ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 3136

back

Distances from reference structure (by RMSD)

8, 69, 51, 8, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 4, 5, 1, 9, 32, 30, 42, 55, 8, 25,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.039, 0.502, 0.964, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.502 std_dev=0.462
C6 A 0, 0.139, 0.634, 1.128, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.634 std_dev=0.494
N9 B 0, 0.060, 0.592, 1.125, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.592 std_dev=0.532
N1 A 0, 0.118, 0.703, 1.288, 2.381 max_d=2.381 avg_d=0.703 std_dev=0.585
C5 A 0, 0.289, 0.913, 1.536, 2.646 max_d=2.646 avg_d=0.913 std_dev=0.624
C2 A 0, 0.109, 0.765, 1.422, 2.401 max_d=2.401 avg_d=0.765 std_dev=0.657
N3 B 0, 0.159, 0.823, 1.488, 2.931 max_d=2.931 avg_d=0.823 std_dev=0.665
C1' B 0, 0.275, 0.998, 1.722, 2.461 max_d=2.461 avg_d=0.998 std_dev=0.723
O2 A 0, 0.273, 1.042, 1.812, 3.571 max_d=3.571 avg_d=1.042 std_dev=0.769
C5 B 0, -0.017, 0.826, 1.669, 3.901 max_d=3.901 avg_d=0.826 std_dev=0.843
C2 B 0, 0.115, 1.007, 1.899, 3.713 max_d=3.713 avg_d=1.007 std_dev=0.892
C8 B 0, -0.064, 0.894, 1.853, 4.573 max_d=4.573 avg_d=0.894 std_dev=0.958
C2' B 0, 0.472, 1.434, 2.396, 4.244 max_d=4.244 avg_d=1.434 std_dev=0.962
N3 A 0, 0.313, 1.291, 2.269, 3.550 max_d=3.550 avg_d=1.291 std_dev=0.978
N1 B 0, 0.193, 1.175, 2.157, 4.085 max_d=4.085 avg_d=1.175 std_dev=0.982
C6 B 0, 0.101, 1.162, 2.224, 4.613 max_d=4.613 avg_d=1.162 std_dev=1.062
C4 A 0, 0.395, 1.462, 2.529, 3.180 max_d=3.180 avg_d=1.462 std_dev=1.067
O4' B 0, 0.384, 1.459, 2.534, 3.767 max_d=3.767 avg_d=1.459 std_dev=1.075
N7 B 0, -0.112, 1.093, 2.298, 5.853 max_d=5.853 avg_d=1.093 std_dev=1.205
C1' A 0, 0.138, 1.372, 2.607, 4.467 max_d=4.467 avg_d=1.372 std_dev=1.235
C4' B 0, 0.547, 1.883, 3.219, 4.595 max_d=4.595 avg_d=1.883 std_dev=1.336
C3' B 0, 0.516, 1.857, 3.199, 4.253 max_d=4.253 avg_d=1.857 std_dev=1.342
O2' B 0, 0.749, 2.113, 3.477, 5.752 max_d=5.752 avg_d=2.113 std_dev=1.364
O4' A 0, 0.228, 1.676, 3.124, 5.898 max_d=5.898 avg_d=1.676 std_dev=1.448
O5' A 0, 0.245, 1.751, 3.257, 7.763 max_d=7.763 avg_d=1.751 std_dev=1.506
N6 B 0, 0.115, 1.671, 3.227, 6.751 max_d=6.751 avg_d=1.671 std_dev=1.556
O4 A 0, 0.586, 2.193, 3.800, 5.162 max_d=5.162 avg_d=2.193 std_dev=1.607
C5' B 0, 1.104, 2.744, 4.384, 6.052 max_d=6.052 avg_d=2.744 std_dev=1.640
C2' A 0, 0.213, 1.853, 3.494, 4.713 max_d=4.713 avg_d=1.853 std_dev=1.640
O3' B 0, 0.493, 2.179, 3.864, 5.662 max_d=5.662 avg_d=2.179 std_dev=1.685
C3' A 0, 0.312, 2.012, 3.712, 6.339 max_d=6.339 avg_d=2.012 std_dev=1.700
P A 0, -0.186, 1.557, 3.299, 9.417 max_d=9.417 avg_d=1.557 std_dev=1.742
C4' A 0, 0.257, 2.023, 3.789, 7.364 max_d=7.364 avg_d=2.023 std_dev=1.766
C5' A 0, 0.220, 2.079, 3.938, 8.587 max_d=8.587 avg_d=2.079 std_dev=1.859
O5' B 0, 1.540, 3.496, 5.452, 7.149 max_d=7.149 avg_d=3.496 std_dev=1.956
OP1 A 0, 0.609, 2.686, 4.764, 11.834 max_d=11.834 avg_d=2.686 std_dev=2.077
O3' A 0, 0.501, 2.656, 4.811, 8.382 max_d=8.382 avg_d=2.656 std_dev=2.155
OP2 A 0, -0.060, 2.139, 4.337, 10.490 max_d=10.490 avg_d=2.139 std_dev=2.198
OP2 B 0, 1.602, 3.874, 6.146, 9.469 max_d=9.469 avg_d=3.874 std_dev=2.272
O2' A 0, 0.207, 2.634, 5.062, 6.900 max_d=6.900 avg_d=2.634 std_dev=2.427
P B 0, 1.674, 4.219, 6.763, 9.052 max_d=9.052 avg_d=4.219 std_dev=2.544
OP1 B 0, 2.203, 5.276, 8.349, 11.096 max_d=11.096 avg_d=5.276 std_dev=3.073

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.29 0.03 0.01 0.23 0.32 0.47 0.20
C2 0.02 0.00 0.20 0.31 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.17 0.02 0.13 0.45 0.58 0.58 0.41
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.07 0.02 0.15 0.23 0.19 0.03 0.15 0.34 0.01 0.03 0.08 0.02 0.35 0.48 0.70 0.43
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.41 0.01 0.39 0.03 0.33 0.24 0.38 0.31 0.02 0.01 0.44 0.02 0.20 0.32 0.48 0.22
C4 0.02 0.01 0.07 0.41 0.00 0.17 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.02 0.34 0.26 0.01 0.04 0.64 0.83 0.76 0.58
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.17 0.00 0.22 0.01 0.21 0.10 0.13 0.18 0.30 0.03 0.18 0.01 0.02 0.20 0.35 0.07
C5 0.02 0.01 0.15 0.39 0.01 0.22 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.30 0.01 0.11 0.68 0.85 0.82 0.60
C5' 0.12 0.22 0.23 0.03 0.29 0.01 0.35 0.00 0.33 0.19 0.24 0.30 0.11 0.22 0.31 0.02 0.01 0.28 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.33 0.01 0.21 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.23 0.02 0.14 0.59 0.68 0.70 0.47
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.02 0.10 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.11 0.02 0.02 0.41 0.50 0.54 0.31
N3 0.02 0.01 0.15 0.38 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.19 0.01 0.09 0.56 0.72 0.66 0.51
O2 0.04 0.01 0.34 0.31 0.02 0.18 0.02 0.30 0.02 0.02 0.01 0.00 0.26 0.32 0.02 0.22 0.45 0.57 0.63 0.47
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.34 0.30 0.38 0.11 0.33 0.20 0.28 0.26 0.00 0.07 0.37 0.22 0.27 0.44 0.72 0.38
O3' 0.29 0.17 0.03 0.01 0.26 0.03 0.30 0.22 0.23 0.11 0.19 0.32 0.07 0.00 0.31 0.23 0.27 0.45 0.81 0.40
O4 0.03 0.02 0.08 0.44 0.01 0.18 0.01 0.31 0.02 0.02 0.01 0.02 0.37 0.31 0.00 0.04 0.69 0.92 0.82 0.66
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.04 0.01 0.11 0.02 0.14 0.02 0.09 0.22 0.22 0.23 0.04 0.00 0.28 0.42 0.38 0.28
O5' 0.23 0.45 0.35 0.20 0.64 0.02 0.68 0.01 0.59 0.41 0.56 0.45 0.27 0.27 0.69 0.28 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.32 0.58 0.48 0.32 0.83 0.20 0.85 0.28 0.68 0.50 0.72 0.57 0.44 0.45 0.92 0.42 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.47 0.58 0.70 0.48 0.76 0.35 0.82 0.37 0.70 0.54 0.66 0.63 0.72 0.81 0.82 0.38 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.41 0.43 0.22 0.58 0.07 0.60 0.02 0.47 0.31 0.51 0.47 0.38 0.40 0.66 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.78 2.13 0.70 0.70 1.56 0.82 1.80 0.98 2.14 1.30 2.28 1.77 2.31 1.66 1.15 1.15 1.09 0.71 0.95 1.31 1.14 1.20
C2 0.61 1.89 0.55 0.51 1.37 0.78 1.66 0.94 2.00 1.13 2.05 1.57 2.22 1.56 0.96 1.02 0.86 0.65 0.79 1.31 0.93 1.03
C2' 1.14 2.39 1.04 0.92 1.89 1.01 2.14 1.16 2.45 1.71 2.55 2.03 2.63 2.04 1.53 1.35 1.24 0.98 1.22 1.59 1.45 1.49
C3' 0.79 1.94 0.86 1.14 1.41 1.14 1.67 1.33 2.01 1.29 2.13 1.55 2.19 1.58 1.08 1.09 1.60 0.85 1.39 1.75 1.58 1.65
C4 0.60 1.83 0.43 0.58 1.37 0.92 1.57 1.15 1.84 1.06 1.93 1.57 1.96 1.41 0.95 0.90 0.82 0.81 0.89 1.46 0.92 1.06
C4' 0.68 1.82 0.72 1.14 1.28 1.19 1.51 1.43 1.83 1.11 1.98 1.45 1.99 1.39 0.95 1.00 1.53 0.85 1.45 1.76 1.59 1.68
C5 0.63 1.61 0.37 0.46 1.26 0.79 1.38 0.84 1.58 0.93 1.66 1.43 1.64 1.21 0.91 0.94 0.81 0.88 0.55 0.95 0.64 0.65
C5' 0.79 1.62 0.84 1.38 1.17 1.42 1.33 1.66 1.60 1.02 1.74 1.32 1.72 1.22 0.91 1.03 1.71 1.03 1.66 1.93 1.68 1.82
C6 0.65 1.68 0.52 0.55 1.29 0.78 1.43 0.82 1.66 0.99 1.75 1.48 1.73 1.28 0.93 1.07 0.91 0.78 0.64 0.90 0.73 0.75
N1 0.66 1.88 0.58 0.56 1.39 0.75 1.62 0.85 1.92 1.13 2.01 1.59 2.07 1.49 1.00 1.08 0.94 0.67 0.72 1.10 0.86 0.92
N3 0.57 1.86 0.50 0.55 1.34 0.89 1.62 1.13 1.95 1.09 2.00 1.55 2.15 1.51 0.92 0.95 0.81 0.71 0.93 1.52 1.00 1.15
O2 0.66 2.03 0.60 0.53 1.44 0.79 1.76 0.98 2.15 1.22 2.21 1.66 2.44 1.67 1.02 1.03 0.88 0.65 0.89 1.45 1.07 1.18
O2' 1.53 3.07 1.29 1.07 2.44 1.22 2.71 1.39 3.10 2.16 3.26 2.63 3.30 2.55 2.00 1.50 1.25 1.34 1.49 1.86 1.80 1.80
O3' 0.85 1.96 0.98 1.33 1.37 1.29 1.65 1.55 2.02 1.29 2.18 1.51 2.24 1.57 1.06 1.11 1.78 0.97 1.65 2.08 1.95 2.01
O4 0.72 2.17 0.52 0.77 1.60 1.12 1.79 1.52 2.11 1.24 2.25 1.85 2.21 1.58 1.14 0.87 0.92 0.92 1.26 1.94 1.25 1.46
O4' 0.70 1.93 0.61 0.90 1.38 1.03 1.57 1.23 1.89 1.12 2.06 1.58 2.03 1.43 1.00 1.03 1.26 0.83 1.19 1.45 1.33 1.39
O5' 0.93 1.38 0.98 1.59 1.04 1.62 1.12 1.75 1.33 0.90 1.45 1.17 1.41 1.02 0.88 1.03 1.98 1.25 1.72 1.95 1.68 1.82
OP1 1.18 1.31 1.21 2.09 1.07 2.18 1.16 2.51 1.30 1.12 1.39 1.13 1.38 1.14 1.05 0.98 2.13 1.65 2.60 2.98 2.43 2.72
OP2 1.25 1.52 1.41 1.45 1.42 1.25 1.48 1.24 1.56 1.37 1.59 1.43 1.61 1.45 1.34 1.53 1.72 1.09 1.30 1.70 1.33 1.40
P 1.12 1.22 1.19 1.85 1.02 1.76 1.05 1.86 1.16 0.98 1.25 1.10 1.21 1.00 0.99 1.09 2.16 1.39 1.90 2.18 1.78 1.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.16 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.32 0.01 0.27 0.50 0.59 0.32
C2 0.05 0.00 0.28 0.20 0.01 0.24 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.33 0.44 0.29 0.42 0.64 0.66 0.43
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.16 0.02 0.11 0.27 0.16 0.14 0.23 0.27 0.14 0.09 0.04 0.01 0.04 0.03 0.48 0.90 0.88 0.69
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.21 0.01 0.29 0.04 0.29 0.34 0.25 0.17 0.33 0.36 0.20 0.02 0.01 0.04 0.25 0.60 0.50 0.38
C4 0.02 0.01 0.16 0.21 0.00 0.10 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.28 0.15 0.41 0.66 0.74 0.43
C4' 0.03 0.24 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.29 0.17 0.24 0.12 0.24 0.10 0.30 0.03 0.01 0.02 0.24 0.36 0.11
C5 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.11 0.00 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.22 0.07 0.55 0.87 0.93 0.63
C5' 0.16 0.33 0.27 0.04 0.28 0.01 0.41 0.00 0.38 0.64 0.32 0.31 0.45 0.61 0.35 0.14 0.25 0.03 0.01 0.30 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.29 0.01 0.10 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.29 0.26 0.13 0.52 0.86 0.90 0.59
C8 0.02 0.02 0.14 0.34 0.01 0.29 0.01 0.64 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.36 0.23 0.17 0.73 1.05 1.12 0.87
N1 0.04 0.01 0.23 0.25 0.01 0.17 0.01 0.32 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.35 0.23 0.45 0.73 0.75 0.47
N3 0.05 0.01 0.27 0.17 0.01 0.24 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.45 0.29 0.39 0.57 0.62 0.38
N6 0.02 0.02 0.14 0.33 0.01 0.12 0.02 0.45 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.32 0.26 0.10 0.60 0.99 1.02 0.72
N7 0.02 0.02 0.09 0.36 0.01 0.24 0.01 0.61 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.36 0.25 0.10 0.73 1.12 1.18 0.91
N9 0.01 0.02 0.04 0.20 0.01 0.10 0.01 0.35 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.18 0.02 0.45 0.71 0.78 0.50
O2' 0.03 0.33 0.01 0.02 0.22 0.30 0.28 0.14 0.29 0.36 0.30 0.31 0.32 0.36 0.19 0.00 0.08 0.19 0.36 0.91 0.93 0.66
O3' 0.32 0.44 0.04 0.01 0.28 0.03 0.22 0.25 0.26 0.23 0.35 0.45 0.26 0.25 0.18 0.08 0.00 0.25 0.30 0.64 0.57 0.42
O4' 0.01 0.29 0.03 0.04 0.15 0.01 0.07 0.03 0.13 0.17 0.23 0.29 0.10 0.10 0.02 0.19 0.25 0.00 0.28 0.30 0.36 0.22
O5' 0.27 0.42 0.48 0.25 0.41 0.02 0.55 0.01 0.52 0.73 0.45 0.39 0.60 0.73 0.45 0.36 0.30 0.28 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.50 0.64 0.90 0.60 0.66 0.24 0.87 0.30 0.86 1.05 0.73 0.57 0.99 1.12 0.71 0.91 0.64 0.30 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.59 0.66 0.88 0.50 0.74 0.36 0.93 0.39 0.90 1.12 0.75 0.62 1.02 1.18 0.78 0.93 0.57 0.36 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.43 0.69 0.38 0.43 0.11 0.63 0.02 0.59 0.87 0.47 0.38 0.72 0.91 0.50 0.66 0.42 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00