ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 31488

back

Distances from reference structure (by RMSD)

36, 18, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 10,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N4 A 0, -0.214, 0.424, 1.062, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.424 std_dev=0.638
C1' B 0, -0.294, 0.354, 1.001, 2.769 max_d=2.769 avg_d=0.354 std_dev=0.648
C4 A 0, -0.274, 0.382, 1.039, 2.219 max_d=2.219 avg_d=0.382 std_dev=0.656
N1 B 0, -0.321, 0.369, 1.060, 2.270 max_d=2.270 avg_d=0.369 std_dev=0.690
O4' B 0, -0.333, 0.451, 1.235, 3.850 max_d=3.850 avg_d=0.451 std_dev=0.784
C6 B 0, -0.406, 0.535, 1.476, 3.183 max_d=3.183 avg_d=0.535 std_dev=0.941
N3 A 0, -0.445, 0.530, 1.504, 3.206 max_d=3.206 avg_d=0.530 std_dev=0.974
C5 A 0, -0.402, 0.574, 1.550, 3.182 max_d=3.182 avg_d=0.574 std_dev=0.976
C6 A 0, -0.431, 0.578, 1.587, 3.371 max_d=3.371 avg_d=0.578 std_dev=1.009
N1 A 0, -0.522, 0.526, 1.574, 3.404 max_d=3.404 avg_d=0.526 std_dev=1.048
C2' B 0, -0.531, 0.543, 1.617, 5.001 max_d=5.001 avg_d=0.543 std_dev=1.074
O5' B 0, -0.387, 0.692, 1.770, 4.615 max_d=4.615 avg_d=0.692 std_dev=1.078
C2 B 0, -0.533, 0.577, 1.687, 3.667 max_d=3.667 avg_d=0.577 std_dev=1.110
C4' B 0, -0.521, 0.658, 1.838, 5.531 max_d=5.531 avg_d=0.658 std_dev=1.180
C3' B 0, -0.581, 0.615, 1.812, 5.660 max_d=5.660 avg_d=0.615 std_dev=1.196
O2 B 0, -0.526, 0.694, 1.914, 4.107 max_d=4.107 avg_d=0.694 std_dev=1.220
C2 A 0, -0.590, 0.643, 1.876, 4.149 max_d=4.149 avg_d=0.643 std_dev=1.233
O4' A 0, -0.593, 0.719, 2.032, 4.266 max_d=4.266 avg_d=0.719 std_dev=1.312
C5' B 0, -0.518, 0.830, 2.178, 6.556 max_d=6.556 avg_d=0.830 std_dev=1.348
C1' A 0, -0.664, 0.707, 2.077, 4.383 max_d=4.383 avg_d=0.707 std_dev=1.371
P B 0, -0.587, 0.823, 2.233, 5.211 max_d=5.211 avg_d=0.823 std_dev=1.410
O2' B 0, -0.677, 0.816, 2.310, 6.675 max_d=6.675 avg_d=0.816 std_dev=1.493
C5 B 0, -0.703, 0.807, 2.317, 4.820 max_d=4.820 avg_d=0.807 std_dev=1.510
OP2 B 0, -0.678, 0.836, 2.351, 5.142 max_d=5.142 avg_d=0.836 std_dev=1.515
N3 B 0, -0.812, 0.827, 2.465, 5.355 max_d=5.355 avg_d=0.827 std_dev=1.638
O3' B 0, -0.817, 0.846, 2.510, 8.302 max_d=8.302 avg_d=0.846 std_dev=1.663
OP1 B 0, -0.714, 1.036, 2.786, 5.773 max_d=5.773 avg_d=1.036 std_dev=1.750
O2 A 0, -0.835, 0.976, 2.788, 6.223 max_d=6.223 avg_d=0.976 std_dev=1.811
C4 B 0, -0.921, 0.949, 2.819, 6.189 max_d=6.189 avg_d=0.949 std_dev=1.870
C4' A 0, -0.901, 1.061, 3.023, 5.776 max_d=5.776 avg_d=1.061 std_dev=1.962
C2' A 0, -1.022, 1.125, 3.271, 6.985 max_d=6.985 avg_d=1.125 std_dev=2.146
C5' A 0, -1.078, 1.318, 3.713, 8.508 max_d=8.508 avg_d=1.318 std_dev=2.396
C3' A 0, -1.136, 1.271, 3.678, 7.438 max_d=7.438 avg_d=1.271 std_dev=2.407
O5' A 0, -0.972, 1.441, 3.854, 9.128 max_d=9.128 avg_d=1.441 std_dev=2.413
O4 B 0, -1.169, 1.270, 3.710, 8.427 max_d=8.427 avg_d=1.270 std_dev=2.439
O2' A 0, -1.189, 1.331, 3.852, 8.343 max_d=8.343 avg_d=1.331 std_dev=2.520
P A 0, -1.252, 1.759, 4.771, 11.543 max_d=11.543 avg_d=1.759 std_dev=3.011
OP2 A 0, -1.231, 1.804, 4.839, 11.071 max_d=11.071 avg_d=1.804 std_dev=3.035
O3' A 0, -1.476, 1.661, 4.798, 9.724 max_d=9.724 avg_d=1.661 std_dev=3.137
OP1 A 0, -1.546, 2.121, 5.789, 13.790 max_d=13.790 avg_d=2.121 std_dev=3.667

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.08 0.01 0.22 0.24 0.23 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.16 0.01 0.17 0.03 0.27 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.16 0.14 0.64 0.63 0.51 0.58
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.04 0.10 0.02 0.07 0.07 0.17 0.00 0.02 0.01 0.30 0.39 0.23 0.27
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.13 0.00 0.23 0.01 0.24 0.07 0.13 0.15 0.31 0.02 0.01 0.01 0.36 0.45 0.20 0.32
C4 0.03 0.01 0.06 0.13 0.00 0.08 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.12 0.09 0.04 0.73 0.72 0.63 0.70
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.21 0.04 0.13 0.09 0.33 0.08 0.02 0.01 0.01 0.16 0.30 0.04
C5 0.02 0.03 0.09 0.23 0.01 0.18 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.09 0.21 0.11 0.74 0.72 0.68 0.73
C5' 0.02 0.27 0.04 0.01 0.15 0.01 0.27 0.00 0.30 0.08 0.25 0.17 0.51 0.05 0.05 0.01 0.01 0.19 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.24 0.02 0.21 0.01 0.30 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.22 0.15 0.65 0.61 0.54 0.60
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02 0.47 0.43 0.30 0.37
N3 0.02 0.00 0.07 0.13 0.01 0.13 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.16 0.12 0.10 0.74 0.74 0.65 0.70
N4 0.03 0.02 0.07 0.15 0.01 0.09 0.03 0.17 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.14 0.12 0.04 0.79 0.82 0.76 0.80
O2 0.03 0.01 0.17 0.31 0.03 0.33 0.03 0.51 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.23 0.33 0.25 0.80 0.81 0.73 0.78
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.12 0.08 0.09 0.05 0.09 0.06 0.16 0.14 0.23 0.00 0.05 0.06 0.07 0.20 0.22 0.10
O3' 0.08 0.16 0.02 0.01 0.09 0.02 0.21 0.05 0.22 0.04 0.12 0.12 0.33 0.05 0.00 0.05 0.26 0.43 0.22 0.28
O4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.15 0.02 0.10 0.04 0.25 0.06 0.05 0.00 0.09 0.11 0.39 0.12
O5' 0.22 0.64 0.30 0.36 0.73 0.01 0.74 0.01 0.65 0.47 0.74 0.79 0.80 0.07 0.26 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.63 0.39 0.45 0.72 0.16 0.72 0.19 0.61 0.43 0.74 0.82 0.81 0.20 0.43 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.51 0.23 0.20 0.63 0.30 0.68 0.36 0.54 0.30 0.65 0.76 0.73 0.22 0.22 0.39 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.58 0.27 0.32 0.70 0.04 0.73 0.02 0.60 0.37 0.70 0.80 0.78 0.10 0.28 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.53 2.49 1.44 1.15 3.16 0.91 2.62 0.65 2.05 2.02 2.99 2.45 1.45 1.15 3.69 1.18 0.60 0.69 0.57 0.27
C2 1.38 2.19 1.28 1.06 2.85 0.83 2.50 0.60 1.96 1.85 2.62 2.10 1.24 1.01 3.22 1.08 0.62 0.64 0.62 0.28
C2' 1.89 3.01 1.69 1.33 3.74 1.08 3.07 0.72 2.44 2.45 3.59 2.99 1.68 1.32 4.37 1.47 0.75 0.65 0.67 0.33
C3' 1.78 2.89 1.59 1.30 3.67 1.09 3.01 0.82 2.36 2.34 3.49 2.86 1.61 1.39 4.33 1.41 0.77 0.79 0.68 0.41
C4 0.83 1.53 0.74 0.53 2.20 0.45 2.02 0.44 1.50 1.28 1.92 1.39 0.76 0.52 2.52 0.66 0.34 0.72 0.62 0.19
C4' 1.64 2.57 1.60 1.38 3.25 1.17 2.65 0.95 2.08 2.08 3.10 2.55 1.69 1.51 3.85 1.32 0.78 0.89 0.59 0.48
C5 0.87 1.62 0.85 0.64 2.33 0.52 2.06 0.51 1.51 1.33 2.05 1.49 0.93 0.72 2.73 0.67 0.32 0.77 0.55 0.20
C5' 1.63 2.36 1.72 1.60 3.00 1.41 2.45 1.24 1.93 1.93 2.85 2.36 1.90 1.86 3.58 1.39 0.96 1.13 0.62 0.69
C6 1.09 1.94 1.00 0.75 2.67 0.61 2.30 0.52 1.72 1.58 2.42 1.84 1.05 0.77 3.13 0.84 0.39 0.75 0.55 0.21
N1 1.33 2.21 1.21 0.95 2.91 0.76 2.49 0.56 1.91 1.82 2.69 2.12 1.21 0.92 3.38 1.02 0.52 0.69 0.58 0.23
N3 1.12 1.84 1.00 0.80 2.47 0.65 2.26 0.49 1.76 1.58 2.22 1.71 0.95 0.73 2.76 0.90 0.53 0.64 0.66 0.25
N4 0.54 1.11 0.58 0.45 1.73 0.38 1.64 0.45 1.19 0.94 1.46 0.97 0.66 0.53 1.99 0.45 0.25 0.75 0.65 0.20
O2 1.62 2.45 1.59 1.39 3.01 1.08 2.60 0.76 2.11 2.07 2.86 2.38 1.55 1.40 3.35 1.28 0.78 0.62 0.63 0.36
O2' 2.10 3.23 1.94 1.57 3.84 1.27 3.10 0.84 2.53 2.62 3.79 3.26 1.96 1.57 4.44 1.62 0.87 0.70 0.70 0.44
O3' 1.99 3.20 1.75 1.41 3.95 1.20 3.21 0.88 2.56 2.58 3.83 3.19 1.77 1.49 4.65 1.58 0.86 0.80 0.72 0.47
O4' 1.51 2.34 1.51 1.28 2.95 1.07 2.43 0.87 1.91 1.91 2.80 2.31 1.59 1.34 3.47 1.21 0.70 0.82 0.54 0.41
O5' 1.62 2.03 1.87 1.91 2.54 1.77 2.04 1.74 1.65 1.70 2.43 2.05 2.10 2.21 3.08 1.53 1.34 1.73 0.82 1.18
OP1 1.80 1.87 2.13 2.25 2.25 2.16 1.81 2.11 1.52 1.64 2.16 1.96 2.52 2.73 2.77 1.79 1.60 1.97 0.95 1.40
OP2 1.65 1.69 1.98 2.12 2.08 2.04 1.70 2.04 1.41 1.49 1.97 1.74 2.29 2.50 2.57 1.68 1.59 1.89 0.98 1.36
P 1.77 1.86 2.09 2.21 2.24 2.09 1.82 2.04 1.54 1.64 2.15 1.93 2.41 2.61 2.74 1.76 1.58 1.88 0.95 1.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.21 0.03 0.01 0.10 0.19 0.10 0.09
C2 0.02 0.00 0.13 0.18 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.02 0.05 0.19 0.29 0.30 0.22
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.10 0.10 0.03 0.10 0.22 0.00 0.04 0.06 0.01 0.26 0.34 0.33 0.29
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.25 0.01 0.27 0.02 0.24 0.15 0.22 0.18 0.02 0.01 0.26 0.02 0.19 0.27 0.17 0.18
C4 0.02 0.01 0.06 0.25 0.00 0.13 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.12 0.01 0.04 0.33 0.45 0.57 0.42
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.16 0.07 0.09 0.07 0.18 0.03 0.14 0.00 0.01 0.12 0.11 0.04
C5 0.02 0.01 0.09 0.27 0.01 0.16 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.16 0.01 0.07 0.36 0.46 0.58 0.44
C5' 0.04 0.11 0.10 0.02 0.20 0.01 0.23 0.00 0.20 0.11 0.16 0.10 0.08 0.13 0.22 0.01 0.01 0.14 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.24 0.01 0.16 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.14 0.02 0.08 0.30 0.35 0.39 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.15 0.02 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.10 0.02 0.02 0.18 0.25 0.24 0.20
N3 0.02 0.01 0.10 0.22 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.14 0.02 0.03 0.26 0.37 0.44 0.32
O2 0.04 0.01 0.22 0.18 0.02 0.07 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.31 0.02 0.09 0.14 0.27 0.23 0.16
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.22 0.18 0.23 0.08 0.19 0.12 0.17 0.14 0.00 0.06 0.25 0.13 0.16 0.30 0.36 0.24
O3' 0.21 0.18 0.04 0.01 0.12 0.03 0.16 0.13 0.14 0.10 0.14 0.31 0.06 0.00 0.13 0.13 0.23 0.31 0.23 0.22
O4 0.03 0.02 0.06 0.26 0.01 0.14 0.01 0.22 0.02 0.02 0.02 0.02 0.25 0.13 0.00 0.04 0.36 0.51 0.66 0.47
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.03 0.09 0.13 0.13 0.04 0.00 0.11 0.16 0.13 0.11
O5' 0.10 0.19 0.26 0.19 0.33 0.01 0.36 0.01 0.30 0.18 0.26 0.14 0.16 0.23 0.36 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.29 0.34 0.27 0.45 0.12 0.46 0.14 0.35 0.25 0.37 0.27 0.30 0.31 0.51 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.30 0.33 0.17 0.57 0.11 0.58 0.14 0.39 0.24 0.44 0.23 0.36 0.23 0.66 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.22 0.29 0.18 0.42 0.04 0.44 0.02 0.33 0.20 0.32 0.16 0.24 0.22 0.47 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00