ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 34676

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 9, 1, 1, 2, 3, 4, 7, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.072, 0.256, 0.440, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.256 std_dev=0.184
C6 A 0, 0.099, 0.287, 0.476, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.287 std_dev=0.189
N1 A 0, 0.102, 0.291, 0.480, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.291 std_dev=0.189
C2 A 0, 0.080, 0.314, 0.548, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.314 std_dev=0.234
N1 B 0, 0.096, 0.344, 0.592, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.344 std_dev=0.248
N3 A 0, 0.094, 0.366, 0.638, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.366 std_dev=0.272
N3 B 0, 0.046, 0.334, 0.623, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.334 std_dev=0.288
C2 B 0, 0.070, 0.368, 0.667, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.368 std_dev=0.298
N9 B 0, 0.152, 0.480, 0.809, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.480 std_dev=0.328
C4 A 0, 0.125, 0.513, 0.902, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.513 std_dev=0.389
C5 A 0, 0.084, 0.474, 0.863, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.474 std_dev=0.389
C5 B 0, 0.062, 0.469, 0.875, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.469 std_dev=0.406
C6 B 0, 0.015, 0.446, 0.876, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.446 std_dev=0.430
C1' B 0, 0.147, 0.590, 1.034, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.590 std_dev=0.444
C1' A 0, 0.153, 0.602, 1.051, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.602 std_dev=0.449
O4' A 0, 0.138, 0.599, 1.060, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.599 std_dev=0.461
O2 A 0, 0.068, 0.536, 1.004, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.536 std_dev=0.468
C3' A 0, 0.163, 0.661, 1.158, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.661 std_dev=0.497
C4' A 0, 0.094, 0.598, 1.102, 1.961 max_d=1.961 avg_d=0.598 std_dev=0.504
C8 B 0, 0.195, 0.782, 1.369, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.782 std_dev=0.587
N4 A 0, 0.207, 0.827, 1.447, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.827 std_dev=0.620
O5' A 0, 0.273, 0.920, 1.567, 2.817 max_d=2.817 avg_d=0.920 std_dev=0.647
N7 B 0, 0.121, 0.814, 1.507, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.814 std_dev=0.693
O3' A 0, 0.122, 0.820, 1.519, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.820 std_dev=0.699
O2' B 0, 0.138, 0.867, 1.595, 2.577 max_d=2.577 avg_d=0.867 std_dev=0.729
N6 B 0, -0.007, 0.741, 1.490, 2.507 max_d=2.507 avg_d=0.741 std_dev=0.749
C2' B 0, 0.064, 0.821, 1.578, 2.360 max_d=2.360 avg_d=0.821 std_dev=0.757
C5' A 0, 0.180, 0.993, 1.806, 3.334 max_d=3.334 avg_d=0.993 std_dev=0.813
C2' A 0, 0.137, 1.000, 1.864, 2.429 max_d=2.429 avg_d=1.000 std_dev=0.864
P A 0, 0.330, 1.222, 2.115, 4.414 max_d=4.414 avg_d=1.222 std_dev=0.892
O4' B 0, 0.166, 1.208, 2.249, 3.133 max_d=3.133 avg_d=1.208 std_dev=1.041
C3' B 0, 0.090, 1.399, 2.708, 4.058 max_d=4.058 avg_d=1.399 std_dev=1.309
C4' B 0, 0.135, 1.545, 2.954, 4.353 max_d=4.353 avg_d=1.545 std_dev=1.409
O3' B 0, 0.174, 1.696, 3.218, 4.866 max_d=4.866 avg_d=1.696 std_dev=1.522
OP1 A 0, 0.521, 2.090, 3.659, 5.453 max_d=5.453 avg_d=2.090 std_dev=1.569
O2' A 0, 0.359, 2.033, 3.708, 4.263 max_d=4.263 avg_d=2.033 std_dev=1.675
OP2 A 0, 0.766, 2.624, 4.482, 6.972 max_d=6.972 avg_d=2.624 std_dev=1.858
C5' B 0, 0.173, 2.294, 4.414, 6.517 max_d=6.517 avg_d=2.294 std_dev=2.120
O5' B 0, 0.468, 2.781, 5.093, 6.550 max_d=6.550 avg_d=2.781 std_dev=2.313
OP2 B 0, 0.479, 3.216, 5.954, 8.121 max_d=8.121 avg_d=3.216 std_dev=2.737
P B 0, 0.386, 3.173, 5.961, 7.629 max_d=7.629 avg_d=3.173 std_dev=2.787
OP1 B 0, 0.576, 3.861, 7.146, 9.399 max_d=9.399 avg_d=3.861 std_dev=3.285

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.09 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.33 0.01 0.21 0.65 0.35 0.22
C2 0.03 0.00 0.22 0.29 0.02 0.06 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.22 0.16 0.31 0.95 0.74 0.31
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.05 0.02 0.18 0.23 0.24 0.03 0.16 0.06 0.41 0.01 0.05 0.02 0.59 0.79 0.40 0.61
C3' 0.02 0.29 0.00 0.00 0.38 0.01 0.36 0.02 0.30 0.23 0.36 0.42 0.26 0.03 0.01 0.03 0.30 0.27 0.19 0.23
C4 0.03 0.02 0.05 0.38 0.00 0.15 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.39 0.21 0.06 0.44 1.15 1.09 0.41
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.20 0.09 0.08 0.16 0.11 0.33 0.04 0.01 0.02 0.15 0.27 0.07
C5 0.03 0.02 0.18 0.36 0.01 0.21 0.00 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.48 0.24 0.11 0.48 1.15 1.09 0.42
C5' 0.09 0.14 0.23 0.02 0.22 0.01 0.26 0.00 0.23 0.13 0.17 0.25 0.16 0.12 0.23 0.02 0.01 0.19 0.43 0.02
C6 0.02 0.01 0.24 0.30 0.01 0.20 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.44 0.18 0.16 0.43 1.02 0.82 0.34
N1 0.02 0.01 0.03 0.23 0.02 0.09 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.23 0.15 0.03 0.30 0.89 0.63 0.26
N3 0.03 0.01 0.16 0.36 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.20 0.13 0.37 1.07 0.94 0.37
N4 0.04 0.02 0.06 0.42 0.01 0.16 0.02 0.25 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.43 0.26 0.07 0.48 1.21 1.24 0.47
O2 0.05 0.01 0.41 0.26 0.02 0.11 0.02 0.16 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.24 0.35 0.26 0.28 0.87 0.63 0.32
O2' 0.02 0.17 0.01 0.03 0.39 0.33 0.48 0.12 0.44 0.23 0.26 0.43 0.24 0.00 0.10 0.23 0.42 0.59 0.36 0.47
O3' 0.33 0.22 0.05 0.01 0.21 0.04 0.24 0.23 0.18 0.15 0.20 0.26 0.35 0.10 0.00 0.23 0.24 0.48 0.23 0.25
O4' 0.01 0.16 0.02 0.03 0.06 0.01 0.11 0.02 0.16 0.03 0.13 0.07 0.26 0.23 0.23 0.00 0.13 0.40 0.39 0.20
O5' 0.21 0.31 0.59 0.30 0.44 0.02 0.48 0.01 0.43 0.30 0.37 0.48 0.28 0.42 0.24 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.65 0.95 0.79 0.27 1.15 0.15 1.15 0.19 1.02 0.89 1.07 1.21 0.87 0.59 0.48 0.40 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.74 0.40 0.19 1.09 0.27 1.09 0.43 0.82 0.63 0.94 1.24 0.63 0.36 0.23 0.39 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.31 0.61 0.23 0.41 0.07 0.42 0.02 0.34 0.26 0.37 0.47 0.32 0.47 0.25 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.77 0.41 0.82 1.19 0.45 1.11 0.29 1.40 0.27 0.71 0.38 0.46 0.42 0.49 0.64 0.74 1.21 0.90 1.91 2.28 2.24 2.23
C2 0.72 0.32 0.71 0.96 0.51 0.89 0.50 1.05 0.27 0.83 0.27 0.41 0.23 0.76 0.69 0.64 0.97 0.77 1.55 1.87 1.84 1.78
C2' 0.79 0.99 0.61 0.81 0.80 0.84 0.76 1.07 0.92 0.59 1.01 0.91 0.96 0.53 0.72 0.69 0.85 0.87 1.44 2.11 2.03 1.96
C3' 0.78 0.62 0.87 1.25 0.52 1.20 0.42 1.54 0.55 0.55 0.63 0.60 0.65 0.32 0.60 0.86 1.35 0.95 2.02 2.76 2.50 2.58
C4 0.70 0.36 0.68 0.91 0.53 0.87 0.54 1.04 0.37 0.82 0.31 0.43 0.38 0.77 0.68 0.63 0.94 0.77 1.54 2.01 1.85 1.81
C4' 0.90 0.43 1.02 1.42 0.53 1.41 0.36 1.81 0.32 0.71 0.37 0.54 0.44 0.47 0.72 0.97 1.46 1.12 2.27 2.87 2.43 2.61
C5 0.71 0.34 0.71 0.99 0.49 0.94 0.45 1.15 0.28 0.77 0.28 0.42 0.27 0.67 0.65 0.66 1.02 0.82 1.65 2.17 1.97 1.95
C5' 0.91 0.44 1.01 1.40 0.55 1.40 0.40 1.81 0.32 0.70 0.35 0.56 0.39 0.49 0.72 0.98 1.46 1.13 2.18 2.98 2.36 2.53
C6 0.73 0.35 0.74 1.06 0.46 1.00 0.38 1.25 0.22 0.73 0.30 0.42 0.23 0.60 0.64 0.69 1.10 0.85 1.74 2.26 2.08 2.06
N1 0.74 0.35 0.75 1.06 0.47 0.99 0.38 1.22 0.21 0.76 0.30 0.42 0.25 0.62 0.66 0.69 1.08 0.84 1.73 2.12 2.04 2.01
N3 0.71 0.36 0.68 0.90 0.54 0.84 0.58 0.99 0.39 0.84 0.31 0.44 0.39 0.82 0.69 0.62 0.91 0.75 1.49 1.87 1.79 1.73
N4 0.70 0.41 0.67 0.87 0.56 0.84 0.60 1.00 0.46 0.83 0.38 0.47 0.50 0.81 0.69 0.62 0.90 0.76 1.50 2.00 1.82 1.78
O2 0.72 0.30 0.71 0.94 0.52 0.85 0.52 0.98 0.25 0.85 0.26 0.40 0.23 0.81 0.70 0.62 0.94 0.74 1.46 1.67 1.74 1.64
O2' 1.24 1.33 0.88 0.82 1.24 1.01 1.16 1.05 1.20 0.98 1.28 1.32 1.14 0.96 1.18 1.04 0.76 1.31 1.01 1.59 1.88 1.57
O3' 1.01 0.79 1.17 1.50 0.79 1.36 0.67 1.64 0.66 0.83 0.72 0.83 0.64 0.65 0.88 1.14 1.59 1.11 2.10 2.55 2.56 2.64
O4' 1.03 0.51 1.11 1.47 0.70 1.43 0.57 1.76 0.38 0.96 0.39 0.66 0.40 0.76 0.90 1.01 1.47 1.21 2.26 2.62 2.37 2.48
O5' 0.92 0.44 1.01 1.42 0.57 1.41 0.42 1.83 0.29 0.74 0.33 0.57 0.32 0.52 0.75 0.97 1.48 1.14 2.21 3.08 2.56 2.65
OP1 0.91 0.72 0.96 1.26 0.78 1.25 0.75 1.61 0.72 0.83 0.69 0.78 0.76 0.80 0.83 0.93 1.28 1.08 1.91 2.66 2.19 2.26
OP2 1.09 0.53 1.19 1.61 0.66 1.68 0.53 2.10 0.47 0.86 0.50 0.64 0.58 0.62 0.87 1.19 1.73 1.36 2.45 3.42 2.68 2.82
P 0.93 0.48 1.02 1.41 0.61 1.41 0.47 1.83 0.34 0.76 0.36 0.61 0.32 0.58 0.77 0.98 1.48 1.15 2.17 3.07 2.52 2.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.01 0.37 0.29 0.65 0.26
C2 0.04 0.00 0.31 0.45 0.01 0.44 0.02 0.77 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.28 0.45 0.32 0.91 1.01 1.15 1.00
C2' 0.00 0.31 0.00 0.01 0.16 0.02 0.08 0.08 0.14 0.17 0.24 0.32 0.11 0.11 0.03 0.01 0.02 0.02 0.27 0.32 0.85 0.37
C3' 0.02 0.45 0.01 0.00 0.17 0.01 0.18 0.02 0.19 0.46 0.31 0.45 0.21 0.39 0.16 0.02 0.01 0.02 0.35 0.52 0.90 0.52
C4 0.02 0.01 0.16 0.17 0.00 0.19 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.19 0.18 0.66 0.60 0.84 0.59
C4' 0.01 0.44 0.02 0.01 0.19 0.00 0.12 0.01 0.17 0.36 0.32 0.43 0.15 0.28 0.10 0.17 0.03 0.00 0.02 0.24 0.42 0.11
C5 0.01 0.02 0.08 0.18 0.01 0.12 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.09 0.76 0.70 0.99 0.72
C5' 0.07 0.77 0.08 0.02 0.34 0.01 0.27 0.00 0.35 0.61 0.59 0.72 0.32 0.51 0.21 0.11 0.11 0.02 0.01 0.35 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.19 0.01 0.17 0.01 0.35 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.21 0.16 0.78 0.79 1.00 0.77
C8 0.02 0.02 0.17 0.46 0.01 0.36 0.01 0.61 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.18 0.33 0.17 1.01 0.89 1.31 1.03
N1 0.03 0.01 0.24 0.31 0.01 0.32 0.01 0.59 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.33 0.25 0.84 0.93 1.07 0.90
N3 0.04 0.01 0.32 0.45 0.01 0.43 0.01 0.72 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.27 0.43 0.31 0.83 0.86 1.00 0.86
N6 0.02 0.02 0.11 0.21 0.01 0.15 0.01 0.32 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.20 0.22 0.12 0.83 0.87 1.11 0.86
N7 0.02 0.02 0.11 0.39 0.01 0.28 0.01 0.51 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.18 0.30 0.09 0.99 0.94 1.32 1.05
N9 0.01 0.02 0.03 0.16 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.09 0.02 0.62 0.47 0.86 0.52
O2' 0.02 0.28 0.01 0.02 0.17 0.17 0.17 0.11 0.20 0.18 0.24 0.27 0.20 0.18 0.10 0.00 0.07 0.14 0.22 0.42 0.77 0.33
O3' 0.13 0.45 0.02 0.01 0.19 0.03 0.16 0.11 0.21 0.33 0.33 0.43 0.22 0.30 0.09 0.07 0.00 0.09 0.51 0.80 0.99 0.69
O4' 0.01 0.32 0.02 0.02 0.18 0.00 0.09 0.02 0.16 0.17 0.25 0.31 0.12 0.09 0.02 0.14 0.09 0.00 0.39 0.44 0.43 0.28
O5' 0.37 0.91 0.27 0.35 0.66 0.02 0.76 0.01 0.78 1.01 0.84 0.83 0.83 0.99 0.62 0.22 0.51 0.39 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.29 1.01 0.32 0.52 0.60 0.24 0.70 0.35 0.79 0.89 0.93 0.86 0.87 0.94 0.47 0.42 0.80 0.44 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.65 1.15 0.85 0.90 0.84 0.42 0.99 0.28 1.00 1.31 1.07 1.00 1.11 1.32 0.86 0.77 0.99 0.43 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 1.00 0.37 0.52 0.59 0.11 0.72 0.02 0.77 1.03 0.90 0.86 0.86 1.05 0.52 0.33 0.69 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00