ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 32858

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 17, 41, 49, 32, 14, 13, 8, 8, 38, 22, 9, 2, 2, 2, 3, 4, 7, 140,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.181, 0.810, 1.440, 2.881 max_d=2.881 avg_d=0.810 std_dev=0.629
N1 A 0, 0.271, 0.962, 1.653, 2.708 max_d=2.708 avg_d=0.962 std_dev=0.691
C1' A 0, 0.510, 1.214, 1.917, 3.585 max_d=3.585 avg_d=1.214 std_dev=0.703
C4 B 0, 0.138, 0.895, 1.652, 2.818 max_d=2.818 avg_d=0.895 std_dev=0.757
C6 A 0, 0.152, 0.913, 1.675, 2.860 max_d=2.860 avg_d=0.913 std_dev=0.761
C1' B 0, -0.031, 0.790, 1.610, 3.529 max_d=3.529 avg_d=0.790 std_dev=0.821
O4' A 0, 0.298, 1.208, 2.119, 4.978 max_d=4.978 avg_d=1.208 std_dev=0.911
C2' B 0, 0.196, 1.184, 2.171, 3.858 max_d=3.858 avg_d=1.184 std_dev=0.987
C2 A 0, 0.338, 1.345, 2.352, 3.873 max_d=3.873 avg_d=1.345 std_dev=1.007
C5 B 0, 0.293, 1.301, 2.308, 3.895 max_d=3.895 avg_d=1.301 std_dev=1.007
C2' A 0, 0.554, 1.601, 2.648, 4.841 max_d=4.841 avg_d=1.601 std_dev=1.047
O2 A 0, 0.689, 1.742, 2.794, 4.292 max_d=4.292 avg_d=1.742 std_dev=1.053
O5' A 0, 0.639, 1.698, 2.757, 7.060 max_d=7.060 avg_d=1.698 std_dev=1.059
C8 B 0, 0.298, 1.421, 2.544, 4.369 max_d=4.369 avg_d=1.421 std_dev=1.123
C5 A 0, 0.282, 1.416, 2.551, 3.867 max_d=3.867 avg_d=1.416 std_dev=1.134
N3 B 0, 0.209, 1.344, 2.479, 3.833 max_d=3.833 avg_d=1.344 std_dev=1.135
C3' A 0, 0.571, 1.736, 2.901, 6.179 max_d=6.179 avg_d=1.736 std_dev=1.165
C4' A 0, 0.340, 1.508, 2.677, 6.626 max_d=6.626 avg_d=1.508 std_dev=1.169
C3' B 0, 0.241, 1.460, 2.679, 5.697 max_d=5.697 avg_d=1.460 std_dev=1.219
N7 B 0, 0.349, 1.652, 2.956, 4.915 max_d=4.915 avg_d=1.652 std_dev=1.304
O4' B 0, 0.136, 1.447, 2.759, 5.158 max_d=5.158 avg_d=1.447 std_dev=1.312
C5' A 0, 0.383, 1.697, 3.011, 8.198 max_d=8.198 avg_d=1.697 std_dev=1.314
O3' B 0, 0.462, 1.864, 3.265, 7.034 max_d=7.034 avg_d=1.864 std_dev=1.401
N3 A 0, 0.183, 1.586, 2.989, 5.264 max_d=5.264 avg_d=1.586 std_dev=1.403
P A 0, 0.482, 1.893, 3.304, 8.367 max_d=8.367 avg_d=1.893 std_dev=1.411
C6 B 0, 0.230, 1.648, 3.067, 5.275 max_d=5.275 avg_d=1.648 std_dev=1.419
O2' B 0, 0.225, 1.673, 3.120, 5.929 max_d=5.929 avg_d=1.673 std_dev=1.448
C4 A 0, 0.245, 1.694, 3.142, 5.174 max_d=5.174 avg_d=1.694 std_dev=1.448
C4' B 0, 0.191, 1.706, 3.220, 5.748 max_d=5.748 avg_d=1.706 std_dev=1.514
OP2 A 0, 0.431, 1.963, 3.496, 8.917 max_d=8.917 avg_d=1.963 std_dev=1.532
C2 B 0, 0.294, 1.835, 3.377, 5.333 max_d=5.333 avg_d=1.835 std_dev=1.541
N1 B 0, 0.295, 1.869, 3.444, 5.534 max_d=5.534 avg_d=1.869 std_dev=1.575
O2' A 0, 0.616, 2.219, 3.823, 6.768 max_d=6.768 avg_d=2.219 std_dev=1.604
OP1 A 0, 0.832, 2.538, 4.244, 10.276 max_d=10.276 avg_d=2.538 std_dev=1.706
O3' A 0, 0.730, 2.458, 4.185, 8.824 max_d=8.824 avg_d=2.458 std_dev=1.727
O6 B 0, 0.297, 2.083, 3.870, 6.933 max_d=6.933 avg_d=2.083 std_dev=1.787
N4 A 0, 0.368, 2.282, 4.197, 7.715 max_d=7.715 avg_d=2.282 std_dev=1.914
N2 B 0, 0.391, 2.542, 4.693, 7.091 max_d=7.091 avg_d=2.542 std_dev=2.151
C5' B 0, 0.417, 2.604, 4.792, 8.091 max_d=8.091 avg_d=2.604 std_dev=2.187
O5' B 0, 0.388, 2.787, 5.186, 9.271 max_d=9.271 avg_d=2.787 std_dev=2.399
P B 0, 0.621, 3.833, 7.045, 11.806 max_d=11.806 avg_d=3.833 std_dev=3.212
OP2 B 0, 0.849, 4.192, 7.535, 13.439 max_d=13.439 avg_d=4.192 std_dev=3.343
OP1 B 0, 0.878, 4.240, 7.602, 12.928 max_d=12.928 avg_d=4.240 std_dev=3.362

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.12 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.21 0.01 0.22 0.40 0.45 0.25
C2 0.03 0.00 0.18 0.28 0.01 0.09 0.02 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.20 0.10 0.43 0.53 0.70 0.37
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.08 0.02 0.14 0.18 0.17 0.04 0.14 0.10 0.31 0.01 0.04 0.02 0.30 0.37 0.68 0.38
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.32 0.01 0.28 0.05 0.23 0.19 0.32 0.34 0.28 0.03 0.01 0.02 0.32 0.41 0.44 0.28
C4 0.03 0.01 0.08 0.32 0.00 0.16 0.01 0.40 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.28 0.26 0.04 0.66 0.72 1.16 0.73
C4' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.16 0.00 0.21 0.01 0.20 0.09 0.12 0.18 0.12 0.23 0.04 0.01 0.02 0.24 0.36 0.12
C5 0.02 0.02 0.14 0.28 0.01 0.21 0.00 0.46 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.25 0.09 0.74 0.84 1.25 0.88
C5' 0.12 0.24 0.18 0.05 0.40 0.01 0.46 0.00 0.41 0.25 0.31 0.44 0.20 0.11 0.18 0.02 0.01 0.31 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.23 0.01 0.20 0.01 0.41 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.19 0.12 0.66 0.71 0.99 0.74
N1 0.01 0.01 0.04 0.19 0.02 0.09 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.12 0.02 0.44 0.49 0.69 0.43
N3 0.03 0.01 0.14 0.32 0.01 0.12 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.24 0.25 0.07 0.53 0.59 0.92 0.52
N4 0.03 0.02 0.10 0.34 0.01 0.18 0.01 0.44 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.31 0.31 0.04 0.70 0.79 1.31 0.82
O2 0.05 0.01 0.31 0.28 0.02 0.12 0.02 0.20 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.24 0.26 0.17 0.37 0.61 0.56 0.31
O2' 0.03 0.19 0.01 0.03 0.28 0.23 0.30 0.11 0.26 0.15 0.24 0.31 0.24 0.00 0.10 0.17 0.19 0.32 0.72 0.32
O3' 0.21 0.20 0.04 0.01 0.26 0.04 0.25 0.18 0.19 0.12 0.25 0.31 0.26 0.10 0.00 0.18 0.33 0.61 0.47 0.35
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.07 0.04 0.17 0.17 0.18 0.00 0.25 0.49 0.39 0.35
O5' 0.22 0.43 0.30 0.32 0.66 0.02 0.74 0.01 0.66 0.44 0.53 0.70 0.37 0.19 0.33 0.25 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.40 0.53 0.37 0.41 0.72 0.24 0.84 0.31 0.71 0.49 0.59 0.79 0.61 0.32 0.61 0.49 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.70 0.68 0.44 1.16 0.36 1.25 0.37 0.99 0.69 0.92 1.31 0.56 0.72 0.47 0.39 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.37 0.38 0.28 0.73 0.12 0.88 0.02 0.74 0.43 0.52 0.82 0.31 0.32 0.35 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.92 2.66 0.86 0.59 1.86 0.77 1.88 1.20 2.25 1.16 2.60 2.99 2.28 1.47 1.29 0.96 0.75 0.93 1.20 2.25 1.87 1.48 1.50
C2 0.91 3.20 0.79 0.62 2.25 0.73 2.49 1.21 3.04 1.54 3.36 3.51 2.61 2.05 1.53 0.83 0.75 0.85 1.37 3.15 2.14 1.94 1.78
C2' 1.05 2.60 0.79 0.60 1.83 0.93 1.87 1.31 2.26 1.19 2.59 2.95 2.22 1.48 1.32 0.86 0.57 1.16 1.33 2.30 2.03 1.55 1.61
C3' 0.85 2.13 0.71 0.42 1.51 0.70 1.55 1.00 1.87 0.97 2.13 2.40 1.83 1.24 1.07 0.83 0.54 0.95 0.99 1.91 1.57 1.18 1.22
C4 0.80 2.91 0.72 0.65 2.19 0.69 2.60 1.23 3.11 1.75 3.20 3.07 2.36 2.32 1.53 0.88 0.72 0.72 1.60 3.29 2.33 2.40 2.08
C4' 0.60 1.74 0.80 0.58 1.16 0.51 1.13 0.92 1.39 0.68 1.66 2.03 1.51 0.88 0.76 1.07 0.87 0.62 0.97 1.40 1.60 1.20 1.24
C5 0.78 2.45 0.74 0.64 1.96 0.64 2.23 1.14 2.54 1.57 2.61 2.55 2.10 1.99 1.42 0.92 0.73 0.72 1.48 2.63 1.99 2.06 1.81
C5' 0.60 1.17 0.95 0.82 0.79 0.46 0.78 0.67 0.92 0.61 1.09 1.39 1.04 0.70 0.59 1.23 1.13 0.47 0.81 0.94 1.33 1.06 1.03
C6 0.80 2.35 0.77 0.60 1.84 0.62 1.96 1.03 2.24 1.31 2.41 2.47 2.06 1.66 1.32 0.88 0.74 0.79 1.22 2.26 1.68 1.60 1.46
N1 0.88 2.78 0.81 0.60 2.02 0.70 2.14 1.13 2.54 1.34 2.82 3.02 2.37 1.74 1.40 0.86 0.75 0.86 1.24 2.56 1.86 1.64 1.54
N3 0.86 3.22 0.74 0.63 2.31 0.71 2.68 1.24 3.30 1.71 3.52 3.46 2.57 2.30 1.57 0.83 0.74 0.78 1.52 3.49 2.32 2.26 2.00
N4 0.78 2.93 0.71 0.67 2.19 0.73 2.73 1.34 3.31 1.89 3.31 3.14 2.32 2.53 1.55 0.95 0.70 0.71 1.80 3.63 2.63 2.82 2.40
O2 0.96 3.40 0.83 0.62 2.30 0.78 2.52 1.27 3.15 1.53 3.55 3.83 2.72 2.04 1.55 0.84 0.75 0.90 1.39 3.28 2.23 1.93 1.82
O2' 1.19 2.85 0.91 0.64 1.98 0.99 1.99 1.42 2.40 1.32 2.80 3.28 2.44 1.59 1.45 1.01 0.53 1.22 1.46 2.43 2.32 1.75 1.84
O3' 0.96 2.17 0.74 0.43 1.56 0.72 1.61 0.97 1.94 1.07 2.18 2.46 1.87 1.33 1.15 0.87 0.49 1.01 0.98 2.00 1.58 1.23 1.23
O4' 0.84 2.08 1.02 0.75 1.48 0.76 1.42 1.11 1.67 0.91 1.97 2.35 1.85 1.10 1.05 1.21 1.00 0.81 1.08 1.64 1.66 1.27 1.33
O5' 0.77 1.07 1.24 1.19 0.88 0.71 0.91 0.69 0.99 0.86 1.06 1.19 0.98 0.91 0.80 1.33 1.51 0.53 0.77 1.02 1.13 0.91 0.86
OP1 1.08 0.58 1.44 1.65 0.79 1.29 0.91 1.29 0.78 1.25 0.60 0.67 0.64 1.19 1.01 1.41 2.02 1.00 1.35 0.87 1.69 1.51 1.43
OP2 1.06 1.03 1.46 1.62 1.18 1.22 1.38 1.32 1.37 1.46 1.20 0.92 0.98 1.53 1.22 1.30 1.79 0.93 1.41 1.48 1.68 1.64 1.49
P 1.03 0.60 1.49 1.67 0.82 1.20 0.92 1.13 0.83 1.18 0.68 0.58 0.66 1.13 0.99 1.41 2.02 0.88 1.16 0.90 1.40 1.24 1.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.26 0.01 0.24 0.03 0.30 0.38 0.24
C2 0.04 0.00 0.40 0.39 0.02 0.23 0.01 0.41 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.45 0.28 0.55 0.02 0.71 0.77 0.63
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.17 0.18 0.20 0.30 0.48 0.39 0.12 0.04 0.01 0.04 0.02 0.43 0.14 0.54 0.54 0.45
C3' 0.02 0.39 0.01 0.00 0.27 0.01 0.30 0.03 0.34 0.33 0.37 0.45 0.35 0.34 0.20 0.03 0.01 0.03 0.30 0.35 0.46 0.30 0.26
C4 0.02 0.02 0.20 0.27 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.24 0.15 0.40 0.02 0.51 0.57 0.41
C4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.12 0.00 0.13 0.01 0.14 0.23 0.18 0.30 0.22 0.20 0.09 0.26 0.03 0.01 0.02 0.15 0.20 0.30 0.09
C5 0.02 0.01 0.11 0.30 0.01 0.13 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.20 0.07 0.48 0.02 0.61 0.73 0.53
C5' 0.08 0.41 0.17 0.03 0.21 0.01 0.21 0.00 0.25 0.34 0.34 0.53 0.37 0.32 0.14 0.11 0.19 0.02 0.01 0.26 0.20 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.34 0.01 0.14 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.34 0.26 0.13 0.49 0.01 0.66 0.76 0.55
C8 0.02 0.02 0.20 0.33 0.01 0.23 0.01 0.34 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.34 0.23 0.16 0.62 0.03 0.68 0.84 0.67
N1 0.04 0.01 0.30 0.37 0.02 0.18 0.01 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.37 0.22 0.51 0.01 0.68 0.75 0.57
N2 0.05 0.01 0.48 0.45 0.02 0.30 0.01 0.53 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.47 0.57 0.33 0.67 0.02 0.88 0.95 0.80
N3 0.04 0.01 0.39 0.35 0.01 0.22 0.01 0.37 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.35 0.43 0.27 0.50 0.02 0.62 0.66 0.54
N7 0.02 0.01 0.12 0.34 0.01 0.20 0.00 0.32 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.23 0.09 0.62 0.03 0.75 0.93 0.71
N9 0.01 0.02 0.04 0.20 0.01 0.09 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.12 0.02 0.38 0.02 0.44 0.53 0.38
O2' 0.02 0.38 0.01 0.03 0.25 0.26 0.31 0.11 0.34 0.34 0.35 0.47 0.35 0.36 0.19 0.00 0.10 0.18 0.30 0.37 0.45 0.59 0.38
O3' 0.26 0.45 0.04 0.01 0.24 0.03 0.20 0.19 0.26 0.23 0.37 0.57 0.43 0.23 0.12 0.10 0.00 0.18 0.33 0.27 0.61 0.42 0.38
O4' 0.01 0.28 0.02 0.03 0.15 0.01 0.07 0.02 0.13 0.16 0.22 0.33 0.27 0.09 0.02 0.18 0.18 0.00 0.17 0.10 0.23 0.38 0.24
O5' 0.24 0.55 0.43 0.30 0.40 0.02 0.48 0.01 0.49 0.62 0.51 0.67 0.50 0.62 0.38 0.30 0.33 0.17 0.00 0.54 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.14 0.35 0.02 0.15 0.02 0.26 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.37 0.27 0.10 0.54 0.00 0.74 0.86 0.62
OP1 0.30 0.71 0.54 0.46 0.51 0.20 0.61 0.20 0.66 0.68 0.68 0.88 0.62 0.75 0.44 0.45 0.61 0.23 0.02 0.74 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.77 0.54 0.30 0.57 0.30 0.73 0.32 0.76 0.84 0.75 0.95 0.66 0.93 0.53 0.59 0.42 0.38 0.03 0.86 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.63 0.45 0.26 0.41 0.09 0.53 0.02 0.55 0.67 0.57 0.80 0.54 0.71 0.38 0.38 0.38 0.24 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00