ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 32666

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 3, 2, 0, 2, 0, 1, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 4,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.055, 0.570, 1.086, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.570 std_dev=0.516
C2' B 0, 0.119, 0.656, 1.194, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.656 std_dev=0.537
C1' B 0, 0.091, 0.640, 1.188, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.640 std_dev=0.549
N1 B 0, -0.021, 0.570, 1.161, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.570 std_dev=0.591
C1' A 0, 0.066, 0.773, 1.480, 2.773 max_d=2.773 avg_d=0.773 std_dev=0.707
C2 B 0, -0.024, 0.758, 1.540, 2.562 max_d=2.562 avg_d=0.758 std_dev=0.782
C6 A 0, -0.062, 0.730, 1.522, 3.474 max_d=3.474 avg_d=0.730 std_dev=0.792
C6 B 0, -0.045, 0.829, 1.703, 3.151 max_d=3.151 avg_d=0.829 std_dev=0.874
C3' B 0, 0.036, 0.934, 1.832, 3.194 max_d=3.194 avg_d=0.934 std_dev=0.898
O2' B 0, 0.006, 0.937, 1.867, 3.673 max_d=3.673 avg_d=0.937 std_dev=0.930
O4' B 0, -0.061, 0.903, 1.866, 3.370 max_d=3.370 avg_d=0.903 std_dev=0.964
N3 B 0, -0.143, 0.850, 1.843, 4.128 max_d=4.128 avg_d=0.850 std_dev=0.993
C2 A 0, -0.078, 0.932, 1.943, 3.674 max_d=3.674 avg_d=0.932 std_dev=1.011
O2 B 0, 0.032, 1.070, 2.108, 3.458 max_d=3.458 avg_d=1.070 std_dev=1.038
C2' A 0, -0.176, 0.902, 1.979, 4.695 max_d=4.695 avg_d=0.902 std_dev=1.078
O4' A 0, -0.002, 1.134, 2.269, 5.083 max_d=5.083 avg_d=1.134 std_dev=1.136
C5 B 0, -0.188, 1.000, 2.187, 4.350 max_d=4.350 avg_d=1.000 std_dev=1.188
C4 B 0, -0.294, 0.901, 2.096, 4.918 max_d=4.918 avg_d=0.901 std_dev=1.195
C4' B 0, -0.188, 1.048, 2.284, 4.317 max_d=4.317 avg_d=1.048 std_dev=1.236
C5 A 0, -0.256, 1.008, 2.271, 5.116 max_d=5.116 avg_d=1.008 std_dev=1.264
O3' B 0, -0.019, 1.278, 2.574, 4.156 max_d=4.156 avg_d=1.278 std_dev=1.297
O2 A 0, -0.167, 1.259, 2.684, 5.081 max_d=5.081 avg_d=1.259 std_dev=1.426
N3 A 0, -0.312, 1.125, 2.563, 5.160 max_d=5.160 avg_d=1.125 std_dev=1.438
C3' A 0, -0.164, 1.289, 2.741, 6.870 max_d=6.870 avg_d=1.289 std_dev=1.453
C4 A 0, -0.396, 1.107, 2.609, 5.484 max_d=5.484 avg_d=1.107 std_dev=1.502
C4' A 0, -0.193, 1.310, 2.813, 7.239 max_d=7.239 avg_d=1.310 std_dev=1.503
O4 B 0, -0.409, 1.110, 2.628, 6.244 max_d=6.244 avg_d=1.110 std_dev=1.519
O2' A 0, 0.106, 1.706, 3.305, 4.965 max_d=4.965 avg_d=1.706 std_dev=1.600
O5' B 0, -0.380, 1.249, 2.879, 6.014 max_d=6.014 avg_d=1.249 std_dev=1.629
C5' B 0, -0.400, 1.358, 3.117, 6.240 max_d=6.240 avg_d=1.358 std_dev=1.759
O3' A 0, 0.025, 1.967, 3.908, 7.755 max_d=7.755 avg_d=1.967 std_dev=1.941
C5' A 0, -0.287, 1.663, 3.613, 9.295 max_d=9.295 avg_d=1.663 std_dev=1.950
N4 A 0, -0.528, 1.535, 3.598, 7.367 max_d=7.367 avg_d=1.535 std_dev=2.063
P B 0, -0.402, 1.699, 3.799, 8.232 max_d=8.232 avg_d=1.699 std_dev=2.101
OP2 B 0, -0.379, 1.838, 4.056, 8.446 max_d=8.446 avg_d=1.838 std_dev=2.218
O5' A 0, -0.390, 1.972, 4.334, 11.156 max_d=11.156 avg_d=1.972 std_dev=2.362
OP1 B 0, -0.175, 2.289, 4.752, 9.224 max_d=9.224 avg_d=2.289 std_dev=2.463
OP1 A 0, -0.703, 2.084, 4.870, 11.593 max_d=11.593 avg_d=2.084 std_dev=2.786
P A 0, -0.791, 2.113, 5.017, 12.878 max_d=12.878 avg_d=2.113 std_dev=2.904
OP2 A 0, -0.526, 2.734, 5.995, 15.031 max_d=15.031 avg_d=2.734 std_dev=3.261

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.33 0.01 0.18 0.42 0.29 0.19
C2 0.03 0.00 0.17 0.22 0.01 0.19 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.32 0.20 0.62 0.66 0.79 0.66
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.06 0.02 0.14 0.20 0.18 0.03 0.13 0.07 0.30 0.01 0.04 0.03 0.19 0.35 0.41 0.14
C3' 0.03 0.22 0.01 0.00 0.31 0.01 0.36 0.02 0.34 0.19 0.27 0.34 0.26 0.02 0.01 0.03 0.30 0.44 0.56 0.26
C4 0.02 0.01 0.06 0.31 0.00 0.13 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.23 0.05 0.55 0.68 0.95 0.68
C4' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.13 0.00 0.24 0.01 0.26 0.08 0.16 0.15 0.35 0.29 0.03 0.01 0.02 0.44 0.31 0.17
C5 0.02 0.01 0.14 0.36 0.00 0.24 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.47 0.30 0.19 0.56 0.66 0.95 0.66
C5' 0.08 0.35 0.20 0.02 0.29 0.01 0.38 0.00 0.38 0.18 0.34 0.32 0.56 0.13 0.23 0.01 0.01 0.23 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.34 0.01 0.26 0.00 0.38 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.46 0.27 0.24 0.51 0.56 0.74 0.54
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.21 0.03 0.37 0.43 0.54 0.38
N3 0.03 0.01 0.13 0.27 0.01 0.16 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.26 0.27 0.14 0.64 0.74 0.94 0.75
N4 0.03 0.01 0.07 0.34 0.01 0.15 0.02 0.32 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.36 0.26 0.06 0.59 0.78 1.08 0.77
O2 0.05 0.01 0.30 0.26 0.02 0.35 0.02 0.56 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.48 0.50 0.37 0.87 0.89 0.98 0.89
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.33 0.29 0.47 0.13 0.46 0.19 0.26 0.36 0.48 0.00 0.07 0.18 0.32 0.64 0.67 0.43
O3' 0.33 0.32 0.04 0.01 0.23 0.03 0.30 0.23 0.27 0.21 0.27 0.26 0.50 0.07 0.00 0.21 0.42 0.92 0.84 0.53
O4' 0.01 0.20 0.03 0.03 0.05 0.01 0.19 0.01 0.24 0.03 0.14 0.06 0.37 0.18 0.21 0.00 0.23 0.42 0.24 0.19
O5' 0.18 0.62 0.19 0.30 0.55 0.02 0.56 0.01 0.51 0.37 0.64 0.59 0.87 0.32 0.42 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.66 0.35 0.44 0.68 0.44 0.66 0.23 0.56 0.43 0.74 0.78 0.89 0.64 0.92 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.79 0.41 0.56 0.95 0.31 0.95 0.25 0.74 0.54 0.94 1.08 0.98 0.67 0.84 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.66 0.14 0.26 0.68 0.17 0.66 0.02 0.54 0.38 0.75 0.77 0.89 0.43 0.53 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.20 1.26 1.03 0.93 1.60 1.13 1.63 0.98 1.40 1.25 1.41 1.18 1.21 1.30 1.74 1.22 0.75 1.09 0.48 0.58
C2 1.41 1.86 1.10 0.62 2.33 0.89 2.17 0.65 1.79 1.68 2.13 1.76 1.27 0.78 2.52 1.30 0.53 0.80 0.53 0.23
C2' 1.20 1.11 0.96 1.00 1.31 1.28 1.29 1.12 1.16 1.12 1.19 1.10 1.15 1.45 1.45 1.34 0.90 1.06 0.78 0.72
C3' 1.23 1.04 1.09 1.40 1.15 1.58 1.16 1.52 1.09 1.08 1.05 1.06 1.20 1.92 1.27 1.46 1.25 1.32 1.00 1.15
C4 1.78 2.36 1.51 0.96 2.49 1.16 2.20 0.95 1.97 2.06 2.54 2.36 1.49 0.83 2.57 1.69 0.84 0.65 0.76 0.39
C4' 1.14 1.00 1.23 1.45 1.18 1.48 1.24 1.40 1.13 1.04 1.03 1.00 1.36 1.95 1.30 1.27 1.05 1.16 0.67 0.89
C5 1.68 2.05 1.50 1.00 2.05 1.17 1.86 0.99 1.74 1.86 2.13 2.08 1.42 0.83 2.07 1.62 0.88 0.66 0.78 0.43
C5' 1.15 1.04 1.44 1.62 1.09 1.49 1.12 1.41 1.07 1.05 1.03 1.09 1.56 2.06 1.16 1.22 1.09 0.99 0.81 0.84
C6 1.38 1.65 1.25 0.74 1.75 0.94 1.65 0.75 1.53 1.54 1.74 1.62 1.22 0.72 1.79 1.31 0.63 0.73 0.64 0.23
N1 1.29 1.58 1.07 0.64 1.89 0.89 1.83 0.69 1.59 1.48 1.76 1.49 1.17 0.83 2.00 1.22 0.54 0.85 0.52 0.28
N3 1.61 2.22 1.29 0.72 2.62 0.97 2.33 0.72 1.96 1.94 2.52 2.16 1.39 0.68 2.80 1.49 0.64 0.70 0.64 0.23
N4 2.04 2.71 1.76 1.27 2.72 1.45 2.32 1.23 2.12 2.32 2.88 2.79 1.73 1.17 2.80 1.96 1.06 0.67 0.86 0.56
O2 1.38 1.76 1.07 0.75 2.37 0.99 2.22 0.73 1.76 1.59 2.08 1.65 1.33 1.03 2.67 1.29 0.57 0.88 0.49 0.34
O2' 1.29 1.09 1.08 1.22 1.32 1.45 1.30 1.29 1.14 1.11 1.16 1.09 1.36 1.72 1.50 1.42 1.10 1.38 0.90 0.97
O3' 1.37 1.01 1.29 1.76 1.09 1.92 1.12 1.90 1.08 1.10 0.97 1.06 1.42 2.37 1.26 1.66 1.68 1.86 1.33 1.70
O4' 1.20 1.19 1.27 1.21 1.52 1.24 1.60 1.13 1.44 1.24 1.31 1.11 1.40 1.56 1.63 1.18 0.87 1.04 0.52 0.68
O5' 1.33 1.11 1.69 1.82 1.08 1.65 1.15 1.55 1.15 1.16 1.03 1.19 1.92 2.29 1.13 1.35 1.21 0.97 0.87 0.93
OP1 1.30 1.35 1.80 1.72 1.13 1.32 1.09 1.02 1.07 1.21 1.25 1.54 2.00 2.12 1.14 1.11 0.75 1.10 1.06 0.82
OP2 1.40 1.13 1.89 1.92 1.09 1.68 1.18 1.52 1.14 1.17 1.02 1.28 2.30 2.52 1.19 1.34 1.19 0.89 1.03 0.95
P 1.38 1.23 1.83 1.93 1.08 1.66 1.12 1.45 1.11 1.21 1.11 1.40 2.09 2.51 1.11 1.34 1.08 0.89 0.89 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.34 0.02 0.01 0.32 0.51 0.37 0.31
C2 0.02 0.00 0.30 0.28 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.02 0.25 0.42 0.54 0.46 0.37
C2' 0.00 0.30 0.00 0.01 0.07 0.01 0.18 0.18 0.26 0.04 0.23 0.50 0.00 0.04 0.08 0.03 0.57 0.91 0.67 0.65
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.41 0.01 0.39 0.02 0.33 0.24 0.36 0.24 0.02 0.01 0.44 0.02 0.26 0.73 0.24 0.34
C4 0.02 0.01 0.07 0.41 0.00 0.20 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.16 0.01 0.03 0.47 0.78 0.65 0.54
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.20 0.00 0.35 0.01 0.35 0.11 0.06 0.26 0.29 0.02 0.21 0.01 0.02 0.35 0.24 0.10
C5 0.02 0.01 0.18 0.39 0.01 0.35 0.00 0.48 0.00 0.01 0.01 0.02 0.60 0.20 0.01 0.21 0.52 0.85 0.71 0.64
C5' 0.05 0.13 0.18 0.02 0.30 0.01 0.48 0.00 0.46 0.14 0.13 0.31 0.11 0.19 0.32 0.02 0.01 0.28 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.26 0.33 0.01 0.35 0.00 0.46 0.00 0.01 0.01 0.01 0.60 0.16 0.01 0.29 0.48 0.70 0.60 0.54
N1 0.01 0.01 0.04 0.24 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.13 0.02 0.01 0.38 0.53 0.46 0.37
N3 0.02 0.01 0.23 0.36 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.12 0.01 0.17 0.43 0.62 0.54 0.42
O2 0.03 0.01 0.50 0.24 0.02 0.26 0.02 0.31 0.01 0.01 0.02 0.00 0.46 0.28 0.03 0.45 0.45 0.55 0.42 0.38
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.37 0.29 0.60 0.11 0.60 0.22 0.12 0.46 0.00 0.07 0.39 0.20 0.31 0.79 0.66 0.49
O3' 0.34 0.16 0.04 0.01 0.16 0.02 0.20 0.19 0.16 0.13 0.12 0.28 0.07 0.00 0.19 0.21 0.30 0.58 0.38 0.30
O4 0.02 0.02 0.08 0.44 0.01 0.21 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.03 0.39 0.19 0.00 0.03 0.49 0.85 0.71 0.59
O4' 0.01 0.25 0.03 0.02 0.03 0.01 0.21 0.02 0.29 0.01 0.17 0.45 0.20 0.21 0.03 0.00 0.22 0.29 0.41 0.26
O5' 0.32 0.42 0.57 0.26 0.47 0.02 0.52 0.01 0.48 0.38 0.43 0.45 0.31 0.30 0.49 0.22 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.51 0.54 0.91 0.73 0.78 0.35 0.85 0.28 0.70 0.53 0.62 0.55 0.79 0.58 0.85 0.29 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.46 0.67 0.24 0.65 0.24 0.71 0.30 0.60 0.46 0.54 0.42 0.66 0.38 0.71 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.37 0.65 0.34 0.54 0.10 0.64 0.02 0.54 0.37 0.42 0.38 0.49 0.30 0.59 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00