ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 32273

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 149, 167, 156, 19, 3, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.054, 0.109, 0.165, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.109 std_dev=0.056
N1 A 0, 0.051, 0.116, 0.181, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.116 std_dev=0.065
N3 B 0, 0.061, 0.166, 0.271, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.166 std_dev=0.105
N9 B 0, 0.127, 0.246, 0.365, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.246 std_dev=0.119
C5 B 0, 0.087, 0.209, 0.331, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.209 std_dev=0.122
N1 B 0, 0.109, 0.239, 0.369, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.239 std_dev=0.130
C6 B 0, 0.087, 0.217, 0.348, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.217 std_dev=0.131
C2 B 0, 0.104, 0.245, 0.386, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.245 std_dev=0.141
C1' B 0, 0.167, 0.309, 0.451, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.309 std_dev=0.142
C1' A 0, 0.144, 0.291, 0.438, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.291 std_dev=0.147
C6 A 0, 0.057, 0.206, 0.356, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.206 std_dev=0.149
C5 A 0, 0.124, 0.276, 0.428, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.276 std_dev=0.152
C4 A 0, 0.129, 0.288, 0.448, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.288 std_dev=0.159
C2 A 0, 0.088, 0.255, 0.423, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.255 std_dev=0.167
N3 A 0, 0.140, 0.323, 0.507, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.323 std_dev=0.183
C8 B 0, 0.185, 0.396, 0.606, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.396 std_dev=0.210
N6 B 0, 0.133, 0.353, 0.573, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.353 std_dev=0.220
N7 B 0, 0.162, 0.387, 0.612, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.387 std_dev=0.225
O4 A 0, 0.191, 0.433, 0.675, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.433 std_dev=0.242
O2 A 0, 0.131, 0.435, 0.739, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.435 std_dev=0.304
O4' A 0, 0.278, 0.803, 1.328, 2.108 max_d=2.108 avg_d=0.803 std_dev=0.525
C2' A 0, 0.194, 0.768, 1.343, 2.551 max_d=2.551 avg_d=0.768 std_dev=0.574
O2' A 0, 0.404, 1.182, 1.960, 3.413 max_d=3.413 avg_d=1.182 std_dev=0.778
C3' A 0, 0.358, 1.187, 2.015, 2.936 max_d=2.936 avg_d=1.187 std_dev=0.828
C4' A 0, 0.296, 1.143, 1.991, 3.120 max_d=3.120 avg_d=1.143 std_dev=0.848
O4' B 0, 0.207, 1.057, 1.906, 4.241 max_d=4.241 avg_d=1.057 std_dev=0.849
C2' B 0, 0.126, 1.004, 1.882, 3.469 max_d=3.469 avg_d=1.004 std_dev=0.878
C4' B 0, 0.305, 1.415, 2.525, 5.451 max_d=5.451 avg_d=1.415 std_dev=1.110
C3' B 0, 0.478, 1.598, 2.719, 5.418 max_d=5.418 avg_d=1.598 std_dev=1.121
C5' A 0, 0.408, 1.549, 2.690, 4.547 max_d=4.547 avg_d=1.549 std_dev=1.141
O3' A 0, 0.610, 1.769, 2.928, 4.095 max_d=4.095 avg_d=1.769 std_dev=1.159
O3' B 0, 0.876, 2.162, 3.447, 7.106 max_d=7.106 avg_d=2.162 std_dev=1.286
O2' B 0, 0.315, 1.605, 2.895, 4.326 max_d=4.326 avg_d=1.605 std_dev=1.290
O5' A 0, 0.192, 1.689, 3.186, 6.562 max_d=6.562 avg_d=1.689 std_dev=1.497
P A 0, 0.248, 2.299, 4.350, 8.288 max_d=8.288 avg_d=2.299 std_dev=2.051
C5' B 0, 0.157, 2.328, 4.500, 8.429 max_d=8.429 avg_d=2.328 std_dev=2.171
OP1 A 0, 0.375, 2.710, 5.046, 9.034 max_d=9.034 avg_d=2.710 std_dev=2.336
OP2 A 0, 0.348, 2.775, 5.202, 10.087 max_d=10.087 avg_d=2.775 std_dev=2.427
O5' B 0, 0.363, 2.878, 5.393, 9.484 max_d=9.484 avg_d=2.878 std_dev=2.515
P B 0, 0.448, 3.951, 7.455, 12.518 max_d=12.518 avg_d=3.951 std_dev=3.503
OP1 B 0, 1.188, 4.974, 8.760, 14.145 max_d=14.145 avg_d=4.974 std_dev=3.786
OP2 B 0, 0.431, 4.400, 8.368, 13.062 max_d=13.062 avg_d=4.400 std_dev=3.968

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.35 0.02 0.01 0.35 0.54 0.27 0.33
C2 0.02 0.00 0.21 0.26 0.01 0.07 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.23 0.02 0.15 0.54 0.86 0.64 0.57
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.06 0.02 0.14 0.23 0.19 0.03 0.16 0.36 0.01 0.03 0.07 0.02 0.48 0.58 0.47 0.53
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.41 0.01 0.43 0.02 0.38 0.25 0.34 0.20 0.02 0.01 0.44 0.03 0.18 0.22 0.26 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.41 0.00 0.16 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.18 0.01 0.04 0.82 1.23 1.20 0.97
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.23 0.09 0.09 0.14 0.34 0.03 0.16 0.01 0.02 0.21 0.24 0.11
C5 0.02 0.02 0.14 0.43 0.01 0.23 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.27 0.01 0.12 0.90 1.27 1.29 1.07
C5' 0.09 0.14 0.23 0.02 0.21 0.01 0.27 0.00 0.24 0.12 0.16 0.19 0.12 0.25 0.23 0.02 0.01 0.33 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.38 0.01 0.23 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.42 0.20 0.02 0.17 0.81 1.08 0.98 0.89
N1 0.01 0.01 0.03 0.25 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.13 0.02 0.02 0.57 0.83 0.62 0.59
N3 0.02 0.01 0.16 0.34 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.32 0.15 0.01 0.11 0.66 1.05 0.92 0.76
O2 0.04 0.01 0.36 0.20 0.02 0.14 0.02 0.19 0.02 0.02 0.02 0.00 0.37 0.43 0.03 0.26 0.42 0.74 0.46 0.43
O2' 0.02 0.27 0.01 0.02 0.40 0.34 0.46 0.12 0.42 0.23 0.32 0.37 0.00 0.06 0.42 0.23 0.39 0.46 0.53 0.47
O3' 0.35 0.23 0.03 0.01 0.18 0.03 0.27 0.25 0.20 0.13 0.15 0.43 0.06 0.00 0.23 0.24 0.28 0.54 0.34 0.32
O4 0.02 0.02 0.07 0.44 0.01 0.16 0.01 0.23 0.02 0.02 0.01 0.03 0.42 0.23 0.00 0.04 0.86 1.33 1.34 1.06
O4' 0.01 0.15 0.02 0.03 0.04 0.01 0.12 0.02 0.17 0.02 0.11 0.26 0.23 0.24 0.04 0.00 0.29 0.47 0.23 0.25
O5' 0.35 0.54 0.48 0.18 0.82 0.02 0.90 0.01 0.81 0.57 0.66 0.42 0.39 0.28 0.86 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.54 0.86 0.58 0.22 1.23 0.21 1.27 0.33 1.08 0.83 1.05 0.74 0.46 0.54 1.33 0.47 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.64 0.47 0.26 1.20 0.24 1.29 0.37 0.98 0.62 0.92 0.46 0.53 0.34 1.34 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.57 0.53 0.17 0.97 0.11 1.07 0.02 0.89 0.59 0.76 0.43 0.47 0.32 1.06 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.21 0.50 0.77 0.23 1.01 0.19 1.70 0.22 0.29 0.22 0.23 0.30 0.19 0.31 0.81 0.70 0.78 2.21 3.18 3.23 2.84
C2 0.32 0.19 0.41 0.64 0.19 0.74 0.17 1.24 0.22 0.27 0.22 0.19 0.30 0.18 0.26 0.72 0.55 0.57 1.80 2.66 2.46 2.21
C2' 0.67 0.43 0.82 0.96 0.48 1.03 0.40 1.72 0.37 0.54 0.39 0.48 0.38 0.42 0.56 1.16 0.99 0.81 2.15 3.23 3.35 2.90
C3' 0.50 0.44 0.71 0.89 0.41 1.01 0.41 1.79 0.46 0.41 0.47 0.42 0.53 0.39 0.43 1.07 0.89 0.72 2.22 3.37 3.47 3.01
C4 0.26 0.19 0.32 0.56 0.17 0.46 0.15 0.76 0.20 0.28 0.22 0.16 0.28 0.22 0.23 0.65 0.50 0.34 1.33 2.27 1.82 1.61
C4' 0.49 0.25 0.60 0.91 0.28 1.20 0.22 1.94 0.24 0.33 0.25 0.29 0.31 0.22 0.37 0.86 0.81 0.94 2.37 3.39 3.51 3.09
C5 0.29 0.18 0.34 0.63 0.17 0.58 0.15 0.97 0.20 0.28 0.23 0.16 0.28 0.20 0.24 0.68 0.57 0.43 1.53 2.53 2.16 1.90
C5' 0.53 0.33 0.58 0.87 0.35 1.14 0.29 1.83 0.29 0.39 0.31 0.36 0.35 0.29 0.42 0.86 0.82 0.93 2.23 3.24 3.32 2.90
C6 0.32 0.16 0.39 0.68 0.16 0.74 0.13 1.24 0.19 0.28 0.21 0.15 0.28 0.18 0.25 0.72 0.63 0.56 1.78 2.79 2.55 2.26
N1 0.34 0.18 0.43 0.70 0.19 0.83 0.16 1.39 0.20 0.28 0.21 0.18 0.29 0.18 0.27 0.75 0.63 0.63 1.93 2.89 2.76 2.44
N3 0.27 0.17 0.33 0.56 0.16 0.53 0.14 0.87 0.20 0.27 0.21 0.15 0.29 0.18 0.22 0.66 0.48 0.39 1.44 2.32 1.93 1.74
O2 0.36 0.25 0.47 0.66 0.25 0.84 0.24 1.41 0.27 0.29 0.27 0.26 0.32 0.23 0.30 0.77 0.57 0.68 1.96 2.73 2.62 2.39
O2' 0.75 0.50 0.78 0.89 0.52 1.07 0.44 1.78 0.44 0.56 0.47 0.54 0.48 0.43 0.61 1.14 1.00 0.90 2.16 3.27 3.47 2.98
O3' 0.55 0.36 0.74 0.95 0.36 1.18 0.31 2.04 0.35 0.40 0.37 0.38 0.41 0.30 0.43 1.07 0.96 0.87 2.41 3.61 3.74 3.27
O4 0.27 0.24 0.31 0.52 0.22 0.33 0.22 0.52 0.23 0.30 0.27 0.22 0.29 0.28 0.26 0.63 0.46 0.28 1.08 2.01 1.51 1.29
O4' 0.59 0.38 0.60 0.92 0.42 1.24 0.34 1.90 0.32 0.45 0.35 0.43 0.34 0.34 0.49 0.79 0.81 1.03 2.36 3.27 3.34 2.97
O5' 0.53 0.60 0.54 0.78 0.52 0.93 0.58 1.55 0.69 0.50 0.68 0.53 0.82 0.55 0.49 0.93 0.81 0.74 1.93 2.97 3.02 2.58
OP1 0.81 1.06 0.74 0.88 0.93 1.04 1.02 1.56 1.16 0.85 1.17 0.95 1.31 0.97 0.84 1.11 0.94 0.94 1.82 2.79 2.84 2.39
OP2 0.70 0.89 0.78 0.93 0.75 1.01 0.84 1.50 1.01 0.68 1.01 0.78 1.18 0.78 0.68 1.09 0.93 0.85 1.83 2.80 2.82 2.38
P 0.63 0.69 0.57 0.82 0.59 1.01 0.66 1.54 0.79 0.56 0.79 0.61 0.96 0.63 0.57 0.94 0.88 0.85 1.82 2.79 2.84 2.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.33 0.55 0.39 0.35
C2 0.04 0.00 0.40 0.54 0.01 0.65 0.01 1.26 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.36 0.48 1.21 1.64 2.04 1.59
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.02 0.11 0.22 0.18 0.22 0.31 0.41 0.14 0.14 0.04 0.01 0.04 0.03 0.48 0.67 0.62 0.62
C3' 0.02 0.54 0.01 0.00 0.33 0.01 0.36 0.04 0.41 0.41 0.47 0.51 0.42 0.42 0.23 0.02 0.01 0.03 0.38 0.42 0.50 0.39
C4 0.02 0.01 0.21 0.33 0.00 0.30 0.00 0.60 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.20 0.25 0.60 0.99 1.03 0.73
C4' 0.02 0.65 0.02 0.01 0.30 0.00 0.18 0.01 0.29 0.37 0.50 0.62 0.23 0.27 0.09 0.32 0.03 0.01 0.03 0.30 0.29 0.09
C5 0.02 0.01 0.11 0.36 0.00 0.18 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.33 0.20 0.12 0.63 1.19 1.01 0.72
C5' 0.10 1.26 0.22 0.04 0.60 0.01 0.40 0.00 0.63 0.55 1.02 1.16 0.52 0.41 0.19 0.16 0.23 0.02 0.01 0.42 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.41 0.01 0.29 0.01 0.63 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.35 0.25 0.22 0.72 1.30 1.33 0.92
C8 0.02 0.02 0.22 0.41 0.01 0.37 0.01 0.55 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.41 0.21 0.26 1.03 1.49 1.06 1.09
N1 0.04 0.00 0.31 0.47 0.01 0.50 0.01 1.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.36 0.30 0.38 1.00 1.50 1.82 1.34
N3 0.04 0.01 0.41 0.51 0.01 0.62 0.01 1.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.35 0.47 1.07 1.36 1.69 1.33
N6 0.03 0.01 0.14 0.42 0.01 0.23 0.02 0.52 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.39 0.28 0.16 0.72 1.42 1.31 0.90
N7 0.02 0.01 0.14 0.42 0.01 0.27 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.42 0.24 0.14 0.93 1.55 1.09 1.01
N9 0.01 0.02 0.04 0.23 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.14 0.02 0.53 0.89 0.61 0.54
O2' 0.02 0.39 0.01 0.02 0.26 0.32 0.33 0.16 0.35 0.41 0.36 0.37 0.39 0.42 0.22 0.00 0.07 0.22 0.37 0.58 0.63 0.56
O3' 0.32 0.36 0.04 0.01 0.20 0.03 0.20 0.23 0.25 0.21 0.30 0.35 0.28 0.24 0.14 0.07 0.00 0.23 0.40 0.61 0.64 0.45
O4' 0.01 0.48 0.03 0.03 0.25 0.01 0.12 0.02 0.22 0.26 0.38 0.47 0.16 0.14 0.02 0.22 0.23 0.00 0.28 0.42 0.38 0.26
O5' 0.33 1.21 0.48 0.38 0.60 0.03 0.63 0.01 0.72 1.03 1.00 1.07 0.72 0.93 0.53 0.37 0.40 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.55 1.64 0.67 0.42 0.99 0.30 1.19 0.42 1.30 1.49 1.50 1.36 1.42 1.55 0.89 0.58 0.61 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 2.04 0.62 0.50 1.03 0.29 1.01 0.39 1.33 1.06 1.82 1.69 1.31 1.09 0.61 0.63 0.64 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.35 1.59 0.62 0.39 0.73 0.09 0.72 0.02 0.92 1.09 1.34 1.33 0.90 1.01 0.54 0.56 0.45 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00