ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 32852

back

Distances from reference structure (by RMSD)

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A max_d=1.727 avg_d=0.936 std_dev=0.354
N1 A max_d=1.992 avg_d=1.183 std_dev=0.389
C4 B max_d=1.952 avg_d=1.154 std_dev=0.423
C5 A max_d=3.869 avg_d=1.321 std_dev=0.483
N3 B max_d=2.591 avg_d=1.824 std_dev=0.559
C1' A max_d=4.243 avg_d=1.371 std_dev=0.636
C4 A max_d=4.316 avg_d=1.745 std_dev=0.640
C2 A max_d=2.895 avg_d=1.730 std_dev=0.685
C2 B max_d=3.383 avg_d=2.462 std_dev=0.757
O4' A max_d=5.636 avg_d=1.331 std_dev=0.761
N1 B max_d=3.880 avg_d=2.446 std_dev=0.815
C2' B max_d=4.021 avg_d=1.422 std_dev=0.827
N3 A max_d=3.746 avg_d=1.888 std_dev=0.867
N4 A max_d=6.863 avg_d=2.259 std_dev=0.895
N9 B max_d=3.080 avg_d=1.438 std_dev=0.921
O2 A max_d=4.467 avg_d=2.245 std_dev=0.970
C2' A max_d=6.081 avg_d=1.582 std_dev=0.978
C4' A max_d=7.948 avg_d=1.524 std_dev=0.996
C5 B max_d=3.753 avg_d=1.796 std_dev=0.998
C3' A max_d=7.754 avg_d=1.666 std_dev=1.002
C3' B max_d=5.161 avg_d=1.721 std_dev=1.064
O5' A max_d=8.300 avg_d=1.828 std_dev=1.076
O3' B max_d=6.379 avg_d=1.852 std_dev=1.078
C6 B max_d=4.420 avg_d=2.148 std_dev=1.103
C5' A max_d=9.558 avg_d=1.878 std_dev=1.195
C1' B max_d=4.032 avg_d=1.569 std_dev=1.217
P A max_d=8.738 avg_d=1.933 std_dev=1.315
O3' A max_d=9.941 avg_d=2.342 std_dev=1.317
OP2 A max_d=8.770 avg_d=1.977 std_dev=1.427
O2' B max_d=6.040 avg_d=2.241 std_dev=1.474
O2' A max_d=7.759 avg_d=2.079 std_dev=1.536
C8 B max_d=5.345 avg_d=2.511 std_dev=1.606
N7 B max_d=5.602 avg_d=2.699 std_dev=1.764
N6 B max_d=6.598 avg_d=2.898 std_dev=1.870
OP1 A max_d=11.402 avg_d=2.875 std_dev=1.874
C4' B max_d=6.843 avg_d=2.542 std_dev=2.007
O4' B max_d=6.228 avg_d=2.497 std_dev=2.044
C5' B max_d=9.464 avg_d=3.676 std_dev=2.681
OP1 B max_d=12.953 avg_d=5.658 std_dev=3.250
O5' B max_d=10.457 avg_d=4.477 std_dev=3.344
P B max_d=12.998 avg_d=5.450 std_dev=3.873
OP2 B max_d=14.319 avg_d=6.669 std_dev=4.554

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.20 0.01 0.19 0.30 0.40 0.22
C2 0.03 0.00 0.14 0.22 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.18 0.06 0.35 0.40 0.62 0.32
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.11 0.11 0.03 0.11 0.07 0.24 0.01 0.03 0.02 0.32 0.35 0.42 0.30
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.27 0.01 0.27 0.03 0.24 0.17 0.26 0.30 0.22 0.02 0.01 0.02 0.27 0.35 0.28 0.18
C4 0.02 0.01 0.06 0.27 0.00 0.14 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.16 0.04 0.49 0.53 0.86 0.47
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.14 0.00 0.16 0.01 0.15 0.08 0.11 0.15 0.09 0.20 0.03 0.01 0.02 0.21 0.30 0.10
C5 0.02 0.01 0.09 0.27 0.00 0.16 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.19 0.06 0.52 0.54 0.86 0.49
C5' 0.05 0.16 0.11 0.03 0.26 0.01 0.28 0.00 0.23 0.15 0.22 0.29 0.14 0.10 0.14 0.02 0.01 0.28 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.24 0.01 0.15 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.16 0.07 0.45 0.44 0.67 0.40
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.08 0.02 0.33 0.37 0.55 0.30
N3 0.02 0.01 0.11 0.26 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.17 0.05 0.43 0.47 0.76 0.40
N4 0.02 0.01 0.07 0.30 0.00 0.15 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.20 0.04 0.53 0.59 0.96 0.53
O2 0.05 0.01 0.24 0.22 0.02 0.09 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.18 0.30 0.10 0.29 0.37 0.55 0.27
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.25 0.20 0.24 0.10 0.20 0.14 0.22 0.27 0.18 0.00 0.06 0.15 0.18 0.24 0.44 0.24
O3' 0.20 0.18 0.03 0.01 0.16 0.03 0.19 0.14 0.16 0.08 0.17 0.20 0.30 0.06 0.00 0.13 0.28 0.52 0.40 0.30
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.10 0.15 0.13 0.00 0.14 0.33 0.40 0.26
O5' 0.19 0.35 0.32 0.27 0.49 0.02 0.52 0.01 0.45 0.33 0.43 0.53 0.29 0.18 0.28 0.14 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.30 0.40 0.35 0.35 0.53 0.21 0.54 0.28 0.44 0.37 0.47 0.59 0.37 0.24 0.52 0.33 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.62 0.42 0.28 0.86 0.30 0.86 0.33 0.67 0.55 0.76 0.96 0.55 0.44 0.40 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.32 0.30 0.18 0.47 0.10 0.49 0.02 0.40 0.30 0.40 0.53 0.27 0.24 0.30 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.00 2.99 1.08 0.55 2.06 0.96 2.09 1.47 2.53 1.26 2.94 2.57 2.51 1.62 1.40 1.21 0.52 0.93 1.52 2.72 2.26 2.20
C2 1.14 3.63 0.99 0.59 2.57 0.93 2.84 1.32 3.45 1.80 3.81 2.97 3.57 2.37 1.78 0.93 0.59 1.05 1.52 2.70 2.29 2.17
C2' 0.86 2.82 0.99 0.48 1.87 0.81 1.93 1.31 2.42 1.13 2.83 2.35 2.46 1.50 1.23 1.22 0.51 0.77 1.32 2.50 2.11 1.98
C3' 0.71 2.23 0.87 0.40 1.48 0.65 1.53 1.07 1.91 0.92 2.22 1.88 1.94 1.21 0.97 1.13 0.36 0.62 1.04 2.09 1.69 1.57
C4 1.10 3.18 0.77 0.63 2.48 0.85 2.92 1.22 3.43 2.05 3.53 2.62 3.64 2.64 1.82 0.75 0.67 1.04 1.53 2.33 2.37 1.99
C4' 0.64 1.96 0.86 0.39 1.28 0.72 1.27 1.26 1.57 0.81 1.87 1.70 1.56 1.02 0.84 1.24 0.34 0.61 1.18 2.18 1.79 1.69
C5 1.01 2.61 0.73 0.62 2.13 0.79 2.41 1.14 2.73 1.78 2.80 2.24 2.84 2.20 1.61 0.72 0.67 0.96 1.40 1.99 2.04 1.71
C5' 0.52 1.30 0.72 0.36 0.88 0.51 0.92 0.92 1.10 0.74 1.25 1.14 1.15 0.88 0.63 1.13 0.34 0.45 0.80 1.58 1.20 1.11
C6 0.96 2.55 0.86 0.57 1.99 0.79 2.11 1.07 2.43 1.46 2.62 2.23 2.46 1.81 1.45 0.79 0.62 0.89 1.16 1.96 1.68 1.53
N1 1.05 3.11 0.99 0.57 2.25 0.90 2.38 1.27 2.83 1.52 3.16 2.65 2.86 1.95 1.57 0.97 0.57 0.96 1.37 2.47 2.01 1.94
N3 1.16 3.62 0.89 0.61 2.66 0.89 3.07 1.26 3.71 2.03 3.97 2.93 3.93 2.67 1.88 0.81 0.63 1.07 1.53 2.57 2.35 2.10
N4 1.11 3.13 0.69 0.65 2.50 0.87 3.08 1.33 3.63 2.24 3.61 2.54 4.00 2.91 1.88 0.80 0.70 1.06 1.72 2.46 2.79 2.24
O2 1.18 3.90 1.06 0.59 2.66 0.99 2.92 1.44 3.63 1.79 4.09 3.15 3.78 2.39 1.81 1.05 0.56 1.08 1.67 2.98 2.55 2.44
O2' 0.95 3.03 1.10 0.53 1.96 0.92 1.99 1.54 2.51 1.17 3.00 2.53 2.53 1.52 1.29 1.40 0.49 0.85 1.60 2.87 2.57 2.38
O3' 0.72 2.13 0.88 0.45 1.39 0.64 1.45 1.07 1.82 0.92 2.13 1.79 1.88 1.19 0.93 1.18 0.38 0.63 1.06 2.09 1.73 1.59
O4' 0.90 2.38 1.06 0.58 1.65 0.99 1.59 1.52 1.91 1.00 2.26 2.11 1.86 1.23 1.14 1.30 0.51 0.87 1.46 2.49 2.05 2.02
O5' 0.46 1.12 0.60 0.29 0.77 0.30 0.81 0.54 0.98 0.59 1.10 0.98 1.02 0.73 0.53 0.80 0.26 0.31 0.53 1.16 0.79 0.68
OP1 0.69 0.98 0.64 0.54 0.89 0.56 1.03 0.69 1.10 0.96 1.06 0.89 1.20 1.08 0.80 0.73 0.34 0.64 0.74 1.03 0.88 0.81
OP2 0.37 0.94 0.37 0.46 0.72 0.65 0.91 1.03 1.00 0.88 0.99 0.79 1.12 1.01 0.60 0.52 0.28 0.54 1.30 1.30 1.57 1.31
P 0.27 0.63 0.30 0.30 0.39 0.35 0.50 0.49 0.60 0.46 0.64 0.53 0.68 0.55 0.26 0.42 0.34 0.30 0.62 0.78 0.76 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.28 0.43 0.58 0.33
C2 0.05 0.00 0.33 0.45 0.01 0.37 0.01 0.67 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.45 0.50 0.31 0.86 1.23 1.38 1.07
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.17 0.02 0.10 0.20 0.17 0.17 0.26 0.33 0.13 0.11 0.04 0.01 0.04 0.02 0.41 0.46 0.59 0.42
C3' 0.02 0.45 0.01 0.00 0.30 0.01 0.32 0.03 0.36 0.35 0.41 0.42 0.37 0.36 0.21 0.03 0.01 0.03 0.42 0.42 0.54 0.34
C4 0.02 0.01 0.17 0.30 0.00 0.19 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.31 0.27 0.16 0.65 0.94 1.14 0.82
C4' 0.01 0.37 0.02 0.01 0.19 0.00 0.15 0.01 0.20 0.25 0.30 0.36 0.19 0.21 0.10 0.28 0.03 0.01 0.02 0.41 0.35 0.16
C5 0.02 0.01 0.10 0.32 0.01 0.15 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.33 0.20 0.08 0.75 1.20 1.40 1.04
C5' 0.09 0.67 0.20 0.03 0.35 0.01 0.32 0.00 0.41 0.42 0.56 0.61 0.39 0.39 0.20 0.11 0.20 0.02 0.01 0.32 0.39 0.03
C6 0.03 0.01 0.17 0.36 0.01 0.20 0.01 0.41 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.39 0.29 0.14 0.81 1.33 1.53 1.13
C8 0.02 0.01 0.17 0.35 0.01 0.25 0.01 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.28 0.21 0.17 0.81 1.12 1.30 1.05
N1 0.04 0.01 0.26 0.41 0.01 0.30 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.41 0.24 0.85 1.32 1.49 1.13
N3 0.05 0.01 0.33 0.42 0.01 0.36 0.01 0.61 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.48 0.31 0.76 1.02 1.18 0.90
N6 0.03 0.02 0.13 0.37 0.02 0.19 0.02 0.39 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.40 0.28 0.11 0.85 1.50 1.68 1.26
N7 0.01 0.01 0.11 0.36 0.01 0.21 0.01 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.20 0.10 0.85 1.34 1.52 1.20
N9 0.01 0.02 0.04 0.21 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.13 0.02 0.55 0.75 0.95 0.68
O2' 0.02 0.45 0.01 0.03 0.31 0.28 0.33 0.11 0.39 0.28 0.43 0.41 0.40 0.32 0.19 0.00 0.09 0.20 0.27 0.53 0.60 0.34
O3' 0.29 0.50 0.04 0.01 0.27 0.03 0.20 0.20 0.29 0.21 0.41 0.48 0.28 0.20 0.13 0.09 0.00 0.21 0.39 0.55 0.60 0.32
O4' 0.01 0.31 0.02 0.03 0.16 0.01 0.08 0.02 0.14 0.17 0.24 0.31 0.11 0.10 0.02 0.20 0.21 0.00 0.18 0.40 0.49 0.30
O5' 0.28 0.86 0.41 0.42 0.65 0.02 0.75 0.01 0.81 0.81 0.85 0.76 0.85 0.85 0.55 0.27 0.39 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 1.23 0.46 0.42 0.94 0.41 1.20 0.32 1.33 1.12 1.32 1.02 1.50 1.34 0.75 0.53 0.55 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.58 1.38 0.59 0.54 1.14 0.35 1.40 0.39 1.53 1.30 1.49 1.18 1.68 1.52 0.95 0.60 0.60 0.49 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.33 1.07 0.42 0.34 0.82 0.16 1.04 0.03 1.13 1.05 1.13 0.90 1.26 1.20 0.68 0.34 0.32 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00