ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 34715

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.034, 0.103, 0.171, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.103 std_dev=0.069
N1 A 0, 0.027, 0.142, 0.256, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.142 std_dev=0.114
N3 B 0, 0.009, 0.136, 0.262, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.136 std_dev=0.126
C2 B 0, 0.049, 0.177, 0.305, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.177 std_dev=0.128
C6 A 0, 0.057, 0.194, 0.331, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.137
C1' B 0, 0.078, 0.217, 0.355, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.217 std_dev=0.138
C2 A 0, 0.039, 0.190, 0.340, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.190 std_dev=0.151
C6 B 0, 0.059, 0.219, 0.379, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.219 std_dev=0.160
C4 B 0, 0.036, 0.205, 0.375, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.205 std_dev=0.169
C5 A 0, 0.125, 0.341, 0.556, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.341 std_dev=0.216
N3 A 0, 0.099, 0.340, 0.580, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.340 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.033, 0.277, 0.522, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.277 std_dev=0.245
O4 B 0, 0.043, 0.293, 0.543, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.293 std_dev=0.250
C1' A 0, 0.065, 0.343, 0.620, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.343 std_dev=0.278
O2 B 0, 0.054, 0.344, 0.634, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.344 std_dev=0.290
C4 A 0, 0.109, 0.412, 0.714, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.412 std_dev=0.302
O2 A 0, 0.025, 0.334, 0.642, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.334 std_dev=0.308
O4' A 0, 0.021, 0.392, 0.763, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.392 std_dev=0.371
O4' B 0, 0.127, 0.629, 1.131, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.629 std_dev=0.502
N4 A 0, 0.173, 0.677, 1.181, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.677 std_dev=0.504
C2' B 0, 0.237, 0.816, 1.395, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.816 std_dev=0.579
C4' A 0, 0.082, 0.710, 1.337, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.710 std_dev=0.627
C2' A 0, 0.084, 0.724, 1.364, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.724 std_dev=0.640
O2' B 0, 0.350, 1.027, 1.705, 1.724 max_d=1.724 avg_d=1.027 std_dev=0.678
C3' A 0, 0.245, 0.954, 1.663, 2.093 max_d=2.093 avg_d=0.954 std_dev=0.709
C4' B 0, 0.235, 1.044, 1.852, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.044 std_dev=0.808
C5' A 0, 0.036, 0.849, 1.661, 2.473 max_d=2.473 avg_d=0.849 std_dev=0.813
O2' A 0, 0.340, 1.195, 2.050, 2.178 max_d=2.178 avg_d=1.195 std_dev=0.855
C3' B 0, 0.363, 1.283, 2.202, 2.227 max_d=2.227 avg_d=1.283 std_dev=0.920
O3' A 0, 0.357, 1.444, 2.531, 2.882 max_d=2.882 avg_d=1.444 std_dev=1.087
O3' B 0, 0.514, 1.815, 3.116, 3.104 max_d=3.104 avg_d=1.815 std_dev=1.301
C5' B 0, 0.383, 1.724, 3.065, 3.398 max_d=3.398 avg_d=1.724 std_dev=1.341
O5' A 0, -0.149, 1.206, 2.561, 4.037 max_d=4.037 avg_d=1.206 std_dev=1.355
O5' B 0, 0.421, 1.864, 3.307, 3.619 max_d=3.619 avg_d=1.864 std_dev=1.443
P A 0, -0.173, 1.579, 3.330, 5.249 max_d=5.249 avg_d=1.579 std_dev=1.751
OP2 B 0, 0.905, 2.879, 4.853, 4.874 max_d=4.874 avg_d=2.879 std_dev=1.974
P B 0, 0.798, 2.808, 4.818, 4.965 max_d=4.965 avg_d=2.808 std_dev=2.010
OP1 A 0, 0.437, 2.486, 4.534, 5.591 max_d=5.591 avg_d=2.486 std_dev=2.048
OP2 A 0, -0.105, 1.987, 4.078, 6.341 max_d=6.341 avg_d=1.987 std_dev=2.091
OP1 B 0, 1.096, 3.736, 6.375, 6.526 max_d=6.526 avg_d=3.736 std_dev=2.640

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.10 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.13 0.00 0.18 0.81 0.84 0.44
C2 0.03 0.00 0.19 0.23 0.02 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.25 0.17 0.11 0.32 1.08 0.69 0.42
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.08 0.03 0.09 0.17 0.14 0.04 0.16 0.09 0.29 0.01 0.04 0.01 0.24 0.40 0.60 0.21
C3' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.34 0.00 0.36 0.02 0.33 0.20 0.30 0.37 0.22 0.02 0.01 0.01 0.29 0.14 0.43 0.13
C4 0.03 0.02 0.08 0.34 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.27 0.04 0.42 1.36 0.71 0.56
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.15 0.08 0.10 0.14 0.05 0.24 0.02 0.00 0.02 0.31 0.52 0.20
C5 0.02 0.01 0.09 0.36 0.00 0.17 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.35 0.05 0.44 1.44 0.76 0.65
C5' 0.10 0.14 0.17 0.02 0.19 0.00 0.19 0.00 0.16 0.12 0.17 0.21 0.13 0.08 0.14 0.02 0.01 0.16 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.33 0.01 0.15 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.31 0.08 0.39 1.33 0.69 0.61
N1 0.02 0.01 0.04 0.20 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.08 0.03 0.30 1.10 0.71 0.49
N3 0.03 0.01 0.16 0.30 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.27 0.21 0.10 0.38 1.22 0.66 0.46
N4 0.03 0.03 0.09 0.37 0.01 0.14 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.26 0.32 0.05 0.46 1.41 0.77 0.58
O2 0.04 0.01 0.29 0.22 0.02 0.05 0.02 0.13 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.30 0.29 0.17 0.28 0.93 0.74 0.36
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.24 0.24 0.21 0.08 0.19 0.16 0.27 0.26 0.30 0.00 0.03 0.15 0.18 0.50 0.90 0.38
O3' 0.13 0.17 0.04 0.01 0.27 0.02 0.35 0.14 0.31 0.08 0.21 0.32 0.29 0.03 0.00 0.11 0.29 0.33 0.51 0.20
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.08 0.03 0.10 0.05 0.17 0.15 0.11 0.00 0.09 0.81 0.88 0.49
O5' 0.18 0.32 0.24 0.29 0.42 0.02 0.44 0.01 0.39 0.30 0.38 0.46 0.28 0.18 0.29 0.09 0.00 0.03 0.02 0.02
OP1 0.81 1.08 0.40 0.14 1.36 0.31 1.44 0.16 1.33 1.10 1.22 1.41 0.93 0.50 0.33 0.81 0.03 0.00 0.04 0.01
OP2 0.84 0.69 0.60 0.43 0.71 0.52 0.76 0.27 0.69 0.71 0.66 0.77 0.74 0.90 0.51 0.88 0.02 0.04 0.00 0.02
P 0.44 0.42 0.21 0.13 0.56 0.20 0.65 0.02 0.61 0.49 0.46 0.58 0.36 0.38 0.20 0.49 0.02 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.23 0.33 0.66 0.20 0.51 0.21 0.72 0.22 0.22 0.22 0.26 0.44 0.71 0.19 0.28 0.92 1.11 1.23 1.04
C2 0.15 0.17 0.20 0.43 0.15 0.31 0.12 0.49 0.13 0.15 0.17 0.19 0.48 0.44 0.15 0.15 0.68 0.78 0.92 0.75
C2' 0.26 0.35 0.33 0.51 0.28 0.35 0.19 0.53 0.20 0.27 0.36 0.41 0.56 0.55 0.29 0.21 0.72 0.91 1.07 0.86
C3' 0.40 0.42 0.39 0.65 0.41 0.57 0.40 0.79 0.40 0.40 0.43 0.43 0.53 0.69 0.43 0.45 0.98 1.12 1.27 1.06
C4 0.10 0.11 0.09 0.45 0.13 0.38 0.11 0.58 0.10 0.10 0.13 0.12 0.32 0.42 0.16 0.24 0.71 0.83 0.93 0.81
C4' 0.25 0.21 0.30 0.75 0.24 0.63 0.30 0.90 0.30 0.25 0.21 0.20 0.26 0.79 0.24 0.40 1.10 1.36 1.46 1.26
C5 0.24 0.22 0.25 0.64 0.24 0.57 0.25 0.79 0.25 0.23 0.22 0.22 0.28 0.65 0.25 0.39 0.93 1.12 1.20 1.07
C5' 0.38 0.28 0.41 0.91 0.32 0.80 0.42 1.08 0.43 0.36 0.26 0.24 0.04 0.96 0.29 0.55 1.25 1.59 1.65 1.46
C6 0.25 0.23 0.29 0.69 0.24 0.59 0.26 0.82 0.26 0.24 0.23 0.24 0.32 0.71 0.24 0.38 0.98 1.19 1.28 1.12
N1 0.19 0.20 0.26 0.59 0.19 0.47 0.19 0.68 0.19 0.19 0.20 0.22 0.40 0.62 0.19 0.27 0.87 1.03 1.15 0.98
N3 0.10 0.10 0.11 0.33 0.09 0.24 0.09 0.42 0.09 0.10 0.10 0.10 0.45 0.31 0.10 0.12 0.59 0.67 0.79 0.65
N4 0.15 0.16 0.19 0.42 0.16 0.36 0.13 0.52 0.14 0.14 0.17 0.17 0.36 0.38 0.19 0.26 0.61 0.71 0.78 0.70
O2 0.25 0.27 0.31 0.40 0.21 0.25 0.18 0.38 0.19 0.24 0.26 0.29 0.61 0.46 0.20 0.17 0.60 0.64 0.80 0.62
O2' 0.24 0.30 0.34 0.50 0.25 0.32 0.23 0.47 0.23 0.25 0.31 0.37 0.58 0.52 0.26 0.21 0.64 0.97 1.11 0.90
O3' 0.31 0.34 0.30 0.54 0.33 0.45 0.32 0.67 0.31 0.32 0.36 0.37 0.51 0.58 0.35 0.35 0.89 1.03 1.21 0.98
O4' 0.26 0.21 0.34 0.79 0.22 0.66 0.29 0.92 0.29 0.25 0.19 0.20 0.26 0.84 0.21 0.40 1.11 1.37 1.45 1.27
O5' 0.16 0.20 0.24 0.56 0.18 0.37 0.14 0.64 0.13 0.16 0.21 0.22 0.42 0.66 0.21 0.09 0.81 1.19 1.22 1.02
OP1 1.84 1.72 1.88 2.31 1.70 2.26 1.80 2.53 1.83 1.79 1.66 1.69 1.70 2.43 1.63 2.01 2.66 2.96 2.95 2.83
OP2 0.75 0.79 0.83 1.05 0.75 0.94 0.69 1.12 0.69 0.74 0.79 0.85 0.88 1.21 0.78 0.77 1.23 1.50 1.44 1.34
P 0.78 0.72 0.84 1.25 0.70 1.17 0.74 1.44 0.76 0.75 0.70 0.74 0.75 1.39 0.68 0.92 1.58 1.93 1.90 1.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.12 0.01 0.01 0.13 0.12 0.20 0.11
C2 0.04 0.00 0.16 0.19 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.19 0.01 0.09 0.21 0.13 0.23 0.20
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.06 0.03 0.06 0.06 0.09 0.04 0.13 0.24 0.00 0.01 0.07 0.01 0.18 0.26 0.39 0.23
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.32 0.01 0.35 0.01 0.31 0.20 0.25 0.18 0.02 0.01 0.33 0.02 0.06 0.17 0.18 0.07
C4 0.01 0.01 0.06 0.32 0.00 0.18 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.24 0.00 0.06 0.43 0.43 0.54 0.46
C4' 0.00 0.02 0.03 0.01 0.18 0.00 0.26 0.01 0.25 0.11 0.08 0.12 0.21 0.02 0.19 0.00 0.02 0.11 0.11 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.35 0.01 0.26 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.30 0.01 0.12 0.49 0.46 0.51 0.48
C5' 0.03 0.07 0.06 0.01 0.29 0.01 0.38 0.00 0.34 0.15 0.16 0.08 0.14 0.11 0.31 0.02 0.01 0.10 0.03 0.03
C6 0.01 0.01 0.09 0.31 0.01 0.25 0.00 0.34 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.26 0.01 0.15 0.40 0.31 0.28 0.31
N1 0.01 0.01 0.04 0.20 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.10 0.01 0.04 0.22 0.12 0.16 0.16
N3 0.03 0.00 0.13 0.25 0.00 0.08 0.01 0.16 0.02 0.00 0.00 0.01 0.26 0.19 0.01 0.07 0.31 0.29 0.40 0.34
O2 0.08 0.01 0.24 0.18 0.01 0.12 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.26 0.33 0.01 0.17 0.15 0.06 0.15 0.15
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.26 0.21 0.23 0.14 0.18 0.14 0.26 0.26 0.00 0.07 0.29 0.16 0.06 0.19 0.36 0.13
O3' 0.12 0.19 0.01 0.01 0.24 0.02 0.30 0.11 0.26 0.10 0.19 0.33 0.07 0.00 0.27 0.06 0.22 0.25 0.16 0.18
O4 0.01 0.01 0.07 0.33 0.00 0.19 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.27 0.00 0.06 0.47 0.52 0.65 0.54
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.06 0.00 0.12 0.02 0.15 0.04 0.07 0.17 0.16 0.06 0.06 0.00 0.12 0.06 0.15 0.11
O5' 0.13 0.21 0.18 0.06 0.43 0.02 0.49 0.01 0.40 0.22 0.31 0.15 0.06 0.22 0.47 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.12 0.13 0.26 0.17 0.43 0.11 0.46 0.10 0.31 0.12 0.29 0.06 0.19 0.25 0.52 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.23 0.39 0.18 0.54 0.11 0.51 0.03 0.28 0.16 0.40 0.15 0.36 0.16 0.65 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.20 0.23 0.07 0.46 0.06 0.48 0.03 0.31 0.16 0.34 0.15 0.13 0.18 0.54 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00