ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 32855

back

Distances from reference structure (by RMSD)

15, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 4, 7, 7, 57, 11, 2, 5, 7, 134,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.699, 1.223, 1.748, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.223 std_dev=0.524
C4 B 0, 0.434, 1.003, 1.573, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.003 std_dev=0.570
C4 A 0, 0.218, 0.882, 1.545, 2.791 max_d=2.791 avg_d=0.882 std_dev=0.663
N3 B 0, 0.776, 1.456, 2.135, 3.816 max_d=3.816 avg_d=1.456 std_dev=0.679
N9 B 0, 0.683, 1.374, 2.065, 3.079 max_d=3.079 avg_d=1.374 std_dev=0.691
C5 B 0, 1.285, 2.067, 2.849, 3.507 max_d=3.507 avg_d=2.067 std_dev=0.782
N7 A 0, 0.930, 1.811, 2.691, 4.060 max_d=4.060 avg_d=1.811 std_dev=0.881
N9 A 0, 0.546, 1.467, 2.388, 3.717 max_d=3.717 avg_d=1.467 std_dev=0.921
N3 A 0, 0.600, 1.544, 2.487, 3.694 max_d=3.694 avg_d=1.544 std_dev=0.943
C2 B 0, 0.829, 1.840, 2.851, 4.559 max_d=4.559 avg_d=1.840 std_dev=1.011
C6 A 0, 0.817, 1.856, 2.895, 3.711 max_d=3.711 avg_d=1.856 std_dev=1.039
C8 B 0, 1.322, 2.373, 3.424, 5.024 max_d=5.024 avg_d=2.373 std_dev=1.051
N7 B 0, 1.850, 2.943, 4.036, 5.144 max_d=5.144 avg_d=2.943 std_dev=1.093
C6 B 0, 1.465, 2.577, 3.689, 5.498 max_d=5.498 avg_d=2.577 std_dev=1.112
C1' B 0, 0.657, 1.859, 3.061, 5.308 max_d=5.308 avg_d=1.859 std_dev=1.202
C8 A 0, 0.732, 1.947, 3.161, 4.509 max_d=4.509 avg_d=1.947 std_dev=1.215
N1 B 0, 0.948, 2.202, 3.456, 5.973 max_d=5.973 avg_d=2.202 std_dev=1.254
C2 A 0, 0.826, 2.183, 3.540, 5.213 max_d=5.213 avg_d=2.183 std_dev=1.357
N6 A 0, 1.016, 2.496, 3.976, 5.299 max_d=5.299 avg_d=2.496 std_dev=1.480
O4' B 0, 0.530, 2.033, 3.535, 6.959 max_d=6.959 avg_d=2.033 std_dev=1.502
N1 A 0, 0.810, 2.321, 3.831, 5.025 max_d=5.025 avg_d=2.321 std_dev=1.510
C1' A 0, 0.443, 2.029, 3.615, 4.649 max_d=4.649 avg_d=2.029 std_dev=1.586
N6 B 0, 2.245, 3.836, 5.427, 7.758 max_d=7.758 avg_d=3.836 std_dev=1.591
C2' B 0, 1.122, 2.796, 4.471, 7.069 max_d=7.069 avg_d=2.796 std_dev=1.675
O5' B 0, 0.864, 2.644, 4.424, 8.611 max_d=8.611 avg_d=2.644 std_dev=1.780
O4' A 0, 0.766, 2.758, 4.751, 6.937 max_d=6.937 avg_d=2.758 std_dev=1.993
C4' B 0, 0.639, 2.638, 4.637, 9.003 max_d=9.003 avg_d=2.638 std_dev=1.999
P B 0, 1.256, 3.337, 5.418, 9.876 max_d=9.876 avg_d=3.337 std_dev=2.081
C3' B 0, 0.910, 2.991, 5.072, 9.107 max_d=9.107 avg_d=2.991 std_dev=2.081
C2' A 0, 0.311, 2.399, 4.487, 5.841 max_d=5.841 avg_d=2.399 std_dev=2.088
C5' B 0, 0.734, 2.834, 4.934, 9.957 max_d=9.957 avg_d=2.834 std_dev=2.100
OP2 B 0, 1.465, 3.668, 5.871, 8.965 max_d=8.965 avg_d=3.668 std_dev=2.203
O2' B 0, 1.351, 3.674, 5.996, 8.555 max_d=8.555 avg_d=3.674 std_dev=2.322
OP1 B 0, 1.597, 4.121, 6.646, 12.124 max_d=12.124 avg_d=4.121 std_dev=2.525
C4' A 0, 0.933, 3.527, 6.121, 8.794 max_d=8.794 avg_d=3.527 std_dev=2.594
O2' A 0, 0.425, 3.034, 5.643, 7.601 max_d=7.601 avg_d=3.034 std_dev=2.609
C3' A 0, 0.586, 3.310, 6.033, 8.102 max_d=8.102 avg_d=3.310 std_dev=2.723
O3' B 0, 0.770, 3.495, 6.219, 10.956 max_d=10.956 avg_d=3.495 std_dev=2.725
O5' A 0, 2.278, 5.171, 8.064, 11.424 max_d=11.424 avg_d=5.171 std_dev=2.893
C5' A 0, 1.380, 4.356, 7.332, 10.862 max_d=10.862 avg_d=4.356 std_dev=2.976
O3' A 0, 0.842, 4.138, 7.433, 10.191 max_d=10.191 avg_d=4.138 std_dev=3.295
P A 0, 2.180, 5.941, 9.702, 13.628 max_d=13.628 avg_d=5.941 std_dev=3.761
OP2 A 0, 3.313, 7.134, 10.955, 14.916 max_d=14.916 avg_d=7.134 std_dev=3.821
OP1 A 0, 2.007, 6.033, 10.058, 13.731 max_d=13.731 avg_d=6.033 std_dev=4.026

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.03 0.33 0.01 0.39 0.53 0.43 0.34
C2 0.05 0.00 0.52 0.52 0.01 0.26 0.02 0.45 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.36 0.42 0.41 0.81 0.78 1.28 0.87
C2' 0.01 0.52 0.00 0.01 0.27 0.02 0.13 0.22 0.23 0.27 0.40 0.52 0.17 0.15 0.03 0.01 0.03 0.02 0.57 0.78 0.77 0.65
C3' 0.02 0.52 0.01 0.00 0.40 0.01 0.43 0.03 0.50 0.34 0.53 0.46 0.51 0.40 0.26 0.02 0.01 0.02 0.32 0.56 0.48 0.35
C4 0.03 0.01 0.27 0.40 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.24 0.22 0.73 0.71 1.06 0.73
C4' 0.01 0.26 0.02 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.17 0.33 0.20 0.26 0.21 0.30 0.14 0.32 0.03 0.01 0.02 0.31 0.31 0.12
C5 0.02 0.02 0.13 0.43 0.01 0.18 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.22 0.09 0.89 0.93 1.40 0.99
C5' 0.08 0.45 0.22 0.03 0.26 0.01 0.32 0.00 0.34 0.46 0.39 0.42 0.39 0.46 0.20 0.11 0.23 0.02 0.01 0.26 0.30 0.02
C6 0.03 0.01 0.23 0.50 0.01 0.17 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.31 0.17 0.93 0.98 1.58 1.08
C8 0.03 0.02 0.27 0.34 0.01 0.33 0.01 0.46 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.52 0.18 0.26 0.88 0.99 1.15 0.94
N1 0.04 0.01 0.40 0.53 0.01 0.20 0.01 0.39 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.25 0.38 0.32 0.88 0.89 1.49 0.99
N3 0.06 0.01 0.52 0.46 0.01 0.26 0.01 0.42 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.37 0.39 0.42 0.72 0.67 1.03 0.71
N6 0.03 0.02 0.17 0.51 0.02 0.21 0.02 0.39 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.31 0.32 0.11 1.00 1.14 1.79 1.23
N7 0.02 0.02 0.15 0.40 0.01 0.30 0.01 0.46 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.49 0.21 0.15 0.98 1.11 1.46 1.13
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.14 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.22 0.13 0.02 0.65 0.68 0.82 0.62
O2' 0.03 0.36 0.01 0.02 0.17 0.32 0.28 0.11 0.24 0.52 0.25 0.37 0.31 0.49 0.22 0.00 0.07 0.26 0.39 0.74 0.81 0.57
O3' 0.33 0.42 0.03 0.01 0.24 0.03 0.22 0.23 0.31 0.18 0.38 0.39 0.32 0.21 0.13 0.07 0.00 0.23 0.35 0.56 0.66 0.40
O4' 0.01 0.41 0.02 0.02 0.22 0.01 0.09 0.02 0.17 0.26 0.32 0.42 0.11 0.15 0.02 0.26 0.23 0.00 0.23 0.53 0.36 0.30
O5' 0.39 0.81 0.57 0.32 0.73 0.02 0.89 0.01 0.93 0.88 0.88 0.72 1.00 0.98 0.65 0.39 0.35 0.23 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.53 0.78 0.78 0.56 0.71 0.31 0.93 0.26 0.98 0.99 0.89 0.67 1.14 1.11 0.68 0.74 0.56 0.53 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 1.28 0.77 0.48 1.06 0.31 1.40 0.30 1.58 1.15 1.49 1.03 1.79 1.46 0.82 0.81 0.66 0.36 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.87 0.65 0.35 0.73 0.12 0.99 0.02 1.08 0.94 0.99 0.71 1.23 1.13 0.62 0.57 0.40 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.16 2.62 2.85 2.64 2.10 2.03 2.30 1.55 2.71 1.91 2.80 2.33 3.09 2.21 1.91 3.58 3.03 1.79 1.11 0.58 0.91 0.51
C2 1.54 3.42 1.36 1.05 2.86 1.01 3.58 0.89 4.16 2.68 4.00 2.82 4.78 3.52 2.26 1.62 1.14 1.41 0.61 0.78 0.75 0.22
C2' 2.06 2.67 2.75 2.62 2.01 2.00 2.19 1.49 2.66 1.73 2.82 2.33 3.07 2.07 1.77 3.47 3.11 1.72 1.01 0.65 0.92 0.50
C3' 2.66 2.59 3.42 3.38 2.11 2.70 2.02 2.11 2.35 1.84 2.57 2.47 2.68 1.89 2.10 4.17 3.98 2.28 1.55 0.90 1.09 0.85
C4 1.45 2.57 1.86 1.70 2.09 1.35 2.62 1.15 3.06 2.03 2.97 2.13 3.54 2.66 1.69 2.34 1.89 1.31 0.76 0.62 0.85 0.32
C4' 3.09 2.80 3.81 3.64 2.44 2.98 2.18 2.31 2.40 2.16 2.66 2.78 2.58 2.02 2.50 4.65 4.24 2.63 1.71 0.88 1.02 0.91
C5 1.26 2.24 1.60 1.43 1.85 1.20 2.33 1.08 2.66 1.92 2.56 1.86 3.06 2.46 1.53 1.98 1.52 1.20 0.70 0.61 0.85 0.30
C5' 3.72 3.06 4.38 4.23 2.84 3.58 2.36 2.81 2.39 2.52 2.73 3.22 2.37 2.16 3.01 5.22 4.89 3.24 2.13 1.17 1.18 1.24
C6 1.27 2.61 1.17 0.88 2.27 0.91 2.83 0.87 3.15 2.33 3.00 2.19 3.55 2.94 1.87 1.36 0.89 1.23 0.58 0.72 0.76 0.21
C8 2.07 2.06 2.78 2.59 1.71 2.04 1.75 1.61 1.97 1.69 2.06 1.95 2.24 1.81 1.71 3.33 2.78 1.78 1.19 0.59 0.93 0.57
N1 1.61 3.30 1.31 0.94 2.87 1.00 3.52 0.89 3.97 2.76 3.81 2.79 4.47 3.52 2.34 1.42 0.94 1.48 0.65 0.82 0.71 0.26
N3 1.45 3.09 1.62 1.42 2.50 1.17 3.18 1.01 3.76 2.34 3.63 2.51 4.37 3.13 1.96 2.06 1.62 1.31 0.65 0.68 0.81 0.25
N6 1.32 2.41 1.11 0.80 2.17 0.91 2.63 0.86 2.84 2.32 2.71 2.08 3.15 2.78 1.88 1.15 0.78 1.27 0.66 0.75 0.69 0.27
N7 1.59 1.81 2.17 2.01 1.46 1.64 1.67 1.39 1.89 1.56 1.90 1.64 2.20 1.81 1.38 2.56 2.07 1.45 1.00 0.58 0.92 0.49
N9 1.87 2.38 2.51 2.34 1.92 1.81 2.21 1.44 2.57 1.84 2.59 2.09 2.96 2.21 1.72 3.12 2.61 1.60 1.01 0.58 0.90 0.46
O2' 1.88 2.80 2.52 2.35 2.07 1.71 2.36 1.25 2.89 1.84 3.05 2.36 3.33 2.26 1.75 3.29 2.86 1.55 0.92 0.91 1.14 0.82
O3' 2.45 2.44 3.20 3.22 1.92 2.54 1.95 1.94 2.36 1.72 2.51 2.26 2.83 1.89 1.89 3.98 3.93 2.07 1.37 0.82 1.05 0.71
O4' 2.78 2.74 3.48 3.22 2.37 2.59 2.28 2.00 2.55 2.15 2.72 2.64 2.77 2.14 2.35 4.31 3.66 2.33 1.47 0.72 0.90 0.73
O5' 3.64 2.96 4.30 4.26 2.72 3.63 2.24 2.93 2.29 2.41 2.63 3.11 2.31 2.06 2.89 5.03 4.88 3.24 2.26 1.34 1.58 1.52
OP1 4.54 3.91 5.02 4.94 3.64 4.46 3.02 3.63 2.99 3.13 3.42 4.13 2.77 2.71 3.76 5.75 5.73 4.11 2.79 1.85 1.71 1.88
OP2 3.78 3.39 4.24 4.35 3.04 3.98 2.65 3.43 2.75 2.67 3.08 3.46 2.76 2.45 3.11 4.75 4.85 3.53 2.76 2.13 2.37 2.24
P 4.23 3.56 4.74 4.78 3.30 4.27 2.74 3.50 2.75 2.87 3.14 3.75 2.62 2.49 3.45 5.38 5.51 3.87 2.73 1.80 1.88 1.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.22 0.41 0.42 0.26
C2 0.05 0.00 0.53 0.40 0.02 0.48 0.02 0.77 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.73 0.35 0.58 0.78 1.22 1.18 1.02
C2' 0.01 0.53 0.00 0.01 0.28 0.02 0.14 0.19 0.25 0.28 0.42 0.53 0.18 0.16 0.04 0.01 0.03 0.04 0.45 0.54 0.61 0.50
C3' 0.02 0.40 0.01 0.00 0.29 0.01 0.36 0.03 0.38 0.43 0.39 0.36 0.42 0.44 0.25 0.03 0.01 0.02 0.26 0.44 0.38 0.26
C4 0.03 0.02 0.28 0.29 0.00 0.20 0.01 0.32 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.37 0.18 0.30 0.38 0.64 0.84 0.51
C4' 0.02 0.48 0.02 0.01 0.20 0.00 0.14 0.01 0.18 0.40 0.35 0.47 0.17 0.32 0.12 0.32 0.04 0.01 0.02 0.28 0.27 0.11
C5 0.02 0.02 0.14 0.36 0.01 0.14 0.00 0.29 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.34 0.13 0.13 0.48 0.66 1.18 0.66
C5' 0.07 0.77 0.19 0.03 0.32 0.01 0.29 0.00 0.36 0.63 0.58 0.71 0.35 0.55 0.21 0.15 0.21 0.02 0.01 0.26 0.31 0.02
C6 0.03 0.02 0.25 0.38 0.01 0.18 0.01 0.36 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.40 0.18 0.25 0.48 0.79 1.24 0.70
C8 0.02 0.03 0.28 0.43 0.01 0.40 0.02 0.63 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.59 0.21 0.31 0.87 0.87 1.38 1.01
N1 0.05 0.01 0.42 0.39 0.02 0.35 0.02 0.58 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.57 0.27 0.45 0.61 1.05 1.20 0.86
N3 0.05 0.01 0.53 0.36 0.01 0.47 0.02 0.71 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.71 0.35 0.59 0.71 1.06 0.97 0.88
N6 0.04 0.02 0.18 0.42 0.02 0.17 0.02 0.35 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.04 0.40 0.19 0.17 0.56 0.82 1.46 0.81
N7 0.02 0.02 0.16 0.44 0.01 0.32 0.01 0.55 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.51 0.21 0.17 0.82 0.89 1.56 1.03
N9 0.01 0.03 0.04 0.25 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.24 0.13 0.02 0.38 0.47 0.77 0.46
O2' 0.02 0.73 0.01 0.03 0.37 0.32 0.34 0.15 0.40 0.59 0.57 0.71 0.40 0.51 0.24 0.00 0.07 0.22 0.34 0.51 0.65 0.43
O3' 0.34 0.35 0.03 0.01 0.18 0.04 0.13 0.21 0.18 0.21 0.27 0.35 0.19 0.21 0.13 0.07 0.00 0.22 0.37 0.70 0.45 0.40
O4' 0.01 0.58 0.04 0.02 0.30 0.01 0.13 0.02 0.25 0.31 0.45 0.59 0.17 0.17 0.02 0.22 0.22 0.00 0.18 0.41 0.36 0.24
O5' 0.22 0.78 0.45 0.26 0.38 0.02 0.48 0.01 0.48 0.87 0.61 0.71 0.56 0.82 0.38 0.34 0.37 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 1.22 0.54 0.44 0.64 0.28 0.66 0.26 0.79 0.87 1.05 1.06 0.82 0.89 0.47 0.51 0.70 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 1.18 0.61 0.38 0.84 0.27 1.18 0.31 1.24 1.38 1.20 0.97 1.46 1.56 0.77 0.65 0.45 0.36 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 1.02 0.50 0.26 0.51 0.11 0.66 0.02 0.70 1.01 0.86 0.88 0.81 1.03 0.46 0.43 0.40 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00