ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 31841

back

Distances from reference structure (by RMSD)

25, 201, 131, 41, 28, 25, 18, 9, 11, 6, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.054, 0.123, 0.193, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.123 std_dev=0.070
C6 B 0, 0.089, 0.204, 0.320, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.204 std_dev=0.115
N1 B 0, 0.048, 0.171, 0.293, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.171 std_dev=0.122
C2 A 0, 0.069, 0.247, 0.425, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.247 std_dev=0.178
C1' A 0, 0.042, 0.223, 0.404, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.223 std_dev=0.181
C2 B 0, 0.059, 0.267, 0.475, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.267 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.091, 0.308, 0.525, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.308 std_dev=0.217
N3 B 0, 0.058, 0.285, 0.512, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.285 std_dev=0.227
C6 A 0, 0.008, 0.251, 0.493, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.251 std_dev=0.242
C4 B 0, 0.053, 0.297, 0.540, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.297 std_dev=0.244
C2' A 0, 0.048, 0.295, 0.542, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.295 std_dev=0.247
C1' B 0, 0.053, 0.309, 0.565, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.309 std_dev=0.256
C3' A 0, 0.075, 0.334, 0.594, 2.151 max_d=2.151 avg_d=0.334 std_dev=0.259
N3 A 0, 0.056, 0.322, 0.588, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.322 std_dev=0.266
O4' B 0, 0.050, 0.349, 0.649, 2.278 max_d=2.278 avg_d=0.349 std_dev=0.300
C4 A 0, 0.014, 0.342, 0.670, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.342 std_dev=0.328
O4' A 0, 0.019, 0.352, 0.684, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.352 std_dev=0.332
O2 A 0, 0.059, 0.397, 0.734, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.397 std_dev=0.338
C4' A 0, 0.049, 0.390, 0.731, 2.740 max_d=2.740 avg_d=0.390 std_dev=0.341
O2 B 0, 0.102, 0.448, 0.794, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.448 std_dev=0.346
C5 A 0, -0.003, 0.350, 0.704, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.350 std_dev=0.353
C2' B 0, 0.052, 0.409, 0.767, 2.833 max_d=2.833 avg_d=0.409 std_dev=0.357
O3' A 0, 0.074, 0.452, 0.829, 2.879 max_d=2.879 avg_d=0.452 std_dev=0.377
N4 B 0, 0.067, 0.452, 0.836, 2.333 max_d=2.333 avg_d=0.452 std_dev=0.385
O2' A 0, 0.093, 0.482, 0.870, 2.815 max_d=2.815 avg_d=0.482 std_dev=0.389
C4' B 0, 0.003, 0.435, 0.867, 3.210 max_d=3.210 avg_d=0.435 std_dev=0.432
C5' B 0, 0.043, 0.508, 0.972, 4.703 max_d=4.703 avg_d=0.508 std_dev=0.464
C3' B 0, -0.006, 0.467, 0.939, 3.816 max_d=3.816 avg_d=0.467 std_dev=0.472
N4 A 0, 0.013, 0.497, 0.982, 2.853 max_d=2.853 avg_d=0.497 std_dev=0.484
O2' B 0, 0.107, 0.639, 1.171, 3.268 max_d=3.268 avg_d=0.639 std_dev=0.532
C5' A 0, 0.081, 0.625, 1.169, 3.394 max_d=3.394 avg_d=0.625 std_dev=0.544
O5' B 0, -0.045, 0.520, 1.085, 4.728 max_d=4.728 avg_d=0.520 std_dev=0.565
O5' A 0, 0.177, 0.745, 1.314, 3.048 max_d=3.048 avg_d=0.745 std_dev=0.569
P B 0, -0.046, 0.560, 1.166, 4.995 max_d=4.995 avg_d=0.560 std_dev=0.606
OP2 B 0, -0.008, 0.655, 1.318, 5.167 max_d=5.167 avg_d=0.655 std_dev=0.663
O3' B 0, -0.020, 0.720, 1.460, 5.388 max_d=5.388 avg_d=0.720 std_dev=0.740
OP1 B 0, -0.037, 0.722, 1.481, 5.915 max_d=5.915 avg_d=0.722 std_dev=0.759
P A 0, 0.240, 1.051, 1.863, 4.109 max_d=4.109 avg_d=1.051 std_dev=0.812
OP2 A 0, 0.256, 1.213, 2.171, 5.162 max_d=5.162 avg_d=1.213 std_dev=0.958
OP1 A 0, 0.248, 1.269, 2.291, 5.241 max_d=5.241 avg_d=1.269 std_dev=1.022

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.12 0.25 0.25 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.04 0.23 0.36 0.44 0.26
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.05 0.09 0.02 0.07 0.06 0.16 0.00 0.02 0.01 0.18 0.27 0.27 0.18
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.13 0.01 0.15 0.02 0.15 0.08 0.12 0.14 0.14 0.02 0.01 0.01 0.19 0.25 0.21 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.03 0.33 0.53 0.65 0.41
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.09 0.06 0.09 0.02 0.00 0.02 0.18 0.18 0.06
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.16 0.05 0.35 0.55 0.66 0.43
C5' 0.03 0.09 0.05 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.15 0.09 0.12 0.17 0.08 0.06 0.07 0.02 0.01 0.16 0.23 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.06 0.31 0.43 0.50 0.34
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.02 0.22 0.33 0.39 0.24
N3 0.02 0.00 0.07 0.12 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.04 0.28 0.45 0.56 0.34
N4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.12 0.14 0.04 0.35 0.60 0.73 0.46
O2 0.04 0.01 0.16 0.14 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.18 0.07 0.19 0.32 0.38 0.21
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.11 0.09 0.11 0.06 0.10 0.06 0.10 0.12 0.14 0.00 0.05 0.07 0.10 0.30 0.26 0.17
O3' 0.07 0.11 0.02 0.01 0.12 0.02 0.16 0.07 0.14 0.06 0.11 0.14 0.18 0.05 0.00 0.06 0.20 0.35 0.28 0.20
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.06 0.00 0.11 0.24 0.25 0.16
O5' 0.12 0.23 0.18 0.19 0.33 0.02 0.35 0.01 0.31 0.22 0.28 0.35 0.19 0.10 0.20 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.25 0.36 0.27 0.25 0.53 0.18 0.55 0.16 0.43 0.33 0.45 0.60 0.32 0.30 0.35 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.44 0.27 0.21 0.65 0.18 0.66 0.23 0.50 0.39 0.56 0.73 0.38 0.26 0.28 0.25 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.26 0.18 0.16 0.41 0.06 0.43 0.02 0.34 0.24 0.34 0.46 0.21 0.17 0.20 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.27 0.23 0.22 0.33 0.26 0.34 0.30 0.25 0.22 0.30 0.41 0.33 0.32 0.23 0.29 0.33 0.29 0.26 0.30
C2 0.40 0.30 0.37 0.30 0.39 0.37 0.41 0.33 0.27 0.26 0.31 0.51 0.41 0.50 0.33 0.40 0.25 0.20 0.29 0.18
C2' 0.27 0.28 0.23 0.28 0.39 0.30 0.41 0.35 0.33 0.26 0.33 0.45 0.29 0.29 0.29 0.32 0.40 0.34 0.27 0.34
C3' 0.32 0.32 0.27 0.34 0.40 0.34 0.41 0.36 0.35 0.31 0.36 0.46 0.32 0.30 0.36 0.37 0.47 0.49 0.38 0.49
C4 0.63 0.59 0.58 0.45 0.21 0.50 0.24 0.39 0.30 0.51 0.43 0.35 0.76 0.70 0.47 0.58 0.27 0.29 0.39 0.23
C4' 0.29 0.33 0.24 0.30 0.44 0.31 0.43 0.36 0.33 0.29 0.39 0.53 0.33 0.28 0.32 0.32 0.45 0.55 0.43 0.52
C5 0.61 0.67 0.54 0.41 0.40 0.45 0.26 0.36 0.37 0.56 0.61 0.38 0.77 0.63 0.41 0.55 0.33 0.36 0.44 0.32
C5' 0.35 0.47 0.31 0.34 0.62 0.32 0.57 0.35 0.45 0.41 0.57 0.73 0.45 0.30 0.35 0.35 0.49 0.62 0.56 0.58
C6 0.49 0.52 0.42 0.32 0.39 0.37 0.28 0.31 0.30 0.44 0.49 0.42 0.60 0.50 0.32 0.46 0.34 0.35 0.41 0.34
N1 0.37 0.33 0.31 0.24 0.29 0.31 0.28 0.28 0.20 0.26 0.31 0.38 0.42 0.41 0.25 0.37 0.28 0.25 0.30 0.25
N3 0.54 0.39 0.50 0.40 0.37 0.47 0.39 0.38 0.27 0.36 0.30 0.55 0.56 0.64 0.44 0.51 0.25 0.23 0.34 0.18
N4 0.73 0.71 0.68 0.54 0.27 0.58 0.32 0.45 0.38 0.59 0.53 0.39 0.92 0.82 0.58 0.64 0.29 0.33 0.42 0.25
O2 0.38 0.41 0.38 0.33 0.55 0.38 0.55 0.38 0.44 0.36 0.49 0.63 0.44 0.49 0.36 0.36 0.30 0.23 0.29 0.21
O2' 0.40 0.41 0.39 0.40 0.48 0.41 0.50 0.48 0.46 0.41 0.43 0.51 0.41 0.41 0.39 0.42 0.43 0.32 0.29 0.32
O3' 0.33 0.30 0.31 0.42 0.40 0.39 0.41 0.44 0.36 0.31 0.34 0.45 0.29 0.34 0.46 0.39 0.52 0.63 0.41 0.59
O4' 0.28 0.32 0.23 0.23 0.39 0.26 0.36 0.30 0.27 0.26 0.37 0.47 0.36 0.30 0.23 0.29 0.37 0.42 0.34 0.40
O5' 0.47 0.62 0.45 0.42 0.74 0.38 0.67 0.37 0.55 0.54 0.71 0.83 0.61 0.44 0.42 0.44 0.52 0.59 0.59 0.57
OP1 0.61 0.87 0.62 0.57 1.05 0.48 0.92 0.48 0.74 0.74 1.01 1.20 0.85 0.60 0.58 0.52 0.61 0.76 0.74 0.66
OP2 0.69 0.92 0.70 0.59 1.05 0.52 0.91 0.48 0.77 0.79 1.03 1.17 0.92 0.71 0.59 0.59 0.56 0.63 0.65 0.56
P 0.55 0.76 0.54 0.47 0.91 0.40 0.80 0.38 0.65 0.65 0.88 1.04 0.75 0.53 0.47 0.47 0.52 0.60 0.62 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.12 0.17 0.23 0.12
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.12 0.05 0.26 0.26 0.32 0.22
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.08 0.07 0.09 0.03 0.08 0.06 0.16 0.00 0.02 0.01 0.18 0.28 0.28 0.20
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.15 0.00 0.17 0.02 0.16 0.09 0.15 0.17 0.16 0.02 0.01 0.01 0.21 0.28 0.19 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.15 0.03 0.38 0.39 0.45 0.36
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.10 0.07 0.10 0.02 0.00 0.02 0.15 0.19 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.17 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.18 0.05 0.40 0.40 0.45 0.38
C5' 0.04 0.12 0.07 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.16 0.10 0.15 0.20 0.11 0.06 0.07 0.02 0.01 0.15 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.16 0.06 0.35 0.31 0.34 0.29
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.07 0.02 0.25 0.23 0.28 0.20
N3 0.02 0.01 0.08 0.15 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.14 0.04 0.32 0.32 0.39 0.30
N4 0.02 0.02 0.06 0.17 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.17 0.04 0.41 0.44 0.51 0.41
O2 0.05 0.01 0.16 0.16 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.19 0.08 0.20 0.22 0.29 0.18
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.12 0.10 0.13 0.06 0.12 0.06 0.10 0.13 0.15 0.00 0.05 0.08 0.09 0.29 0.29 0.18
O3' 0.08 0.12 0.02 0.01 0.15 0.02 0.18 0.07 0.16 0.07 0.14 0.17 0.19 0.05 0.00 0.06 0.20 0.34 0.22 0.22
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.08 0.08 0.06 0.00 0.11 0.15 0.25 0.15
O5' 0.12 0.26 0.18 0.21 0.38 0.02 0.40 0.01 0.35 0.25 0.32 0.41 0.20 0.09 0.20 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.26 0.28 0.28 0.39 0.15 0.40 0.15 0.31 0.23 0.32 0.44 0.22 0.29 0.34 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.32 0.28 0.19 0.45 0.19 0.45 0.23 0.34 0.28 0.39 0.51 0.29 0.29 0.22 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.22 0.20 0.18 0.36 0.07 0.38 0.02 0.29 0.20 0.30 0.41 0.18 0.18 0.22 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00