ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 31568

back

Distances from reference structure (by RMSD)

8, 203, 146, 45, 26, 19, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.023, 0.091, 0.160, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.091 std_dev=0.068
C4 B 0, 0.031, 0.101, 0.172, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.101 std_dev=0.071
C6 B 0, 0.084, 0.216, 0.347, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.216 std_dev=0.131
C1' B 0, 0.051, 0.230, 0.409, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.230 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.015, 0.208, 0.402, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.208 std_dev=0.194
C1' A 0, 0.070, 0.273, 0.476, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.273 std_dev=0.203
N9 A 0, 0.008, 0.219, 0.430, 2.269 max_d=2.269 avg_d=0.219 std_dev=0.211
O6 B 0, 0.109, 0.325, 0.541, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.325 std_dev=0.216
N9 B 0, -0.026, 0.197, 0.420, 2.144 max_d=2.144 avg_d=0.197 std_dev=0.223
C6 A 0, 0.058, 0.283, 0.509, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.283 std_dev=0.226
C5 A 0, 0.017, 0.246, 0.474, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.246 std_dev=0.229
N3 A 0, -0.004, 0.226, 0.457, 2.321 max_d=2.321 avg_d=0.226 std_dev=0.230
N3 B 0, -0.066, 0.170, 0.406, 2.406 max_d=2.406 avg_d=0.170 std_dev=0.236
N1 B 0, -0.013, 0.225, 0.463, 2.358 max_d=2.358 avg_d=0.225 std_dev=0.238
N1 A 0, 0.065, 0.320, 0.575, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.320 std_dev=0.255
C2 A 0, -0.003, 0.344, 0.691, 3.542 max_d=3.542 avg_d=0.344 std_dev=0.347
O6 A 0, 0.081, 0.429, 0.778, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.429 std_dev=0.348
C2 B 0, -0.113, 0.241, 0.594, 3.643 max_d=3.643 avg_d=0.241 std_dev=0.354
N7 B 0, -0.091, 0.357, 0.806, 4.573 max_d=4.573 avg_d=0.357 std_dev=0.449
C8 B 0, -0.118, 0.338, 0.793, 4.609 max_d=4.609 avg_d=0.338 std_dev=0.455
C8 A 0, -0.055, 0.412, 0.880, 4.708 max_d=4.708 avg_d=0.412 std_dev=0.468
N7 A 0, -0.048, 0.435, 0.917, 4.627 max_d=4.627 avg_d=0.435 std_dev=0.483
C2' A 0, 0.600, 1.123, 1.646, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.123 std_dev=0.523
O4' A 0, 0.553, 1.118, 1.684, 2.758 max_d=2.758 avg_d=1.118 std_dev=0.565
N2 A 0, -0.053, 0.560, 1.173, 6.194 max_d=6.194 avg_d=0.560 std_dev=0.613
N2 B 0, -0.210, 0.404, 1.018, 6.319 max_d=6.319 avg_d=0.404 std_dev=0.614
O4' B 0, 0.118, 0.830, 1.541, 3.952 max_d=3.952 avg_d=0.830 std_dev=0.712
C3' A 0, 0.883, 1.635, 2.388, 3.487 max_d=3.487 avg_d=1.635 std_dev=0.753
C2' B 0, 0.000, 0.805, 1.610, 3.123 max_d=3.123 avg_d=0.805 std_dev=0.805
C4' A 0, 0.840, 1.662, 2.484, 3.166 max_d=3.166 avg_d=1.662 std_dev=0.822
O2' A 0, 0.722, 1.592, 2.461, 3.630 max_d=3.630 avg_d=1.592 std_dev=0.870
O3' A 0, 1.188, 2.084, 2.980, 4.887 max_d=4.887 avg_d=2.084 std_dev=0.896
C4' B 0, 0.200, 1.182, 2.164, 4.820 max_d=4.820 avg_d=1.182 std_dev=0.982
O2' B 0, -0.024, 1.011, 2.047, 4.197 max_d=4.197 avg_d=1.011 std_dev=1.036
C3' B 0, 0.064, 1.259, 2.454, 5.152 max_d=5.152 avg_d=1.259 std_dev=1.195
C5' A 0, 1.202, 2.471, 3.740, 6.026 max_d=6.026 avg_d=2.471 std_dev=1.269
O3' B 0, 0.132, 1.826, 3.520, 6.755 max_d=6.755 avg_d=1.826 std_dev=1.694
O5' A 0, 1.169, 2.923, 4.678, 6.778 max_d=6.778 avg_d=2.923 std_dev=1.755
C5' B 0, 0.099, 1.890, 3.680, 7.736 max_d=7.736 avg_d=1.890 std_dev=1.791
O5' B 0, -0.224, 1.976, 4.176, 9.059 max_d=9.059 avg_d=1.976 std_dev=2.200
P A 0, 1.431, 3.689, 5.946, 9.744 max_d=9.744 avg_d=3.689 std_dev=2.257
OP2 A 0, 1.639, 3.969, 6.298, 10.155 max_d=10.155 avg_d=3.969 std_dev=2.330
OP1 A 0, 1.681, 4.190, 6.698, 11.102 max_d=11.102 avg_d=4.190 std_dev=2.509
P B 0, -0.349, 2.722, 5.792, 12.092 max_d=12.092 avg_d=2.722 std_dev=3.071
OP2 B 0, -0.122, 3.174, 6.469, 13.103 max_d=13.103 avg_d=3.174 std_dev=3.296
OP1 B 0, 0.091, 3.541, 6.991, 13.479 max_d=13.479 avg_d=3.541 std_dev=3.450

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.35 0.01 0.31 0.03 0.51 0.35 0.35
C2 0.05 0.00 0.44 0.37 0.02 0.33 0.01 0.55 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.41 0.49 0.42 0.62 0.02 0.93 0.87 0.74
C2' 0.01 0.44 0.00 0.01 0.23 0.03 0.12 0.22 0.21 0.22 0.34 0.53 0.43 0.12 0.03 0.01 0.04 0.02 0.50 0.16 0.84 0.63 0.60
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.31 0.01 0.38 0.03 0.40 0.41 0.39 0.40 0.33 0.44 0.26 0.02 0.01 0.02 0.36 0.44 0.73 0.35 0.45
C4 0.02 0.02 0.23 0.31 0.00 0.15 0.01 0.27 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.27 0.22 0.52 0.02 0.78 0.69 0.61
C4' 0.01 0.33 0.03 0.01 0.15 0.00 0.13 0.01 0.15 0.29 0.24 0.42 0.31 0.24 0.10 0.34 0.03 0.01 0.02 0.15 0.30 0.23 0.09
C5 0.02 0.01 0.12 0.38 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.19 0.11 0.66 0.01 0.99 0.92 0.81
C5' 0.08 0.55 0.22 0.03 0.27 0.01 0.23 0.00 0.30 0.38 0.44 0.70 0.50 0.33 0.14 0.14 0.24 0.02 0.02 0.29 0.25 0.35 0.03
C6 0.03 0.01 0.21 0.40 0.01 0.15 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.30 0.25 0.19 0.67 0.01 1.06 1.00 0.84
C8 0.02 0.02 0.22 0.41 0.01 0.29 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.49 0.24 0.22 0.81 0.03 1.05 0.94 0.94
N1 0.04 0.01 0.34 0.39 0.02 0.24 0.01 0.44 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.32 0.37 0.33 0.63 0.02 0.99 0.94 0.78
N2 0.06 0.01 0.53 0.40 0.02 0.42 0.02 0.70 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.55 0.63 0.49 0.71 0.03 1.05 1.00 0.86
N3 0.05 0.01 0.43 0.33 0.01 0.31 0.01 0.50 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.39 0.49 0.41 0.55 0.02 0.79 0.72 0.62
N7 0.02 0.02 0.12 0.44 0.01 0.24 0.01 0.33 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.47 0.25 0.12 0.83 0.03 1.17 1.10 1.01
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.23 0.14 0.02 0.52 0.02 0.72 0.60 0.58
O2' 0.02 0.41 0.01 0.02 0.23 0.34 0.31 0.14 0.30 0.49 0.32 0.55 0.39 0.47 0.23 0.00 0.07 0.24 0.48 0.35 0.88 0.72 0.63
O3' 0.35 0.49 0.04 0.01 0.27 0.03 0.19 0.24 0.25 0.24 0.37 0.63 0.49 0.25 0.14 0.07 0.00 0.23 0.37 0.25 0.82 0.44 0.50
O4' 0.01 0.42 0.02 0.02 0.22 0.01 0.11 0.02 0.19 0.22 0.33 0.49 0.41 0.12 0.02 0.24 0.23 0.00 0.22 0.15 0.33 0.32 0.27
O5' 0.31 0.62 0.50 0.36 0.52 0.02 0.66 0.02 0.67 0.81 0.63 0.71 0.55 0.83 0.52 0.48 0.37 0.22 0.00 0.73 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.16 0.44 0.02 0.15 0.01 0.29 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.35 0.25 0.15 0.73 0.00 1.19 1.13 0.95
OP1 0.51 0.93 0.84 0.73 0.78 0.30 0.99 0.25 1.06 1.05 0.99 1.05 0.79 1.17 0.72 0.88 0.82 0.33 0.02 1.19 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.87 0.63 0.35 0.69 0.23 0.92 0.35 1.00 0.94 0.94 1.00 0.72 1.10 0.60 0.72 0.44 0.32 0.02 1.13 0.02 0.00 0.01
P 0.35 0.74 0.60 0.45 0.61 0.09 0.81 0.03 0.84 0.94 0.78 0.86 0.62 1.01 0.58 0.63 0.50 0.27 0.01 0.95 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.42 0.42 0.40 0.18 0.48 0.16 0.88 0.19 0.34 0.34 0.62 0.32 0.32 0.22 0.68 0.46 0.46 1.40 0.24 2.19 2.15 1.88
C2 0.43 0.17 0.47 0.54 0.31 0.56 0.37 0.80 0.29 0.57 0.21 0.24 0.19 0.56 0.44 0.61 0.52 0.54 1.18 0.36 1.79 1.78 1.46
C2' 0.68 0.66 0.89 0.63 0.57 0.61 0.52 0.91 0.47 0.67 0.57 0.82 0.64 0.61 0.62 1.18 0.71 0.55 1.27 0.44 2.19 2.02 1.79
C3' 0.53 0.65 0.70 0.57 0.46 0.61 0.42 0.99 0.44 0.51 0.58 0.82 0.57 0.47 0.47 0.97 0.65 0.53 1.41 0.44 2.21 2.26 1.92
C4 0.25 0.34 0.36 0.41 0.18 0.39 0.19 0.67 0.18 0.36 0.29 0.50 0.25 0.35 0.24 0.57 0.42 0.36 1.13 0.24 1.80 1.78 1.47
C4' 0.49 0.51 0.46 0.63 0.39 0.80 0.35 1.18 0.32 0.51 0.44 0.68 0.46 0.46 0.44 0.62 0.64 0.78 1.69 0.31 2.38 2.46 2.16
C5 0.31 0.44 0.38 0.45 0.28 0.34 0.25 0.51 0.26 0.33 0.39 0.58 0.37 0.33 0.29 0.57 0.45 0.32 0.89 0.25 1.50 1.48 1.13
C5' 0.68 0.66 0.61 0.82 0.58 0.95 0.53 1.26 0.50 0.66 0.59 0.78 0.63 0.59 0.63 0.69 0.84 0.94 1.74 0.46 2.37 2.43 2.15
C6 0.34 0.36 0.37 0.48 0.31 0.36 0.31 0.49 0.28 0.40 0.34 0.45 0.33 0.40 0.34 0.53 0.45 0.35 0.75 0.29 1.30 1.31 0.91
C8 0.38 0.60 0.50 0.50 0.36 0.40 0.26 0.60 0.29 0.29 0.49 0.79 0.52 0.26 0.32 0.71 0.54 0.38 1.04 0.25 1.70 1.65 1.35
N1 0.39 0.20 0.41 0.51 0.31 0.45 0.35 0.60 0.26 0.51 0.21 0.26 0.22 0.51 0.40 0.54 0.48 0.44 0.89 0.31 1.43 1.43 1.07
N2 0.61 0.28 0.65 0.70 0.48 0.76 0.54 1.00 0.44 0.75 0.33 0.25 0.35 0.72 0.61 0.75 0.69 0.74 1.37 0.50 1.96 1.96 1.66
N3 0.34 0.21 0.43 0.47 0.22 0.53 0.29 0.85 0.23 0.50 0.22 0.35 0.14 0.48 0.35 0.61 0.48 0.51 1.30 0.31 1.99 1.98 1.67
N7 0.43 0.62 0.51 0.54 0.42 0.41 0.33 0.52 0.35 0.34 0.53 0.79 0.55 0.31 0.38 0.69 0.56 0.39 0.88 0.30 1.48 1.45 1.11
N9 0.26 0.44 0.40 0.41 0.21 0.39 0.16 0.71 0.20 0.30 0.37 0.64 0.35 0.29 0.22 0.63 0.45 0.37 1.19 0.23 1.91 1.87 1.58
O2' 0.69 0.60 0.91 0.62 0.53 0.69 0.49 1.07 0.43 0.69 0.51 0.76 0.58 0.62 0.62 1.23 0.69 0.62 1.47 0.44 2.46 2.28 2.06
O3' 0.78 0.69 0.83 0.90 0.63 1.05 0.58 1.46 0.51 0.77 0.59 0.83 0.68 0.69 0.71 1.03 0.93 0.96 1.87 0.46 2.57 2.83 2.39
O4' 0.53 0.56 0.40 0.65 0.47 0.81 0.46 1.15 0.43 0.58 0.50 0.70 0.52 0.55 0.51 0.51 0.63 0.83 1.69 0.43 2.34 2.39 2.12
O5' 0.62 0.73 0.65 0.80 0.61 0.83 0.60 1.09 0.65 0.64 0.72 0.85 0.66 0.62 0.61 0.72 0.84 0.80 1.54 0.69 2.18 2.20 1.92
O6 0.43 0.46 0.44 0.55 0.42 0.43 0.42 0.51 0.41 0.44 0.45 0.51 0.44 0.44 0.42 0.57 0.51 0.42 0.61 0.40 1.11 1.18 0.69
OP1 1.04 1.15 1.11 1.29 1.03 1.26 1.01 1.48 1.07 1.00 1.15 1.25 1.09 0.98 1.02 1.11 1.35 1.17 1.86 1.10 2.42 2.47 2.20
OP2 0.84 1.06 0.98 1.03 0.88 0.92 0.86 1.05 0.96 0.79 1.06 1.17 0.97 0.79 0.82 1.07 1.13 0.83 1.36 0.99 1.98 1.88 1.63
P 0.75 0.88 0.84 0.96 0.74 0.93 0.72 1.15 0.79 0.72 0.88 0.99 0.80 0.70 0.72 0.90 1.03 0.86 1.55 0.82 2.17 2.14 1.88

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.23 0.01 0.23 0.03 0.47 0.36 0.23
C2 0.05 0.00 0.35 0.46 0.02 0.60 0.01 1.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.45 0.34 0.49 1.02 0.01 1.25 1.75 1.31
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.16 0.16 0.17 0.27 0.42 0.34 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.40 0.13 0.55 0.40 0.43
C3' 0.02 0.46 0.01 0.00 0.33 0.01 0.34 0.03 0.39 0.27 0.45 0.51 0.42 0.30 0.20 0.02 0.01 0.02 0.29 0.40 0.42 0.26 0.26
C4 0.02 0.02 0.18 0.33 0.00 0.30 0.01 0.49 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.19 0.25 0.42 0.02 0.66 0.85 0.47
C4' 0.01 0.60 0.02 0.01 0.30 0.00 0.18 0.01 0.28 0.29 0.46 0.74 0.57 0.20 0.08 0.25 0.03 0.01 0.03 0.23 0.20 0.27 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.34 0.01 0.18 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.20 0.09 0.44 0.01 0.78 0.85 0.42
C5' 0.08 1.07 0.16 0.03 0.49 0.01 0.31 0.00 0.50 0.49 0.83 1.36 0.97 0.37 0.16 0.11 0.17 0.02 0.01 0.41 0.24 0.38 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.39 0.01 0.28 0.01 0.50 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.29 0.26 0.19 0.46 0.01 0.79 1.04 0.52
C8 0.02 0.02 0.17 0.27 0.01 0.29 0.01 0.49 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.30 0.17 0.28 0.90 0.03 1.21 1.03 0.95
N1 0.04 0.01 0.27 0.45 0.02 0.46 0.01 0.83 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.37 0.31 0.36 0.73 0.01 1.01 1.45 0.96
N2 0.06 0.01 0.42 0.51 0.02 0.74 0.02 1.36 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.56 0.41 0.59 1.40 0.03 1.76 2.35 1.86
N3 0.05 0.01 0.34 0.42 0.01 0.57 0.01 0.97 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.42 0.31 0.50 0.91 0.01 1.05 1.45 1.10
N7 0.02 0.02 0.10 0.30 0.01 0.20 0.01 0.37 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.21 0.17 0.80 0.03 1.18 1.09 0.86
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.16 0.10 0.02 0.39 0.02 0.67 0.56 0.36
O2' 0.03 0.45 0.01 0.02 0.25 0.25 0.25 0.11 0.29 0.30 0.37 0.56 0.42 0.30 0.16 0.00 0.06 0.17 0.24 0.29 0.40 0.37 0.31
O3' 0.23 0.34 0.04 0.01 0.19 0.03 0.20 0.17 0.26 0.17 0.31 0.41 0.31 0.21 0.10 0.06 0.00 0.17 0.28 0.28 0.61 0.44 0.33
O4' 0.01 0.49 0.02 0.02 0.25 0.01 0.09 0.02 0.19 0.28 0.36 0.59 0.50 0.17 0.02 0.17 0.17 0.00 0.18 0.13 0.39 0.36 0.19
O5' 0.23 1.02 0.40 0.29 0.42 0.03 0.44 0.01 0.46 0.90 0.73 1.40 0.91 0.80 0.39 0.24 0.28 0.18 0.00 0.47 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.13 0.40 0.02 0.23 0.01 0.41 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.29 0.28 0.13 0.47 0.00 0.85 1.06 0.50
OP1 0.47 1.25 0.55 0.42 0.66 0.20 0.78 0.24 0.79 1.21 1.01 1.76 1.05 1.18 0.67 0.40 0.61 0.39 0.02 0.85 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 1.75 0.40 0.26 0.85 0.27 0.85 0.38 1.04 1.03 1.45 2.35 1.45 1.09 0.56 0.37 0.44 0.36 0.02 1.06 0.02 0.00 0.01
P 0.23 1.31 0.43 0.26 0.47 0.05 0.42 0.02 0.52 0.95 0.96 1.86 1.10 0.86 0.36 0.31 0.33 0.19 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00