ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 3135

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 47, 6, 6, 43, 47, 8, 18, 50, 7, 8, 10, 13, 95, 11, 4, 24, 40, 16, 46,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.247, 0.588, 0.930, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.588 std_dev=0.342
C4 B 0, 0.157, 0.528, 0.898, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.528 std_dev=0.370
N1 A 0, 0.120, 0.608, 1.095, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.608 std_dev=0.487
N9 B 0, 0.243, 0.785, 1.327, 2.366 max_d=2.366 avg_d=0.785 std_dev=0.542
C1' B 0, 0.392, 0.942, 1.493, 2.731 max_d=2.731 avg_d=0.942 std_dev=0.550
C2 A 0, 0.211, 0.806, 1.400, 2.479 max_d=2.479 avg_d=0.806 std_dev=0.594
C5 A 0, 0.399, 0.994, 1.590, 2.568 max_d=2.568 avg_d=0.994 std_dev=0.596
N3 B 0, 0.445, 1.164, 1.883, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.164 std_dev=0.719
O4' B 0, 0.555, 1.291, 2.026, 4.306 max_d=4.306 avg_d=1.291 std_dev=0.736
N1 B 0, 0.525, 1.280, 2.035, 3.257 max_d=3.257 avg_d=1.280 std_dev=0.755
N3 A 0, 0.257, 1.028, 1.799, 3.360 max_d=3.360 avg_d=1.028 std_dev=0.771
O2 A 0, 0.409, 1.182, 1.955, 3.293 max_d=3.293 avg_d=1.182 std_dev=0.773
C5 B 0, 0.257, 1.053, 1.848, 3.591 max_d=3.591 avg_d=1.053 std_dev=0.795
C4 A 0, 0.378, 1.247, 2.117, 3.864 max_d=3.864 avg_d=1.247 std_dev=0.869
C6 B 0, 0.345, 1.219, 2.094, 4.658 max_d=4.658 avg_d=1.219 std_dev=0.875
C1' A 0, 0.178, 1.099, 2.019, 4.508 max_d=4.508 avg_d=1.099 std_dev=0.921
C2' B 0, 0.464, 1.398, 2.332, 4.730 max_d=4.730 avg_d=1.398 std_dev=0.934
C2 B 0, 0.517, 1.488, 2.458, 3.700 max_d=3.700 avg_d=1.488 std_dev=0.971
C4' B 0, 0.635, 1.626, 2.617, 6.155 max_d=6.155 avg_d=1.626 std_dev=0.991
O4' A 0, 0.436, 1.470, 2.504, 5.114 max_d=5.114 avg_d=1.470 std_dev=1.034
C3' B 0, 0.534, 1.601, 2.669, 6.358 max_d=6.358 avg_d=1.601 std_dev=1.068
O6 B 0, 0.598, 1.876, 3.153, 6.688 max_d=6.688 avg_d=1.876 std_dev=1.277
C2' A 0, 0.414, 1.698, 2.983, 6.743 max_d=6.743 avg_d=1.698 std_dev=1.284
O4 A 0, 0.455, 1.775, 3.095, 5.867 max_d=5.867 avg_d=1.775 std_dev=1.320
O2' B 0, 0.638, 1.978, 3.317, 5.646 max_d=5.646 avg_d=1.978 std_dev=1.340
C5' B 0, 0.778, 2.122, 3.465, 8.004 max_d=8.004 avg_d=2.122 std_dev=1.344
C8 B 0, 0.108, 1.475, 2.842, 4.621 max_d=4.621 avg_d=1.475 std_dev=1.367
C4' A 0, 0.688, 2.111, 3.534, 7.402 max_d=7.402 avg_d=2.111 std_dev=1.423
N7 B 0, 0.207, 1.714, 3.221, 4.978 max_d=4.978 avg_d=1.714 std_dev=1.507
O3' B 0, 0.181, 1.731, 3.281, 7.260 max_d=7.260 avg_d=1.731 std_dev=1.550
C3' A 0, 0.837, 2.417, 3.996, 8.507 max_d=8.507 avg_d=2.417 std_dev=1.579
O5' A 0, 0.356, 1.939, 3.522, 8.481 max_d=8.481 avg_d=1.939 std_dev=1.583
C5' A 0, 0.556, 2.160, 3.765, 8.457 max_d=8.457 avg_d=2.160 std_dev=1.604
O2' A 0, 0.457, 2.086, 3.715, 8.296 max_d=8.296 avg_d=2.086 std_dev=1.629
N2 B 0, 0.668, 2.360, 4.052, 6.298 max_d=6.298 avg_d=2.360 std_dev=1.692
O5' B 0, 0.870, 2.566, 4.262, 8.374 max_d=8.374 avg_d=2.566 std_dev=1.696
O3' A 0, 1.325, 3.366, 5.407, 10.347 max_d=10.347 avg_d=3.366 std_dev=2.041
P A 0, 0.038, 2.276, 4.514, 11.068 max_d=11.068 avg_d=2.276 std_dev=2.238
P B 0, 0.800, 3.185, 5.569, 10.261 max_d=10.261 avg_d=3.185 std_dev=2.385
OP1 A 0, 0.180, 2.758, 5.335, 12.382 max_d=12.382 avg_d=2.758 std_dev=2.578
OP2 B 0, 0.963, 3.544, 6.124, 11.066 max_d=11.066 avg_d=3.544 std_dev=2.581
OP2 A 0, 0.186, 2.823, 5.460, 12.161 max_d=12.161 avg_d=2.823 std_dev=2.637
OP1 B 0, 0.976, 3.714, 6.452, 12.359 max_d=12.359 avg_d=3.714 std_dev=2.738

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.34 0.03 0.01 0.30 0.32 0.51 0.33
C2 0.03 0.00 0.19 0.30 0.01 0.17 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.22 0.02 0.18 0.50 0.57 0.81 0.59
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.22 0.18 0.03 0.15 0.34 0.01 0.05 0.08 0.02 0.60 0.55 0.81 0.61
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.41 0.01 0.42 0.04 0.36 0.25 0.37 0.31 0.02 0.01 0.45 0.02 0.33 0.36 0.41 0.24
C4 0.02 0.01 0.07 0.41 0.00 0.19 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.02 0.40 0.21 0.01 0.04 0.56 0.62 1.12 0.77
C4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.19 0.00 0.28 0.01 0.28 0.11 0.16 0.31 0.32 0.04 0.20 0.01 0.02 0.24 0.26 0.09
C5 0.02 0.01 0.14 0.42 0.01 0.28 0.00 0.46 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.27 0.01 0.14 0.65 0.74 1.21 0.89
C5' 0.09 0.28 0.22 0.04 0.34 0.01 0.46 0.00 0.44 0.19 0.29 0.50 0.11 0.23 0.36 0.02 0.01 0.27 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.36 0.01 0.28 0.01 0.44 0.00 0.01 0.01 0.02 0.37 0.21 0.02 0.19 0.61 0.65 1.02 0.78
N1 0.01 0.01 0.03 0.25 0.02 0.11 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.14 0.02 0.02 0.40 0.41 0.73 0.49
N3 0.02 0.01 0.15 0.37 0.01 0.16 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.18 0.02 0.13 0.53 0.61 0.96 0.67
O2 0.04 0.01 0.34 0.31 0.02 0.31 0.02 0.50 0.02 0.02 0.01 0.00 0.32 0.38 0.03 0.32 0.71 0.83 0.88 0.78
O2' 0.02 0.27 0.01 0.02 0.40 0.32 0.42 0.11 0.37 0.23 0.34 0.32 0.00 0.07 0.42 0.23 0.42 0.46 0.79 0.49
O3' 0.34 0.22 0.05 0.01 0.21 0.04 0.27 0.23 0.21 0.14 0.18 0.38 0.07 0.00 0.26 0.23 0.34 0.53 0.56 0.35
O4 0.03 0.02 0.08 0.45 0.01 0.20 0.01 0.36 0.02 0.02 0.02 0.03 0.42 0.26 0.00 0.05 0.59 0.69 1.23 0.83
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.04 0.01 0.14 0.02 0.19 0.02 0.13 0.32 0.23 0.23 0.05 0.00 0.21 0.31 0.33 0.24
O5' 0.30 0.50 0.60 0.33 0.56 0.02 0.65 0.01 0.61 0.40 0.53 0.71 0.42 0.34 0.59 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.57 0.55 0.36 0.62 0.24 0.74 0.27 0.65 0.41 0.61 0.83 0.46 0.53 0.69 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.51 0.81 0.81 0.41 1.12 0.26 1.21 0.33 1.02 0.73 0.96 0.88 0.79 0.56 1.23 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.59 0.61 0.24 0.77 0.09 0.89 0.02 0.78 0.49 0.67 0.78 0.49 0.35 0.83 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.80 1.86 0.72 1.01 1.27 1.10 1.47 1.25 1.74 1.32 1.88 2.23 1.54 1.52 1.01 0.98 1.58 0.93 1.31 1.89 1.81 1.46 1.60
C2 0.68 2.19 0.55 0.51 1.39 0.74 1.60 0.89 1.92 1.38 2.16 2.67 1.78 1.61 1.03 1.01 1.04 0.79 0.85 2.07 1.29 1.06 1.12
C2' 0.95 1.91 0.95 1.13 1.47 1.07 1.77 1.24 2.01 1.60 2.03 2.16 1.58 1.85 1.25 1.15 1.68 0.96 1.32 2.20 1.80 1.40 1.56
C3' 0.89 1.69 0.96 1.33 1.29 1.23 1.58 1.40 1.80 1.46 1.82 1.94 1.40 1.69 1.11 0.96 1.87 1.00 1.50 2.00 1.97 1.63 1.72
C4 0.71 2.02 0.66 0.47 1.34 0.73 1.52 0.83 1.76 1.40 1.96 2.42 1.70 1.58 1.03 1.09 0.72 0.88 0.75 1.86 1.00 0.98 0.91
C4' 1.02 1.48 1.06 1.62 1.11 1.59 1.29 1.74 1.46 1.30 1.51 1.76 1.26 1.42 1.03 0.96 2.14 1.25 1.85 1.62 2.31 1.96 2.06
C5 0.62 1.62 0.56 0.42 1.13 0.69 1.26 0.77 1.41 1.22 1.54 1.91 1.42 1.33 0.90 1.06 0.83 0.84 0.68 1.47 0.94 0.87 0.86
C5' 1.31 1.29 1.41 2.02 1.15 1.94 1.25 2.06 1.30 1.39 1.30 1.48 1.21 1.42 1.21 1.19 2.51 1.55 2.15 1.42 2.52 2.23 2.28
C6 0.70 1.59 0.62 0.70 1.13 0.86 1.25 0.94 1.41 1.20 1.53 1.88 1.39 1.31 0.92 1.04 1.20 0.87 0.91 1.48 1.22 1.04 1.11
N1 0.71 1.89 0.60 0.73 1.26 0.88 1.44 1.00 1.68 1.29 1.86 2.28 1.58 1.47 0.98 1.00 1.27 0.84 1.00 1.80 1.41 1.15 1.25
N3 0.71 2.24 0.62 0.42 1.44 0.70 1.64 0.83 1.97 1.44 2.20 2.72 1.83 1.67 1.07 1.07 0.81 0.83 0.76 2.10 1.11 1.01 0.99
O2 0.70 2.35 0.55 0.55 1.47 0.77 1.70 0.93 2.09 1.42 2.36 2.88 1.87 1.69 1.07 1.00 1.10 0.79 0.91 2.28 1.42 1.14 1.22
O2' 1.12 2.23 1.03 1.09 1.77 1.12 2.10 1.34 2.40 1.83 2.42 2.46 1.86 2.14 1.49 1.24 1.56 1.10 1.48 2.61 2.05 1.63 1.80
O3' 0.97 1.88 0.99 1.33 1.44 1.26 1.76 1.50 2.03 1.62 2.05 2.14 1.54 1.87 1.24 0.91 1.82 1.07 1.62 2.27 2.14 1.84 1.89
O4 0.87 2.14 0.87 0.74 1.46 0.92 1.67 1.01 1.92 1.56 2.10 2.57 1.78 1.76 1.17 1.18 0.76 1.03 0.98 2.04 1.14 1.21 1.09
O4' 0.98 1.59 0.91 1.41 1.13 1.49 1.26 1.64 1.45 1.26 1.57 1.93 1.36 1.35 1.01 0.94 1.93 1.22 1.72 1.57 2.17 1.85 1.96
O5' 1.44 1.32 1.66 2.19 1.29 1.92 1.36 1.97 1.36 1.51 1.33 1.43 1.28 1.51 1.36 1.48 2.68 1.54 2.14 1.43 2.39 2.18 2.21
OP1 2.01 1.54 2.31 2.95 1.75 2.66 1.84 2.85 1.74 2.14 1.59 1.54 1.60 2.08 1.94 1.97 3.12 2.19 3.03 1.81 3.37 3.12 3.13
OP2 1.97 1.74 2.37 2.65 1.86 2.10 1.91 2.12 1.86 2.05 1.78 1.72 1.77 2.03 1.95 2.30 2.95 1.81 2.35 1.89 2.59 2.49 2.40
P 1.94 1.49 2.26 2.81 1.67 2.39 1.70 2.43 1.61 1.94 1.51 1.49 1.56 1.87 1.83 2.01 3.21 2.00 2.59 1.65 2.81 2.63 2.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.12 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.03 0.34 0.01 0.44 0.03 0.50 0.51 0.41
C2 0.05 0.00 0.51 0.49 0.01 0.50 0.01 0.97 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.43 0.39 0.42 1.24 0.02 1.50 1.88 1.55
C2' 0.01 0.51 0.00 0.01 0.26 0.02 0.14 0.23 0.24 0.26 0.40 0.61 0.50 0.15 0.04 0.01 0.04 0.03 0.54 0.19 0.72 0.80 0.63
C3' 0.02 0.49 0.01 0.00 0.29 0.01 0.33 0.03 0.37 0.44 0.42 0.61 0.46 0.43 0.22 0.02 0.01 0.02 0.24 0.39 0.49 0.41 0.29
C4 0.03 0.01 0.26 0.29 0.00 0.21 0.01 0.44 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.21 0.22 0.73 0.02 0.78 1.00 0.81
C4' 0.01 0.50 0.02 0.01 0.21 0.00 0.13 0.01 0.19 0.35 0.36 0.65 0.48 0.27 0.09 0.31 0.03 0.01 0.02 0.16 0.30 0.28 0.13
C5 0.02 0.01 0.14 0.33 0.01 0.13 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.16 0.10 0.79 0.02 0.88 1.10 0.89
C5' 0.12 0.97 0.23 0.03 0.44 0.01 0.31 0.00 0.44 0.57 0.74 1.25 0.89 0.47 0.21 0.11 0.22 0.02 0.01 0.38 0.33 0.38 0.02
C6 0.03 0.01 0.24 0.37 0.01 0.19 0.01 0.44 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.33 0.20 0.18 0.82 0.01 0.96 1.25 0.98
C8 0.02 0.02 0.26 0.44 0.01 0.35 0.01 0.57 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.43 0.22 0.23 1.17 0.03 1.27 1.43 1.28
N1 0.04 0.01 0.40 0.42 0.01 0.36 0.01 0.74 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.36 0.28 0.32 1.01 0.02 1.24 1.59 1.28
N2 0.07 0.01 0.61 0.61 0.02 0.65 0.02 1.25 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.54 0.52 0.50 1.59 0.03 2.04 2.52 2.08
N3 0.05 0.01 0.50 0.46 0.01 0.48 0.01 0.89 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.40 0.40 0.41 1.12 0.02 1.26 1.57 1.32
N7 0.01 0.02 0.15 0.43 0.01 0.27 0.00 0.47 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.23 0.13 1.09 0.03 1.25 1.47 1.26
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.09 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.21 0.15 0.02 0.68 0.03 0.71 0.80 0.69
O2' 0.03 0.43 0.01 0.02 0.25 0.31 0.31 0.11 0.33 0.43 0.36 0.54 0.40 0.42 0.21 0.00 0.06 0.20 0.45 0.36 0.70 0.89 0.59
O3' 0.34 0.39 0.04 0.01 0.21 0.03 0.16 0.22 0.20 0.22 0.28 0.52 0.40 0.23 0.15 0.06 0.00 0.24 0.29 0.22 0.59 0.42 0.35
O4' 0.01 0.42 0.03 0.02 0.22 0.01 0.10 0.02 0.18 0.23 0.32 0.50 0.41 0.13 0.02 0.20 0.24 0.00 0.33 0.14 0.37 0.29 0.29
O5' 0.44 1.24 0.54 0.24 0.73 0.02 0.79 0.01 0.82 1.17 1.01 1.59 1.12 1.09 0.68 0.45 0.29 0.33 0.00 0.85 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.19 0.39 0.02 0.16 0.02 0.38 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.36 0.22 0.14 0.85 0.00 1.02 1.31 1.03
OP1 0.50 1.50 0.72 0.49 0.78 0.30 0.88 0.33 0.96 1.27 1.24 2.04 1.26 1.25 0.71 0.70 0.59 0.37 0.02 1.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 1.88 0.80 0.41 1.00 0.28 1.10 0.38 1.25 1.43 1.59 2.52 1.57 1.47 0.80 0.89 0.42 0.29 0.02 1.31 0.01 0.00 0.01
P 0.41 1.55 0.63 0.29 0.81 0.13 0.89 0.02 0.98 1.28 1.28 2.08 1.32 1.26 0.69 0.59 0.35 0.29 0.01 1.03 0.01 0.01 0.00