ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 32670

back

Distances from reference structure (by RMSD)

28, 26, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 4, 11, 4, 0, 0, 1, 52,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.119, 1.030, 1.940, 2.476 max_d=2.476 avg_d=1.030 std_dev=0.911
O4' A 0, 0.182, 1.252, 2.323, 3.965 max_d=3.965 avg_d=1.252 std_dev=1.071
C5 A 0, 0.240, 1.373, 2.507, 2.975 max_d=2.975 avg_d=1.373 std_dev=1.134
C4' A 0, -0.090, 1.156, 2.402, 5.226 max_d=5.226 avg_d=1.156 std_dev=1.246
C5' A 0, -0.012, 1.257, 2.526, 6.138 max_d=6.138 avg_d=1.257 std_dev=1.269
C2' B 0, 0.004, 1.427, 2.850, 4.417 max_d=4.417 avg_d=1.427 std_dev=1.423
O5' A 0, -0.103, 1.514, 3.131, 7.188 max_d=7.188 avg_d=1.514 std_dev=1.617
O2' B 0, -0.219, 1.418, 3.056, 6.435 max_d=6.435 avg_d=1.418 std_dev=1.637
C1' A 0, 0.061, 1.711, 3.360, 4.482 max_d=4.482 avg_d=1.711 std_dev=1.650
C3' B 0, 0.046, 1.715, 3.384, 4.519 max_d=4.519 avg_d=1.715 std_dev=1.669
N1 A 0, -0.267, 1.417, 3.101, 4.624 max_d=4.624 avg_d=1.417 std_dev=1.684
C1' B 0, -0.202, 1.490, 3.181, 4.939 max_d=4.939 avg_d=1.490 std_dev=1.691
N3 B 0, -0.210, 1.509, 3.227, 4.882 max_d=4.882 avg_d=1.509 std_dev=1.718
N9 B 0, -0.301, 1.427, 3.155, 4.935 max_d=4.935 avg_d=1.427 std_dev=1.728
C4 B 0, -0.338, 1.413, 3.165, 4.880 max_d=4.880 avg_d=1.413 std_dev=1.752
C8 B 0, 0.000, 1.758, 3.516, 4.986 max_d=4.986 avg_d=1.758 std_dev=1.758
C5 B 0, -0.017, 1.755, 3.527, 4.910 max_d=4.910 avg_d=1.755 std_dev=1.772
C2 B 0, -0.180, 1.613, 3.406, 4.823 max_d=4.823 avg_d=1.613 std_dev=1.793
N7 B 0, 0.164, 1.991, 3.817, 5.021 max_d=5.021 avg_d=1.991 std_dev=1.826
N1 B 0, -0.037, 1.792, 3.620, 4.780 max_d=4.780 avg_d=1.792 std_dev=1.829
C3' A 0, 0.189, 2.022, 3.856, 6.364 max_d=6.364 avg_d=2.022 std_dev=1.833
C6 B 0, 0.115, 1.959, 3.804, 4.853 max_d=4.853 avg_d=1.959 std_dev=1.844
N2 B 0, 0.033, 1.883, 3.732, 5.257 max_d=5.257 avg_d=1.883 std_dev=1.850
C4 A 0, 0.018, 1.888, 3.757, 5.429 max_d=5.429 avg_d=1.888 std_dev=1.870
C4' B 0, -0.059, 1.866, 3.791, 5.470 max_d=5.470 avg_d=1.866 std_dev=1.925
O3' B 0, 0.088, 2.048, 4.009, 5.825 max_d=5.825 avg_d=2.048 std_dev=1.960
O4' B 0, -0.231, 1.768, 3.767, 5.779 max_d=5.779 avg_d=1.768 std_dev=1.999
O6 B 0, 0.312, 2.347, 4.383, 4.977 max_d=4.977 avg_d=2.347 std_dev=2.035
C2' A 0, 0.152, 2.202, 4.253, 6.349 max_d=6.349 avg_d=2.202 std_dev=2.051
OP2 B 0, 0.092, 2.150, 4.209, 7.378 max_d=7.378 avg_d=2.150 std_dev=2.058
N4 A 0, 0.184, 2.296, 4.409, 5.879 max_d=5.879 avg_d=2.296 std_dev=2.113
C5' B 0, -0.001, 2.275, 4.551, 6.287 max_d=6.287 avg_d=2.275 std_dev=2.276
O5' B 0, -0.003, 2.370, 4.742, 6.352 max_d=6.352 avg_d=2.370 std_dev=2.372
O2' A 0, 0.229, 2.686, 5.143, 8.561 max_d=8.561 avg_d=2.686 std_dev=2.457
P B 0, 0.133, 2.690, 5.248, 7.220 max_d=7.220 avg_d=2.690 std_dev=2.558
C2 A 0, -0.516, 2.084, 4.684, 7.180 max_d=7.180 avg_d=2.084 std_dev=2.600
N3 A 0, -0.418, 2.207, 4.832, 7.523 max_d=7.523 avg_d=2.207 std_dev=2.625
O3' A 0, 0.297, 2.986, 5.675, 8.727 max_d=8.727 avg_d=2.986 std_dev=2.689
P A 0, -0.554, 2.176, 4.906, 10.076 max_d=10.076 avg_d=2.176 std_dev=2.730
OP1 A 0, -0.236, 2.901, 6.037, 11.013 max_d=11.013 avg_d=2.901 std_dev=3.136
OP2 A 0, -0.488, 2.664, 5.816, 10.871 max_d=10.871 avg_d=2.664 std_dev=3.152
O2 A 0, -0.395, 2.884, 6.164, 9.144 max_d=9.144 avg_d=2.884 std_dev=3.280
OP1 B 0, 0.230, 3.682, 7.135, 9.447 max_d=9.447 avg_d=3.682 std_dev=3.453

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.28 0.01 0.26 0.38 0.33 0.24
C2 0.03 0.00 0.12 0.18 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.29 0.19 0.07 0.55 0.53 0.87 0.61
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.07 0.01 0.10 0.21 0.11 0.03 0.10 0.08 0.20 0.00 0.02 0.02 0.37 0.58 0.61 0.37
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.36 0.01 0.42 0.02 0.37 0.21 0.26 0.39 0.13 0.02 0.01 0.02 0.39 0.67 0.51 0.27
C4 0.02 0.01 0.07 0.36 0.00 0.16 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.19 0.03 0.78 0.81 1.49 0.99
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.16 0.00 0.20 0.01 0.19 0.10 0.11 0.17 0.08 0.27 0.02 0.01 0.02 0.46 0.50 0.20
C5 0.02 0.01 0.10 0.42 0.00 0.20 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.28 0.06 0.82 0.86 1.53 1.03
C5' 0.10 0.20 0.21 0.02 0.26 0.01 0.31 0.00 0.28 0.17 0.23 0.28 0.23 0.09 0.19 0.02 0.01 0.44 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.37 0.01 0.19 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.23 0.08 0.72 0.69 1.13 0.81
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.11 0.02 0.52 0.49 0.75 0.54
N3 0.03 0.01 0.10 0.26 0.00 0.11 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.14 0.06 0.67 0.67 1.21 0.82
N4 0.02 0.02 0.08 0.39 0.00 0.17 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.30 0.23 0.03 0.84 0.93 1.71 1.12
O2 0.06 0.00 0.20 0.13 0.01 0.08 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.35 0.36 0.12 0.45 0.49 0.68 0.49
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.28 0.27 0.23 0.09 0.19 0.18 0.31 0.30 0.35 0.00 0.05 0.19 0.16 0.64 0.68 0.37
O3' 0.28 0.19 0.02 0.01 0.19 0.02 0.28 0.19 0.23 0.11 0.14 0.23 0.36 0.05 0.00 0.21 0.30 0.83 0.66 0.22
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.06 0.03 0.12 0.19 0.21 0.00 0.29 0.46 0.29 0.30
O5' 0.26 0.55 0.37 0.39 0.78 0.02 0.82 0.01 0.72 0.52 0.67 0.84 0.45 0.16 0.30 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 0.53 0.58 0.67 0.81 0.46 0.86 0.44 0.69 0.49 0.67 0.93 0.49 0.64 0.83 0.46 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.87 0.61 0.51 1.49 0.50 1.53 0.38 1.13 0.75 1.21 1.71 0.68 0.68 0.66 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.61 0.37 0.27 0.99 0.20 1.03 0.02 0.81 0.54 0.82 1.12 0.49 0.37 0.22 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 3.40 3.39 2.56 1.84 3.22 1.95 3.05 1.27 3.17 2.60 3.31 3.47 3.38 2.77 3.07 2.50 1.53 2.71 1.14 3.13 0.66 0.52 0.33
C2 3.17 4.62 2.63 1.83 4.55 1.72 4.22 1.05 4.40 3.23 4.58 4.60 4.53 3.62 3.68 2.57 1.52 2.53 1.00 4.31 0.63 0.62 0.21
C2' 3.01 3.35 3.25 2.36 3.08 2.18 2.89 1.49 3.04 2.42 3.22 3.47 3.34 2.57 2.85 2.95 2.20 2.55 1.33 3.00 0.79 0.53 0.62
C3' 2.31 2.46 2.32 2.60 2.31 2.13 2.20 1.56 2.28 1.96 2.39 2.54 2.46 2.03 2.21 2.21 2.35 2.15 1.33 2.26 0.91 0.68 0.76
C4 2.55 3.99 2.09 1.50 3.74 1.32 4.23 0.80 4.42 3.19 4.27 3.93 3.70 3.89 3.16 1.97 1.30 2.06 0.75 4.46 0.89 0.70 0.35
C4' 1.93 1.96 1.67 1.67 1.84 2.29 1.78 1.58 1.85 1.61 1.91 2.04 1.95 1.68 1.78 1.70 1.74 2.09 1.21 1.85 0.86 0.54 0.57
C5 2.21 3.15 1.74 1.29 3.10 1.15 3.44 0.73 3.50 3.04 3.36 3.07 2.98 3.57 2.78 1.59 1.13 1.85 0.72 3.57 0.84 0.72 0.35
C5' 1.11 1.14 0.98 1.23 1.06 1.45 1.04 1.77 1.06 1.02 1.10 1.21 1.14 1.04 1.04 1.01 1.71 1.34 1.16 1.07 1.02 0.68 0.74
C6 2.37 3.00 1.84 1.38 3.02 1.33 3.14 0.86 3.15 3.13 3.10 2.95 2.91 3.12 2.88 1.68 1.16 2.06 0.89 3.14 0.61 0.67 0.22
N1 3.01 3.68 2.39 1.72 3.65 1.68 3.54 1.07 3.60 3.08 3.67 3.67 3.64 3.24 3.63 2.26 1.40 2.49 1.03 3.54 0.58 0.60 0.21
N3 2.94 4.73 2.45 1.72 4.33 1.55 4.63 0.93 4.88 3.29 4.93 4.68 4.40 3.86 3.52 2.38 1.45 2.35 0.88 4.76 0.76 0.67 0.26
N4 2.41 4.00 2.01 1.45 3.59 1.23 4.10 0.75 4.58 3.07 4.40 3.96 3.61 3.78 3.00 1.91 1.31 1.93 0.65 4.89 1.08 0.72 0.45
O2 3.37 5.13 2.89 1.97 4.47 1.88 4.21 1.16 4.56 3.14 4.92 5.24 5.14 3.54 3.69 2.94 1.66 2.68 1.08 4.50 0.61 0.59 0.23
O2' 3.01 3.51 3.00 2.29 3.10 2.32 2.93 1.65 3.14 2.37 3.37 3.72 3.46 2.57 2.81 3.70 2.25 2.66 1.38 3.14 1.06 0.53 0.77
O3' 2.07 2.30 2.20 2.35 2.09 2.11 2.01 1.67 2.12 1.75 2.23 2.41 2.28 1.87 1.95 2.27 3.04 1.96 1.39 2.14 1.30 0.80 1.05
O4' 2.44 2.50 1.84 1.42 2.40 1.83 2.33 1.29 2.39 2.11 2.46 2.56 2.49 2.21 2.33 1.87 1.27 2.76 1.11 2.36 0.70 0.60 0.38
O5' 0.91 1.04 0.95 1.02 0.99 0.98 1.00 1.19 1.00 1.03 1.02 1.09 1.02 1.02 0.98 0.96 1.53 1.05 1.63 0.99 1.25 0.94 1.18
OP1 1.27 1.18 1.78 1.67 1.08 1.18 0.89 1.21 0.85 0.95 1.01 1.29 1.22 0.80 1.11 1.87 2.19 1.00 1.20 0.72 2.63 1.43 1.78
OP2 0.87 1.16 1.34 1.13 1.02 0.73 1.17 0.83 1.25 1.10 1.21 1.24 1.07 1.27 0.93 1.64 1.78 0.74 1.36 1.38 1.95 2.25 1.84
P 0.88 0.86 1.40 1.44 0.74 1.01 0.68 1.05 0.70 0.72 0.77 0.98 0.86 0.71 0.74 1.58 2.21 0.81 1.28 0.70 1.91 1.47 2.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.30 0.01 0.39 0.03 0.29 0.53 0.32
C2 0.04 0.00 0.38 0.30 0.01 0.20 0.01 0.44 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.47 0.61 0.33 0.70 0.02 1.05 0.82 0.74
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.20 0.02 0.12 0.14 0.20 0.18 0.31 0.47 0.37 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.33 0.16 0.37 0.53 0.34
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.23 0.01 0.29 0.03 0.30 0.39 0.29 0.35 0.27 0.38 0.21 0.02 0.01 0.02 0.20 0.33 0.36 0.61 0.33
C4 0.02 0.01 0.20 0.23 0.00 0.14 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.32 0.32 0.18 0.72 0.02 0.90 0.91 0.77
C4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.14 0.00 0.19 0.01 0.20 0.23 0.19 0.24 0.18 0.24 0.12 0.27 0.03 0.01 0.02 0.23 0.48 0.36 0.13
C5 0.02 0.01 0.12 0.29 0.00 0.19 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.18 0.11 0.92 0.02 1.30 1.18 1.08
C5' 0.06 0.44 0.14 0.03 0.31 0.01 0.38 0.00 0.44 0.34 0.46 0.49 0.37 0.40 0.21 0.14 0.18 0.02 0.01 0.49 0.26 0.46 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.30 0.01 0.20 0.01 0.44 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.42 0.29 0.17 0.95 0.02 1.50 1.22 1.14
C8 0.01 0.01 0.18 0.39 0.01 0.23 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.34 0.23 0.16 0.92 0.03 1.04 1.20 1.08
N1 0.03 0.01 0.31 0.29 0.01 0.19 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.45 0.47 0.27 0.84 0.02 1.32 1.03 0.96
N2 0.06 0.01 0.47 0.35 0.02 0.24 0.02 0.49 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.54 0.76 0.39 0.65 0.04 1.04 0.71 0.66
N3 0.04 0.01 0.37 0.27 0.00 0.18 0.01 0.37 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.41 0.58 0.32 0.61 0.02 0.82 0.73 0.60
N7 0.01 0.01 0.10 0.38 0.01 0.24 0.00 0.40 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.19 0.08 1.02 0.03 1.43 1.37 1.28
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.22 0.12 0.02 0.68 0.03 0.66 0.87 0.70
O2' 0.02 0.47 0.01 0.02 0.32 0.27 0.37 0.14 0.42 0.34 0.45 0.54 0.41 0.38 0.22 0.00 0.06 0.20 0.15 0.44 0.68 0.44 0.27
O3' 0.30 0.61 0.04 0.01 0.32 0.03 0.18 0.18 0.29 0.23 0.47 0.76 0.58 0.19 0.12 0.06 0.00 0.19 0.42 0.24 0.79 0.92 0.57
O4' 0.01 0.33 0.02 0.02 0.18 0.01 0.11 0.02 0.17 0.16 0.27 0.39 0.32 0.08 0.02 0.20 0.19 0.00 0.31 0.16 0.31 0.44 0.25
O5' 0.39 0.70 0.33 0.20 0.72 0.02 0.92 0.01 0.95 0.92 0.84 0.65 0.61 1.02 0.68 0.15 0.42 0.31 0.00 1.03 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.16 0.33 0.02 0.23 0.02 0.49 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.44 0.24 0.16 1.03 0.00 1.75 1.37 1.31
OP1 0.29 1.05 0.37 0.36 0.90 0.48 1.30 0.26 1.50 1.04 1.32 1.04 0.82 1.43 0.66 0.68 0.79 0.31 0.02 1.75 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.82 0.53 0.61 0.91 0.36 1.18 0.46 1.22 1.20 1.03 0.71 0.73 1.37 0.87 0.44 0.92 0.44 0.02 1.37 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.74 0.34 0.33 0.77 0.13 1.08 0.02 1.14 1.08 0.96 0.66 0.60 1.28 0.70 0.27 0.57 0.25 0.01 1.31 0.01 0.01 0.00