ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 32672

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 32,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.816, 1.431, 2.046, 1.836 max_d=1.836 avg_d=1.431 std_dev=0.615
C6 A 0, 0.891, 1.528, 2.165, 2.261 max_d=2.261 avg_d=1.528 std_dev=0.637
N3 B 0, 0.816, 1.456, 2.096, 2.437 max_d=2.437 avg_d=1.456 std_dev=0.640
N1 A 0, 0.801, 1.472, 2.143, 1.991 max_d=1.991 avg_d=1.472 std_dev=0.671
N9 B 0, 0.890, 1.621, 2.352, 2.405 max_d=2.405 avg_d=1.621 std_dev=0.731
C2 B 0, 0.989, 1.759, 2.529, 2.990 max_d=2.990 avg_d=1.759 std_dev=0.770
C8 B 0, 1.142, 1.996, 2.850, 2.751 max_d=2.751 avg_d=1.996 std_dev=0.854
C5 B 0, 1.084, 1.942, 2.800, 2.906 max_d=2.906 avg_d=1.942 std_dev=0.858
N3 A 0, 1.300, 2.174, 3.047, 3.602 max_d=3.602 avg_d=2.174 std_dev=0.873
C1' A 0, 1.132, 2.051, 2.970, 2.880 max_d=2.880 avg_d=2.051 std_dev=0.919
C4 A 0, 1.063, 2.018, 2.973, 4.055 max_d=4.055 avg_d=2.018 std_dev=0.955
N7 B 0, 1.310, 2.293, 3.277, 3.402 max_d=3.402 avg_d=2.293 std_dev=0.983
C2 A 0, 1.333, 2.334, 3.334, 3.344 max_d=3.344 avg_d=2.334 std_dev=1.000
C5 A 0, 1.242, 2.256, 3.269, 3.550 max_d=3.550 avg_d=2.256 std_dev=1.014
C2' A 0, 1.356, 2.383, 3.410, 4.103 max_d=4.103 avg_d=2.383 std_dev=1.027
C3' A 0, 0.543, 1.583, 2.623, 5.581 max_d=5.581 avg_d=1.583 std_dev=1.040
N1 B 0, 1.212, 2.260, 3.308, 3.447 max_d=3.447 avg_d=2.260 std_dev=1.048
C4' A 0, 0.713, 1.809, 2.905, 5.543 max_d=5.543 avg_d=1.809 std_dev=1.096
O4' A 0, 1.070, 2.222, 3.375, 3.957 max_d=3.957 avg_d=2.222 std_dev=1.153
C1' B 0, 0.800, 1.999, 3.197, 3.857 max_d=3.857 avg_d=1.999 std_dev=1.198
C6 B 0, 1.182, 2.386, 3.591, 4.044 max_d=4.044 avg_d=2.386 std_dev=1.204
C2' B 0, 1.143, 2.435, 3.727, 4.203 max_d=4.203 avg_d=2.435 std_dev=1.292
N4 A 0, 1.362, 2.709, 4.055, 5.765 max_d=5.765 avg_d=2.709 std_dev=1.347
O3' A 0, 0.989, 2.411, 3.832, 7.244 max_d=7.244 avg_d=2.411 std_dev=1.422
O2' A 0, 2.239, 3.736, 5.234, 5.425 max_d=5.425 avg_d=3.736 std_dev=1.498
C3' B 0, 1.613, 3.281, 4.949, 5.363 max_d=5.363 avg_d=3.281 std_dev=1.668
C5' A 0, 1.089, 2.815, 4.541, 6.409 max_d=6.409 avg_d=2.815 std_dev=1.726
O2 A 0, 1.793, 3.541, 5.290, 5.474 max_d=5.474 avg_d=3.541 std_dev=1.748
O4' B 0, 1.118, 2.928, 4.739, 5.497 max_d=5.497 avg_d=2.928 std_dev=1.810
N6 B 0, 1.337, 3.159, 4.980, 5.969 max_d=5.969 avg_d=3.159 std_dev=1.822
O5' A 0, 2.042, 3.935, 5.829, 7.097 max_d=7.097 avg_d=3.935 std_dev=1.893
O5' B 0, 2.223, 4.142, 6.062, 6.031 max_d=6.031 avg_d=4.142 std_dev=1.919
O2' B 0, 0.644, 2.657, 4.671, 5.600 max_d=5.600 avg_d=2.657 std_dev=2.014
C4' B 0, 1.460, 3.556, 5.652, 6.417 max_d=6.417 avg_d=3.556 std_dev=2.096
C5' B 0, 2.104, 4.437, 6.770, 7.055 max_d=7.055 avg_d=4.437 std_dev=2.333
O3' B 0, 1.875, 4.238, 6.602, 7.392 max_d=7.392 avg_d=4.238 std_dev=2.363
P B 0, 2.450, 4.840, 7.230, 7.059 max_d=7.059 avg_d=4.840 std_dev=2.390
OP2 B 0, 1.826, 4.289, 6.752, 7.465 max_d=7.465 avg_d=4.289 std_dev=2.463
P A 0, 2.054, 4.975, 7.896, 9.754 max_d=9.754 avg_d=4.975 std_dev=2.921
OP1 B 0, 3.187, 6.226, 9.265, 9.811 max_d=9.811 avg_d=6.226 std_dev=3.039
OP2 A 0, 1.854, 4.911, 7.968, 10.159 max_d=10.159 avg_d=4.911 std_dev=3.057
OP1 A 0, 1.988, 5.418, 8.847, 10.761 max_d=10.761 avg_d=5.418 std_dev=3.429

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.32 0.00 0.48 0.65 0.57 0.54
C2 0.02 0.00 0.26 0.24 0.01 0.15 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.55 0.25 0.22 0.75 0.89 0.94 0.89
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.03 0.03 0.22 0.18 0.29 0.02 0.19 0.03 0.47 0.00 0.03 0.02 0.61 0.89 1.08 0.82
C3' 0.03 0.24 0.01 0.00 0.47 0.01 0.61 0.03 0.58 0.29 0.33 0.51 0.27 0.02 0.01 0.03 0.35 0.69 0.59 0.45
C4 0.02 0.01 0.03 0.47 0.00 0.23 0.00 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.37 0.28 0.04 0.81 0.91 1.06 0.91
C4' 0.01 0.15 0.03 0.01 0.23 0.00 0.28 0.01 0.27 0.14 0.18 0.24 0.21 0.34 0.02 0.00 0.02 0.40 0.36 0.13
C5 0.02 0.01 0.22 0.61 0.00 0.28 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.52 0.19 0.80 0.82 0.98 0.82
C5' 0.06 0.25 0.18 0.03 0.36 0.01 0.44 0.00 0.40 0.20 0.31 0.39 0.33 0.16 0.24 0.02 0.01 0.47 0.35 0.03
C6 0.01 0.01 0.29 0.58 0.01 0.27 0.00 0.40 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.48 0.25 0.74 0.70 0.74 0.69
N1 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.14 0.01 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.11 0.03 0.66 0.72 0.68 0.68
N3 0.02 0.01 0.19 0.33 0.00 0.18 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.53 0.16 0.16 0.81 0.95 1.07 0.97
N4 0.02 0.01 0.03 0.51 0.00 0.24 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.41 0.34 0.04 0.83 0.98 1.19 0.98
O2 0.03 0.01 0.47 0.27 0.02 0.21 0.02 0.33 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.82 0.57 0.39 0.78 0.99 1.05 0.99
O2' 0.02 0.55 0.00 0.02 0.37 0.34 0.31 0.16 0.30 0.22 0.53 0.41 0.82 0.00 0.08 0.27 0.27 0.65 1.10 0.60
O3' 0.32 0.25 0.03 0.01 0.28 0.02 0.52 0.24 0.48 0.11 0.16 0.34 0.57 0.08 0.00 0.23 0.65 0.66 0.69 0.54
O4' 0.00 0.22 0.02 0.03 0.04 0.00 0.19 0.02 0.25 0.03 0.16 0.04 0.39 0.27 0.23 0.00 0.39 0.61 0.35 0.41
O5' 0.48 0.75 0.61 0.35 0.81 0.02 0.80 0.01 0.74 0.66 0.81 0.83 0.78 0.27 0.65 0.39 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.65 0.89 0.89 0.69 0.91 0.40 0.82 0.47 0.70 0.72 0.95 0.98 0.99 0.65 0.66 0.61 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.57 0.94 1.08 0.59 1.06 0.36 0.98 0.35 0.74 0.68 1.07 1.19 1.05 1.10 0.69 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.54 0.89 0.82 0.45 0.91 0.13 0.82 0.03 0.69 0.68 0.97 0.98 0.99 0.60 0.54 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.96 3.17 1.62 1.10 2.88 0.85 3.09 0.48 3.31 2.49 3.34 2.91 3.37 2.87 2.47 1.41 1.15 1.68 0.79 1.06 0.70 0.67
C2 2.17 3.75 1.69 1.13 3.41 0.96 3.93 0.60 4.30 3.13 4.16 3.34 4.63 3.83 2.88 1.57 1.26 1.80 0.84 0.87 1.11 0.49
C2' 1.71 2.83 1.17 0.59 2.51 1.00 2.77 1.17 3.04 2.29 3.06 2.53 3.18 2.62 2.16 0.98 0.77 1.74 1.35 1.74 1.41 1.65
C3' 1.30 1.96 1.03 0.63 1.75 0.96 1.91 1.23 2.09 1.67 2.11 1.76 2.18 1.84 1.56 0.93 0.91 1.45 1.26 1.63 1.40 1.74
C4 2.01 3.38 1.69 1.27 3.10 1.07 3.60 0.84 3.93 2.95 3.78 3.02 4.28 3.58 2.66 1.75 1.49 1.63 0.89 0.86 1.58 0.69
C4' 1.07 1.77 1.29 1.20 1.50 0.63 1.51 0.52 1.67 1.15 1.78 1.63 1.66 1.31 1.24 1.18 1.57 0.93 0.57 0.99 0.52 0.78
C5 1.75 2.79 1.55 1.18 2.62 0.98 2.99 0.82 3.20 2.54 3.08 2.53 3.43 3.00 2.29 1.63 1.41 1.43 0.88 0.89 1.58 0.68
C5' 1.14 1.35 1.69 1.84 1.19 1.19 1.11 0.98 1.18 0.92 1.30 1.32 1.13 0.96 1.09 1.66 2.28 0.89 0.96 0.81 0.70 0.64
C6 1.71 2.66 1.46 1.07 2.52 0.82 2.82 0.58 2.98 2.44 2.89 2.43 3.14 2.82 2.23 1.41 1.25 1.42 0.79 0.86 1.20 0.40
N1 1.96 3.20 1.57 1.07 2.97 0.84 3.34 0.48 3.56 2.77 3.47 2.90 3.74 3.26 2.57 1.42 1.19 1.64 0.78 0.89 0.97 0.43
N3 2.19 3.78 1.74 1.23 3.42 1.05 4.00 0.73 4.40 3.19 4.23 3.34 4.82 3.94 2.90 1.71 1.41 1.78 0.87 0.82 1.37 0.56
N4 2.04 3.53 1.81 1.42 3.16 1.20 3.66 0.99 4.06 2.93 3.95 3.12 4.46 3.59 2.67 1.95 1.67 1.62 0.94 0.94 1.76 0.86
O2 2.31 4.16 1.77 1.14 3.67 1.02 4.22 0.62 4.73 3.22 4.63 3.66 5.12 3.98 3.04 1.63 1.22 1.93 0.88 0.94 1.00 0.57
O2' 2.22 3.41 1.60 1.00 2.98 1.52 3.17 1.64 3.48 2.66 3.60 3.08 3.56 2.93 2.61 1.37 0.57 2.30 1.81 2.04 1.81 2.04
O3' 1.71 1.99 1.34 1.09 1.84 1.76 1.93 2.15 2.04 1.88 2.09 1.84 2.10 1.90 1.79 1.23 0.85 2.07 2.12 2.44 2.04 2.65
O4' 1.72 2.50 1.80 1.62 2.27 1.02 2.28 0.58 2.41 1.84 2.52 2.38 2.37 2.03 1.99 1.60 1.79 1.41 0.81 1.01 0.32 0.27
O5' 1.48 1.44 2.11 2.28 1.32 1.67 1.18 1.43 1.21 1.10 1.34 1.46 1.13 1.03 1.30 2.18 2.84 1.25 1.17 1.07 0.80 0.86
OP1 2.56 2.55 3.23 3.06 2.43 2.30 2.19 1.75 2.19 2.07 2.37 2.60 2.00 1.96 2.38 3.35 3.46 2.10 1.48 0.89 0.85 0.99
OP2 2.12 2.08 2.92 2.89 1.85 2.16 1.58 1.59 1.64 1.36 1.86 2.14 1.53 1.32 1.77 3.34 3.71 1.69 1.31 1.06 1.22 0.85
P 2.23 2.11 2.96 3.00 1.97 2.25 1.71 1.71 1.71 1.59 1.91 2.18 1.54 1.47 1.95 3.16 3.70 1.85 1.39 0.88 0.82 0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.00 0.15 0.55 0.26 0.25
C2 0.02 0.00 0.28 0.30 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.43 0.13 0.33 0.79 0.45 0.31
C2' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.15 0.02 0.07 0.12 0.12 0.16 0.22 0.29 0.09 0.10 0.03 0.00 0.03 0.03 0.19 0.52 0.36 0.35
C3' 0.02 0.30 0.00 0.00 0.21 0.01 0.21 0.02 0.24 0.23 0.28 0.28 0.25 0.23 0.13 0.02 0.01 0.03 0.26 0.26 0.44 0.23
C4 0.01 0.01 0.15 0.21 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.25 0.08 0.34 0.77 0.42 0.29
C4' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.13 0.08 0.07 0.10 0.13 0.06 0.19 0.04 0.01 0.02 0.21 0.31 0.10
C5 0.01 0.01 0.07 0.21 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.21 0.04 0.44 0.89 0.54 0.35
C5' 0.06 0.17 0.12 0.02 0.18 0.01 0.24 0.00 0.25 0.27 0.21 0.14 0.28 0.29 0.17 0.09 0.15 0.02 0.01 0.25 0.34 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.24 0.01 0.09 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.27 0.07 0.45 0.93 0.59 0.37
C8 0.01 0.01 0.16 0.23 0.01 0.13 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.23 0.19 0.07 0.44 0.84 0.46 0.32
N1 0.02 0.00 0.22 0.28 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.37 0.11 0.40 0.88 0.54 0.34
N3 0.02 0.00 0.29 0.28 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.40 0.13 0.28 0.72 0.38 0.28
N6 0.02 0.01 0.09 0.25 0.01 0.10 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.28 0.26 0.05 0.49 1.00 0.68 0.41
N7 0.01 0.01 0.10 0.23 0.01 0.13 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.26 0.19 0.04 0.49 0.93 0.59 0.37
N9 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.06 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.13 0.02 0.31 0.72 0.35 0.27
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.22 0.19 0.24 0.09 0.27 0.23 0.29 0.29 0.28 0.26 0.15 0.00 0.06 0.12 0.14 0.43 0.44 0.27
O3' 0.19 0.43 0.03 0.01 0.25 0.04 0.21 0.15 0.27 0.19 0.37 0.40 0.26 0.19 0.13 0.06 0.00 0.12 0.27 0.41 0.61 0.27
O4' 0.00 0.13 0.03 0.03 0.08 0.01 0.04 0.02 0.07 0.07 0.11 0.13 0.05 0.04 0.02 0.12 0.12 0.00 0.18 0.51 0.35 0.32
O5' 0.15 0.33 0.19 0.26 0.34 0.02 0.44 0.01 0.45 0.44 0.40 0.28 0.49 0.49 0.31 0.14 0.27 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.55 0.79 0.52 0.26 0.77 0.21 0.89 0.25 0.93 0.84 0.88 0.72 1.00 0.93 0.72 0.43 0.41 0.51 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.45 0.36 0.44 0.42 0.31 0.54 0.34 0.59 0.46 0.54 0.38 0.68 0.59 0.35 0.44 0.61 0.35 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.31 0.35 0.23 0.29 0.10 0.35 0.01 0.37 0.32 0.34 0.28 0.41 0.37 0.27 0.27 0.27 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00