ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 33657

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 0, 3, 3, 0, 0, 6, 21, 1, 14, 3, 7, 18, 15, 48, 51, 15, 0, 5, 112,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.462, 0.839, 1.216, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.839 std_dev=0.377
C4 B 0, 0.267, 0.663, 1.059, 1.961 max_d=1.961 avg_d=0.663 std_dev=0.396
N9 B 0, 0.477, 0.881, 1.285, 2.799 max_d=2.799 avg_d=0.881 std_dev=0.404
N1 A 0, 0.497, 0.960, 1.423, 2.107 max_d=2.107 avg_d=0.960 std_dev=0.463
C5 A 0, 0.817, 1.302, 1.788, 2.724 max_d=2.724 avg_d=1.302 std_dev=0.485
C1' B 0, 0.626, 1.176, 1.726, 3.608 max_d=3.608 avg_d=1.176 std_dev=0.550
C2 A 0, 0.510, 1.107, 1.705, 3.084 max_d=3.084 avg_d=1.107 std_dev=0.597
N3 B 0, 1.015, 1.620, 2.225, 3.861 max_d=3.861 avg_d=1.620 std_dev=0.605
O2 A 0, 0.846, 1.562, 2.277, 4.069 max_d=4.069 avg_d=1.562 std_dev=0.716
C5 B 0, 0.755, 1.514, 2.273, 3.521 max_d=3.521 avg_d=1.514 std_dev=0.759
N3 A 0, 0.689, 1.502, 2.315, 4.383 max_d=4.383 avg_d=1.502 std_dev=0.813
C4 A 0, 0.879, 1.698, 2.516, 4.188 max_d=4.188 avg_d=1.698 std_dev=0.819
N1 B 0, 1.046, 1.899, 2.753, 3.829 max_d=3.829 avg_d=1.899 std_dev=0.854
C1' A 0, 0.892, 1.762, 2.633, 3.880 max_d=3.880 avg_d=1.762 std_dev=0.871
C8 B 0, 1.227, 2.104, 2.981, 4.716 max_d=4.716 avg_d=2.104 std_dev=0.877
C2 B 0, 1.206, 2.087, 2.968, 4.572 max_d=4.572 avg_d=2.087 std_dev=0.881
O4' B 0, 1.385, 2.368, 3.350, 6.184 max_d=6.184 avg_d=2.368 std_dev=0.983
C2' B 0, 0.725, 1.779, 2.833, 5.308 max_d=5.308 avg_d=1.779 std_dev=1.054
N7 B 0, 1.468, 2.530, 3.593, 5.125 max_d=5.125 avg_d=2.530 std_dev=1.063
C6 B 0, 0.708, 1.815, 2.922, 3.908 max_d=3.908 avg_d=1.815 std_dev=1.107
C2' A 0, 1.257, 2.387, 3.517, 5.841 max_d=5.841 avg_d=2.387 std_dev=1.130
O2' B 0, 1.369, 2.630, 3.890, 6.636 max_d=6.636 avg_d=2.630 std_dev=1.261
C4' B 0, 1.711, 3.003, 4.295, 7.852 max_d=7.852 avg_d=3.003 std_dev=1.292
N2 B 0, 2.023, 3.333, 4.642, 6.957 max_d=6.957 avg_d=3.333 std_dev=1.310
O4' A 0, 0.743, 2.059, 3.374, 5.840 max_d=5.840 avg_d=2.059 std_dev=1.316
N4 A 0, 1.212, 2.539, 3.867, 6.644 max_d=6.644 avg_d=2.539 std_dev=1.328
O2' A 0, 1.820, 3.227, 4.633, 7.566 max_d=7.566 avg_d=3.227 std_dev=1.406
C3' B 0, 1.277, 2.738, 4.200, 7.062 max_d=7.062 avg_d=2.738 std_dev=1.461
O6 B 0, 1.189, 2.719, 4.249, 5.780 max_d=5.780 avg_d=2.719 std_dev=1.530
C3' A 0, 1.037, 2.665, 4.293, 7.888 max_d=7.888 avg_d=2.665 std_dev=1.628
O3' B 0, 1.642, 3.423, 5.205, 7.561 max_d=7.561 avg_d=3.423 std_dev=1.782
C4' A 0, 0.695, 2.539, 4.383, 8.063 max_d=8.063 avg_d=2.539 std_dev=1.844
C5' B 0, 2.322, 4.261, 6.200, 10.085 max_d=10.085 avg_d=4.261 std_dev=1.939
O5' A 0, 0.574, 2.514, 4.453, 10.289 max_d=10.289 avg_d=2.514 std_dev=1.940
C5' A 0, 0.774, 2.758, 4.742, 9.677 max_d=9.677 avg_d=2.758 std_dev=1.984
O3' A 0, 1.673, 3.773, 5.873, 9.781 max_d=9.781 avg_d=3.773 std_dev=2.100
P A 0, 0.715, 2.913, 5.112, 11.793 max_d=11.793 avg_d=2.913 std_dev=2.198
OP2 A 0, 1.310, 3.545, 5.780, 12.617 max_d=12.617 avg_d=3.545 std_dev=2.235
O5' B 0, 2.299, 4.580, 6.860, 10.675 max_d=10.675 avg_d=4.580 std_dev=2.280
OP1 A 0, 0.971, 3.349, 5.728, 13.479 max_d=13.479 avg_d=3.349 std_dev=2.379
P B 0, 3.208, 6.044, 8.879, 13.033 max_d=13.033 avg_d=6.044 std_dev=2.835
OP1 B 0, 3.555, 6.613, 9.672, 14.522 max_d=14.522 avg_d=6.613 std_dev=3.059
OP2 B 0, 3.429, 6.546, 9.662, 13.320 max_d=13.320 avg_d=6.546 std_dev=3.116

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.18 0.01 0.24 0.44 0.43 0.26
C2 0.03 0.00 0.15 0.23 0.01 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.19 0.12 0.41 0.76 0.69 0.50
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.06 0.02 0.12 0.13 0.15 0.04 0.12 0.07 0.27 0.01 0.03 0.01 0.27 0.38 0.43 0.28
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.25 0.01 0.30 0.02 0.29 0.16 0.25 0.27 0.35 0.02 0.01 0.02 0.29 0.39 0.36 0.24
C4 0.02 0.01 0.06 0.25 0.00 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.18 0.04 0.62 1.05 1.08 0.76
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.22 0.07 0.13 0.13 0.27 0.20 0.03 0.01 0.02 0.25 0.29 0.09
C5 0.02 0.01 0.12 0.30 0.01 0.20 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.26 0.11 0.74 1.08 1.21 0.87
C5' 0.06 0.24 0.13 0.02 0.22 0.01 0.32 0.00 0.32 0.13 0.23 0.24 0.40 0.09 0.15 0.02 0.01 0.31 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.29 0.01 0.22 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.24 0.14 0.69 0.88 1.00 0.74
N1 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.09 0.02 0.43 0.67 0.68 0.47
N3 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.17 0.09 0.50 0.92 0.87 0.62
N4 0.02 0.02 0.07 0.27 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.25 0.21 0.04 0.67 1.16 1.21 0.84
O2 0.05 0.01 0.27 0.35 0.02 0.27 0.02 0.40 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.25 0.37 0.21 0.39 0.71 0.61 0.48
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.23 0.20 0.26 0.09 0.24 0.13 0.20 0.25 0.25 0.00 0.06 0.14 0.17 0.36 0.42 0.22
O3' 0.18 0.19 0.03 0.01 0.18 0.03 0.26 0.15 0.24 0.09 0.17 0.21 0.37 0.06 0.00 0.12 0.33 0.60 0.54 0.35
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.04 0.01 0.11 0.02 0.14 0.02 0.09 0.04 0.21 0.14 0.12 0.00 0.24 0.44 0.41 0.27
O5' 0.24 0.41 0.27 0.29 0.62 0.02 0.74 0.01 0.69 0.43 0.50 0.67 0.39 0.17 0.33 0.24 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.44 0.76 0.38 0.39 1.05 0.25 1.08 0.31 0.88 0.67 0.92 1.16 0.71 0.36 0.60 0.44 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.69 0.43 0.36 1.08 0.29 1.21 0.34 1.00 0.68 0.87 1.21 0.61 0.42 0.54 0.41 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.50 0.28 0.24 0.76 0.09 0.87 0.02 0.74 0.47 0.62 0.84 0.48 0.22 0.35 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.63 2.75 0.71 1.04 1.69 1.34 2.01 1.70 2.62 1.24 2.93 3.20 2.08 1.71 1.03 1.05 1.52 1.09 1.49 2.84 1.90 1.69 1.69
C2 0.55 2.59 0.61 0.70 1.65 1.20 2.03 1.59 2.65 1.26 2.87 2.94 1.95 1.75 1.01 1.11 1.17 1.09 1.34 2.92 1.58 1.64 1.51
C2' 0.69 2.54 0.74 1.12 1.48 1.41 1.80 1.74 2.39 1.24 2.71 3.07 1.90 1.62 0.92 1.02 1.61 1.22 1.52 2.66 1.95 1.76 1.73
C3' 0.92 2.31 0.94 1.35 1.39 1.55 1.69 1.78 2.19 1.33 2.44 2.81 1.76 1.63 1.00 1.17 1.82 1.36 1.62 2.47 2.00 1.81 1.80
C4 0.63 2.03 0.60 0.54 1.48 1.21 1.87 1.59 2.24 1.33 2.26 2.19 1.62 1.75 1.04 1.15 0.88 1.24 1.39 2.45 1.45 1.71 1.50
C4' 0.84 2.45 0.91 1.41 1.55 1.55 1.90 1.86 2.40 1.40 2.61 2.92 1.89 1.80 1.08 1.06 1.85 1.26 1.76 2.69 2.20 1.97 1.97
C5 0.58 1.82 0.55 0.55 1.35 1.24 1.62 1.53 1.91 1.15 1.98 1.94 1.48 1.47 0.94 1.15 0.92 1.25 1.25 2.03 1.30 1.44 1.33
C5' 1.01 2.17 1.06 1.58 1.50 1.66 1.85 1.92 2.23 1.56 2.33 2.54 1.72 1.91 1.20 1.12 1.96 1.38 1.88 2.51 2.23 2.10 2.05
C6 0.58 2.16 0.62 0.79 1.48 1.27 1.73 1.55 2.12 1.14 2.30 2.38 1.72 1.51 0.96 1.12 1.22 1.16 1.27 2.24 1.44 1.43 1.38
N1 0.57 2.53 0.63 0.84 1.61 1.27 1.93 1.60 2.48 1.19 2.73 2.87 1.94 1.64 0.99 1.09 1.31 1.10 1.34 2.66 1.61 1.55 1.49
N3 0.61 2.38 0.61 0.58 1.60 1.17 2.03 1.58 2.57 1.36 2.67 2.65 1.82 1.85 1.06 1.14 1.00 1.14 1.38 2.86 1.52 1.76 1.53
N4 0.78 1.90 0.69 0.64 1.50 1.25 1.91 1.69 2.20 1.51 2.12 2.02 1.58 1.93 1.16 1.17 0.85 1.32 1.60 2.45 1.64 2.01 1.73
O2 0.55 2.77 0.62 0.74 1.70 1.20 2.11 1.61 2.82 1.29 3.09 3.21 2.06 1.81 1.03 1.10 1.23 1.05 1.38 3.15 1.69 1.71 1.58
O2' 0.66 2.79 0.77 1.15 1.62 1.39 1.94 1.79 2.61 1.27 2.98 3.39 2.08 1.70 0.98 1.02 1.61 1.15 1.62 2.90 2.17 1.94 1.91
O3' 1.07 2.35 1.08 1.47 1.45 1.61 1.75 1.83 2.25 1.48 2.49 2.88 1.81 1.74 1.12 1.27 1.91 1.44 1.73 2.56 2.15 1.97 1.93
O4' 0.82 2.73 0.85 1.24 1.78 1.45 2.09 1.80 2.62 1.40 2.88 3.17 2.14 1.85 1.19 1.08 1.66 1.16 1.65 2.84 2.07 1.83 1.85
O5' 1.19 1.78 1.24 1.71 1.29 1.80 1.59 1.91 1.88 1.46 1.92 2.07 1.45 1.70 1.15 1.37 2.14 1.54 1.79 2.15 2.01 1.84 1.86
OP1 1.46 1.45 1.62 2.14 1.24 2.14 1.50 2.30 1.67 1.63 1.59 1.67 1.26 1.74 1.33 1.69 2.36 1.76 2.25 1.95 2.52 2.36 2.36
OP2 1.77 1.62 1.72 1.85 1.65 1.93 1.83 1.93 1.87 1.95 1.74 1.64 1.58 2.04 1.72 1.91 2.04 1.91 1.86 2.03 1.99 1.97 1.90
P 1.40 1.42 1.52 1.99 1.24 1.95 1.49 2.00 1.65 1.57 1.57 1.60 1.25 1.71 1.28 1.60 2.35 1.67 1.91 1.90 2.08 1.93 1.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.36 0.03 0.46 0.48 0.34
C2 0.06 0.00 0.49 0.89 0.01 0.66 0.01 1.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.70 0.38 1.43 0.02 2.30 1.96 1.82
C2' 0.01 0.49 0.00 0.01 0.24 0.02 0.10 0.21 0.19 0.26 0.36 0.60 0.49 0.17 0.03 0.01 0.05 0.03 0.52 0.14 0.62 0.66 0.49
C3' 0.02 0.89 0.01 0.00 0.47 0.01 0.38 0.02 0.50 0.43 0.72 1.09 0.84 0.37 0.21 0.02 0.01 0.03 0.27 0.47 0.67 0.35 0.33
C4 0.03 0.01 0.24 0.47 0.00 0.32 0.01 0.53 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.30 0.28 0.20 0.76 0.02 1.21 0.95 0.86
C4' 0.01 0.66 0.02 0.01 0.32 0.00 0.24 0.01 0.34 0.36 0.53 0.83 0.62 0.28 0.12 0.28 0.04 0.01 0.02 0.31 0.31 0.27 0.11
C5 0.02 0.01 0.10 0.38 0.01 0.24 0.00 0.46 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.17 0.10 0.69 0.02 1.10 0.96 0.80
C5' 0.10 1.08 0.21 0.02 0.53 0.01 0.46 0.00 0.62 0.64 0.90 1.37 0.96 0.56 0.28 0.11 0.22 0.02 0.01 0.59 0.22 0.28 0.03
C6 0.03 0.01 0.19 0.50 0.01 0.34 0.01 0.62 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.40 0.28 0.18 0.88 0.01 1.46 1.25 1.07
C8 0.02 0.02 0.26 0.43 0.01 0.36 0.01 0.64 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.39 0.20 0.92 0.03 0.97 1.24 1.05
N1 0.04 0.01 0.36 0.72 0.02 0.53 0.01 0.90 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.40 0.52 0.30 1.21 0.01 2.00 1.74 1.55
N2 0.08 0.01 0.60 1.09 0.02 0.83 0.02 1.37 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.46 0.94 0.45 1.76 0.03 2.92 2.50 2.35
N3 0.05 0.01 0.49 0.84 0.01 0.62 0.01 0.96 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.36 0.64 0.37 1.25 0.02 1.94 1.55 1.51
N7 0.02 0.01 0.17 0.37 0.01 0.28 0.00 0.56 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.32 0.11 0.81 0.03 1.04 1.19 0.98
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.12 0.01 0.28 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.22 0.17 0.02 0.51 0.03 0.67 0.67 0.53
O2' 0.02 0.40 0.01 0.02 0.30 0.28 0.36 0.11 0.40 0.35 0.40 0.46 0.36 0.39 0.22 0.00 0.09 0.20 0.43 0.43 0.62 0.72 0.45
O3' 0.33 0.70 0.05 0.01 0.28 0.04 0.17 0.22 0.28 0.39 0.52 0.94 0.64 0.32 0.17 0.09 0.00 0.21 0.35 0.25 0.92 0.49 0.52
O4' 0.01 0.38 0.03 0.03 0.20 0.01 0.10 0.02 0.18 0.20 0.30 0.45 0.37 0.11 0.02 0.20 0.21 0.00 0.31 0.14 0.35 0.42 0.32
O5' 0.36 1.43 0.52 0.27 0.76 0.02 0.69 0.01 0.88 0.92 1.21 1.76 1.25 0.81 0.51 0.43 0.35 0.31 0.00 0.84 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.14 0.47 0.02 0.31 0.02 0.59 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.43 0.25 0.14 0.84 0.00 1.42 1.23 1.04
OP1 0.46 2.30 0.62 0.67 1.21 0.31 1.10 0.22 1.46 0.97 2.00 2.92 1.94 1.04 0.67 0.62 0.92 0.35 0.02 1.42 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 1.96 0.66 0.35 0.95 0.27 0.96 0.28 1.25 1.24 1.74 2.50 1.55 1.19 0.67 0.72 0.49 0.42 0.02 1.23 0.02 0.00 0.01
P 0.34 1.82 0.49 0.33 0.86 0.11 0.80 0.03 1.07 1.05 1.55 2.35 1.51 0.98 0.53 0.45 0.52 0.32 0.01 1.04 0.01 0.01 0.00