ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 30597

back

Distances from reference structure (by RMSD)

9, 53, 75, 60, 47, 44, 13, 6, 13, 32, 11, 8, 0, 0, 0, 0, 7, 2, 1, 119,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, -0.023, 0.634, 1.290, 3.166 max_d=3.166 avg_d=0.634 std_dev=0.656
C2 A 0, 0.000, 0.671, 1.341, 3.285 max_d=3.285 avg_d=0.671 std_dev=0.670
C4 B 0, -0.123, 0.588, 1.299, 3.163 max_d=3.163 avg_d=0.588 std_dev=0.711
N1 A 0, -0.040, 0.683, 1.406, 3.236 max_d=3.236 avg_d=0.683 std_dev=0.723
N3 B 0, -0.036, 0.733, 1.503, 3.325 max_d=3.325 avg_d=0.733 std_dev=0.770
C1' B 0, -0.105, 0.696, 1.496, 4.186 max_d=4.186 avg_d=0.696 std_dev=0.800
N2 A 0, 0.101, 0.906, 1.710, 4.597 max_d=4.597 avg_d=0.906 std_dev=0.805
C4 A 0, -0.133, 0.680, 1.493, 3.711 max_d=3.711 avg_d=0.680 std_dev=0.813
N3 A 0, -0.038, 0.783, 1.605, 4.026 max_d=4.026 avg_d=0.783 std_dev=0.822
C5 A 0, 0.005, 0.838, 1.672, 3.873 max_d=3.873 avg_d=0.838 std_dev=0.833
O4' B 0, 0.124, 1.025, 1.926, 3.971 max_d=3.971 avg_d=1.025 std_dev=0.901
C6 A 0, -0.050, 0.890, 1.831, 4.462 max_d=4.462 avg_d=0.890 std_dev=0.941
N9 A 0, -0.096, 0.895, 1.886, 4.751 max_d=4.751 avg_d=0.895 std_dev=0.991
C8 B 0, 0.022, 1.020, 2.018, 5.282 max_d=5.282 avg_d=1.020 std_dev=0.998
C8 A 0, 0.042, 1.057, 2.071, 4.739 max_d=4.739 avg_d=1.057 std_dev=1.015
N7 A 0, 0.098, 1.129, 2.160, 5.285 max_d=5.285 avg_d=1.129 std_dev=1.031
O5' B 0, 0.367, 1.450, 2.533, 5.067 max_d=5.067 avg_d=1.450 std_dev=1.083
C4' B 0, 0.220, 1.307, 2.393, 5.226 max_d=5.226 avg_d=1.307 std_dev=1.087
C2' B 0, -0.097, 0.995, 2.087, 5.189 max_d=5.189 avg_d=0.995 std_dev=1.092
C5 B 0, -0.194, 0.914, 2.021, 4.684 max_d=4.684 avg_d=0.914 std_dev=1.107
C2 B 0, -0.068, 1.052, 2.173, 4.822 max_d=4.822 avg_d=1.052 std_dev=1.120
C3' B 0, 0.134, 1.254, 2.375, 6.002 max_d=6.002 avg_d=1.254 std_dev=1.121
N7 B 0, -0.069, 1.181, 2.430, 6.200 max_d=6.200 avg_d=1.181 std_dev=1.250
OP2 B 0, 0.426, 1.678, 2.930, 6.598 max_d=6.598 avg_d=1.678 std_dev=1.252
P B 0, 0.406, 1.663, 2.920, 6.463 max_d=6.463 avg_d=1.663 std_dev=1.257
C1' A 0, -0.072, 1.221, 2.513, 6.580 max_d=6.580 avg_d=1.221 std_dev=1.293
C5' B 0, 0.361, 1.671, 2.982, 5.499 max_d=5.499 avg_d=1.671 std_dev=1.311
O6 A 0, -0.130, 1.227, 2.584, 6.486 max_d=6.486 avg_d=1.227 std_dev=1.357
N1 B 0, -0.162, 1.248, 2.657, 5.893 max_d=5.893 avg_d=1.248 std_dev=1.409
O4' A 0, 0.108, 1.533, 2.958, 7.024 max_d=7.024 avg_d=1.533 std_dev=1.425
C3' A 0, 0.436, 1.863, 3.291, 8.655 max_d=8.655 avg_d=1.863 std_dev=1.428
C6 B 0, -0.240, 1.198, 2.635, 6.380 max_d=6.380 avg_d=1.198 std_dev=1.438
O2' B 0, -0.138, 1.334, 2.807, 7.382 max_d=7.382 avg_d=1.334 std_dev=1.472
C2' A 0, 0.183, 1.689, 3.194, 7.990 max_d=7.990 avg_d=1.689 std_dev=1.506
O3' B 0, 0.099, 1.647, 3.196, 8.594 max_d=8.594 avg_d=1.647 std_dev=1.548
C4' A 0, 0.342, 1.911, 3.480, 8.439 max_d=8.439 avg_d=1.911 std_dev=1.569
OP1 B 0, 0.442, 2.018, 3.595, 8.381 max_d=8.381 avg_d=2.018 std_dev=1.576
O5' A 0, 0.554, 2.182, 3.811, 7.597 max_d=7.597 avg_d=2.182 std_dev=1.628
C5' A 0, 0.521, 2.230, 3.940, 8.334 max_d=8.334 avg_d=2.230 std_dev=1.709
O3' A 0, 0.606, 2.362, 4.117, 10.284 max_d=10.284 avg_d=2.362 std_dev=1.756
N6 B 0, -0.259, 1.621, 3.502, 8.962 max_d=8.962 avg_d=1.621 std_dev=1.881
O2' A 0, 0.332, 2.260, 4.188, 9.381 max_d=9.381 avg_d=2.260 std_dev=1.928
P A 0, 0.747, 2.847, 4.946, 8.026 max_d=8.026 avg_d=2.847 std_dev=2.099
OP2 A 0, 0.584, 2.949, 5.315, 10.166 max_d=10.166 avg_d=2.949 std_dev=2.366
OP1 A 0, 1.017, 3.485, 5.953, 10.106 max_d=10.106 avg_d=3.485 std_dev=2.468

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.33 0.01 0.31 0.03 0.32 0.48 0.30
C2 0.05 0.00 0.40 0.30 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.34 0.31 0.35 0.02 0.44 0.65 0.42
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.22 0.02 0.13 0.22 0.21 0.18 0.33 0.48 0.38 0.10 0.04 0.01 0.03 0.02 0.44 0.18 0.44 0.58 0.45
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.29 0.01 0.39 0.02 0.41 0.36 0.37 0.29 0.25 0.42 0.25 0.03 0.01 0.03 0.25 0.45 0.28 0.30 0.16
C4 0.02 0.01 0.22 0.29 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.19 0.16 0.45 0.02 0.47 0.71 0.44
C4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.10 0.26 0.11 0.24 0.16 0.24 0.10 0.31 0.04 0.01 0.02 0.14 0.21 0.27 0.17
C5 0.02 0.01 0.13 0.39 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.19 0.08 0.61 0.02 0.67 0.94 0.64
C5' 0.09 0.25 0.22 0.02 0.17 0.01 0.21 0.00 0.21 0.30 0.22 0.31 0.24 0.30 0.14 0.10 0.22 0.02 0.01 0.25 0.24 0.27 0.02
C6 0.03 0.01 0.21 0.41 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.23 0.23 0.14 0.59 0.01 0.66 0.94 0.61
C8 0.02 0.01 0.18 0.36 0.01 0.26 0.01 0.30 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.45 0.20 0.18 0.76 0.03 0.82 1.04 0.81
N1 0.04 0.01 0.33 0.37 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.27 0.24 0.45 0.01 0.51 0.77 0.47
N2 0.06 0.01 0.48 0.29 0.01 0.24 0.02 0.31 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.41 0.44 0.38 0.31 0.03 0.50 0.64 0.48
N3 0.05 0.01 0.38 0.25 0.01 0.16 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.35 0.31 0.33 0.02 0.41 0.60 0.40
N7 0.01 0.01 0.10 0.42 0.01 0.24 0.00 0.30 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.44 0.26 0.10 0.79 0.03 0.91 1.18 0.88
N9 0.01 0.02 0.04 0.25 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.12 0.02 0.50 0.02 0.49 0.70 0.47
O2' 0.02 0.27 0.01 0.03 0.13 0.31 0.26 0.10 0.23 0.45 0.18 0.41 0.27 0.44 0.21 0.00 0.07 0.21 0.36 0.29 0.36 0.63 0.39
O3' 0.33 0.34 0.03 0.01 0.19 0.04 0.19 0.22 0.23 0.20 0.27 0.44 0.35 0.26 0.12 0.07 0.00 0.24 0.33 0.28 0.56 0.41 0.33
O4' 0.01 0.31 0.02 0.03 0.16 0.01 0.08 0.02 0.14 0.18 0.24 0.38 0.31 0.10 0.02 0.21 0.24 0.00 0.22 0.11 0.26 0.39 0.25
O5' 0.31 0.35 0.44 0.25 0.45 0.02 0.61 0.01 0.59 0.76 0.45 0.31 0.33 0.79 0.50 0.36 0.33 0.22 0.00 0.67 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.18 0.45 0.02 0.14 0.02 0.25 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.29 0.28 0.11 0.67 0.00 0.79 1.08 0.73
OP1 0.32 0.44 0.44 0.28 0.47 0.21 0.67 0.24 0.66 0.82 0.51 0.50 0.41 0.91 0.49 0.36 0.56 0.26 0.02 0.79 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 0.65 0.58 0.30 0.71 0.27 0.94 0.27 0.94 1.04 0.77 0.64 0.60 1.18 0.70 0.63 0.41 0.39 0.03 1.08 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.42 0.45 0.16 0.44 0.17 0.64 0.02 0.61 0.81 0.47 0.48 0.40 0.88 0.47 0.39 0.33 0.25 0.01 0.73 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.40 2.60 1.26 0.98 2.05 1.02 2.34 0.85 2.86 1.62 2.93 2.20 3.30 2.04 1.63 1.35 1.13 1.25 0.68 0.66 0.45 0.39
C2 1.09 1.87 1.07 0.74 1.62 0.84 1.88 0.78 2.14 1.39 2.08 1.65 2.41 1.81 1.33 1.09 0.74 1.05 0.65 0.64 0.51 0.38
C2' 1.49 2.69 1.38 1.15 2.11 1.17 2.35 1.02 2.88 1.61 2.99 2.29 3.25 2.01 1.68 1.44 1.29 1.35 0.92 0.93 0.79 0.76
C3' 1.31 2.54 1.17 0.94 1.91 1.01 2.14 0.88 2.68 1.44 2.85 2.12 3.04 1.82 1.49 1.27 1.13 1.19 0.75 0.80 0.65 0.58
C4 1.26 2.23 1.19 0.83 1.86 0.92 2.16 0.81 2.54 1.57 2.52 1.92 2.92 2.00 1.52 1.27 0.90 1.15 0.67 0.68 0.54 0.43
C4' 1.42 2.71 1.27 1.04 2.04 1.07 2.28 0.93 2.85 1.58 3.04 2.26 3.24 1.96 1.62 1.38 1.24 1.27 0.75 0.68 0.50 0.44
C5 1.29 2.22 1.29 0.88 1.85 0.96 2.14 0.86 2.50 1.60 2.49 1.91 2.86 2.01 1.53 1.43 0.92 1.15 0.71 0.76 0.66 0.53
C5' 1.41 2.71 1.28 1.04 2.02 1.07 2.26 0.95 2.83 1.60 3.02 2.24 3.21 1.96 1.61 1.42 1.24 1.26 0.78 0.75 0.59 0.52
C6 1.29 2.08 1.36 0.95 1.77 1.00 2.03 0.91 2.35 1.54 2.32 1.83 2.66 1.92 1.48 1.50 0.94 1.16 0.76 0.81 0.75 0.61
C8 1.35 2.45 1.29 0.90 1.97 0.97 2.27 0.85 2.72 1.66 2.76 2.07 3.14 2.08 1.60 1.45 1.01 1.19 0.69 0.73 0.60 0.49
N1 1.16 1.88 1.23 0.85 1.61 0.92 1.85 0.85 2.12 1.40 2.08 1.65 2.39 1.77 1.34 1.31 0.82 1.07 0.73 0.74 0.68 0.53
N2 0.99 1.67 0.98 0.71 1.46 0.80 1.69 0.75 1.87 1.31 1.81 1.50 2.07 1.72 1.21 0.93 0.70 0.99 0.63 0.59 0.47 0.29
N3 1.21 2.12 1.11 0.81 1.80 0.90 2.10 0.80 2.44 1.51 2.38 1.85 2.78 1.97 1.47 1.14 0.86 1.14 0.65 0.63 0.46 0.36
N7 1.36 2.37 1.35 0.93 1.94 1.00 2.23 0.88 2.64 1.66 2.66 2.03 3.03 2.08 1.60 1.53 1.00 1.20 0.72 0.79 0.68 0.56
N9 1.33 2.42 1.23 0.88 1.96 0.96 2.26 0.83 2.72 1.62 2.74 2.06 3.14 2.05 1.58 1.33 1.00 1.19 0.67 0.68 0.52 0.42
O2' 1.67 3.00 1.58 1.36 2.34 1.32 2.55 1.09 3.13 1.72 3.30 2.57 3.47 2.13 1.86 1.63 1.51 1.49 0.97 0.91 0.72 0.73
O3' 1.37 2.56 1.21 1.07 1.92 1.12 2.11 1.00 2.63 1.48 2.83 2.14 2.95 1.81 1.53 1.28 1.25 1.27 0.85 0.77 0.62 0.58
O4' 1.47 2.70 1.32 1.06 2.10 1.11 2.37 0.98 2.92 1.69 3.04 2.27 3.35 2.07 1.69 1.43 1.23 1.33 0.81 0.75 0.59 0.54
O5' 1.33 2.51 1.21 0.94 1.92 0.99 2.18 0.91 2.69 1.59 2.83 2.08 3.08 1.96 1.55 1.37 1.12 1.18 0.74 0.74 0.65 0.54
O6 1.42 2.17 1.54 1.12 1.83 1.13 2.07 1.01 2.40 1.58 2.39 1.92 2.71 1.94 1.56 1.72 1.10 1.26 0.85 0.91 0.84 0.71
OP1 1.37 2.40 1.30 1.16 1.86 1.19 2.12 1.17 2.57 1.65 2.71 1.99 2.94 1.96 1.56 1.45 1.37 1.29 0.94 0.93 0.75 0.69
OP2 1.47 2.42 1.43 1.20 1.94 1.23 2.20 1.19 2.61 1.75 2.70 2.05 2.98 2.07 1.66 1.63 1.35 1.34 1.04 1.00 0.99 0.88
P 1.39 2.42 1.32 1.14 1.90 1.18 2.17 1.15 2.62 1.69 2.73 2.02 3.00 2.02 1.60 1.49 1.32 1.29 0.94 0.88 0.80 0.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.25 0.01 0.21 0.32 0.37 0.22
C2 0.04 0.00 0.37 0.37 0.01 0.32 0.01 0.58 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.34 0.43 0.32 0.66 0.97 1.14 0.87
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.19 0.02 0.10 0.15 0.17 0.18 0.29 0.37 0.13 0.10 0.02 0.01 0.03 0.02 0.35 0.45 0.50 0.35
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.27 0.01 0.32 0.03 0.34 0.37 0.36 0.34 0.37 0.38 0.21 0.02 0.01 0.02 0.30 0.31 0.36 0.22
C4 0.02 0.01 0.19 0.27 0.00 0.14 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.22 0.17 0.45 0.60 0.83 0.58
C4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.14 0.00 0.14 0.01 0.16 0.30 0.24 0.31 0.17 0.25 0.10 0.25 0.03 0.00 0.02 0.31 0.25 0.15
C5 0.01 0.01 0.10 0.32 0.01 0.14 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.19 0.08 0.56 0.72 1.04 0.75
C5' 0.07 0.58 0.15 0.03 0.30 0.01 0.31 0.00 0.37 0.44 0.48 0.54 0.37 0.42 0.19 0.11 0.17 0.02 0.01 0.24 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.34 0.01 0.16 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.25 0.15 0.59 0.83 1.17 0.83
C8 0.02 0.01 0.18 0.37 0.01 0.30 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.36 0.24 0.19 0.71 0.74 0.94 0.82
N1 0.03 0.00 0.29 0.36 0.01 0.24 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.36 0.25 0.62 0.92 1.20 0.87
N3 0.04 0.00 0.37 0.34 0.01 0.31 0.01 0.54 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.41 0.32 0.58 0.82 0.94 0.72
N6 0.02 0.02 0.13 0.37 0.01 0.17 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.29 0.26 0.10 0.65 0.93 1.30 0.94
N7 0.02 0.01 0.10 0.38 0.01 0.25 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.35 0.24 0.10 0.72 0.86 1.16 0.93
N9 0.01 0.02 0.02 0.21 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.10 0.01 0.41 0.44 0.64 0.47
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.20 0.25 0.25 0.11 0.26 0.36 0.29 0.32 0.29 0.35 0.18 0.00 0.06 0.18 0.24 0.51 0.46 0.33
O3' 0.25 0.43 0.03 0.01 0.22 0.03 0.19 0.17 0.25 0.24 0.36 0.41 0.26 0.24 0.10 0.06 0.00 0.17 0.33 0.49 0.41 0.31
O4' 0.01 0.32 0.02 0.02 0.17 0.00 0.08 0.02 0.15 0.19 0.25 0.32 0.10 0.10 0.01 0.18 0.17 0.00 0.16 0.34 0.34 0.23
O5' 0.21 0.66 0.35 0.30 0.45 0.02 0.56 0.01 0.59 0.71 0.62 0.58 0.65 0.72 0.41 0.24 0.33 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.97 0.45 0.31 0.60 0.31 0.72 0.24 0.83 0.74 0.92 0.82 0.93 0.86 0.44 0.51 0.49 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 1.14 0.50 0.36 0.83 0.25 1.04 0.25 1.17 0.94 1.20 0.94 1.30 1.16 0.64 0.46 0.41 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.87 0.35 0.22 0.58 0.15 0.75 0.02 0.83 0.82 0.87 0.72 0.94 0.93 0.47 0.33 0.31 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00