20 0.29 0.01 0.32 0.02 0.65 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.30 0.29 0.48 0.69 0.78 0.60
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.07 0.01 0.12 0.22 0.16 0.03 0.16 0.08 0.34 0.00 0.04 0.02 0.33 0.42 0.30 0.25
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.34 0.01 0.48 0.02 0.48 0.21 0.29 0.37 0.52 0.02 0.01 0.03 0.42 0.55 0.20 0.29
C4 0.02 0.01 0.07 0.34 0.00 0.14 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.21 0.03 0.80 0.83 1.58 0.98
C4' 0.02 0.32 0.01 0.01 0.14 0.00 0.39 0.01 0.45 0.09 0.24 0.15 0.67 0.29 0.03 0.01 0.02 0.28 0.46 0.11
C5 0.02 0.02 0.12 0.48 0.01 0.39 0.00 0.60 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.22 0.22 1.24 1.21 2.00 1.44
C5' 0.09 0.65 0.22 0.02 0.27 0.01 0.60 0.00 0.66 0.16 0.55 0.30 1.23 0.09 0.22 0.02 0.01 0.38 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.48 0.01 0.45 0.00 0.66 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.21 0.30 1.22 1.10 1.71 1.32
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.18 0.01 0.54 0.52 0.91 0.58
N3 0.02 0.00 0.16 0.29 0.00 0.24 0.01 0.55 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.28 0.22 0.52 0.71 1.10 0.70
N4 0.02 0.01 0.08 0.37 0.00 0.15 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.36 0.25 0.04 0.85 0.93 1.79 1.09
O2 0.05 0.01 0.34 0.52 0.01 0.67 0.02 1.23 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.24 0.47 0.52 0.95 1.20 0.93 1.10
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.33 0.29 0.42 0.09 0.38 0.20 0.23 0.36 0.24 0.00 0.08 0.19 0.17 0.28 0.61 0.23
O3' 0.34 0.30 0.04 0.01 0.21 0.03 0.22 0.22 0.21 0.18 0.28 0.25 0.47 0.08 0.00 0.23 0.35 0.59 0.44 0.25
O4' 0.01 0.29 0.02 0.03 0.03 0.01 0.22 0.02 0.30 0.01 0.22 0.04 0.52 0.19 0.23 0.00 0.34 0.28 0.56 0.30
O5' 0.25 0.48 0.33 0.42 0.80 0.02 1.24 0.01 1.22 0.54 0.52 0.85 0.95 0.17 0.35 0.34 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.69 0.42 0.55 0.83 0.28 1.21 0.38 1.10 0.52 0.71 0.93 1.20 0.28 0.59 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 0.78 0.30 0.20 1.58 0.46 2.00 0.42 1.71 0.91 1.10 1.79 0.93 0.61 0.44 0.56 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.60 0.25 0.29 0.98 0.11 1.44 0.02 1.32 0.58 0.70 1.09 1.10 0.23 0.25 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00