ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 30603

back

Distances from reference structure (by RMSD)

33, 24, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 1, 5, 5, 3, 7, 11, 16, 2, 1, 1, 2, 150,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.323, 1.102, 1.880, 3.641 max_d=3.641 avg_d=1.102 std_dev=0.778
N1 B 0, 0.315, 1.099, 1.883, 3.144 max_d=3.144 avg_d=1.099 std_dev=0.784
C2 A 0, 0.446, 1.315, 2.184, 3.230 max_d=3.230 avg_d=1.315 std_dev=0.869
C6 B 0, 0.307, 1.225, 2.143, 3.937 max_d=3.937 avg_d=1.225 std_dev=0.918
C4 A 0, 0.286, 1.267, 2.247, 3.666 max_d=3.666 avg_d=1.267 std_dev=0.981
N3 A 0, 0.474, 1.476, 2.478, 4.051 max_d=4.051 avg_d=1.476 std_dev=1.002
C5 A 0, 0.481, 1.515, 2.550, 3.453 max_d=3.453 avg_d=1.515 std_dev=1.034
C6 A 0, 0.340, 1.438, 2.536, 4.464 max_d=4.464 avg_d=1.438 std_dev=1.098
N2 A 0, 0.770, 1.876, 2.983, 3.926 max_d=3.926 avg_d=1.876 std_dev=1.106
C2 B 0, 0.385, 1.533, 2.680, 4.368 max_d=4.368 avg_d=1.533 std_dev=1.147
C1' B 0, 0.243, 1.395, 2.548, 4.315 max_d=4.315 avg_d=1.395 std_dev=1.152
N9 A 0, 0.382, 1.555, 2.728, 4.668 max_d=4.668 avg_d=1.555 std_dev=1.173
C5 B 0, 0.667, 1.900, 3.133, 5.121 max_d=5.121 avg_d=1.900 std_dev=1.233
C8 A 0, 0.667, 1.965, 3.262, 4.509 max_d=4.509 avg_d=1.965 std_dev=1.297
O2 B 0, 0.601, 1.912, 3.222, 5.819 max_d=5.819 avg_d=1.912 std_dev=1.310
O4' B 0, 0.384, 1.724, 3.064, 5.424 max_d=5.424 avg_d=1.724 std_dev=1.340
N7 A 0, 0.681, 2.085, 3.490, 5.291 max_d=5.291 avg_d=2.085 std_dev=1.404
C1' A 0, 0.435, 1.890, 3.345, 6.939 max_d=6.939 avg_d=1.890 std_dev=1.455
N3 B 0, 0.620, 2.143, 3.666, 5.067 max_d=5.067 avg_d=2.143 std_dev=1.523
C2' A 0, 0.388, 1.962, 3.536, 8.322 max_d=8.322 avg_d=1.962 std_dev=1.574
C4 B 0, 0.825, 2.410, 3.995, 5.777 max_d=5.777 avg_d=2.410 std_dev=1.585
O6 A 0, 0.278, 1.897, 3.516, 6.861 max_d=6.861 avg_d=1.897 std_dev=1.619
OP2 B 0, 0.914, 2.576, 4.239, 6.201 max_d=6.201 avg_d=2.576 std_dev=1.663
C2' B 0, 0.201, 1.915, 3.630, 6.704 max_d=6.704 avg_d=1.915 std_dev=1.714
C3' A 0, 0.515, 2.323, 4.131, 9.969 max_d=9.969 avg_d=2.323 std_dev=1.808
O5' B 0, 0.917, 2.735, 4.552, 7.467 max_d=7.467 avg_d=2.735 std_dev=1.818
C4' B 0, 0.332, 2.181, 4.031, 7.940 max_d=7.940 avg_d=2.181 std_dev=1.850
O4' A 0, 0.538, 2.393, 4.248, 8.341 max_d=8.341 avg_d=2.393 std_dev=1.855
C3' B 0, 0.391, 2.288, 4.185, 8.196 max_d=8.196 avg_d=2.288 std_dev=1.897
P B 0, 0.856, 2.786, 4.717, 7.404 max_d=7.404 avg_d=2.786 std_dev=1.930
O2' A 0, 0.744, 2.677, 4.611, 9.479 max_d=9.479 avg_d=2.677 std_dev=1.933
C5' B 0, 0.629, 2.642, 4.655, 8.895 max_d=8.895 avg_d=2.642 std_dev=2.013
O4 B 0, 1.118, 3.254, 5.389, 7.628 max_d=7.628 avg_d=3.254 std_dev=2.135
C4' A 0, 0.513, 2.680, 4.847, 10.414 max_d=10.414 avg_d=2.680 std_dev=2.167
OP1 B 0, 1.170, 3.349, 5.528, 8.249 max_d=8.249 avg_d=3.349 std_dev=2.179
O3' A 0, 0.438, 2.715, 4.993, 11.906 max_d=11.906 avg_d=2.715 std_dev=2.278
O2' B 0, 0.476, 2.796, 5.116, 8.215 max_d=8.215 avg_d=2.796 std_dev=2.320
O5' A 0, 1.143, 3.524, 5.905, 9.199 max_d=9.199 avg_d=3.524 std_dev=2.381
C5' A 0, 0.913, 3.412, 5.911, 10.979 max_d=10.979 avg_d=3.412 std_dev=2.499
O3' B 0, 0.567, 3.224, 5.882, 10.966 max_d=10.966 avg_d=3.224 std_dev=2.658
OP1 A 0, 1.646, 4.448, 7.251, 10.850 max_d=10.850 avg_d=4.448 std_dev=2.802
P A 0, 1.407, 4.374, 7.341, 9.412 max_d=9.412 avg_d=4.374 std_dev=2.967
OP2 A 0, 2.044, 5.741, 9.438, 11.590 max_d=11.590 avg_d=5.741 std_dev=3.697

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.28 0.01 0.29 0.03 0.68 0.56 0.31
C2 0.04 0.00 0.39 0.35 0.01 0.26 0.02 0.51 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.35 0.38 0.32 0.84 0.02 1.17 1.34 0.99
C2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.21 0.02 0.13 0.20 0.20 0.17 0.32 0.46 0.37 0.09 0.04 0.01 0.03 0.02 0.34 0.17 0.59 0.47 0.35
C3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.28 0.01 0.34 0.02 0.37 0.34 0.37 0.38 0.31 0.38 0.22 0.02 0.01 0.03 0.31 0.40 0.37 0.35 0.22
C4 0.02 0.01 0.21 0.28 0.00 0.11 0.01 0.26 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.25 0.17 0.57 0.02 0.96 0.89 0.55
C4' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.12 0.28 0.19 0.35 0.26 0.24 0.09 0.29 0.03 0.01 0.02 0.14 0.29 0.40 0.20
C5 0.02 0.02 0.13 0.34 0.01 0.12 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.26 0.08 0.63 0.02 1.11 0.99 0.58
C5' 0.09 0.51 0.20 0.02 0.26 0.01 0.26 0.00 0.29 0.44 0.40 0.67 0.48 0.40 0.19 0.12 0.21 0.02 0.01 0.31 0.32 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.37 0.01 0.12 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.28 0.32 0.14 0.67 0.01 1.13 1.10 0.65
C8 0.02 0.02 0.17 0.34 0.01 0.28 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.40 0.20 0.19 0.80 0.03 1.27 1.06 0.78
N1 0.03 0.01 0.32 0.37 0.02 0.19 0.01 0.40 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.29 0.35 0.25 0.74 0.02 1.13 1.23 0.82
N2 0.05 0.01 0.46 0.38 0.02 0.35 0.02 0.67 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.45 0.45 0.39 1.01 0.03 1.38 1.65 1.29
N3 0.04 0.01 0.37 0.31 0.01 0.26 0.01 0.48 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.33 0.36 0.32 0.77 0.02 1.06 1.16 0.88
N7 0.02 0.02 0.09 0.38 0.01 0.24 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.39 0.26 0.11 0.80 0.03 1.33 1.17 0.80
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.09 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.19 0.16 0.02 0.49 0.03 0.92 0.73 0.43
O2' 0.03 0.35 0.01 0.02 0.20 0.29 0.27 0.12 0.28 0.40 0.29 0.45 0.33 0.39 0.19 0.00 0.06 0.20 0.31 0.31 0.46 0.50 0.28
O3' 0.28 0.38 0.03 0.01 0.25 0.03 0.26 0.21 0.32 0.20 0.35 0.45 0.36 0.26 0.16 0.06 0.00 0.19 0.37 0.34 0.57 0.47 0.36
O4' 0.01 0.32 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.02 0.14 0.19 0.25 0.39 0.32 0.11 0.02 0.20 0.19 0.00 0.27 0.10 0.58 0.66 0.36
O5' 0.29 0.84 0.34 0.31 0.57 0.02 0.63 0.01 0.67 0.80 0.74 1.01 0.77 0.80 0.49 0.31 0.37 0.27 0.00 0.71 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.17 0.40 0.02 0.14 0.02 0.31 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.31 0.34 0.10 0.71 0.00 1.21 1.18 0.69
OP1 0.68 1.17 0.59 0.37 0.96 0.29 1.11 0.32 1.13 1.27 1.13 1.38 1.06 1.33 0.92 0.46 0.57 0.58 0.03 1.21 0.00 0.02 0.01
OP2 0.56 1.34 0.47 0.35 0.89 0.40 0.99 0.42 1.10 1.06 1.23 1.65 1.16 1.17 0.73 0.50 0.47 0.66 0.02 1.18 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.99 0.35 0.22 0.55 0.20 0.58 0.02 0.65 0.78 0.82 1.29 0.88 0.80 0.43 0.28 0.36 0.36 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.02 3.10 1.83 1.40 3.82 1.28 3.24 1.14 2.60 2.56 3.66 3.09 1.86 1.55 4.37 1.65 0.83 1.02 0.91 0.50
C2 1.56 2.26 1.27 0.93 2.74 0.93 2.55 0.89 2.15 2.00 2.59 2.18 1.17 1.06 2.97 1.38 0.67 1.04 1.14 0.40
C2' 1.84 2.80 1.62 1.37 3.57 1.37 2.99 1.33 2.34 2.28 3.37 2.79 1.76 1.57 4.21 1.61 1.06 1.30 0.80 0.85
C3' 1.87 2.89 1.74 1.53 3.69 1.44 3.08 1.36 2.40 2.34 3.49 2.90 1.89 1.81 4.36 1.62 1.09 1.26 0.82 0.80
C4 1.87 2.87 1.63 1.22 3.55 1.12 3.13 1.00 2.55 2.44 3.37 2.78 1.54 1.34 3.93 1.55 0.79 1.04 1.14 0.46
C4' 2.22 3.30 2.15 1.82 4.01 1.61 3.36 1.40 2.71 2.71 3.88 3.33 2.25 2.07 4.65 1.84 1.11 1.06 1.03 0.69
C5 1.92 2.98 1.66 1.24 3.62 1.14 3.19 0.97 2.62 2.52 3.48 2.90 1.55 1.38 3.99 1.61 0.84 1.05 1.32 0.53
C5' 2.38 3.42 2.40 2.16 4.18 1.87 3.52 1.65 2.86 2.85 4.04 3.43 2.50 2.48 4.85 2.00 1.42 1.29 1.31 1.01
C6 1.84 2.75 1.56 1.19 3.25 1.13 2.93 0.95 2.45 2.36 3.14 2.71 1.42 1.36 3.54 1.60 0.86 1.06 1.44 0.61
C8 2.06 3.28 1.84 1.37 4.04 1.23 3.45 1.05 2.78 2.71 3.89 3.22 1.79 1.51 4.57 1.67 0.86 1.04 1.20 0.51
N1 1.60 2.33 1.33 0.98 2.78 0.97 2.58 0.87 2.18 2.06 2.65 2.27 1.19 1.14 3.00 1.44 0.76 1.05 1.37 0.53
N2 1.41 1.88 1.09 0.79 2.21 0.87 2.12 0.86 1.85 1.72 2.10 1.85 1.04 0.95 2.36 1.34 0.56 1.06 1.01 0.38
N3 1.75 2.58 1.48 1.13 3.15 1.07 2.84 1.00 2.34 2.24 2.99 2.50 1.42 1.25 3.46 1.50 0.74 1.03 1.01 0.43
N7 2.05 3.25 1.80 1.35 3.95 1.22 3.40 1.01 2.77 2.70 3.83 3.20 1.71 1.50 4.41 1.69 0.88 1.06 1.33 0.56
N9 1.99 3.10 1.78 1.34 3.84 1.21 3.31 1.06 2.66 2.58 3.66 3.03 1.74 1.46 4.34 1.62 0.83 1.03 1.07 0.47
O2' 1.95 2.83 1.68 1.32 3.47 1.42 2.89 1.34 2.30 2.32 3.33 2.90 1.90 1.45 4.08 1.74 0.99 1.20 0.83 0.84
O3' 1.84 2.83 1.69 1.45 3.59 1.43 2.98 1.36 2.31 2.26 3.41 2.88 1.87 1.74 4.27 1.63 1.10 1.26 0.84 0.82
O4' 2.32 3.42 2.24 1.82 4.11 1.58 3.50 1.35 2.86 2.85 3.98 3.41 2.26 1.98 4.69 1.90 1.09 0.99 1.15 0.65
O5' 2.39 3.32 2.45 2.35 4.12 2.04 3.54 1.87 2.90 2.83 3.93 3.27 2.49 2.70 4.78 2.06 1.70 1.55 1.50 1.32
O6 1.93 2.82 1.65 1.32 3.23 1.26 2.90 1.02 2.43 2.39 3.15 2.85 1.54 1.54 3.52 1.71 0.93 1.08 1.54 0.73
OP1 2.72 3.50 2.72 2.65 4.29 2.43 3.77 2.18 3.18 3.09 4.06 3.44 2.81 3.09 4.91 2.46 1.94 1.74 2.14 1.64
OP2 2.81 3.67 2.76 2.75 4.58 2.50 4.07 2.35 3.45 3.28 4.31 3.53 2.74 3.03 5.22 2.53 2.26 1.99 2.25 1.95
P 2.69 3.54 2.73 2.69 4.35 2.38 3.82 2.18 3.21 3.11 4.13 3.46 2.76 3.09 4.99 2.39 2.02 1.77 1.97 1.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.27 0.03 0.01 0.21 0.37 0.67 0.30
C2 0.03 0.00 0.22 0.28 0.01 0.19 0.02 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.25 0.02 0.21 0.49 0.62 0.69 0.48
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.08 0.02 0.17 0.16 0.22 0.04 0.17 0.39 0.01 0.04 0.09 0.02 0.33 0.47 0.51 0.37
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.34 0.01 0.37 0.02 0.34 0.21 0.32 0.39 0.03 0.01 0.37 0.03 0.22 0.28 0.40 0.23
C4 0.03 0.01 0.08 0.34 0.00 0.16 0.01 0.29 0.02 0.02 0.01 0.02 0.31 0.25 0.01 0.04 0.58 0.77 0.92 0.62
C4' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.16 0.00 0.26 0.01 0.28 0.09 0.16 0.37 0.28 0.03 0.17 0.01 0.02 0.25 0.46 0.10
C5 0.02 0.02 0.17 0.37 0.01 0.26 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.31 0.02 0.16 0.72 0.90 1.16 0.83
C5' 0.07 0.33 0.16 0.02 0.29 0.01 0.40 0.00 0.40 0.16 0.32 0.57 0.15 0.20 0.32 0.02 0.01 0.42 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.34 0.02 0.28 0.01 0.40 0.00 0.01 0.02 0.02 0.44 0.27 0.02 0.22 0.68 0.81 1.08 0.77
N1 0.01 0.01 0.04 0.21 0.02 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.16 0.03 0.02 0.38 0.53 0.74 0.42
N3 0.02 0.01 0.17 0.32 0.01 0.16 0.01 0.32 0.02 0.01 0.00 0.02 0.20 0.23 0.02 0.15 0.54 0.70 0.74 0.53
O2 0.05 0.01 0.39 0.39 0.02 0.37 0.02 0.57 0.02 0.02 0.02 0.00 0.42 0.42 0.03 0.37 0.71 0.80 0.83 0.72
O2' 0.03 0.20 0.01 0.03 0.31 0.28 0.45 0.15 0.44 0.18 0.20 0.42 0.00 0.07 0.33 0.19 0.29 0.46 0.52 0.33
O3' 0.27 0.25 0.04 0.01 0.25 0.03 0.31 0.20 0.27 0.16 0.23 0.42 0.07 0.00 0.28 0.17 0.32 0.54 0.54 0.36
O4 0.03 0.02 0.09 0.37 0.01 0.17 0.02 0.32 0.02 0.03 0.02 0.03 0.33 0.28 0.00 0.05 0.62 0.82 0.97 0.67
O4' 0.01 0.21 0.02 0.03 0.04 0.01 0.16 0.02 0.22 0.02 0.15 0.37 0.19 0.17 0.05 0.00 0.19 0.35 0.78 0.34
O5' 0.21 0.49 0.33 0.22 0.58 0.02 0.72 0.01 0.68 0.38 0.54 0.71 0.29 0.32 0.62 0.19 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.37 0.62 0.47 0.28 0.77 0.25 0.90 0.42 0.81 0.53 0.70 0.80 0.46 0.54 0.82 0.35 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.67 0.69 0.51 0.40 0.92 0.46 1.16 0.37 1.08 0.74 0.74 0.83 0.52 0.54 0.97 0.78 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.48 0.37 0.23 0.62 0.10 0.83 0.02 0.77 0.42 0.53 0.72 0.33 0.36 0.67 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00