ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 31554

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.008, 0.034, 0.059, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.034 std_dev=0.026
N1 B 0, 0.020, 0.050, 0.080, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.050 std_dev=0.030
C1' B 0, 0.042, 0.118, 0.194, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.118 std_dev=0.076
C5 A 0, -0.001, 0.078, 0.157, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.078 std_dev=0.079
N3 A 0, 0.054, 0.137, 0.220, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.137 std_dev=0.083
C4 B 0, 0.055, 0.162, 0.269, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.162 std_dev=0.107
N7 A 0, 0.052, 0.161, 0.270, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.161 std_dev=0.109
N9 A 0, 0.055, 0.169, 0.283, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.169 std_dev=0.114
C6 A 0, 0.075, 0.213, 0.352, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.213 std_dev=0.138
C8 A 0, 0.045, 0.199, 0.354, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.199 std_dev=0.155
C2 A 0, 0.056, 0.222, 0.388, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.222 std_dev=0.166
N4 B 0, 0.060, 0.240, 0.420, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.240 std_dev=0.180
C1' A 0, 0.063, 0.243, 0.423, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.243 std_dev=0.180
N1 A 0, 0.086, 0.277, 0.469, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.277 std_dev=0.191
O6 A 0, 0.114, 0.315, 0.516, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.315 std_dev=0.201
N2 A 0, 0.102, 0.352, 0.602, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.352 std_dev=0.250
N3 B 0, 0.025, 0.281, 0.536, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.281 std_dev=0.255
C6 B 0, -0.023, 0.260, 0.544, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.260 std_dev=0.283
C2 B 0, -0.017, 0.269, 0.556, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.269 std_dev=0.286
C5 B 0, 0.017, 0.318, 0.618, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.318 std_dev=0.300
O4' A 0, 0.191, 0.542, 0.893, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.542 std_dev=0.351
C2' A 0, 0.151, 0.506, 0.862, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.506 std_dev=0.356
O2 B 0, -0.084, 0.489, 1.062, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.489 std_dev=0.573
C3' A 0, 0.109, 0.760, 1.412, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.760 std_dev=0.652
C4' A 0, 0.141, 0.796, 1.451, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.796 std_dev=0.655
O5' A 0, 0.299, 0.980, 1.661, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.980 std_dev=0.681
P A 0, 0.575, 1.294, 2.013, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.294 std_dev=0.719
OP2 A 0, 0.757, 1.556, 2.354, 2.280 max_d=2.280 avg_d=1.556 std_dev=0.798
O4' B 0, 0.146, 0.946, 1.747, 2.308 max_d=2.308 avg_d=0.946 std_dev=0.800
C5' A 0, 0.213, 1.018, 1.823, 2.026 max_d=2.026 avg_d=1.018 std_dev=0.805
O2' A 0, 0.118, 1.049, 1.979, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.049 std_dev=0.930
OP1 A 0, 0.726, 1.669, 2.612, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.669 std_dev=0.943
C2' B 0, -0.023, 0.970, 1.963, 2.838 max_d=2.838 avg_d=0.970 std_dev=0.993
C4' B 0, 0.285, 1.361, 2.437, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.361 std_dev=1.076
O3' A 0, -0.068, 1.107, 2.282, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.107 std_dev=1.175
C3' B 0, 0.320, 1.588, 2.856, 3.621 max_d=3.621 avg_d=1.588 std_dev=1.268
O2' B 0, 0.082, 1.566, 3.049, 4.255 max_d=4.255 avg_d=1.566 std_dev=1.484
O3' B 0, 0.724, 2.303, 3.882, 3.979 max_d=3.979 avg_d=2.303 std_dev=1.579
C5' B 0, -0.079, 2.061, 4.201, 6.118 max_d=6.118 avg_d=2.061 std_dev=2.140
O5' B 0, 0.065, 2.813, 5.562, 7.880 max_d=7.880 avg_d=2.813 std_dev=2.749
P B 0, -0.581, 3.330, 7.240, 10.897 max_d=10.897 avg_d=3.330 std_dev=3.911
OP1 B 0, -0.777, 3.253, 7.283, 11.203 max_d=11.203 avg_d=3.253 std_dev=4.030
OP2 B 0, 0.218, 4.710, 9.201, 12.570 max_d=12.570 avg_d=4.710 std_dev=4.492

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.04 0.08 0.05 0.01 0.00 0.02 0.37 0.00 0.20 0.01 0.19 0.44 0.31
C2 0.05 0.00 0.35 0.29 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.22 0.17 0.08 0.01 0.20 0.43 0.30
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.18 0.02 0.08 0.27 0.14 0.17 0.26 0.44 0.34 0.10 0.02 0.00 0.01 0.02 0.52 0.11 0.45 0.71 0.58
C3' 0.02 0.29 0.00 0.00 0.29 0.00 0.37 0.01 0.39 0.31 0.35 0.27 0.23 0.38 0.24 0.01 0.01 0.02 0.07 0.42 0.18 0.12 0.08
C4 0.02 0.02 0.18 0.29 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.18 0.14 0.10 0.09 0.01 0.22 0.45 0.30
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.09 0.16 0.06 0.08 0.06 0.16 0.09 0.31 0.03 0.01 0.02 0.11 0.10 0.08 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.37 0.00 0.10 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.06 0.06 0.10 0.01 0.25 0.44 0.29
C5' 0.10 0.09 0.27 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.11 0.05 0.05 0.23 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.39 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.31 0.06 0.09 0.11 0.00 0.25 0.41 0.28
C8 0.01 0.02 0.17 0.31 0.01 0.16 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.43 0.11 0.10 0.11 0.02 0.26 0.47 0.30
N1 0.04 0.01 0.26 0.35 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.10 0.15 0.08 0.01 0.23 0.42 0.30
N2 0.08 0.01 0.44 0.27 0.03 0.08 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.19 0.28 0.19 0.08 0.02 0.18 0.41 0.29
N3 0.05 0.01 0.34 0.23 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.09 0.28 0.17 0.10 0.02 0.20 0.44 0.31
N7 0.01 0.01 0.10 0.38 0.01 0.16 0.00 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.46 0.15 0.05 0.14 0.02 0.28 0.45 0.28
N9 0.00 0.03 0.02 0.24 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.24 0.12 0.02 0.11 0.01 0.22 0.46 0.31
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.18 0.31 0.34 0.05 0.31 0.43 0.17 0.19 0.09 0.46 0.24 0.00 0.05 0.22 0.42 0.38 0.33 0.80 0.51
O3' 0.37 0.22 0.01 0.01 0.14 0.03 0.06 0.23 0.06 0.11 0.10 0.28 0.28 0.15 0.12 0.05 0.00 0.28 0.24 0.12 0.60 0.27 0.31
O4' 0.00 0.17 0.02 0.02 0.10 0.01 0.06 0.01 0.09 0.10 0.15 0.19 0.17 0.05 0.02 0.22 0.28 0.00 0.05 0.07 0.07 0.22 0.15
O5' 0.20 0.08 0.52 0.07 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.11 0.08 0.08 0.10 0.14 0.11 0.42 0.24 0.05 0.00 0.14 0.03 0.03 0.01
O6 0.01 0.01 0.11 0.42 0.01 0.11 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.38 0.12 0.07 0.14 0.00 0.26 0.38 0.27
OP1 0.19 0.20 0.45 0.18 0.22 0.10 0.25 0.10 0.25 0.26 0.23 0.18 0.20 0.28 0.22 0.33 0.60 0.07 0.03 0.26 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 0.43 0.71 0.12 0.45 0.08 0.44 0.03 0.41 0.47 0.42 0.41 0.44 0.45 0.46 0.80 0.27 0.22 0.03 0.38 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.30 0.58 0.08 0.30 0.04 0.29 0.01 0.28 0.30 0.30 0.29 0.31 0.28 0.31 0.51 0.31 0.15 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.15 0.29 0.32 0.09 0.59 0.11 1.32 0.10 0.10 0.13 0.16 0.22 0.35 0.24 0.47 1.31 1.75 1.45 1.68
C2 0.11 0.20 0.27 0.33 0.13 0.54 0.05 1.15 0.04 0.12 0.21 0.15 0.25 0.28 0.14 0.42 1.08 1.29 1.12 1.27
C2' 0.23 0.17 0.67 0.69 0.23 0.79 0.36 1.52 0.33 0.22 0.18 0.24 0.21 0.47 0.23 0.49 1.65 1.99 1.83 2.04
C3' 0.15 0.23 0.53 0.53 0.36 0.67 0.38 1.42 0.28 0.19 0.30 0.47 0.25 0.31 0.15 0.39 1.54 1.88 1.78 1.94
C4 0.08 0.14 0.27 0.35 0.09 0.51 0.11 1.11 0.08 0.07 0.13 0.15 0.20 0.21 0.14 0.42 1.05 1.27 1.09 1.25
C4' 0.16 0.12 0.26 0.29 0.12 0.58 0.10 1.33 0.07 0.08 0.12 0.22 0.19 0.36 0.29 0.43 1.37 1.81 1.59 1.78
C5 0.05 0.09 0.27 0.38 0.11 0.43 0.15 0.90 0.12 0.06 0.11 0.16 0.14 0.09 0.11 0.37 0.81 0.88 0.89 0.87
C5' 0.16 0.13 0.21 0.27 0.11 0.54 0.11 1.24 0.10 0.10 0.13 0.21 0.19 0.30 0.27 0.43 1.23 1.62 1.40 1.59
C6 0.08 0.09 0.27 0.39 0.11 0.38 0.17 0.74 0.14 0.08 0.11 0.15 0.11 0.14 0.14 0.33 0.67 0.64 0.85 0.62
C8 0.06 0.10 0.28 0.37 0.12 0.47 0.15 1.00 0.12 0.06 0.11 0.18 0.15 0.11 0.13 0.40 0.93 1.10 0.98 1.07
N1 0.02 0.12 0.27 0.37 0.10 0.44 0.12 0.88 0.09 0.04 0.14 0.13 0.16 0.11 0.10 0.36 0.79 0.82 0.87 0.82
N2 0.21 0.31 0.27 0.29 0.22 0.60 0.11 1.30 0.12 0.23 0.29 0.19 0.34 0.44 0.23 0.46 1.24 1.53 1.30 1.50
N3 0.14 0.20 0.28 0.32 0.11 0.57 0.06 1.25 0.06 0.13 0.19 0.14 0.26 0.34 0.19 0.45 1.21 1.53 1.29 1.49
N7 0.07 0.09 0.28 0.39 0.13 0.41 0.17 0.85 0.14 0.08 0.12 0.19 0.12 0.09 0.13 0.36 0.77 0.82 0.87 0.80
N9 0.10 0.13 0.28 0.34 0.09 0.53 0.12 1.16 0.10 0.07 0.13 0.16 0.19 0.23 0.16 0.43 1.11 1.39 1.17 1.35
O2' 0.22 0.38 0.37 0.39 0.27 0.65 0.23 1.49 0.22 0.23 0.39 0.29 0.50 0.43 0.25 0.50 1.56 2.17 1.79 2.08
O3' 0.48 0.38 0.17 0.20 0.14 0.51 0.14 1.28 0.28 0.37 0.27 0.10 0.47 0.50 0.71 0.48 1.31 1.85 1.62 1.80
O4' 0.30 0.23 0.16 0.15 0.14 0.54 0.15 1.26 0.22 0.24 0.18 0.16 0.27 0.51 0.39 0.50 1.19 1.68 1.35 1.57
O5' 0.13 0.15 0.25 0.31 0.16 0.51 0.15 1.13 0.11 0.10 0.18 0.25 0.21 0.17 0.20 0.41 1.08 1.36 1.19 1.34
O6 0.16 0.13 0.29 0.42 0.15 0.29 0.20 0.51 0.19 0.16 0.13 0.16 0.12 0.30 0.23 0.28 0.52 0.49 0.97 0.40
OP1 0.24 0.27 0.19 0.27 0.25 0.54 0.25 1.13 0.24 0.24 0.27 0.27 0.31 0.25 0.25 0.49 1.00 1.32 1.04 1.22
OP2 0.43 0.39 0.18 0.15 0.36 0.48 0.39 0.92 0.41 0.40 0.37 0.34 0.42 0.45 0.42 0.56 0.57 1.02 0.60 0.68
P 0.32 0.29 0.08 0.13 0.25 0.45 0.27 1.00 0.30 0.29 0.26 0.24 0.32 0.37 0.35 0.48 0.80 1.16 0.86 1.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.14 0.01 0.02 0.04 0.03 0.08 0.02 0.32 0.00 0.21 0.31 0.41 0.20
C2 0.04 0.00 0.15 0.40 0.02 0.37 0.03 0.68 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.37 0.13 0.25 1.00 1.25 1.59 1.19
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.03 0.02 0.14 0.25 0.17 0.01 0.10 0.04 0.29 0.00 0.03 0.01 0.14 0.52 0.12 0.20
C3' 0.01 0.40 0.00 0.00 0.33 0.01 0.25 0.03 0.21 0.20 0.41 0.36 0.52 0.02 0.01 0.02 0.20 0.08 0.31 0.16
C4 0.03 0.02 0.03 0.33 0.00 0.07 0.01 0.31 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.27 0.13 0.06 0.58 0.86 1.28 0.68
C4' 0.01 0.37 0.02 0.01 0.07 0.00 0.21 0.01 0.29 0.03 0.30 0.09 0.65 0.30 0.03 0.00 0.04 0.16 0.08 0.06
C5 0.01 0.03 0.14 0.25 0.01 0.21 0.00 0.47 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.26 0.03 0.23 0.40 0.50 0.74 0.29
C5' 0.14 0.68 0.25 0.03 0.31 0.01 0.47 0.00 0.56 0.23 0.62 0.34 1.17 0.09 0.24 0.03 0.01 0.09 0.15 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.21 0.02 0.29 0.00 0.56 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.26 0.13 0.28 0.46 0.48 0.59 0.37
N1 0.02 0.01 0.01 0.20 0.02 0.03 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.18 0.09 0.04 0.39 0.53 0.79 0.42
N3 0.04 0.01 0.10 0.41 0.01 0.30 0.01 0.62 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.37 0.19 0.17 0.98 1.34 1.76 1.22
N4 0.03 0.02 0.04 0.36 0.00 0.09 0.02 0.34 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.29 0.19 0.07 0.63 0.97 1.44 0.77
O2 0.08 0.00 0.29 0.52 0.03 0.65 0.03 1.17 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.54 0.23 0.48 1.54 1.83 2.14 1.81
O2' 0.02 0.37 0.00 0.02 0.27 0.30 0.26 0.09 0.26 0.18 0.37 0.29 0.54 0.00 0.07 0.19 0.19 0.44 0.22 0.19
O3' 0.32 0.13 0.03 0.01 0.13 0.03 0.03 0.24 0.13 0.09 0.19 0.19 0.23 0.07 0.00 0.26 0.30 0.38 0.44 0.32
O4' 0.00 0.25 0.01 0.02 0.06 0.00 0.23 0.03 0.28 0.04 0.17 0.07 0.48 0.19 0.26 0.00 0.26 0.08 0.43 0.28
O5' 0.21 1.00 0.14 0.20 0.58 0.04 0.40 0.01 0.46 0.39 0.98 0.63 1.54 0.19 0.30 0.26 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.31 1.25 0.52 0.08 0.86 0.16 0.50 0.09 0.48 0.53 1.34 0.97 1.83 0.44 0.38 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.41 1.59 0.12 0.31 1.28 0.08 0.74 0.15 0.59 0.79 1.76 1.44 2.14 0.22 0.44 0.43 0.03 0.02 0.00 0.00
P 0.20 1.19 0.20 0.16 0.68 0.06 0.29 0.02 0.37 0.42 1.22 0.77 1.81 0.19 0.32 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00