ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 34722

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 193, 111, 59, 39, 46, 21, 6, 20, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.037, 0.132, 0.227, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.132 std_dev=0.095
N1 A 0, 0.056, 0.170, 0.284, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.170 std_dev=0.114
N3 B 0, 0.056, 0.177, 0.298, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.177 std_dev=0.121
C2 B 0, 0.075, 0.206, 0.336, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.206 std_dev=0.130
C6 A 0, 0.057, 0.210, 0.364, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.210 std_dev=0.154
C2 A 0, 0.133, 0.299, 0.464, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.299 std_dev=0.165
N9 B 0, 0.066, 0.236, 0.406, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.236 std_dev=0.170
C5 B 0, 0.091, 0.273, 0.454, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.273 std_dev=0.181
N1 B 0, 0.071, 0.277, 0.483, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.277 std_dev=0.206
N3 A 0, 0.128, 0.354, 0.580, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.354 std_dev=0.226
C8 B 0, 0.091, 0.341, 0.590, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.341 std_dev=0.250
C6 B 0, 0.084, 0.340, 0.596, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.340 std_dev=0.256
C1' B 0, 0.094, 0.365, 0.636, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.365 std_dev=0.271
N7 B 0, 0.131, 0.405, 0.679, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.405 std_dev=0.274
C5 A 0, 0.040, 0.328, 0.616, 3.786 max_d=3.786 avg_d=0.328 std_dev=0.288
C4 A 0, 0.047, 0.355, 0.662, 3.603 max_d=3.603 avg_d=0.355 std_dev=0.307
C1' A 0, 0.075, 0.393, 0.711, 3.153 max_d=3.153 avg_d=0.393 std_dev=0.318
O2 A 0, 0.186, 0.519, 0.851, 2.979 max_d=2.979 avg_d=0.519 std_dev=0.332
N6 B 0, 0.111, 0.531, 0.952, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.531 std_dev=0.421
O4' B 0, 0.229, 0.709, 1.189, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.709 std_dev=0.480
N4 A 0, 0.058, 0.561, 1.063, 5.702 max_d=5.702 avg_d=0.561 std_dev=0.502
O4' A 0, 0.248, 0.761, 1.273, 3.122 max_d=3.122 avg_d=0.761 std_dev=0.512
C2' A 0, 0.328, 0.852, 1.376, 4.865 max_d=4.865 avg_d=0.852 std_dev=0.524
C2' B 0, 0.254, 0.854, 1.453, 3.002 max_d=3.002 avg_d=0.854 std_dev=0.600
C3' A 0, 0.420, 1.059, 1.698, 4.201 max_d=4.201 avg_d=1.059 std_dev=0.639
C3' B 0, 0.444, 1.110, 1.776, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.110 std_dev=0.666
C4' A 0, 0.371, 1.050, 1.730, 3.384 max_d=3.384 avg_d=1.050 std_dev=0.679
C4' B 0, 0.313, 1.043, 1.773, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.043 std_dev=0.730
O3' B 0, 0.699, 1.573, 2.447, 3.221 max_d=3.221 avg_d=1.573 std_dev=0.874
O2' B 0, 0.286, 1.192, 2.097, 4.371 max_d=4.371 avg_d=1.192 std_dev=0.906
O5' B 0, 0.692, 1.612, 2.532, 3.469 max_d=3.469 avg_d=1.612 std_dev=0.920
O3' A 0, 0.669, 1.618, 2.567, 6.479 max_d=6.479 avg_d=1.618 std_dev=0.949
O2' A 0, 0.448, 1.422, 2.396, 7.300 max_d=7.300 avg_d=1.422 std_dev=0.974
C5' B 0, 0.503, 1.515, 2.528, 3.824 max_d=3.824 avg_d=1.515 std_dev=1.012
C5' A 0, 0.393, 1.447, 2.500, 4.198 max_d=4.198 avg_d=1.447 std_dev=1.053
O5' A 0, 0.387, 1.508, 2.630, 4.849 max_d=4.849 avg_d=1.508 std_dev=1.122
OP1 B 0, 1.059, 2.255, 3.451, 5.855 max_d=5.855 avg_d=2.255 std_dev=1.196
P B 0, 0.894, 2.119, 3.343, 4.987 max_d=4.987 avg_d=2.119 std_dev=1.225
P A 0, 0.495, 1.845, 3.196, 5.441 max_d=5.441 avg_d=1.845 std_dev=1.351
OP1 A 0, 0.737, 2.170, 3.603, 5.515 max_d=5.515 avg_d=2.170 std_dev=1.433
OP2 A 0, 0.564, 2.024, 3.484, 5.740 max_d=5.740 avg_d=2.024 std_dev=1.460
OP2 B 0, 0.627, 2.467, 4.307, 7.496 max_d=7.496 avg_d=2.467 std_dev=1.840

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.34 0.01 0.26 0.34 0.32 0.24
C2 0.02 0.00 0.24 0.26 0.01 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.24 0.21 0.38 0.41 0.49 0.37
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.07 0.02 0.16 0.25 0.21 0.04 0.19 0.08 0.40 0.00 0.04 0.02 0.46 0.58 0.67 0.52
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.39 0.01 0.39 0.03 0.33 0.23 0.34 0.42 0.21 0.03 0.01 0.03 0.24 0.44 0.26 0.24
C4 0.02 0.01 0.07 0.39 0.00 0.17 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.22 0.04 0.56 0.64 0.81 0.65
C4' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.17 0.00 0.28 0.01 0.29 0.10 0.09 0.18 0.23 0.32 0.03 0.01 0.02 0.26 0.21 0.09
C5 0.02 0.01 0.16 0.39 0.01 0.28 0.00 0.51 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.49 0.25 0.16 0.64 0.71 0.87 0.75
C5' 0.13 0.25 0.25 0.03 0.38 0.01 0.51 0.00 0.48 0.25 0.29 0.41 0.32 0.14 0.24 0.03 0.01 0.26 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.33 0.01 0.29 0.00 0.48 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.47 0.19 0.22 0.57 0.57 0.66 0.61
N1 0.01 0.01 0.04 0.23 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.17 0.02 0.38 0.39 0.46 0.37
N3 0.02 0.01 0.19 0.34 0.01 0.09 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.21 0.16 0.46 0.51 0.65 0.49
N4 0.02 0.02 0.08 0.42 0.01 0.18 0.01 0.41 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.39 0.26 0.05 0.60 0.74 0.93 0.73
O2 0.04 0.01 0.40 0.21 0.02 0.23 0.02 0.32 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.42 0.38 0.37 0.36 0.42 0.41 0.33
O2' 0.02 0.23 0.00 0.03 0.36 0.32 0.49 0.14 0.47 0.21 0.26 0.39 0.42 0.00 0.08 0.21 0.36 0.53 0.73 0.46
O3' 0.34 0.24 0.04 0.01 0.22 0.03 0.25 0.24 0.19 0.17 0.21 0.26 0.38 0.08 0.00 0.26 0.32 0.60 0.36 0.37
O4' 0.01 0.21 0.02 0.03 0.04 0.01 0.16 0.03 0.22 0.02 0.16 0.05 0.37 0.21 0.26 0.00 0.25 0.33 0.25 0.24
O5' 0.26 0.38 0.46 0.24 0.56 0.02 0.64 0.01 0.57 0.38 0.46 0.60 0.36 0.36 0.32 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.34 0.41 0.58 0.44 0.64 0.26 0.71 0.26 0.57 0.39 0.51 0.74 0.42 0.53 0.60 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.49 0.67 0.26 0.81 0.21 0.87 0.31 0.66 0.46 0.65 0.93 0.41 0.73 0.36 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.37 0.52 0.24 0.65 0.09 0.75 0.02 0.61 0.37 0.49 0.73 0.33 0.46 0.37 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 0.35 0.55 0.57 0.37 0.55 0.36 0.80 0.34 0.47 0.36 0.35 0.37 0.43 0.42 0.85 0.60 0.47 0.85 1.12 1.83 1.24
C2 0.43 0.26 0.54 0.50 0.32 0.49 0.31 0.73 0.27 0.48 0.28 0.27 0.33 0.43 0.41 0.83 0.51 0.42 0.79 0.99 1.69 1.13
C2' 0.51 0.47 0.63 0.61 0.45 0.63 0.45 0.90 0.45 0.52 0.48 0.45 0.48 0.49 0.49 0.85 0.64 0.53 0.94 1.20 1.93 1.34
C3' 0.58 0.45 0.70 0.67 0.48 0.71 0.46 0.98 0.42 0.60 0.44 0.46 0.42 0.55 0.55 0.92 0.68 0.61 1.01 1.27 2.04 1.42
C4 0.33 0.23 0.56 0.46 0.19 0.41 0.20 0.63 0.29 0.34 0.31 0.18 0.42 0.25 0.28 0.87 0.45 0.31 0.86 1.08 1.79 1.21
C4' 0.44 0.47 0.57 0.54 0.39 0.52 0.38 0.78 0.42 0.45 0.49 0.42 0.44 0.41 0.42 0.88 0.58 0.44 0.81 1.16 1.86 1.24
C5 0.34 0.23 0.58 0.52 0.21 0.48 0.20 0.70 0.26 0.33 0.28 0.20 0.36 0.25 0.29 0.89 0.54 0.37 0.92 1.21 1.92 1.32
C5' 0.54 0.53 0.70 0.55 0.47 0.56 0.46 0.80 0.49 0.55 0.56 0.49 0.52 0.50 0.51 1.04 0.62 0.49 0.86 1.24 1.92 1.29
C6 0.36 0.23 0.56 0.52 0.23 0.49 0.20 0.73 0.22 0.35 0.26 0.22 0.29 0.27 0.31 0.88 0.54 0.38 0.90 1.19 1.91 1.31
N1 0.40 0.26 0.54 0.52 0.29 0.50 0.27 0.74 0.25 0.42 0.28 0.27 0.30 0.37 0.37 0.85 0.53 0.40 0.84 1.10 1.81 1.23
N3 0.39 0.20 0.54 0.45 0.23 0.43 0.21 0.66 0.24 0.43 0.26 0.19 0.37 0.35 0.35 0.84 0.44 0.35 0.78 0.97 1.66 1.11
N4 0.33 0.33 0.61 0.48 0.27 0.42 0.33 0.60 0.43 0.33 0.42 0.26 0.55 0.33 0.29 0.90 0.49 0.35 0.90 1.10 1.78 1.23
O2 0.51 0.36 0.57 0.57 0.44 0.57 0.45 0.79 0.40 0.56 0.38 0.39 0.44 0.55 0.50 0.82 0.61 0.53 0.77 0.94 1.62 1.09
O2' 0.61 0.53 0.62 0.69 0.52 0.77 0.51 1.04 0.51 0.61 0.54 0.52 0.56 0.57 0.58 0.80 0.72 0.74 1.11 1.39 1.96 1.49
O3' 0.61 0.65 0.66 0.61 0.56 0.72 0.52 0.98 0.54 0.58 0.63 0.61 0.52 0.53 0.58 0.89 0.61 0.68 1.02 1.29 1.97 1.41
O4' 0.46 0.55 0.56 0.56 0.45 0.52 0.45 0.74 0.52 0.45 0.58 0.49 0.55 0.43 0.45 0.90 0.60 0.44 0.78 1.12 1.79 1.19
O5' 0.67 0.48 0.81 0.76 0.54 0.77 0.52 0.97 0.48 0.68 0.48 0.50 0.48 0.62 0.63 1.08 0.76 0.69 0.98 1.29 2.04 1.39
OP1 0.79 0.55 0.97 0.91 0.61 0.94 0.59 1.16 0.54 0.79 0.55 0.57 0.55 0.70 0.73 1.22 0.93 0.84 1.22 1.54 2.29 1.64
OP2 1.02 0.65 1.20 1.07 0.81 1.11 0.77 1.30 0.65 1.00 0.61 0.74 0.62 0.90 0.95 1.46 1.09 1.04 1.40 1.66 2.43 1.78
P 0.79 0.47 0.97 0.86 0.59 0.90 0.57 1.11 0.48 0.79 0.46 0.53 0.47 0.70 0.73 1.26 0.88 0.82 1.20 1.49 2.28 1.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.11 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.30 0.01 0.33 0.37 0.39 0.33
C2 0.04 0.00 0.41 0.32 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.40 0.31 0.47 0.53 0.70 0.55
C2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.22 0.02 0.12 0.21 0.20 0.19 0.32 0.40 0.15 0.11 0.03 0.00 0.04 0.02 0.47 0.65 0.63 0.52
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.27 0.01 0.32 0.04 0.35 0.32 0.35 0.28 0.38 0.35 0.21 0.02 0.01 0.03 0.27 0.51 0.24 0.25
C4 0.02 0.01 0.22 0.27 0.00 0.08 0.00 0.24 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.22 0.16 0.51 0.51 0.74 0.58
C4' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.22 0.12 0.16 0.11 0.19 0.08 0.29 0.03 0.01 0.02 0.26 0.33 0.10
C5 0.01 0.01 0.12 0.32 0.00 0.10 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.18 0.08 0.63 0.65 1.02 0.76
C5' 0.11 0.31 0.21 0.04 0.24 0.01 0.28 0.00 0.29 0.31 0.30 0.28 0.32 0.33 0.20 0.12 0.21 0.03 0.01 0.30 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.35 0.01 0.09 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.24 0.14 0.63 0.69 1.08 0.79
C8 0.02 0.01 0.19 0.32 0.01 0.22 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.40 0.20 0.18 0.68 0.62 1.00 0.78
N1 0.04 0.00 0.32 0.35 0.02 0.12 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.32 0.24 0.56 0.62 0.91 0.68
N3 0.04 0.01 0.40 0.28 0.01 0.16 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.39 0.30 0.43 0.47 0.58 0.47
N6 0.02 0.01 0.15 0.38 0.01 0.11 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.24 0.10 0.70 0.79 1.27 0.91
N7 0.01 0.01 0.11 0.35 0.01 0.19 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.21 0.09 0.73 0.74 1.21 0.90
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.13 0.01 0.50 0.46 0.67 0.54
O2' 0.02 0.36 0.00 0.02 0.17 0.29 0.22 0.12 0.21 0.40 0.26 0.36 0.25 0.37 0.17 0.00 0.07 0.19 0.30 0.57 0.72 0.44
O3' 0.30 0.40 0.04 0.01 0.22 0.03 0.18 0.21 0.24 0.20 0.32 0.39 0.24 0.21 0.13 0.07 0.00 0.23 0.31 0.51 0.46 0.31
O4' 0.01 0.31 0.02 0.03 0.16 0.01 0.08 0.03 0.14 0.18 0.24 0.30 0.10 0.09 0.01 0.19 0.23 0.00 0.25 0.34 0.33 0.28
O5' 0.33 0.47 0.47 0.27 0.51 0.02 0.63 0.01 0.63 0.68 0.56 0.43 0.70 0.73 0.50 0.30 0.31 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.53 0.65 0.51 0.51 0.26 0.65 0.30 0.69 0.62 0.62 0.47 0.79 0.74 0.46 0.57 0.51 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.70 0.63 0.24 0.74 0.33 1.02 0.38 1.08 1.00 0.91 0.58 1.27 1.21 0.67 0.72 0.46 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.55 0.52 0.25 0.58 0.10 0.76 0.02 0.79 0.78 0.68 0.47 0.91 0.90 0.54 0.44 0.31 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00