ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 32854

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 64, 103, 52, 30, 17, 4, 1, 1, 3, 4, 0, 9, 2, 6, 4, 4, 3, 5, 123,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.110, 0.654, 1.199, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.654 std_dev=0.544
O4' A 0, 0.122, 0.676, 1.230, 3.349 max_d=3.349 avg_d=0.676 std_dev=0.554
C2' A 0, 0.184, 0.816, 1.447, 3.798 max_d=3.798 avg_d=0.816 std_dev=0.631
N1 B 0, -0.046, 0.586, 1.219, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.586 std_dev=0.632
N1 A 0, -0.021, 0.645, 1.311, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.645 std_dev=0.666
C6 A 0, 0.015, 0.729, 1.444, 2.345 max_d=2.345 avg_d=0.729 std_dev=0.714
C6 B 0, 0.107, 0.835, 1.563, 2.525 max_d=2.525 avg_d=0.835 std_dev=0.728
C4' A 0, 0.073, 0.804, 1.535, 5.345 max_d=5.345 avg_d=0.804 std_dev=0.731
C3' A 0, 0.079, 0.867, 1.655, 5.698 max_d=5.698 avg_d=0.867 std_dev=0.788
C2 A 0, -0.001, 0.930, 1.861, 2.921 max_d=2.921 avg_d=0.930 std_dev=0.931
C5' A 0, 0.115, 1.047, 1.978, 7.758 max_d=7.758 avg_d=1.047 std_dev=0.932
O2' A 0, 0.223, 1.166, 2.110, 3.965 max_d=3.965 avg_d=1.166 std_dev=0.943
O5' A 0, 0.051, 1.025, 1.999, 8.935 max_d=8.935 avg_d=1.025 std_dev=0.974
C1' B 0, -0.121, 0.880, 1.881, 2.927 max_d=2.927 avg_d=0.880 std_dev=1.001
C5 A 0, 0.017, 1.019, 2.020, 3.330 max_d=3.330 avg_d=1.019 std_dev=1.002
C3' B 0, 0.108, 1.113, 2.118, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.113 std_dev=1.005
O2 A 0, 0.131, 1.156, 2.180, 3.337 max_d=3.337 avg_d=1.156 std_dev=1.024
O3' A 0, 0.012, 1.146, 2.280, 7.788 max_d=7.788 avg_d=1.146 std_dev=1.134
N3 A 0, -0.065, 1.122, 2.309, 3.694 max_d=3.694 avg_d=1.122 std_dev=1.187
C4 A 0, -0.074, 1.149, 2.371, 3.880 max_d=3.880 avg_d=1.149 std_dev=1.223
O4' B 0, -0.008, 1.241, 2.490, 3.887 max_d=3.887 avg_d=1.241 std_dev=1.249
C2' B 0, -0.119, 1.141, 2.401, 3.887 max_d=3.887 avg_d=1.141 std_dev=1.260
C2 B 0, -0.097, 1.237, 2.570, 3.673 max_d=3.673 avg_d=1.237 std_dev=1.333
P A 0, -0.084, 1.283, 2.650, 11.063 max_d=11.063 avg_d=1.283 std_dev=1.367
O3' B 0, 0.133, 1.536, 2.939, 4.734 max_d=4.734 avg_d=1.536 std_dev=1.403
C5 B 0, -0.030, 1.374, 2.777, 3.936 max_d=3.936 avg_d=1.374 std_dev=1.404
OP2 A 0, -0.111, 1.416, 2.943, 12.840 max_d=12.840 avg_d=1.416 std_dev=1.527
N4 A 0, -0.038, 1.496, 3.031, 4.948 max_d=4.948 avg_d=1.496 std_dev=1.534
C4' B 0, 0.011, 1.564, 3.117, 4.673 max_d=4.673 avg_d=1.564 std_dev=1.553
N3 B 0, -0.157, 1.574, 3.305, 4.768 max_d=4.768 avg_d=1.574 std_dev=1.731
O5' B 0, 0.423, 2.179, 3.935, 7.669 max_d=7.669 avg_d=2.179 std_dev=1.756
C4 B 0, -0.217, 1.556, 3.329, 4.826 max_d=4.826 avg_d=1.556 std_dev=1.773
OP1 A 0, 0.144, 1.919, 3.694, 12.298 max_d=12.298 avg_d=1.919 std_dev=1.775
O2 B 0, -0.062, 1.820, 3.702, 5.269 max_d=5.269 avg_d=1.820 std_dev=1.882
C5' B 0, 0.158, 2.169, 4.180, 6.947 max_d=6.947 avg_d=2.169 std_dev=2.011
O2' B 0, -0.251, 1.849, 3.949, 5.947 max_d=5.947 avg_d=1.849 std_dev=2.100
P B 0, 1.055, 3.386, 5.717, 9.906 max_d=9.906 avg_d=3.386 std_dev=2.331
OP2 B 0, 1.398, 3.753, 6.109, 11.401 max_d=11.401 avg_d=3.753 std_dev=2.355
N4 B 0, -0.322, 2.189, 4.699, 6.770 max_d=6.770 avg_d=2.189 std_dev=2.511
OP1 B 0, 1.279, 4.108, 6.937, 12.186 max_d=12.186 avg_d=4.108 std_dev=2.829

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.29 0.01 0.26 0.33 0.45 0.32
C2 0.02 0.00 0.13 0.24 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.28 0.17 0.07 0.44 0.44 0.63 0.41
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.18 0.11 0.03 0.11 0.07 0.23 0.01 0.03 0.02 0.48 0.52 0.63 0.50
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.36 0.01 0.36 0.03 0.31 0.21 0.31 0.39 0.21 0.02 0.01 0.02 0.33 0.51 0.29 0.27
C4 0.02 0.01 0.06 0.36 0.00 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.19 0.04 0.60 0.57 0.83 0.55
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.15 0.00 0.17 0.01 0.16 0.09 0.13 0.17 0.11 0.27 0.03 0.01 0.02 0.22 0.29 0.11
C5 0.02 0.01 0.09 0.36 0.01 0.17 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.23 0.06 0.62 0.57 0.83 0.57
C5' 0.07 0.14 0.18 0.03 0.22 0.01 0.25 0.00 0.21 0.12 0.18 0.25 0.15 0.11 0.20 0.02 0.01 0.32 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.31 0.01 0.16 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.18 0.07 0.54 0.47 0.67 0.49
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.10 0.02 0.42 0.39 0.56 0.39
N3 0.02 0.01 0.11 0.31 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.15 0.05 0.53 0.51 0.75 0.49
N4 0.02 0.02 0.07 0.39 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.34 0.24 0.04 0.64 0.64 0.92 0.61
O2 0.04 0.01 0.23 0.21 0.02 0.11 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.29 0.32 0.12 0.38 0.42 0.58 0.38
O2' 0.02 0.28 0.01 0.02 0.31 0.27 0.26 0.11 0.20 0.18 0.32 0.34 0.29 0.00 0.06 0.19 0.27 0.42 0.64 0.38
O3' 0.29 0.17 0.03 0.01 0.19 0.03 0.23 0.20 0.18 0.10 0.15 0.24 0.32 0.06 0.00 0.20 0.35 0.74 0.41 0.40
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.12 0.19 0.20 0.00 0.17 0.32 0.37 0.31
O5' 0.26 0.44 0.48 0.33 0.60 0.02 0.62 0.01 0.54 0.42 0.53 0.64 0.38 0.27 0.35 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.44 0.52 0.51 0.57 0.22 0.57 0.32 0.47 0.39 0.51 0.64 0.42 0.42 0.74 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.63 0.63 0.29 0.83 0.29 0.83 0.36 0.67 0.56 0.75 0.92 0.58 0.64 0.41 0.37 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.41 0.50 0.27 0.55 0.11 0.57 0.02 0.49 0.39 0.49 0.61 0.38 0.38 0.40 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.79 1.92 0.89 0.49 1.93 0.94 1.40 1.39 1.05 1.25 2.20 2.16 2.18 0.94 0.75 0.60 1.05 1.87 1.03 1.32
C2 0.85 2.33 0.82 0.49 2.79 0.79 2.21 1.04 1.63 1.61 2.89 3.19 2.36 0.68 0.76 0.55 0.78 1.35 1.18 0.98
C2' 0.66 1.72 0.74 0.46 1.77 0.91 1.26 1.39 0.92 1.08 2.01 2.02 1.96 0.80 0.74 0.58 1.12 2.01 1.17 1.44
C3' 0.70 1.56 0.89 0.48 1.55 0.73 1.12 1.23 0.86 1.02 1.77 1.73 1.80 1.05 0.62 0.47 1.06 2.03 1.19 1.45
C4 0.78 2.24 0.65 0.54 3.12 0.63 2.67 0.79 2.00 1.70 2.96 3.56 1.96 0.72 0.74 0.54 1.01 1.25 1.85 1.28
C4' 0.63 1.35 0.87 0.47 1.18 0.81 0.80 1.41 0.62 0.83 1.46 1.30 1.66 1.19 0.64 0.47 1.27 2.24 1.37 1.67
C5 0.74 2.00 0.64 0.54 2.65 0.60 2.33 0.73 1.81 1.56 2.53 2.92 1.74 0.72 0.75 0.51 0.93 1.10 1.62 1.13
C5' 0.62 1.01 0.84 0.54 0.85 0.64 0.65 1.09 0.55 0.67 1.05 0.92 1.27 1.20 0.68 0.43 1.10 1.89 1.26 1.43
C6 0.74 1.91 0.75 0.50 2.21 0.68 1.84 0.83 1.44 1.41 2.27 2.42 1.86 0.63 0.79 0.46 0.67 1.04 1.05 0.80
N1 0.80 2.09 0.83 0.48 2.34 0.81 1.83 1.08 1.38 1.44 2.49 2.61 2.18 0.72 0.77 0.52 0.76 1.36 0.97 0.94
N3 0.83 2.38 0.74 0.51 3.13 0.70 2.57 0.88 1.89 1.71 3.09 3.61 2.24 0.66 0.75 0.54 0.86 1.24 1.56 1.09
N4 0.77 2.20 0.58 0.57 3.42 0.62 3.00 0.86 2.20 1.73 3.06 4.01 1.79 0.84 0.71 0.61 1.30 1.55 2.36 1.69
O2 0.88 2.39 0.87 0.49 2.80 0.86 2.14 1.20 1.57 1.61 2.95 3.23 2.50 0.76 0.75 0.61 0.86 1.59 1.12 1.10
O2' 0.78 1.80 0.84 0.45 1.79 0.97 1.25 1.51 0.94 1.14 2.07 2.04 2.11 0.97 0.67 0.71 1.24 2.22 1.33 1.63
O3' 0.67 1.49 0.89 0.50 1.49 0.78 1.07 1.34 0.82 0.95 1.71 1.70 1.74 1.09 0.61 0.52 1.21 2.26 1.39 1.68
O4' 0.74 1.63 0.95 0.55 1.48 0.94 1.02 1.46 0.79 1.04 1.77 1.61 1.93 1.16 0.77 0.55 1.17 1.99 1.12 1.46
O5' 0.66 0.96 0.87 0.68 0.87 0.67 0.70 0.90 0.61 0.71 1.01 0.94 1.12 1.00 0.84 0.50 0.80 1.37 0.82 0.97
OP1 0.73 0.73 0.73 0.96 0.92 0.99 1.02 1.15 0.97 0.78 0.80 0.97 0.71 0.69 1.09 0.86 1.21 1.38 1.26 1.26
OP2 0.55 0.64 0.61 0.75 0.93 0.71 1.02 0.86 0.90 0.67 0.77 1.02 0.60 0.73 0.83 0.61 0.99 1.06 1.21 1.06
P 0.51 0.38 0.63 0.83 0.43 0.82 0.52 0.88 0.51 0.40 0.39 0.48 0.48 0.64 1.08 0.62 0.80 0.96 0.72 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.22 0.01 0.19 0.27 0.31 0.19
C2 0.02 0.00 0.17 0.23 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.21 0.10 0.31 0.41 0.51 0.34
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.02 0.15 0.14 0.18 0.04 0.13 0.09 0.29 0.01 0.03 0.02 0.34 0.48 0.48 0.39
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.29 0.01 0.30 0.03 0.27 0.18 0.27 0.31 0.24 0.02 0.01 0.02 0.22 0.40 0.27 0.22
C4 0.02 0.01 0.08 0.29 0.00 0.15 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.30 0.20 0.04 0.43 0.56 0.74 0.50
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.15 0.00 0.19 0.01 0.18 0.09 0.11 0.16 0.11 0.22 0.03 0.01 0.02 0.20 0.23 0.07
C5 0.02 0.01 0.15 0.30 0.01 0.19 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.24 0.09 0.47 0.58 0.76 0.53
C5' 0.06 0.19 0.14 0.03 0.28 0.01 0.31 0.00 0.27 0.16 0.23 0.31 0.20 0.10 0.16 0.02 0.01 0.21 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.27 0.01 0.18 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.20 0.12 0.42 0.46 0.59 0.42
N1 0.01 0.01 0.04 0.18 0.02 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.10 0.02 0.29 0.35 0.45 0.29
N3 0.02 0.01 0.13 0.27 0.01 0.11 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.20 0.08 0.37 0.49 0.63 0.42
N4 0.03 0.02 0.09 0.31 0.01 0.16 0.01 0.31 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.33 0.24 0.04 0.46 0.63 0.84 0.56
O2 0.04 0.01 0.29 0.24 0.02 0.11 0.02 0.20 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.28 0.34 0.18 0.29 0.41 0.46 0.33
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.30 0.22 0.34 0.10 0.31 0.17 0.25 0.33 0.28 0.00 0.08 0.16 0.23 0.42 0.52 0.33
O3' 0.22 0.21 0.03 0.01 0.20 0.03 0.24 0.16 0.20 0.10 0.20 0.24 0.34 0.08 0.00 0.15 0.28 0.52 0.37 0.31
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.08 0.04 0.18 0.16 0.15 0.00 0.17 0.24 0.30 0.21
O5' 0.19 0.31 0.34 0.22 0.43 0.02 0.47 0.01 0.42 0.29 0.37 0.46 0.29 0.23 0.28 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.41 0.48 0.40 0.56 0.20 0.58 0.21 0.46 0.35 0.49 0.63 0.41 0.42 0.52 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.51 0.48 0.27 0.74 0.23 0.76 0.27 0.59 0.45 0.63 0.84 0.46 0.52 0.37 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.34 0.39 0.22 0.50 0.07 0.53 0.02 0.42 0.29 0.42 0.56 0.33 0.33 0.31 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00