ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 30598

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 3, 5, 5, 6, 11, 9, 55, 11, 30, 34, 288,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.915, 1.507, 2.100, 2.618 max_d=2.618 avg_d=1.507 std_dev=0.593
C2 A 0, 1.076, 1.712, 2.348, 2.992 max_d=2.992 avg_d=1.712 std_dev=0.636
C1' B 0, 1.161, 1.798, 2.435, 3.050 max_d=3.050 avg_d=1.798 std_dev=0.637
N1 A 0, 1.223, 1.871, 2.518, 3.290 max_d=3.290 avg_d=1.871 std_dev=0.648
N9 B 0, 0.713, 1.398, 2.082, 3.092 max_d=3.092 avg_d=1.398 std_dev=0.685
N3 A 0, 1.182, 1.887, 2.593, 3.417 max_d=3.417 avg_d=1.887 std_dev=0.705
N2 A 0, 1.746, 2.479, 3.213, 4.131 max_d=4.131 avg_d=2.479 std_dev=0.734
C4 A 0, 0.920, 1.658, 2.397, 2.998 max_d=2.998 avg_d=1.658 std_dev=0.738
C2' B 0, 1.889, 2.643, 3.396, 4.752 max_d=4.752 avg_d=2.643 std_dev=0.753
C5 B 0, 1.704, 2.497, 3.290, 4.291 max_d=4.291 avg_d=2.497 std_dev=0.793
N9 A 0, 1.210, 2.069, 2.927, 3.740 max_d=3.740 avg_d=2.069 std_dev=0.859
C6 B 0, 2.236, 3.128, 4.020, 4.915 max_d=4.915 avg_d=3.128 std_dev=0.892
N3 B 0, 1.125, 2.020, 2.916, 4.272 max_d=4.272 avg_d=2.020 std_dev=0.895
O4' B 0, 1.259, 2.258, 3.256, 3.986 max_d=3.986 avg_d=2.258 std_dev=0.999
OP2 B 0, 2.063, 3.065, 4.066, 6.430 max_d=6.430 avg_d=3.065 std_dev=1.002
C8 A 0, 1.654, 2.684, 3.714, 4.563 max_d=4.563 avg_d=2.684 std_dev=1.030
O4' A 0, 2.096, 3.158, 4.219, 6.324 max_d=6.324 avg_d=3.158 std_dev=1.061
C1' A 0, 1.668, 2.740, 3.811, 4.561 max_d=4.561 avg_d=2.740 std_dev=1.072
C8 B 0, 1.425, 2.498, 3.572, 5.603 max_d=5.603 avg_d=2.498 std_dev=1.074
C5 A 0, 1.071, 2.178, 3.285, 4.123 max_d=4.123 avg_d=2.178 std_dev=1.107
N7 B 0, 2.183, 3.303, 4.424, 6.497 max_d=6.497 avg_d=3.303 std_dev=1.120
O6 B 0, 3.172, 4.329, 5.486, 6.227 max_d=6.227 avg_d=4.329 std_dev=1.157
N1 B 0, 1.428, 2.637, 3.846, 4.997 max_d=4.997 avg_d=2.637 std_dev=1.209
C2 B 0, 1.155, 2.399, 3.643, 5.054 max_d=5.054 avg_d=2.399 std_dev=1.244
C6 A 0, 1.107, 2.408, 3.709, 4.747 max_d=4.747 avg_d=2.408 std_dev=1.301
C3' B 0, 2.118, 3.421, 4.724, 5.513 max_d=5.513 avg_d=3.421 std_dev=1.303
C4' B 0, 1.744, 3.167, 4.591, 5.666 max_d=5.666 avg_d=3.167 std_dev=1.423
N7 A 0, 1.545, 2.989, 4.432, 5.315 max_d=5.315 avg_d=2.989 std_dev=1.443
OP1 B 0, 1.711, 3.199, 4.687, 6.556 max_d=6.556 avg_d=3.199 std_dev=1.488
P B 0, 1.400, 2.907, 4.413, 6.647 max_d=6.647 avg_d=2.907 std_dev=1.507
N2 B 0, 1.953, 3.502, 5.050, 7.150 max_d=7.150 avg_d=3.502 std_dev=1.549
C2' A 0, 2.162, 3.726, 5.291, 6.216 max_d=6.216 avg_d=3.726 std_dev=1.564
O2' B 0, 1.525, 3.095, 4.665, 7.201 max_d=7.201 avg_d=3.095 std_dev=1.570
C4' A 0, 2.328, 3.936, 5.544, 8.028 max_d=8.028 avg_d=3.936 std_dev=1.608
O3' B 0, 2.933, 4.697, 6.462, 7.348 max_d=7.348 avg_d=4.697 std_dev=1.764
C3' A 0, 2.362, 4.129, 5.896, 7.519 max_d=7.519 avg_d=4.129 std_dev=1.767
O5' B 0, 1.116, 2.907, 4.698, 7.048 max_d=7.048 avg_d=2.907 std_dev=1.791
O6 A 0, 1.502, 3.420, 5.338, 6.971 max_d=6.971 avg_d=3.420 std_dev=1.918
C5' B 0, 1.586, 3.506, 5.427, 7.642 max_d=7.642 avg_d=3.506 std_dev=1.920
C5' A 0, 2.444, 4.508, 6.572, 9.393 max_d=9.393 avg_d=4.508 std_dev=2.064
O2' A 0, 2.664, 4.789, 6.913, 8.634 max_d=8.634 avg_d=4.789 std_dev=2.125
O3' A 0, 2.979, 5.133, 7.288, 9.471 max_d=9.471 avg_d=5.133 std_dev=2.154
OP2 A 0, 3.827, 6.012, 8.198, 10.596 max_d=10.596 avg_d=6.012 std_dev=2.185
O5' A 0, 2.168, 4.366, 6.563, 9.876 max_d=9.876 avg_d=4.366 std_dev=2.197
P A 0, 2.984, 5.541, 8.098, 11.011 max_d=11.011 avg_d=5.541 std_dev=2.557
OP1 A 0, 3.256, 6.376, 9.496, 12.984 max_d=12.984 avg_d=6.376 std_dev=3.120

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.34 0.01 0.29 0.03 0.43 0.38 0.25
C2 0.05 0.00 0.38 0.48 0.01 0.79 0.01 1.57 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.36 0.61 1.51 0.02 2.10 2.25 1.93
C2' 0.00 0.38 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.25 0.18 0.18 0.30 0.46 0.38 0.10 0.03 0.01 0.03 0.02 0.42 0.15 0.61 0.65 0.49
C3' 0.02 0.48 0.01 0.00 0.26 0.01 0.34 0.03 0.34 0.55 0.37 0.63 0.46 0.52 0.25 0.02 0.01 0.02 0.35 0.39 0.33 0.55 0.33
C4 0.02 0.01 0.20 0.26 0.00 0.34 0.01 0.73 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.18 0.31 0.51 0.02 0.81 0.87 0.59
C4' 0.01 0.79 0.02 0.01 0.34 0.00 0.15 0.01 0.29 0.47 0.58 1.02 0.76 0.33 0.09 0.33 0.03 0.01 0.02 0.20 0.28 0.31 0.11
C5 0.02 0.01 0.11 0.34 0.01 0.15 0.00 0.42 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.16 0.13 0.45 0.02 0.65 0.80 0.44
C5' 0.12 1.57 0.25 0.03 0.73 0.01 0.42 0.00 0.70 0.62 1.21 1.99 1.44 0.43 0.18 0.12 0.25 0.02 0.01 0.55 0.39 0.39 0.02
C6 0.02 0.02 0.18 0.34 0.01 0.29 0.01 0.70 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.25 0.19 0.25 0.53 0.01 0.89 1.02 0.65
C8 0.02 0.01 0.18 0.55 0.01 0.47 0.01 0.62 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.46 0.25 0.32 1.26 0.02 1.31 1.44 1.33
N1 0.04 0.01 0.30 0.37 0.02 0.58 0.01 1.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.25 0.46 1.06 0.01 1.61 1.73 1.40
N2 0.06 0.01 0.46 0.63 0.02 1.02 0.02 1.99 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.48 0.49 0.73 2.11 0.03 2.96 3.16 2.76
N3 0.04 0.01 0.38 0.46 0.01 0.76 0.01 1.44 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.34 0.38 0.61 1.33 0.02 1.73 1.84 1.59
N7 0.01 0.01 0.10 0.52 0.01 0.33 0.00 0.43 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.44 0.28 0.18 1.06 0.03 1.16 1.39 1.15
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.09 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.21 0.12 0.02 0.47 0.02 0.56 0.58 0.41
O2' 0.02 0.35 0.01 0.02 0.19 0.33 0.27 0.12 0.25 0.46 0.26 0.48 0.34 0.44 0.21 0.00 0.06 0.23 0.37 0.30 0.55 0.71 0.46
O3' 0.34 0.36 0.03 0.01 0.18 0.03 0.16 0.25 0.19 0.25 0.25 0.49 0.38 0.28 0.12 0.06 0.00 0.26 0.37 0.25 0.56 0.54 0.37
O4' 0.01 0.61 0.02 0.02 0.31 0.01 0.13 0.02 0.25 0.32 0.46 0.73 0.61 0.18 0.02 0.23 0.26 0.00 0.31 0.18 0.43 0.34 0.33
O5' 0.29 1.51 0.42 0.35 0.51 0.02 0.45 0.01 0.53 1.26 1.06 2.11 1.33 1.06 0.47 0.37 0.37 0.31 0.00 0.49 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.39 0.02 0.20 0.02 0.55 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.30 0.25 0.18 0.49 0.00 0.78 1.00 0.57
OP1 0.43 2.10 0.61 0.33 0.81 0.28 0.65 0.39 0.89 1.31 1.61 2.96 1.73 1.16 0.56 0.55 0.56 0.43 0.03 0.78 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 2.25 0.65 0.55 0.87 0.31 0.80 0.39 1.02 1.44 1.73 3.16 1.84 1.39 0.58 0.71 0.54 0.34 0.02 1.00 0.01 0.00 0.01
P 0.25 1.93 0.49 0.33 0.59 0.11 0.44 0.02 0.65 1.33 1.40 2.76 1.59 1.15 0.41 0.46 0.37 0.33 0.01 0.57 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.63 4.50 2.75 2.40 3.63 1.84 3.88 1.46 4.43 3.05 4.67 4.88 3.95 3.55 3.05 2.66 2.52 2.17 0.95 4.70 1.01 0.97 0.44
C2 1.96 3.42 1.94 1.70 2.96 1.23 3.27 1.07 3.60 2.71 3.63 3.52 3.05 3.17 2.50 1.73 1.59 1.61 0.82 3.77 1.04 1.05 0.43
C2' 2.90 4.51 2.94 2.63 3.73 2.22 3.93 1.79 4.44 3.18 4.66 4.86 4.04 3.62 3.21 2.87 2.77 2.54 1.24 4.70 0.94 0.99 0.59
C3' 2.90 4.37 3.11 2.85 3.59 2.31 3.78 1.83 4.29 3.09 4.53 4.75 3.90 3.48 3.13 3.16 3.17 2.49 1.33 4.57 1.27 1.10 0.79
C4 2.19 4.07 2.26 1.96 3.34 1.39 3.71 1.20 4.22 2.92 4.36 4.29 3.52 3.48 2.77 2.08 1.95 1.74 0.85 4.49 1.11 1.09 0.52
C4' 2.92 4.28 3.30 3.03 3.52 2.34 3.68 1.86 4.17 3.09 4.42 4.69 3.82 3.42 3.12 3.40 3.40 2.41 1.52 4.43 1.73 1.26 1.16
C5 1.97 4.00 2.02 1.74 3.26 1.18 3.76 1.12 4.36 2.89 4.43 4.16 3.37 3.54 2.65 1.86 1.73 1.48 0.87 4.72 1.27 1.23 0.70
C5' 3.36 4.16 3.84 3.71 3.63 3.02 3.77 2.64 4.13 3.47 4.31 4.50 3.80 3.64 3.43 3.96 4.11 2.91 2.48 4.38 2.67 2.11 2.21
C6 1.77 3.68 1.75 1.52 3.07 1.05 3.62 1.08 4.19 2.79 4.16 3.75 3.09 3.46 2.48 1.62 1.49 1.32 0.92 4.57 1.37 1.31 0.82
C8 2.22 4.37 2.33 2.00 3.48 1.40 3.92 1.23 4.59 2.99 4.76 4.67 3.69 3.63 2.83 2.21 2.06 1.70 0.87 4.98 1.20 1.17 0.62
N1 1.73 3.37 1.67 1.45 2.89 1.00 3.35 0.98 3.76 2.69 3.72 3.42 2.91 3.26 2.39 1.50 1.35 1.34 0.86 4.03 1.26 1.22 0.69
N2 1.91 2.98 1.85 1.65 2.66 1.31 2.87 1.12 3.07 2.51 3.08 3.07 2.74 2.84 2.33 1.65 1.49 1.68 0.85 3.19 0.93 0.98 0.30
N3 2.25 3.83 2.29 2.02 3.23 1.50 3.51 1.25 3.89 2.85 4.01 4.02 3.41 3.32 2.74 2.10 1.99 1.87 0.87 4.08 1.01 0.99 0.40
N7 2.02 4.20 2.10 1.81 3.37 1.23 3.89 1.18 4.58 2.93 4.69 4.42 3.50 3.62 2.70 1.98 1.84 1.50 0.88 5.02 1.30 1.26 0.74
N9 2.36 4.34 2.47 2.14 3.50 1.55 3.85 1.29 4.42 2.99 4.62 4.65 3.74 3.56 2.89 2.33 2.19 1.88 0.88 4.73 1.10 1.07 0.51
O2' 3.13 4.77 3.04 2.71 3.97 2.43 4.13 2.00 4.64 3.33 4.88 5.14 4.33 3.77 3.42 2.94 2.79 2.83 1.36 4.88 0.85 1.01 0.71
O3' 2.87 4.36 3.09 2.83 3.56 2.30 3.73 1.80 4.26 3.02 4.51 4.76 3.89 3.41 3.08 3.16 3.19 2.46 1.15 4.54 1.18 1.12 0.67
O4' 2.65 4.34 2.98 2.65 3.49 1.92 3.71 1.48 4.24 2.99 4.51 4.76 3.81 3.41 2.99 3.02 2.91 2.09 1.16 4.52 1.54 1.09 0.85
O5' 3.42 4.03 3.91 3.89 3.53 3.27 3.66 2.93 4.02 3.45 4.20 4.36 3.68 3.57 3.40 4.12 4.42 3.07 2.75 4.28 2.89 2.25 2.44
O6 1.68 3.60 1.64 1.47 3.00 1.13 3.65 1.21 4.29 2.75 4.18 3.65 2.98 3.50 2.40 1.64 1.50 1.28 1.03 4.78 1.51 1.42 0.99
OP1 3.98 3.82 4.44 4.67 3.63 4.32 3.72 4.19 3.90 3.92 3.98 4.07 3.63 3.84 3.78 4.75 5.31 3.88 3.97 4.15 4.26 3.46 3.82
OP2 4.05 4.09 4.36 4.60 3.93 4.21 4.10 4.12 4.30 4.25 4.32 4.26 3.86 4.24 4.03 4.44 4.91 3.94 4.10 4.57 4.08 3.52 3.80
P 4.02 4.12 4.46 4.64 3.84 4.16 3.95 3.93 4.18 4.01 4.29 4.37 3.88 3.99 3.90 4.65 5.19 3.83 3.75 4.42 3.79 3.12 3.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.31 0.02 0.46 0.44 0.32
C2 0.04 0.00 0.51 0.44 0.01 0.35 0.01 0.69 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.48 0.43 0.88 0.02 1.18 1.19 1.04
C2' 0.01 0.51 0.00 0.01 0.26 0.02 0.13 0.19 0.22 0.27 0.39 0.62 0.51 0.15 0.04 0.00 0.03 0.03 0.49 0.17 0.62 0.57 0.46
C3' 0.02 0.44 0.01 0.00 0.30 0.01 0.35 0.02 0.38 0.39 0.41 0.51 0.40 0.40 0.23 0.03 0.01 0.02 0.36 0.40 0.55 0.40 0.24
C4 0.02 0.01 0.26 0.30 0.00 0.16 0.01 0.35 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.24 0.23 0.67 0.01 0.97 1.01 0.83
C4' 0.01 0.35 0.02 0.01 0.16 0.00 0.15 0.01 0.17 0.31 0.25 0.45 0.33 0.27 0.11 0.29 0.03 0.01 0.02 0.18 0.25 0.54 0.16
C5 0.02 0.01 0.13 0.35 0.01 0.15 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.19 0.10 0.81 0.02 1.21 1.42 1.09
C5' 0.08 0.69 0.19 0.02 0.35 0.01 0.31 0.00 0.40 0.43 0.56 0.87 0.63 0.40 0.17 0.11 0.20 0.02 0.01 0.39 0.37 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.38 0.01 0.17 0.01 0.40 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.33 0.27 0.19 0.86 0.01 1.32 1.55 1.18
C8 0.02 0.02 0.27 0.39 0.01 0.31 0.01 0.43 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.48 0.24 0.25 0.92 0.02 1.13 1.40 1.13
N1 0.03 0.01 0.39 0.41 0.02 0.25 0.01 0.56 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.39 0.33 0.87 0.01 1.27 1.38 1.12
N2 0.05 0.01 0.62 0.51 0.02 0.45 0.01 0.87 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.59 0.60 0.52 1.03 0.02 1.31 1.29 1.19
N3 0.04 0.01 0.51 0.40 0.01 0.33 0.01 0.63 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.42 0.44 0.43 0.77 0.02 1.01 0.96 0.87
N7 0.01 0.01 0.15 0.40 0.01 0.27 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.47 0.23 0.15 0.96 0.03 1.34 1.68 1.29
N9 0.01 0.02 0.04 0.23 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.22 0.12 0.02 0.59 0.02 0.80 0.86 0.70
O2' 0.02 0.45 0.00 0.03 0.24 0.29 0.32 0.11 0.33 0.48 0.36 0.59 0.42 0.47 0.22 0.00 0.07 0.21 0.32 0.38 0.50 0.83 0.42
O3' 0.29 0.48 0.03 0.01 0.24 0.03 0.19 0.20 0.27 0.24 0.39 0.60 0.44 0.23 0.12 0.07 0.00 0.19 0.29 0.27 0.59 0.77 0.33
O4' 0.01 0.43 0.03 0.02 0.23 0.01 0.10 0.02 0.19 0.25 0.33 0.52 0.43 0.15 0.02 0.21 0.19 0.00 0.21 0.14 0.29 0.43 0.21
O5' 0.31 0.88 0.49 0.36 0.67 0.02 0.81 0.01 0.86 0.92 0.87 1.03 0.77 0.96 0.59 0.32 0.29 0.21 0.00 0.92 0.03 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.17 0.40 0.01 0.18 0.02 0.39 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.38 0.27 0.14 0.92 0.00 1.47 1.78 1.33
OP1 0.46 1.18 0.62 0.55 0.97 0.25 1.21 0.37 1.32 1.13 1.27 1.31 1.01 1.34 0.80 0.50 0.59 0.29 0.03 1.47 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 1.19 0.57 0.40 1.01 0.54 1.42 0.37 1.55 1.40 1.38 1.29 0.96 1.68 0.86 0.83 0.77 0.43 0.03 1.78 0.02 0.00 0.01
P 0.32 1.04 0.46 0.24 0.83 0.16 1.09 0.02 1.18 1.13 1.12 1.19 0.87 1.29 0.70 0.42 0.33 0.21 0.01 1.33 0.01 0.01 0.00