ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 32345

back

Distances from reference structure (by RMSD)

19, 28, 70, 68, 19, 8, 23, 18, 32, 7, 5, 7, 14, 7, 7, 11, 7, 30, 15, 105,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.122, 0.281, 0.440, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.281 std_dev=0.159
C4 B 0, 0.099, 0.277, 0.455, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.277 std_dev=0.178
N3 A 0, 0.239, 0.724, 1.210, 2.082 max_d=2.082 avg_d=0.724 std_dev=0.486
N3 B 0, 0.202, 0.689, 1.175, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.689 std_dev=0.487
C5 A 0, 0.185, 0.738, 1.292, 2.485 max_d=2.485 avg_d=0.738 std_dev=0.553
C5 B 0, 0.158, 0.729, 1.300, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.729 std_dev=0.571
N9 B 0, 0.170, 0.813, 1.457, 2.723 max_d=2.723 avg_d=0.813 std_dev=0.643
N9 A 0, 0.128, 0.815, 1.503, 2.529 max_d=2.529 avg_d=0.815 std_dev=0.687
C6 A 0, 0.231, 1.050, 1.869, 3.361 max_d=3.361 avg_d=1.050 std_dev=0.819
C2 A 0, 0.273, 1.094, 1.915, 3.597 max_d=3.597 avg_d=1.094 std_dev=0.821
C6 B 0, 0.244, 1.066, 1.887, 3.354 max_d=3.354 avg_d=1.066 std_dev=0.822
C2 B 0, 0.201, 1.024, 1.848, 3.502 max_d=3.502 avg_d=1.024 std_dev=0.824
N1 B 0, 0.256, 1.128, 2.001, 3.973 max_d=3.973 avg_d=1.128 std_dev=0.873
N1 A 0, 0.254, 1.196, 2.139, 3.967 max_d=3.967 avg_d=1.196 std_dev=0.942
C1' B 0, 0.221, 1.245, 2.270, 4.100 max_d=4.100 avg_d=1.245 std_dev=1.025
C1' A 0, 0.157, 1.215, 2.272, 4.086 max_d=4.086 avg_d=1.215 std_dev=1.057
N7 A 0, 0.211, 1.294, 2.378, 4.401 max_d=4.401 avg_d=1.294 std_dev=1.083
C8 B 0, 0.150, 1.235, 2.319, 4.302 max_d=4.302 avg_d=1.235 std_dev=1.085
N7 B 0, 0.151, 1.238, 2.326, 4.005 max_d=4.005 avg_d=1.238 std_dev=1.088
C8 A 0, 0.174, 1.290, 2.406, 4.364 max_d=4.364 avg_d=1.290 std_dev=1.116
O6 B 0, 0.323, 1.599, 2.876, 4.855 max_d=4.855 avg_d=1.599 std_dev=1.276
N6 A 0, 0.304, 1.619, 2.934, 5.187 max_d=5.187 avg_d=1.619 std_dev=1.315
O4' A 0, 0.320, 1.677, 3.033, 5.028 max_d=5.028 avg_d=1.677 std_dev=1.356
N2 B 0, 0.212, 1.640, 3.067, 5.660 max_d=5.660 avg_d=1.640 std_dev=1.428
O4' B 0, 0.314, 1.804, 3.293, 6.477 max_d=6.477 avg_d=1.804 std_dev=1.490
C2' B 0, 0.141, 1.665, 3.189, 5.269 max_d=5.269 avg_d=1.665 std_dev=1.524
C2' A 0, 0.216, 1.756, 3.295, 5.694 max_d=5.694 avg_d=1.756 std_dev=1.539
O2' A 0, 0.310, 2.112, 3.915, 6.812 max_d=6.812 avg_d=2.112 std_dev=1.803
O2' B 0, 0.367, 2.231, 4.095, 6.652 max_d=6.652 avg_d=2.231 std_dev=1.864
C4' A 0, 0.375, 2.288, 4.201, 7.207 max_d=7.207 avg_d=2.288 std_dev=1.913
C3' A 0, 0.280, 2.357, 4.434, 7.987 max_d=7.987 avg_d=2.357 std_dev=2.077
C3' B 0, 0.387, 2.472, 4.558, 7.954 max_d=7.954 avg_d=2.472 std_dev=2.085
C4' B 0, 0.255, 2.345, 4.435, 8.475 max_d=8.475 avg_d=2.345 std_dev=2.090
C5' A 0, 0.507, 2.875, 5.243, 9.154 max_d=9.154 avg_d=2.875 std_dev=2.368
O3' A 0, 0.333, 2.841, 5.350, 9.640 max_d=9.640 avg_d=2.841 std_dev=2.508
O5' A 0, 0.605, 3.144, 5.682, 9.573 max_d=9.573 avg_d=3.144 std_dev=2.538
O3' B 0, 0.615, 3.302, 5.988, 9.314 max_d=9.314 avg_d=3.302 std_dev=2.687
C5' B 0, 0.482, 3.176, 5.871, 9.892 max_d=9.892 avg_d=3.176 std_dev=2.695
O5' B 0, 0.684, 3.621, 6.558, 10.945 max_d=10.945 avg_d=3.621 std_dev=2.937
P A 0, 0.652, 3.867, 7.081, 11.817 max_d=11.817 avg_d=3.867 std_dev=3.214
OP1 A 0, 1.451, 4.722, 7.993, 11.665 max_d=11.665 avg_d=4.722 std_dev=3.271
OP2 A 0, 0.754, 4.181, 7.608, 13.476 max_d=13.476 avg_d=4.181 std_dev=3.427
P B 0, 1.069, 4.858, 8.648, 13.512 max_d=13.512 avg_d=4.858 std_dev=3.790
OP2 B 0, 1.577, 5.495, 9.412, 14.107 max_d=14.107 avg_d=5.495 std_dev=3.918
OP1 B 0, 1.357, 5.501, 9.644, 15.564 max_d=15.564 avg_d=5.501 std_dev=4.144

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.11 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.34 0.01 0.31 0.78 0.48 0.34
C2 0.04 0.00 0.28 0.34 0.01 0.33 0.01 0.54 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.50 0.46 0.31 0.64 1.12 1.12 0.72
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.15 0.02 0.08 0.24 0.13 0.16 0.22 0.28 0.10 0.10 0.03 0.01 0.05 0.03 0.56 0.81 0.74 0.60
C3' 0.02 0.34 0.01 0.00 0.26 0.01 0.32 0.03 0.34 0.38 0.34 0.32 0.37 0.39 0.22 0.02 0.01 0.02 0.35 0.52 0.48 0.33
C4 0.02 0.01 0.15 0.26 0.00 0.16 0.01 0.27 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.34 0.25 0.16 0.48 1.08 0.88 0.53
C4' 0.02 0.33 0.02 0.01 0.16 0.00 0.14 0.01 0.17 0.26 0.26 0.32 0.17 0.22 0.10 0.31 0.03 0.01 0.02 0.30 0.32 0.11
C5 0.02 0.01 0.08 0.32 0.01 0.14 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.37 0.15 0.07 0.61 1.30 1.11 0.70
C5' 0.11 0.54 0.24 0.03 0.27 0.01 0.28 0.00 0.32 0.45 0.44 0.49 0.34 0.41 0.20 0.12 0.23 0.02 0.01 0.31 0.42 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.34 0.01 0.17 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.42 0.20 0.13 0.61 1.30 1.20 0.71
C8 0.02 0.02 0.16 0.38 0.01 0.26 0.01 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.34 0.23 0.18 0.80 1.44 1.11 0.88
N1 0.04 0.01 0.22 0.34 0.02 0.26 0.01 0.44 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.47 0.34 0.24 0.61 1.20 1.18 0.70
N3 0.04 0.01 0.28 0.32 0.01 0.32 0.01 0.49 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.47 0.47 0.32 0.57 1.02 0.95 0.62
N6 0.03 0.02 0.10 0.37 0.02 0.17 0.02 0.34 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.43 0.18 0.10 0.68 1.42 1.34 0.82
N7 0.02 0.02 0.10 0.39 0.01 0.22 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.38 0.22 0.11 0.80 1.53 1.29 0.93
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.22 0.16 0.02 0.49 1.08 0.76 0.53
O2' 0.03 0.50 0.01 0.02 0.34 0.31 0.37 0.12 0.42 0.34 0.47 0.47 0.43 0.38 0.22 0.00 0.09 0.21 0.50 0.79 0.84 0.59
O3' 0.34 0.46 0.05 0.01 0.25 0.03 0.15 0.23 0.20 0.23 0.34 0.47 0.18 0.22 0.16 0.09 0.00 0.25 0.35 0.63 0.54 0.41
O4' 0.01 0.31 0.03 0.02 0.16 0.01 0.07 0.02 0.13 0.18 0.24 0.32 0.10 0.11 0.02 0.21 0.25 0.00 0.21 0.69 0.38 0.29
O5' 0.31 0.64 0.56 0.35 0.48 0.02 0.61 0.01 0.61 0.80 0.61 0.57 0.68 0.80 0.49 0.50 0.35 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.78 1.12 0.81 0.52 1.08 0.30 1.30 0.31 1.30 1.44 1.20 1.02 1.42 1.53 1.08 0.79 0.63 0.69 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 1.12 0.74 0.48 0.88 0.32 1.11 0.42 1.20 1.11 1.18 0.95 1.34 1.29 0.76 0.84 0.54 0.38 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.72 0.60 0.33 0.53 0.11 0.70 0.02 0.71 0.88 0.70 0.62 0.82 0.93 0.53 0.59 0.41 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.38 0.99 1.52 2.05 0.67 1.98 0.68 2.31 0.81 1.36 0.98 1.42 0.83 1.17 1.10 1.46 2.16 1.72 2.71 1.18 3.10 2.92 2.89
C2 1.05 0.97 0.99 0.98 0.76 1.07 0.53 1.13 0.50 0.83 0.70 1.23 0.99 0.73 0.87 1.31 0.97 1.23 1.20 0.76 1.54 1.55 1.36
C2' 1.67 1.13 1.81 2.43 0.82 2.45 0.84 2.88 0.95 1.71 1.11 1.65 0.99 1.47 1.35 1.73 2.50 2.09 3.29 1.42 3.74 3.56 3.53
C3' 1.77 1.52 2.06 2.72 0.96 2.70 0.81 3.20 1.06 1.63 1.41 2.11 1.31 1.30 1.37 1.99 2.90 2.19 3.63 1.48 4.25 3.92 3.97
C4 0.81 0.65 0.74 1.05 0.42 1.05 0.41 1.24 0.50 0.76 0.63 0.88 0.54 0.69 0.65 0.86 1.01 1.13 1.57 0.69 1.79 1.75 1.64
C4' 1.82 1.30 2.19 2.87 0.91 2.74 0.76 3.12 0.94 1.58 1.22 1.83 1.15 1.23 1.39 2.15 3.18 2.19 3.46 1.34 4.02 3.58 3.70
C5 0.76 0.39 0.83 0.97 0.35 0.95 0.35 1.06 0.46 0.59 0.47 0.55 0.40 0.53 0.57 1.04 0.97 1.04 1.24 0.65 1.33 1.33 1.19
C5' 2.15 1.33 2.64 3.38 1.09 3.16 0.90 3.44 1.02 1.75 1.26 1.85 1.23 1.33 1.63 2.64 3.86 2.49 3.63 1.42 4.08 3.55 3.72
C6 0.83 0.53 0.92 0.89 0.47 0.95 0.30 1.07 0.41 0.57 0.45 0.68 0.62 0.49 0.62 1.26 0.89 1.06 1.01 0.67 1.18 1.20 1.01
C8 1.38 0.75 1.71 2.00 0.70 1.77 0.69 1.81 0.78 1.20 0.84 1.04 0.67 1.01 1.10 1.74 2.14 1.55 2.05 1.08 2.07 1.97 1.95
N1 1.04 0.81 1.09 1.02 0.70 1.08 0.44 1.14 0.44 0.75 0.56 1.01 0.91 0.62 0.83 1.45 1.03 1.20 1.02 0.77 1.30 1.30 1.11
N3 0.95 0.93 0.80 0.99 0.65 1.09 0.51 1.26 0.54 0.85 0.77 1.21 0.86 0.78 0.80 1.01 0.93 1.22 1.54 0.74 1.90 1.88 1.72
N6 1.17 0.81 1.41 1.37 0.64 1.38 0.52 1.51 0.66 0.89 0.78 1.08 0.82 0.78 0.90 1.71 1.43 1.34 1.31 0.98 1.46 1.50 1.31
N7 1.19 0.62 1.47 1.60 0.65 1.43 0.62 1.44 0.72 0.96 0.74 0.81 0.64 0.84 0.93 1.62 1.71 1.34 1.57 0.98 1.51 1.52 1.41
N9 1.16 0.77 1.28 1.69 0.56 1.58 0.59 1.77 0.70 1.12 0.81 1.09 0.62 0.97 0.93 1.27 1.75 1.44 2.13 0.99 2.33 2.22 2.18
O2' 1.81 1.01 1.84 2.38 1.04 2.53 1.24 3.02 1.19 2.11 1.10 1.50 0.95 1.97 1.60 1.78 2.36 2.23 3.44 1.66 3.97 4.00 3.80
O3' 1.81 1.56 2.08 2.73 0.97 2.79 0.83 3.40 1.04 1.69 1.40 2.22 1.38 1.39 1.40 1.99 2.85 2.26 3.83 1.48 4.62 4.31 4.37
O4' 1.61 1.08 1.92 2.48 0.84 2.31 0.72 2.59 0.83 1.42 1.04 1.51 0.98 1.13 1.26 1.88 2.73 1.91 2.94 1.16 3.35 3.02 3.09
O5' 2.40 1.47 2.92 3.62 1.27 3.34 1.00 3.46 1.11 1.82 1.40 1.96 1.41 1.34 1.81 3.00 4.15 2.68 3.54 1.47 3.72 3.22 3.42
OP1 2.97 2.03 3.64 4.11 1.98 3.68 1.72 3.56 1.72 2.25 1.89 2.40 2.12 1.90 2.38 3.81 4.72 3.05 3.49 1.96 3.44 3.23 3.26
OP2 2.44 1.81 3.01 3.58 1.43 3.35 1.34 3.29 1.70 1.74 1.93 2.23 1.61 1.47 1.79 3.37 4.37 2.65 3.10 2.10 3.16 2.74 2.86
P 2.73 1.59 3.36 4.02 1.51 3.67 1.21 3.59 1.29 1.94 1.52 2.02 1.63 1.48 2.04 3.56 4.78 2.95 3.47 1.64 3.47 3.03 3.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.25 0.03 0.47 0.36 0.23
C2 0.05 0.00 0.37 0.44 0.01 0.60 0.01 1.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.49 0.45 0.53 1.35 0.02 1.81 1.72 1.56
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.21 0.19 0.17 0.29 0.44 0.36 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.49 0.16 0.66 0.55 0.50
C3' 0.02 0.44 0.01 0.00 0.27 0.01 0.32 0.02 0.34 0.47 0.37 0.55 0.41 0.45 0.23 0.02 0.01 0.02 0.33 0.37 0.54 0.19 0.30
C4 0.02 0.01 0.20 0.27 0.00 0.25 0.01 0.43 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.24 0.27 0.63 0.02 0.94 0.67 0.58
C4' 0.01 0.60 0.02 0.01 0.25 0.00 0.13 0.01 0.21 0.43 0.43 0.79 0.58 0.32 0.10 0.30 0.03 0.01 0.02 0.16 0.24 0.29 0.09
C5 0.02 0.01 0.11 0.32 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.36 0.17 0.10 0.57 0.02 0.93 0.74 0.51
C5' 0.08 1.08 0.21 0.02 0.43 0.01 0.22 0.00 0.39 0.65 0.78 1.43 0.99 0.51 0.14 0.11 0.22 0.02 0.01 0.30 0.32 0.38 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.34 0.01 0.21 0.01 0.39 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.40 0.22 0.21 0.67 0.01 1.13 0.85 0.66
C8 0.02 0.02 0.17 0.47 0.01 0.43 0.01 0.65 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.41 0.26 0.30 1.00 0.03 1.15 1.30 1.07
N1 0.04 0.01 0.29 0.37 0.01 0.43 0.01 0.78 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.45 0.33 0.39 1.03 0.02 1.54 1.31 1.16
N2 0.06 0.01 0.44 0.55 0.02 0.79 0.02 1.43 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.58 0.58 0.64 1.76 0.03 2.36 2.45 2.16
N3 0.05 0.01 0.36 0.41 0.01 0.58 0.01 0.99 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.44 0.44 0.54 1.22 0.02 1.52 1.41 1.32
N7 0.02 0.02 0.10 0.45 0.01 0.32 0.01 0.51 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.25 0.18 0.89 0.03 1.15 1.30 0.99
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.14 0.02 0.44 0.03 0.67 0.54 0.37
O2' 0.02 0.49 0.01 0.02 0.31 0.30 0.36 0.11 0.40 0.41 0.45 0.58 0.44 0.42 0.22 0.00 0.07 0.21 0.38 0.43 0.59 0.59 0.44
O3' 0.33 0.45 0.04 0.01 0.24 0.03 0.17 0.22 0.22 0.26 0.33 0.58 0.44 0.25 0.14 0.07 0.00 0.22 0.33 0.23 0.67 0.32 0.41
O4' 0.01 0.53 0.02 0.02 0.27 0.01 0.10 0.02 0.21 0.30 0.39 0.64 0.54 0.18 0.02 0.21 0.22 0.00 0.17 0.14 0.36 0.40 0.26
O5' 0.25 1.35 0.49 0.33 0.63 0.02 0.57 0.01 0.67 1.00 1.03 1.76 1.22 0.89 0.44 0.38 0.33 0.17 0.00 0.65 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.16 0.37 0.02 0.16 0.02 0.30 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.43 0.23 0.14 0.65 0.00 1.12 0.91 0.64
OP1 0.47 1.81 0.66 0.54 0.94 0.24 0.93 0.32 1.13 1.15 1.54 2.36 1.52 1.15 0.67 0.59 0.67 0.36 0.02 1.12 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 1.72 0.55 0.19 0.67 0.29 0.74 0.38 0.85 1.30 1.31 2.45 1.41 1.30 0.54 0.59 0.32 0.40 0.02 0.91 0.02 0.00 0.01
P 0.23 1.56 0.50 0.30 0.58 0.09 0.51 0.02 0.66 1.07 1.16 2.16 1.32 0.99 0.37 0.44 0.41 0.26 0.01 0.64 0.01 0.01 0.00