ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 31842

back

Distances from reference structure (by RMSD)

13, 125, 116, 97, 52, 41, 19, 17, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 9, 0, 3, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.064, 0.177, 0.291, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.177 std_dev=0.114
C5 B 0, 0.102, 0.264, 0.426, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.264 std_dev=0.162
N1 A 0, 0.003, 0.185, 0.368, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.185 std_dev=0.182
N9 B 0, 0.028, 0.264, 0.499, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.264 std_dev=0.235
C6 B 0, 0.097, 0.351, 0.604, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.351 std_dev=0.254
C6 A 0, 0.072, 0.326, 0.581, 2.245 max_d=2.245 avg_d=0.326 std_dev=0.255
N3 B 0, 0.039, 0.319, 0.600, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.319 std_dev=0.280
C2 A 0, 0.035, 0.319, 0.603, 2.575 max_d=2.575 avg_d=0.319 std_dev=0.284
C5 A 0, 0.089, 0.424, 0.759, 3.241 max_d=3.241 avg_d=0.424 std_dev=0.335
C1' B 0, 0.036, 0.374, 0.711, 2.102 max_d=2.102 avg_d=0.374 std_dev=0.337
N7 B 0, 0.092, 0.439, 0.785, 2.451 max_d=2.451 avg_d=0.439 std_dev=0.346
C4 A 0, 0.068, 0.434, 0.800, 3.262 max_d=3.262 avg_d=0.434 std_dev=0.366
N3 A 0, 0.062, 0.429, 0.797, 3.231 max_d=3.231 avg_d=0.429 std_dev=0.367
N1 B 0, 0.021, 0.393, 0.764, 2.443 max_d=2.443 avg_d=0.393 std_dev=0.371
O6 B 0, 0.132, 0.505, 0.877, 2.270 max_d=2.270 avg_d=0.505 std_dev=0.372
C8 B 0, 0.040, 0.419, 0.799, 2.734 max_d=2.734 avg_d=0.419 std_dev=0.380
C2 B 0, 0.028, 0.422, 0.816, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.422 std_dev=0.394
C1' A 0, -0.077, 0.327, 0.731, 3.592 max_d=3.592 avg_d=0.327 std_dev=0.404
C2' B 0, 0.093, 0.499, 0.905, 2.994 max_d=2.994 avg_d=0.499 std_dev=0.406
O4' B 0, 0.002, 0.436, 0.869, 4.513 max_d=4.513 avg_d=0.436 std_dev=0.434
O4' A 0, 0.002, 0.500, 0.997, 3.699 max_d=3.699 avg_d=0.500 std_dev=0.498
O2 A 0, -0.006, 0.496, 0.997, 4.869 max_d=4.869 avg_d=0.496 std_dev=0.502
C3' B 0, 0.119, 0.622, 1.125, 3.370 max_d=3.370 avg_d=0.622 std_dev=0.503
C4' B 0, 0.028, 0.541, 1.054, 4.861 max_d=4.861 avg_d=0.541 std_dev=0.513
N4 A 0, 0.040, 0.634, 1.228, 5.441 max_d=5.441 avg_d=0.634 std_dev=0.594
N2 B 0, 0.025, 0.647, 1.269, 3.845 max_d=3.845 avg_d=0.647 std_dev=0.622
C2' A 0, -0.199, 0.427, 1.053, 5.856 max_d=5.856 avg_d=0.427 std_dev=0.626
C5' B 0, -0.062, 0.634, 1.330, 7.446 max_d=7.446 avg_d=0.634 std_dev=0.696
O2' B 0, 0.054, 0.754, 1.453, 4.571 max_d=4.571 avg_d=0.754 std_dev=0.700
O3' B 0, 0.175, 0.896, 1.618, 4.425 max_d=4.425 avg_d=0.896 std_dev=0.721
O5' B 0, -0.153, 0.599, 1.351, 7.760 max_d=7.760 avg_d=0.599 std_dev=0.752
C4' A 0, -0.182, 0.610, 1.401, 6.323 max_d=6.323 avg_d=0.610 std_dev=0.792
C3' A 0, -0.331, 0.509, 1.349, 7.464 max_d=7.464 avg_d=0.509 std_dev=0.840
O2' A 0, -0.250, 0.665, 1.581, 7.927 max_d=7.927 avg_d=0.665 std_dev=0.916
C5' A 0, -0.140, 0.871, 1.882, 7.259 max_d=7.259 avg_d=0.871 std_dev=1.011
P B 0, -0.391, 0.622, 1.634, 10.626 max_d=10.626 avg_d=0.622 std_dev=1.012
O3' A 0, -0.497, 0.644, 1.785, 10.136 max_d=10.136 avg_d=0.644 std_dev=1.141
O5' A 0, -0.143, 1.004, 2.151, 8.737 max_d=8.737 avg_d=1.004 std_dev=1.147
OP2 B 0, -0.394, 0.762, 1.919, 11.099 max_d=11.099 avg_d=0.762 std_dev=1.156
OP1 B 0, -0.442, 0.721, 1.883, 12.475 max_d=12.475 avg_d=0.721 std_dev=1.163
P A 0, 0.197, 1.641, 3.085, 10.976 max_d=10.976 avg_d=1.641 std_dev=1.444
OP2 A 0, 0.172, 1.851, 3.531, 11.092 max_d=11.092 avg_d=1.851 std_dev=1.680
OP1 A 0, 0.469, 2.154, 3.840, 13.309 max_d=13.309 avg_d=2.154 std_dev=1.686

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.15 0.36 0.27 0.16
C2 0.02 0.00 0.12 0.15 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.06 0.31 0.55 0.52 0.31
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.09 0.05 0.11 0.03 0.10 0.07 0.21 0.00 0.02 0.01 0.21 0.26 0.27 0.19
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.17 0.01 0.19 0.03 0.19 0.10 0.16 0.19 0.20 0.02 0.01 0.02 0.26 0.29 0.21 0.21
C4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.16 0.03 0.47 0.73 0.82 0.52
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.07 0.10 0.09 0.11 0.02 0.00 0.02 0.15 0.24 0.05
C5 0.02 0.01 0.09 0.19 0.00 0.12 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.20 0.05 0.53 0.77 0.86 0.59
C5' 0.04 0.12 0.05 0.03 0.19 0.01 0.22 0.00 0.20 0.11 0.15 0.21 0.12 0.07 0.07 0.02 0.01 0.18 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.19 0.01 0.12 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.18 0.07 0.47 0.66 0.66 0.48
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.02 0.31 0.51 0.47 0.31
N3 0.02 0.00 0.10 0.16 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.05 0.39 0.64 0.68 0.41
N4 0.02 0.01 0.07 0.19 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.19 0.04 0.51 0.80 0.93 0.58
O2 0.05 0.01 0.21 0.20 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.21 0.26 0.10 0.25 0.51 0.43 0.26
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.12 0.11 0.12 0.07 0.11 0.07 0.14 0.13 0.21 0.00 0.06 0.08 0.10 0.20 0.26 0.12
O3' 0.08 0.16 0.02 0.01 0.16 0.02 0.20 0.07 0.18 0.08 0.17 0.19 0.26 0.06 0.00 0.06 0.24 0.43 0.27 0.23
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.10 0.08 0.06 0.00 0.14 0.36 0.27 0.17
O5' 0.15 0.31 0.21 0.26 0.47 0.02 0.53 0.01 0.47 0.31 0.39 0.51 0.25 0.10 0.24 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.55 0.26 0.29 0.73 0.15 0.77 0.18 0.66 0.51 0.64 0.80 0.51 0.20 0.43 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.52 0.27 0.21 0.82 0.24 0.86 0.34 0.66 0.47 0.68 0.93 0.43 0.26 0.27 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.31 0.19 0.21 0.52 0.05 0.59 0.02 0.48 0.31 0.41 0.58 0.26 0.12 0.23 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.32 0.72 0.25 0.27 0.34 0.34 0.33 0.42 0.48 0.41 0.65 0.91 0.59 0.39 0.24 0.37 0.29 0.38 0.43 0.50 0.52 0.51 0.52
C2 0.51 0.57 0.45 0.43 0.26 0.48 0.31 0.46 0.45 0.50 0.56 0.73 0.43 0.47 0.36 0.58 0.40 0.53 0.43 0.53 0.38 0.40 0.37
C2' 0.34 0.76 0.27 0.35 0.39 0.43 0.39 0.57 0.51 0.49 0.68 0.95 0.63 0.46 0.31 0.35 0.35 0.43 0.62 0.53 0.72 0.68 0.74
C3' 0.38 0.65 0.35 0.39 0.36 0.45 0.39 0.59 0.44 0.58 0.55 0.87 0.56 0.57 0.36 0.38 0.40 0.47 0.73 0.49 0.95 1.02 1.01
C4 0.57 0.65 0.55 0.50 0.43 0.49 0.25 0.47 0.30 0.45 0.53 0.79 0.62 0.41 0.46 0.65 0.46 0.54 0.50 0.37 0.41 0.56 0.43
C4' 0.35 0.71 0.34 0.34 0.39 0.38 0.39 0.47 0.49 0.48 0.61 0.92 0.62 0.51 0.30 0.40 0.39 0.41 0.54 0.54 0.84 0.89 0.84
C5 0.56 0.72 0.55 0.55 0.50 0.55 0.35 0.56 0.46 0.40 0.66 0.83 0.67 0.33 0.46 0.63 0.52 0.57 0.59 0.45 0.49 0.63 0.52
C5' 0.50 0.76 0.55 0.52 0.53 0.53 0.55 0.50 0.62 0.57 0.69 0.94 0.70 0.65 0.45 0.61 0.60 0.53 0.54 0.71 0.84 1.01 0.85
C6 0.48 0.70 0.47 0.47 0.44 0.48 0.33 0.49 0.47 0.35 0.63 0.81 0.64 0.32 0.37 0.55 0.46 0.52 0.49 0.48 0.41 0.55 0.45
N1 0.37 0.65 0.31 0.32 0.31 0.36 0.27 0.38 0.43 0.39 0.59 0.80 0.54 0.36 0.25 0.43 0.30 0.41 0.39 0.46 0.36 0.44 0.39
N3 0.60 0.53 0.56 0.50 0.32 0.51 0.30 0.46 0.38 0.51 0.47 0.69 0.48 0.50 0.45 0.69 0.46 0.57 0.44 0.52 0.34 0.43 0.33
N4 0.65 0.80 0.65 0.59 0.55 0.55 0.36 0.54 0.33 0.50 0.61 0.97 0.76 0.48 0.54 0.75 0.55 0.58 0.57 0.40 0.53 0.68 0.53
O2 0.61 0.61 0.58 0.56 0.36 0.64 0.44 0.62 0.56 0.60 0.65 0.78 0.44 0.55 0.47 0.73 0.57 0.66 0.55 0.65 0.55 0.44 0.49
O2' 0.44 0.96 0.39 0.46 0.53 0.56 0.51 0.73 0.68 0.51 0.89 1.19 0.78 0.48 0.41 0.47 0.47 0.52 0.71 0.69 0.85 0.68 0.80
O3' 0.43 0.63 0.45 0.55 0.34 0.60 0.38 0.83 0.41 0.64 0.53 0.88 0.53 0.60 0.40 0.43 0.55 0.54 0.99 0.47 1.34 1.26 1.35
O4' 0.33 0.72 0.32 0.30 0.38 0.35 0.35 0.40 0.48 0.37 0.64 0.91 0.62 0.40 0.25 0.41 0.36 0.39 0.39 0.52 0.56 0.61 0.57
O5' 0.60 0.83 0.66 0.65 0.67 0.59 0.75 0.54 0.80 0.75 0.80 0.98 0.78 0.86 0.61 0.71 0.73 0.59 0.65 0.90 0.85 1.12 0.90
OP1 0.74 1.03 0.85 0.84 0.82 0.75 0.92 0.71 1.03 0.85 1.03 1.20 0.95 1.00 0.74 0.93 0.98 0.69 0.82 1.17 1.20 1.38 1.12
OP2 0.85 1.13 0.94 0.88 0.98 0.78 1.12 0.64 1.24 0.95 1.19 1.23 1.06 1.16 0.87 1.05 1.00 0.76 0.68 1.42 0.88 1.18 0.88
P 0.71 0.94 0.81 0.80 0.78 0.71 0.87 0.61 0.97 0.81 0.94 1.07 0.88 0.96 0.70 0.90 0.93 0.67 0.67 1.11 0.89 1.17 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.18 0.01 0.17 0.02 0.19 0.33 0.20
C2 0.04 0.00 0.28 0.28 0.01 0.16 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.31 0.21 0.34 0.02 0.44 0.51 0.41
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.02 0.09 0.13 0.14 0.14 0.22 0.34 0.28 0.09 0.03 0.00 0.03 0.01 0.32 0.12 0.38 0.43 0.34
C3' 0.02 0.28 0.00 0.00 0.22 0.01 0.26 0.02 0.29 0.26 0.29 0.30 0.25 0.28 0.17 0.02 0.01 0.02 0.20 0.31 0.29 0.20 0.17
C4 0.02 0.01 0.15 0.22 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.18 0.11 0.27 0.01 0.29 0.45 0.30
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.19 0.12 0.21 0.16 0.17 0.07 0.20 0.03 0.00 0.02 0.12 0.14 0.18 0.06
C5 0.01 0.01 0.09 0.26 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.20 0.06 0.34 0.02 0.34 0.56 0.38
C5' 0.06 0.28 0.13 0.02 0.17 0.01 0.19 0.00 0.21 0.26 0.24 0.35 0.26 0.26 0.12 0.08 0.14 0.02 0.01 0.23 0.14 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.29 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.19 0.24 0.10 0.35 0.01 0.38 0.58 0.40
C8 0.02 0.02 0.14 0.26 0.01 0.19 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.28 0.19 0.13 0.41 0.03 0.35 0.60 0.43
N1 0.04 0.01 0.22 0.29 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.28 0.16 0.33 0.01 0.41 0.53 0.40
N2 0.06 0.01 0.34 0.30 0.02 0.21 0.02 0.35 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.39 0.25 0.39 0.02 0.54 0.57 0.49
N3 0.04 0.01 0.28 0.25 0.01 0.16 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.29 0.21 0.31 0.01 0.38 0.45 0.36
N7 0.02 0.02 0.09 0.28 0.01 0.17 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.22 0.08 0.43 0.03 0.40 0.67 0.48
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.10 0.02 0.26 0.02 0.23 0.43 0.27
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.13 0.20 0.19 0.08 0.19 0.28 0.18 0.29 0.21 0.28 0.14 0.00 0.07 0.15 0.22 0.22 0.32 0.45 0.28
O3' 0.18 0.31 0.03 0.01 0.18 0.03 0.20 0.14 0.24 0.19 0.28 0.39 0.29 0.22 0.10 0.07 0.00 0.13 0.24 0.27 0.43 0.29 0.26
O4' 0.01 0.21 0.01 0.02 0.11 0.00 0.06 0.02 0.10 0.13 0.16 0.25 0.21 0.08 0.02 0.15 0.13 0.00 0.13 0.08 0.15 0.29 0.18
O5' 0.17 0.34 0.32 0.20 0.27 0.02 0.34 0.01 0.35 0.41 0.33 0.39 0.31 0.43 0.26 0.22 0.24 0.13 0.00 0.38 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.12 0.31 0.01 0.12 0.02 0.23 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.22 0.27 0.08 0.38 0.00 0.42 0.65 0.46
OP1 0.19 0.44 0.38 0.29 0.29 0.14 0.34 0.14 0.38 0.35 0.41 0.54 0.38 0.40 0.23 0.32 0.43 0.15 0.02 0.42 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.51 0.43 0.20 0.45 0.18 0.56 0.19 0.58 0.60 0.53 0.57 0.45 0.67 0.43 0.45 0.29 0.29 0.02 0.65 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.41 0.34 0.17 0.30 0.06 0.38 0.02 0.40 0.43 0.40 0.49 0.36 0.48 0.27 0.28 0.26 0.18 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00