ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 31834

back

Distances from reference structure (by RMSD)

29, 165, 137, 102, 25, 9, 10, 8, 4, 5, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.037, 0.129, 0.221, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.129 std_dev=0.092
N1 B 0, 0.054, 0.170, 0.286, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.170 std_dev=0.116
C6 B 0, 0.059, 0.232, 0.405, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.232 std_dev=0.173
C2 B 0, 0.077, 0.255, 0.433, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.255 std_dev=0.178
C2 A 0, 0.073, 0.252, 0.431, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.252 std_dev=0.179
N3 B 0, 0.083, 0.268, 0.453, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.268 std_dev=0.185
C6 A 0, 0.038, 0.237, 0.436, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.237 std_dev=0.199
C1' A 0, 0.015, 0.215, 0.416, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.215 std_dev=0.200
N3 A 0, 0.087, 0.315, 0.544, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.315 std_dev=0.228
C4 B 0, 0.065, 0.294, 0.522, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.294 std_dev=0.229
C4 A 0, 0.072, 0.319, 0.566, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.319 std_dev=0.247
C1' B 0, 0.055, 0.302, 0.550, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.302 std_dev=0.247
C5 B 0, 0.064, 0.313, 0.562, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.313 std_dev=0.249
C5 A 0, 0.054, 0.324, 0.594, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.324 std_dev=0.270
O4' B 0, 0.032, 0.351, 0.670, 2.413 max_d=2.413 avg_d=0.351 std_dev=0.319
O2 B 0, 0.094, 0.427, 0.761, 2.721 max_d=2.721 avg_d=0.427 std_dev=0.333
O2 A 0, 0.070, 0.406, 0.742, 3.182 max_d=3.182 avg_d=0.406 std_dev=0.336
C2' B 0, 0.073, 0.412, 0.751, 3.071 max_d=3.071 avg_d=0.412 std_dev=0.339
O4' A 0, -0.013, 0.328, 0.668, 2.616 max_d=2.616 avg_d=0.328 std_dev=0.340
O4 B 0, 0.091, 0.432, 0.772, 2.613 max_d=2.613 avg_d=0.432 std_dev=0.341
N4 A 0, 0.094, 0.466, 0.837, 2.993 max_d=2.993 avg_d=0.466 std_dev=0.371
C2' A 0, -0.104, 0.298, 0.699, 3.765 max_d=3.765 avg_d=0.298 std_dev=0.402
C4' B 0, -0.007, 0.421, 0.849, 3.629 max_d=3.629 avg_d=0.421 std_dev=0.428
C4' A 0, -0.061, 0.401, 0.863, 4.340 max_d=4.340 avg_d=0.401 std_dev=0.462
C3' B 0, -0.004, 0.481, 0.967, 4.401 max_d=4.401 avg_d=0.481 std_dev=0.485
C3' A 0, -0.176, 0.335, 0.845, 5.135 max_d=5.135 avg_d=0.335 std_dev=0.511
O2' A 0, -0.092, 0.451, 0.993, 4.522 max_d=4.522 avg_d=0.451 std_dev=0.543
C5' B 0, -0.067, 0.482, 1.031, 6.456 max_d=6.456 avg_d=0.482 std_dev=0.549
O2' B 0, 0.065, 0.624, 1.183, 3.724 max_d=3.724 avg_d=0.624 std_dev=0.559
O5' B 0, -0.135, 0.447, 1.030, 7.530 max_d=7.530 avg_d=0.447 std_dev=0.582
C5' A 0, -0.038, 0.663, 1.364, 6.559 max_d=6.559 avg_d=0.663 std_dev=0.701
O3' A 0, -0.276, 0.430, 1.136, 7.199 max_d=7.199 avg_d=0.430 std_dev=0.706
P B 0, -0.272, 0.475, 1.221, 10.267 max_d=10.267 avg_d=0.475 std_dev=0.746
O5' A 0, -0.010, 0.769, 1.548, 7.830 max_d=7.830 avg_d=0.769 std_dev=0.779
O3' B 0, -0.035, 0.752, 1.540, 6.006 max_d=6.006 avg_d=0.752 std_dev=0.787
OP2 B 0, -0.251, 0.568, 1.387, 10.760 max_d=10.760 avg_d=0.568 std_dev=0.819
OP1 B 0, -0.293, 0.594, 1.481, 12.289 max_d=12.289 avg_d=0.594 std_dev=0.887
P A 0, 0.066, 1.120, 2.175, 10.651 max_d=10.651 avg_d=1.120 std_dev=1.055
OP2 A 0, 0.099, 1.302, 2.505, 11.952 max_d=11.952 avg_d=1.302 std_dev=1.203
OP1 A 0, 0.068, 1.297, 2.525, 12.236 max_d=12.236 avg_d=1.297 std_dev=1.229

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.14 0.19 0.24 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.06 0.26 0.31 0.40 0.27
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.08 0.03 0.08 0.06 0.16 0.00 0.02 0.01 0.16 0.26 0.23 0.16
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.13 0.01 0.16 0.02 0.16 0.08 0.13 0.14 0.17 0.02 0.01 0.02 0.19 0.31 0.18 0.17
C4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.13 0.04 0.38 0.43 0.59 0.41
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.07 0.10 0.12 0.08 0.02 0.01 0.02 0.14 0.19 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.12 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.17 0.06 0.43 0.46 0.63 0.45
C5' 0.03 0.12 0.04 0.02 0.18 0.01 0.23 0.00 0.21 0.10 0.14 0.20 0.17 0.06 0.05 0.01 0.01 0.17 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.16 0.07 0.39 0.38 0.49 0.37
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.02 0.26 0.27 0.36 0.24
N3 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.05 0.32 0.37 0.50 0.34
N4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.15 0.04 0.41 0.49 0.67 0.46
O2 0.05 0.01 0.16 0.17 0.02 0.12 0.02 0.17 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.20 0.11 0.26 0.32 0.39 0.28
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.09 0.08 0.10 0.06 0.10 0.05 0.09 0.10 0.16 0.00 0.05 0.07 0.10 0.24 0.24 0.14
O3' 0.06 0.12 0.02 0.01 0.13 0.02 0.17 0.05 0.16 0.07 0.13 0.15 0.20 0.05 0.00 0.04 0.19 0.40 0.24 0.21
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.05 0.04 0.11 0.07 0.04 0.00 0.12 0.17 0.25 0.16
O5' 0.14 0.26 0.16 0.19 0.38 0.02 0.43 0.01 0.39 0.26 0.32 0.41 0.26 0.10 0.19 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.31 0.26 0.31 0.43 0.14 0.46 0.17 0.38 0.27 0.37 0.49 0.32 0.24 0.40 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.40 0.23 0.18 0.59 0.19 0.63 0.22 0.49 0.36 0.50 0.67 0.39 0.24 0.24 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.27 0.16 0.17 0.41 0.06 0.45 0.02 0.37 0.24 0.34 0.46 0.28 0.14 0.21 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.31 0.34 0.34 0.36 0.35 0.38 0.39 0.30 0.26 0.32 0.40 0.46 0.36 0.44 0.36 0.40 0.41 0.52 0.46
C2 0.41 0.31 0.40 0.35 0.40 0.37 0.43 0.34 0.34 0.29 0.32 0.42 0.51 0.38 0.49 0.40 0.32 0.21 0.41 0.27
C2' 0.42 0.33 0.37 0.43 0.42 0.48 0.48 0.57 0.43 0.35 0.35 0.38 0.47 0.42 0.48 0.49 0.60 0.60 0.66 0.65
C3' 0.42 0.34 0.40 0.49 0.42 0.50 0.48 0.59 0.44 0.36 0.35 0.39 0.46 0.51 0.49 0.50 0.66 0.77 0.83 0.83
C4 0.56 0.51 0.51 0.42 0.25 0.46 0.28 0.37 0.32 0.45 0.38 0.64 0.62 0.45 0.37 0.52 0.30 0.23 0.40 0.24
C4' 0.40 0.35 0.41 0.46 0.41 0.44 0.43 0.49 0.35 0.32 0.36 0.43 0.49 0.53 0.49 0.43 0.52 0.70 0.75 0.72
C5 0.56 0.57 0.51 0.42 0.35 0.46 0.26 0.39 0.34 0.49 0.50 0.67 0.59 0.43 0.38 0.53 0.34 0.33 0.46 0.33
C5' 0.49 0.46 0.53 0.57 0.52 0.51 0.51 0.51 0.43 0.42 0.47 0.53 0.60 0.67 0.61 0.49 0.54 0.76 0.84 0.75
C6 0.48 0.47 0.44 0.38 0.35 0.42 0.28 0.36 0.28 0.40 0.43 0.56 0.52 0.39 0.42 0.48 0.34 0.36 0.50 0.38
N1 0.39 0.32 0.36 0.32 0.31 0.34 0.32 0.32 0.24 0.27 0.30 0.43 0.46 0.34 0.41 0.38 0.31 0.28 0.45 0.34
N3 0.49 0.37 0.47 0.40 0.39 0.44 0.41 0.37 0.34 0.36 0.31 0.50 0.58 0.45 0.52 0.47 0.32 0.20 0.39 0.23
N4 0.63 0.61 0.59 0.49 0.32 0.53 0.35 0.43 0.39 0.53 0.47 0.77 0.71 0.54 0.41 0.58 0.35 0.29 0.42 0.27
O2 0.46 0.42 0.46 0.42 0.54 0.42 0.56 0.43 0.49 0.41 0.47 0.47 0.58 0.45 0.59 0.43 0.41 0.31 0.44 0.35
O2' 0.50 0.44 0.47 0.51 0.50 0.57 0.54 0.69 0.51 0.45 0.44 0.48 0.58 0.49 0.54 0.57 0.65 0.66 0.67 0.69
O3' 0.46 0.34 0.46 0.60 0.44 0.62 0.51 0.77 0.49 0.40 0.35 0.38 0.49 0.62 0.50 0.58 0.84 1.03 0.98 1.06
O4' 0.40 0.35 0.42 0.42 0.36 0.40 0.36 0.40 0.28 0.30 0.35 0.45 0.51 0.48 0.45 0.39 0.39 0.50 0.57 0.52
O5' 0.58 0.58 0.62 0.66 0.66 0.59 0.64 0.55 0.55 0.54 0.62 0.62 0.66 0.74 0.74 0.58 0.59 0.74 0.87 0.73
OP1 0.75 0.75 0.84 0.90 0.84 0.81 0.80 0.77 0.71 0.71 0.80 0.78 0.88 0.99 0.94 0.74 0.78 0.99 1.04 0.90
OP2 0.72 0.80 0.77 0.79 0.92 0.70 0.82 0.65 0.70 0.71 0.88 0.84 0.82 0.89 1.05 0.68 0.64 0.80 0.86 0.73
P 0.68 0.69 0.76 0.79 0.78 0.70 0.72 0.63 0.62 0.64 0.74 0.74 0.80 0.90 0.88 0.65 0.64 0.80 0.88 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.15 0.03 0.01 0.13 0.16 0.26 0.15
C2 0.02 0.00 0.11 0.14 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.02 0.07 0.24 0.23 0.32 0.23
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.02 0.09 0.10 0.11 0.02 0.08 0.20 0.01 0.02 0.06 0.01 0.25 0.30 0.34 0.26
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.20 0.01 0.22 0.02 0.20 0.12 0.17 0.17 0.02 0.01 0.21 0.02 0.20 0.26 0.16 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.20 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.14 0.01 0.04 0.35 0.31 0.40 0.32
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.12 0.05 0.07 0.10 0.15 0.02 0.10 0.00 0.02 0.12 0.19 0.06
C5 0.02 0.02 0.09 0.22 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.19 0.01 0.07 0.38 0.34 0.41 0.35
C5' 0.05 0.12 0.10 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.17 0.09 0.13 0.16 0.07 0.11 0.17 0.02 0.01 0.13 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.12 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.16 0.02 0.09 0.33 0.28 0.34 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.07 0.02 0.02 0.23 0.20 0.28 0.19
N3 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.12 0.02 0.05 0.29 0.27 0.36 0.28
O2 0.04 0.01 0.20 0.17 0.02 0.10 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.24 0.03 0.13 0.25 0.26 0.34 0.27
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.18 0.15 0.19 0.07 0.17 0.10 0.15 0.18 0.00 0.05 0.19 0.11 0.16 0.25 0.36 0.21
O3' 0.15 0.14 0.02 0.01 0.14 0.02 0.19 0.11 0.16 0.07 0.12 0.24 0.05 0.00 0.17 0.11 0.22 0.37 0.25 0.24
O4 0.03 0.02 0.06 0.21 0.01 0.10 0.01 0.17 0.02 0.02 0.02 0.03 0.19 0.17 0.00 0.05 0.37 0.35 0.44 0.36
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.02 0.09 0.02 0.05 0.13 0.11 0.11 0.05 0.00 0.10 0.14 0.29 0.17
O5' 0.13 0.24 0.25 0.20 0.35 0.02 0.38 0.01 0.33 0.23 0.29 0.25 0.16 0.22 0.37 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.23 0.30 0.26 0.31 0.12 0.34 0.13 0.28 0.20 0.27 0.26 0.25 0.37 0.35 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.32 0.34 0.16 0.40 0.19 0.41 0.20 0.34 0.28 0.36 0.34 0.36 0.25 0.44 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.23 0.26 0.16 0.32 0.06 0.35 0.02 0.28 0.19 0.28 0.27 0.21 0.24 0.36 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00