ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 32857

back

Distances from reference structure (by RMSD)

28, 27, 1, 0, 0, 6, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 20, 2, 11, 4, 8, 4, 3, 132,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.416, 1.285, 2.155, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.285 std_dev=0.870
N9 B 0, 0.616, 1.526, 2.436, 3.575 max_d=3.575 avg_d=1.526 std_dev=0.910
C4 A 0, 0.310, 1.246, 2.183, 2.753 max_d=2.753 avg_d=1.246 std_dev=0.937
C5 A 0, 0.405, 1.342, 2.280, 3.281 max_d=3.281 avg_d=1.342 std_dev=0.937
N9 A 0, 0.182, 1.278, 2.374, 4.277 max_d=4.277 avg_d=1.278 std_dev=1.096
C1' B 0, 0.735, 1.838, 2.940, 3.962 max_d=3.962 avg_d=1.838 std_dev=1.102
C5 B 0, 0.607, 1.737, 2.867, 4.347 max_d=4.347 avg_d=1.737 std_dev=1.130
N7 A 0, 0.572, 1.763, 2.954, 4.449 max_d=4.449 avg_d=1.763 std_dev=1.191
C2' A 0, 0.458, 1.749, 3.040, 5.309 max_d=5.309 avg_d=1.749 std_dev=1.291
N3 B 0, 0.610, 1.909, 3.209, 3.612 max_d=3.612 avg_d=1.909 std_dev=1.299
O4' B 0, 0.668, 1.994, 3.321, 4.144 max_d=4.144 avg_d=1.994 std_dev=1.326
C6 A 0, 0.394, 1.732, 3.071, 3.933 max_d=3.933 avg_d=1.732 std_dev=1.339
C8 A 0, 0.543, 1.882, 3.221, 5.033 max_d=5.033 avg_d=1.882 std_dev=1.339
N6 A 0, 0.626, 2.046, 3.466, 4.839 max_d=4.839 avg_d=2.046 std_dev=1.420
C1' A 0, -0.041, 1.406, 2.853, 5.580 max_d=5.580 avg_d=1.406 std_dev=1.447
N3 A 0, 0.274, 1.767, 3.260, 4.414 max_d=4.414 avg_d=1.767 std_dev=1.493
C8 B 0, 0.679, 2.262, 3.844, 5.806 max_d=5.806 avg_d=2.262 std_dev=1.583
C4' B 0, 0.813, 2.408, 4.004, 5.393 max_d=5.393 avg_d=2.408 std_dev=1.596
C2' B 0, 0.920, 2.516, 4.113, 5.716 max_d=5.716 avg_d=2.516 std_dev=1.597
O2' A 0, 0.648, 2.278, 3.908, 6.211 max_d=6.211 avg_d=2.278 std_dev=1.630
N7 B 0, 0.688, 2.335, 3.983, 5.720 max_d=5.720 avg_d=2.335 std_dev=1.648
C6 B 0, 0.547, 2.204, 3.862, 5.503 max_d=5.503 avg_d=2.204 std_dev=1.657
C3' B 0, 0.889, 2.616, 4.342, 5.825 max_d=5.825 avg_d=2.616 std_dev=1.727
O5' B 0, 0.695, 2.423, 4.152, 5.438 max_d=5.438 avg_d=2.423 std_dev=1.729
C5' B 0, 0.816, 2.601, 4.386, 5.771 max_d=5.771 avg_d=2.601 std_dev=1.785
C2 B 0, 0.577, 2.522, 4.468, 5.325 max_d=5.325 avg_d=2.522 std_dev=1.946
N1 A 0, 0.190, 2.212, 4.235, 5.714 max_d=5.714 avg_d=2.212 std_dev=2.023
O4' A 0, -0.117, 1.907, 3.931, 7.373 max_d=7.373 avg_d=1.907 std_dev=2.024
N1 B 0, 0.479, 2.513, 4.546, 5.573 max_d=5.573 avg_d=2.513 std_dev=2.033
C3' A 0, -0.024, 2.045, 4.113, 7.683 max_d=7.683 avg_d=2.045 std_dev=2.069
O6 B 0, 0.764, 2.857, 4.949, 7.323 max_d=7.323 avg_d=2.857 std_dev=2.092
O3' B 0, 0.746, 2.846, 4.947, 7.415 max_d=7.415 avg_d=2.846 std_dev=2.100
C2 A 0, 0.116, 2.222, 4.327, 6.092 max_d=6.092 avg_d=2.222 std_dev=2.106
O2' B 0, 0.785, 2.928, 5.072, 8.158 max_d=8.158 avg_d=2.928 std_dev=2.143
P B 0, 0.751, 3.005, 5.259, 7.069 max_d=7.069 avg_d=3.005 std_dev=2.254
OP1 B 0, 0.817, 3.103, 5.389, 9.161 max_d=9.161 avg_d=3.103 std_dev=2.286
O3' A 0, 0.252, 2.616, 4.981, 9.833 max_d=9.833 avg_d=2.616 std_dev=2.364
C4' A 0, -0.233, 2.263, 4.760, 8.528 max_d=8.528 avg_d=2.263 std_dev=2.496
OP2 B 0, 1.161, 3.844, 6.527, 8.547 max_d=8.547 avg_d=3.844 std_dev=2.683
N2 B 0, 0.938, 3.636, 6.334, 7.216 max_d=7.216 avg_d=3.636 std_dev=2.698
O5' A 0, 0.498, 3.370, 6.242, 8.852 max_d=8.852 avg_d=3.370 std_dev=2.872
C5' A 0, 0.104, 3.147, 6.190, 9.904 max_d=9.904 avg_d=3.147 std_dev=3.043
P A 0, 0.714, 4.405, 8.097, 10.878 max_d=10.878 avg_d=4.405 std_dev=3.692
OP2 A 0, 0.950, 4.818, 8.685, 11.914 max_d=11.914 avg_d=4.818 std_dev=3.868
OP1 A 0, 0.647, 4.892, 9.138, 12.729 max_d=12.729 avg_d=4.892 std_dev=4.245

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.31 0.01 0.31 0.32 0.36 0.23
C2 0.05 0.00 0.54 0.65 0.01 0.41 0.01 0.67 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.49 0.44 0.62 0.77 1.11 0.70
C2' 0.01 0.54 0.00 0.01 0.27 0.02 0.12 0.23 0.23 0.31 0.41 0.55 0.16 0.19 0.04 0.01 0.03 0.02 0.58 0.66 0.67 0.58
C3' 0.01 0.65 0.01 0.00 0.40 0.01 0.37 0.03 0.45 0.36 0.57 0.61 0.43 0.36 0.22 0.02 0.01 0.02 0.30 0.53 0.29 0.26
C4 0.03 0.01 0.27 0.40 0.00 0.19 0.01 0.33 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.20 0.24 0.54 0.54 0.94 0.57
C4' 0.01 0.41 0.02 0.01 0.19 0.00 0.13 0.01 0.18 0.32 0.31 0.40 0.16 0.25 0.11 0.29 0.03 0.01 0.02 0.23 0.39 0.13
C5 0.02 0.01 0.12 0.37 0.01 0.13 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.13 0.12 0.68 0.63 1.27 0.81
C5' 0.10 0.67 0.23 0.03 0.33 0.01 0.31 0.00 0.38 0.51 0.54 0.61 0.37 0.46 0.22 0.08 0.23 0.02 0.01 0.28 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.23 0.45 0.01 0.18 0.01 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.22 0.22 0.67 0.71 1.40 0.84
C8 0.02 0.02 0.31 0.36 0.01 0.32 0.01 0.51 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.48 0.29 0.25 0.86 0.65 1.18 0.92
N1 0.04 0.01 0.41 0.57 0.02 0.31 0.01 0.54 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.38 0.36 0.63 0.76 1.29 0.77
N3 0.05 0.01 0.55 0.61 0.01 0.40 0.01 0.61 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.46 0.43 0.55 0.68 0.91 0.58
N6 0.03 0.01 0.16 0.43 0.02 0.16 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.30 0.22 0.17 0.73 0.78 1.60 0.98
N7 0.02 0.01 0.19 0.36 0.01 0.25 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.45 0.24 0.13 0.87 0.73 1.43 1.03
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.11 0.01 0.22 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.11 0.02 0.54 0.42 0.75 0.52
O2' 0.03 0.40 0.01 0.02 0.18 0.29 0.26 0.08 0.25 0.48 0.29 0.39 0.30 0.45 0.21 0.00 0.06 0.24 0.45 0.59 0.81 0.53
O3' 0.31 0.49 0.03 0.01 0.20 0.03 0.13 0.23 0.22 0.29 0.38 0.46 0.22 0.24 0.11 0.06 0.00 0.24 0.27 0.61 0.48 0.31
O4' 0.01 0.44 0.02 0.02 0.24 0.01 0.12 0.02 0.22 0.25 0.36 0.43 0.17 0.13 0.02 0.24 0.24 0.00 0.13 0.34 0.34 0.20
O5' 0.31 0.62 0.58 0.30 0.54 0.02 0.68 0.01 0.67 0.86 0.63 0.55 0.73 0.87 0.54 0.45 0.27 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.77 0.66 0.53 0.54 0.23 0.63 0.28 0.71 0.65 0.76 0.68 0.78 0.73 0.42 0.59 0.61 0.34 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 1.11 0.67 0.29 0.94 0.39 1.27 0.34 1.40 1.18 1.29 0.91 1.60 1.43 0.75 0.81 0.48 0.34 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.70 0.58 0.26 0.57 0.13 0.81 0.02 0.84 0.92 0.77 0.58 0.98 1.03 0.52 0.53 0.31 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.57 3.45 3.16 2.83 2.79 2.04 2.68 1.48 2.98 2.19 3.27 3.88 3.26 2.42 2.45 3.76 3.04 1.96 1.11 3.08 0.99 0.92 0.44
C2 2.08 4.39 2.31 1.69 3.24 1.19 3.42 0.86 4.02 2.47 4.46 4.93 3.72 2.95 2.52 2.70 1.63 1.50 0.74 4.15 1.14 1.06 0.32
C2' 2.66 3.34 3.18 2.92 2.82 2.18 2.81 1.62 3.09 2.35 3.25 3.67 3.19 2.61 2.54 3.73 3.17 2.12 1.26 3.28 1.08 0.88 0.59
C3' 2.90 3.46 3.37 3.18 2.97 2.44 2.91 1.82 3.19 2.46 3.36 3.79 3.34 2.69 2.71 3.97 3.55 2.34 1.33 3.37 0.80 1.19 0.64
C4 2.13 3.64 2.63 2.13 2.80 1.46 2.84 1.06 3.23 2.20 3.56 4.07 3.27 2.53 2.30 3.07 2.11 1.53 0.84 3.32 1.07 1.01 0.31
C4' 3.13 3.67 3.66 3.45 3.11 2.66 2.90 1.97 3.15 2.44 3.44 4.07 3.60 2.58 2.85 4.32 3.88 2.54 1.44 3.23 0.81 1.06 0.67
C5 1.86 3.34 2.34 1.81 2.59 1.22 2.66 0.92 3.01 2.10 3.30 3.66 2.98 2.40 2.12 2.62 1.68 1.31 0.74 3.08 1.08 1.03 0.28
C5' 3.49 3.74 3.98 3.90 3.29 3.15 3.02 2.42 3.21 2.62 3.49 4.07 3.75 2.69 3.10 4.56 4.45 2.97 1.81 3.26 0.90 1.23 1.01
C6 1.72 3.64 1.96 1.33 2.77 0.93 2.94 0.72 3.40 2.22 3.72 3.94 3.12 2.60 2.17 2.17 1.17 1.26 0.65 3.48 1.12 1.09 0.28
C8 2.26 2.91 2.89 2.60 2.43 1.87 2.36 1.45 2.57 2.04 2.77 3.20 2.79 2.21 2.18 3.27 2.62 1.72 1.10 2.64 0.99 0.92 0.47
N1 1.92 4.22 2.04 1.39 3.14 1.05 3.35 0.80 3.94 2.45 4.36 4.63 3.55 2.91 2.44 2.32 1.29 1.44 0.72 4.05 1.15 1.08 0.35
N3 2.18 4.12 2.58 2.02 3.08 1.39 3.18 0.97 3.69 2.36 4.09 4.66 3.59 2.78 2.46 3.05 2.02 1.56 0.80 3.82 1.11 1.03 0.30
N6 1.47 3.26 1.54 0.95 2.52 0.80 2.76 0.69 3.22 2.11 3.44 3.48 2.76 2.48 1.97 1.64 0.86 1.18 0.64 3.33 1.12 1.11 0.31
N7 1.89 2.78 2.48 2.10 2.27 1.47 2.28 1.19 2.51 1.95 2.71 3.04 2.59 2.15 1.97 2.70 1.98 1.38 0.92 2.58 1.03 0.97 0.40
N9 2.33 3.32 2.93 2.55 2.66 1.81 2.61 1.33 2.90 2.13 3.18 3.71 3.11 2.37 2.30 3.43 2.63 1.74 1.01 2.98 1.02 0.95 0.40
O2' 2.56 3.26 3.07 2.83 2.72 2.12 2.70 1.59 3.00 2.24 3.17 3.62 3.10 2.51 2.44 3.62 3.10 2.05 1.29 3.20 1.30 0.77 0.73
O3' 2.98 3.64 3.39 3.18 3.07 2.49 2.99 1.83 3.31 2.49 3.52 4.02 3.49 2.73 2.79 4.02 3.59 2.43 1.33 3.51 0.84 1.16 0.65
O4' 2.90 3.69 3.49 3.16 3.02 2.35 2.80 1.70 3.07 2.29 3.42 4.14 3.56 2.45 2.68 4.17 3.48 2.25 1.25 3.11 0.94 0.93 0.55
O5' 3.43 3.42 4.00 4.11 3.12 3.34 2.88 2.70 3.01 2.60 3.21 3.66 3.48 2.62 3.01 4.44 4.61 3.00 2.07 3.08 1.08 1.60 1.34
OP1 3.72 3.50 4.08 4.38 3.27 3.86 3.05 3.15 3.19 2.81 3.34 3.69 3.58 2.82 3.22 4.38 5.14 3.48 2.28 3.29 1.24 1.68 1.52
OP2 3.63 3.20 4.09 4.53 3.13 4.11 2.97 3.63 3.04 2.86 3.09 3.30 3.32 2.86 3.16 4.22 4.90 3.52 2.88 3.15 1.76 2.51 2.23
P 3.80 3.43 4.26 4.62 3.27 4.02 3.03 3.35 3.11 2.87 3.24 3.58 3.55 2.83 3.28 4.50 5.27 3.56 2.57 3.18 1.38 2.00 1.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.29 0.01 0.44 0.02 0.67 0.58 0.46
C2 0.04 0.00 0.58 0.48 0.01 0.46 0.01 0.87 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.76 0.37 0.46 1.05 0.02 1.87 1.50 1.38
C2' 0.00 0.58 0.00 0.01 0.31 0.02 0.18 0.23 0.29 0.24 0.46 0.68 0.56 0.13 0.05 0.01 0.04 0.02 0.67 0.25 0.81 0.65 0.64
C3' 0.02 0.48 0.01 0.00 0.30 0.01 0.34 0.02 0.38 0.38 0.43 0.58 0.43 0.38 0.21 0.03 0.01 0.02 0.33 0.40 0.41 0.42 0.26
C4 0.02 0.01 0.31 0.30 0.00 0.20 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.39 0.22 0.24 0.75 0.01 1.45 1.14 0.99
C4' 0.01 0.46 0.02 0.01 0.20 0.00 0.14 0.01 0.20 0.30 0.34 0.59 0.43 0.24 0.09 0.29 0.03 0.01 0.02 0.18 0.19 0.44 0.15
C5 0.01 0.01 0.18 0.34 0.01 0.14 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.21 0.11 0.86 0.02 1.71 1.50 1.22
C5' 0.12 0.87 0.23 0.02 0.41 0.01 0.35 0.00 0.46 0.52 0.69 1.13 0.78 0.46 0.23 0.12 0.22 0.02 0.01 0.44 0.37 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.29 0.38 0.01 0.20 0.01 0.46 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.41 0.26 0.20 0.90 0.01 1.92 1.60 1.33
C8 0.02 0.02 0.24 0.38 0.01 0.30 0.01 0.52 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.20 0.25 1.04 0.03 1.47 1.60 1.30
N1 0.03 0.01 0.46 0.43 0.01 0.34 0.01 0.69 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.61 0.31 0.35 0.97 0.01 1.96 1.54 1.36
N2 0.05 0.01 0.68 0.58 0.02 0.59 0.02 1.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.94 0.47 0.55 1.29 0.02 2.07 1.82 1.68
N3 0.04 0.01 0.56 0.43 0.01 0.43 0.01 0.78 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.73 0.36 0.45 0.93 0.01 1.57 1.24 1.15
N7 0.02 0.01 0.13 0.38 0.01 0.24 0.00 0.46 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.24 0.13 1.04 0.03 1.72 1.82 1.42
N9 0.01 0.02 0.05 0.21 0.01 0.09 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.14 0.02 0.70 0.02 1.15 1.02 0.85
O2' 0.02 0.76 0.01 0.03 0.39 0.29 0.31 0.12 0.41 0.38 0.61 0.94 0.73 0.33 0.18 0.00 0.09 0.19 0.52 0.38 0.75 0.82 0.59
O3' 0.29 0.37 0.04 0.01 0.22 0.03 0.21 0.22 0.26 0.20 0.31 0.47 0.36 0.24 0.14 0.09 0.00 0.23 0.26 0.29 0.57 0.66 0.43
O4' 0.01 0.46 0.02 0.02 0.24 0.01 0.11 0.02 0.20 0.25 0.35 0.55 0.45 0.13 0.02 0.19 0.23 0.00 0.22 0.15 0.36 0.51 0.24
O5' 0.44 1.05 0.67 0.33 0.75 0.02 0.86 0.01 0.90 1.04 0.97 1.29 0.93 1.04 0.70 0.52 0.26 0.22 0.00 0.94 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.25 0.40 0.01 0.18 0.02 0.44 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.38 0.29 0.15 0.94 0.00 2.03 1.81 1.44
OP1 0.67 1.87 0.81 0.41 1.45 0.19 1.71 0.37 1.92 1.47 1.96 2.07 1.57 1.72 1.15 0.75 0.57 0.36 0.02 2.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.58 1.50 0.65 0.42 1.14 0.44 1.50 0.36 1.60 1.60 1.54 1.82 1.24 1.82 1.02 0.82 0.66 0.51 0.02 1.81 0.01 0.00 0.01
P 0.46 1.38 0.64 0.26 0.99 0.15 1.22 0.02 1.33 1.30 1.36 1.68 1.15 1.42 0.85 0.59 0.43 0.24 0.01 1.44 0.01 0.01 0.00