ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 34724

back

Distances from reference structure (by RMSD)

28, 27, 3, 0, 2, 15, 9, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 7, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 B 0, 0.026, 0.189, 0.352, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.189 std_dev=0.163
C2 B 0, -0.006, 0.192, 0.391, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.192 std_dev=0.199
N1 A 0, 0.003, 0.220, 0.436, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.220 std_dev=0.216
C4 B 0, 0.007, 0.231, 0.455, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.231 std_dev=0.224
C4 A 0, 0.050, 0.303, 0.555, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.303 std_dev=0.252
N1 B 0, -0.010, 0.283, 0.576, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.283 std_dev=0.293
C1' A 0, 0.023, 0.335, 0.648, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.335 std_dev=0.313
C5 B 0, 0.026, 0.343, 0.660, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.343 std_dev=0.317
N2 B 0, -0.084, 0.267, 0.617, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.267 std_dev=0.350
N9 B 0, 0.000, 0.354, 0.709, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.354 std_dev=0.355
C6 B 0, 0.015, 0.375, 0.735, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.375 std_dev=0.360
N4 A 0, 0.059, 0.433, 0.808, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.433 std_dev=0.374
C8 B 0, 0.000, 0.469, 0.939, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.469 std_dev=0.469
C1' B 0, -0.023, 0.447, 0.917, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.447 std_dev=0.470
N7 B 0, 0.012, 0.483, 0.954, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.483 std_dev=0.471
O6 B 0, 0.000, 0.522, 1.045, 2.249 max_d=2.249 avg_d=0.522 std_dev=0.522
C6 A 0, -0.285, 0.349, 0.984, 2.537 max_d=2.537 avg_d=0.349 std_dev=0.634
N3 A 0, -0.182, 0.468, 1.118, 2.519 max_d=2.519 avg_d=0.468 std_dev=0.650
C5 A 0, -0.263, 0.397, 1.058, 2.737 max_d=2.737 avg_d=0.397 std_dev=0.660
C2 A 0, -0.205, 0.456, 1.117, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.456 std_dev=0.661
C2' B 0, -0.105, 0.570, 1.245, 3.113 max_d=3.113 avg_d=0.570 std_dev=0.675
O4' B 0, -0.052, 0.661, 1.375, 2.487 max_d=2.487 avg_d=0.661 std_dev=0.714
C3' B 0, -0.135, 0.716, 1.567, 3.353 max_d=3.353 avg_d=0.716 std_dev=0.851
O2' B 0, -0.195, 0.683, 1.561, 4.308 max_d=4.308 avg_d=0.683 std_dev=0.878
O4' A 0, -0.153, 0.764, 1.681, 3.177 max_d=3.177 avg_d=0.764 std_dev=0.917
C4' B 0, -0.140, 0.798, 1.736, 3.495 max_d=3.495 avg_d=0.798 std_dev=0.938
C2' A 0, -0.062, 0.935, 1.931, 2.943 max_d=2.943 avg_d=0.935 std_dev=0.996
O3' B 0, -0.152, 0.898, 1.949, 4.231 max_d=4.231 avg_d=0.898 std_dev=1.051
O3' A 0, -0.229, 0.832, 1.893, 4.006 max_d=4.006 avg_d=0.832 std_dev=1.061
C3' A 0, -0.095, 0.992, 2.079, 3.556 max_d=3.556 avg_d=0.992 std_dev=1.087
O5' B 0, -0.223, 0.966, 2.155, 5.279 max_d=5.279 avg_d=0.966 std_dev=1.189
C4' A 0, -0.134, 1.073, 2.280, 3.530 max_d=3.530 avg_d=1.073 std_dev=1.207
O2 A 0, -0.492, 0.732, 1.956, 4.689 max_d=4.689 avg_d=0.732 std_dev=1.224
C5' B 0, -0.239, 1.008, 2.256, 5.118 max_d=5.118 avg_d=1.008 std_dev=1.247
O2' A 0, -0.106, 1.315, 2.736, 4.281 max_d=4.281 avg_d=1.315 std_dev=1.421
P B 0, -0.265, 1.326, 2.916, 6.621 max_d=6.621 avg_d=1.326 std_dev=1.591
OP1 B 0, -0.305, 1.325, 2.955, 6.238 max_d=6.238 avg_d=1.325 std_dev=1.630
O5' A 0, -0.409, 1.540, 3.488, 7.132 max_d=7.132 avg_d=1.540 std_dev=1.948
C5' A 0, -0.235, 1.787, 3.809, 6.165 max_d=6.165 avg_d=1.787 std_dev=2.022
OP2 B 0, -0.190, 1.849, 3.889, 7.705 max_d=7.705 avg_d=1.849 std_dev=2.040
P A 0, -0.825, 1.843, 4.510, 10.142 max_d=10.142 avg_d=1.843 std_dev=2.668
OP1 A 0, -0.797, 2.059, 4.916, 10.411 max_d=10.411 avg_d=2.059 std_dev=2.857
OP2 A 0, -1.162, 1.902, 4.967, 11.425 max_d=11.425 avg_d=1.902 std_dev=3.064

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.24 0.01 0.18 0.34 0.25 0.19
C2 0.02 0.00 0.26 0.21 0.01 0.10 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.13 0.21 0.27 0.58 0.49 0.38
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.08 0.02 0.15 0.13 0.21 0.04 0.22 0.09 0.44 0.00 0.03 0.03 0.53 0.65 0.73 0.55
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.31 0.00 0.30 0.02 0.24 0.18 0.27 0.34 0.17 0.02 0.01 0.02 0.38 0.64 0.47 0.41
C4 0.02 0.01 0.08 0.31 0.00 0.14 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.17 0.04 0.44 0.98 0.78 0.70
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.14 0.00 0.27 0.01 0.28 0.08 0.07 0.16 0.25 0.22 0.02 0.01 0.02 0.32 0.15 0.17
C5 0.02 0.02 0.15 0.30 0.01 0.27 0.00 0.45 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.20 0.20 0.53 1.08 0.83 0.80
C5' 0.06 0.10 0.13 0.02 0.27 0.01 0.45 0.00 0.44 0.15 0.11 0.30 0.26 0.11 0.15 0.02 0.01 0.19 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.24 0.01 0.28 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.47 0.15 0.26 0.48 0.87 0.65 0.66
N1 0.01 0.01 0.04 0.18 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.11 0.02 0.29 0.57 0.45 0.40
N3 0.02 0.01 0.22 0.27 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.13 0.15 0.33 0.77 0.63 0.52
N4 0.02 0.01 0.09 0.34 0.00 0.16 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.21 0.05 0.48 1.11 0.88 0.79
O2 0.04 0.01 0.44 0.17 0.01 0.25 0.02 0.26 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.64 0.21 0.38 0.26 0.45 0.39 0.26
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.25 0.22 0.45 0.11 0.47 0.15 0.25 0.27 0.64 0.00 0.05 0.14 0.45 0.62 0.80 0.51
O3' 0.24 0.13 0.03 0.01 0.17 0.02 0.20 0.15 0.15 0.11 0.13 0.21 0.21 0.05 0.00 0.15 0.23 0.59 0.33 0.27
O4' 0.01 0.21 0.03 0.02 0.04 0.01 0.20 0.02 0.26 0.02 0.15 0.05 0.38 0.14 0.15 0.00 0.15 0.32 0.27 0.28
O5' 0.18 0.27 0.53 0.38 0.44 0.02 0.53 0.01 0.48 0.29 0.33 0.48 0.26 0.45 0.23 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.34 0.58 0.65 0.64 0.98 0.32 1.08 0.19 0.87 0.57 0.77 1.11 0.45 0.62 0.59 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.49 0.73 0.47 0.78 0.15 0.83 0.28 0.65 0.45 0.63 0.88 0.39 0.80 0.33 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.38 0.55 0.41 0.70 0.17 0.80 0.02 0.66 0.40 0.52 0.79 0.26 0.51 0.27 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.69 0.48 0.60 0.65 0.55 0.81 0.57 0.93 0.53 0.78 0.52 0.51 0.48 0.72 0.67 0.66 0.63 0.84 0.92 0.58 1.24 1.56 1.15
C2 0.64 0.72 0.57 0.62 0.59 0.79 0.64 0.96 0.77 0.74 0.83 0.80 0.60 0.70 0.63 0.63 0.61 0.79 0.97 0.91 1.37 1.70 1.26
C2' 0.91 0.79 0.82 0.80 0.82 0.93 0.82 0.99 0.80 0.91 0.79 0.79 0.80 0.87 0.88 0.90 0.79 0.99 0.97 0.81 1.17 1.56 1.11
C3' 0.97 0.67 0.85 0.84 0.82 1.02 0.83 1.11 0.74 1.02 0.67 0.63 0.74 0.96 0.93 0.92 0.79 1.10 1.08 0.74 1.30 1.65 1.24
C4 0.63 0.27 0.63 0.72 0.38 0.82 0.35 0.93 0.34 0.69 0.36 0.30 0.29 0.56 0.57 0.69 0.73 0.78 0.94 0.50 1.14 1.61 1.12
C4' 0.71 0.40 0.56 0.59 0.55 0.78 0.59 0.90 0.49 0.82 0.43 0.40 0.44 0.78 0.69 0.62 0.54 0.87 0.89 0.52 1.16 1.43 1.08
C5 0.75 0.47 0.75 0.79 0.59 0.85 0.56 0.89 0.45 0.76 0.44 0.45 0.54 0.68 0.70 0.81 0.78 0.83 0.87 0.42 0.98 1.47 0.98
C5' 0.83 0.67 0.67 0.65 0.74 0.84 0.78 0.92 0.73 0.93 0.70 0.68 0.68 0.91 0.83 0.73 0.60 0.96 0.89 0.76 1.11 1.33 1.03
C6 0.74 0.43 0.71 0.75 0.58 0.83 0.57 0.89 0.45 0.77 0.41 0.40 0.51 0.70 0.70 0.77 0.73 0.84 0.88 0.42 1.04 1.47 1.01
N1 0.67 0.40 0.61 0.67 0.50 0.81 0.52 0.92 0.46 0.75 0.45 0.42 0.42 0.68 0.64 0.67 0.65 0.82 0.92 0.51 1.21 1.57 1.14
N3 0.62 0.71 0.57 0.64 0.56 0.79 0.63 0.96 0.79 0.71 0.84 0.78 0.57 0.68 0.60 0.63 0.64 0.77 0.99 0.97 1.36 1.74 1.28
N4 0.61 0.27 0.65 0.77 0.30 0.83 0.25 0.94 0.41 0.62 0.41 0.31 0.24 0.44 0.51 0.71 0.79 0.75 0.95 0.66 1.10 1.62 1.11
O2 0.69 1.09 0.59 0.58 0.79 0.77 0.84 0.98 1.09 0.77 1.21 1.22 0.88 0.78 0.71 0.66 0.57 0.80 1.00 1.25 1.51 1.75 1.35
O2' 0.87 1.00 0.83 0.83 0.87 0.90 0.84 0.96 0.93 0.82 1.02 1.08 0.93 0.78 0.84 0.91 0.86 0.92 0.96 0.95 1.23 1.62 1.14
O3' 0.83 0.64 0.71 0.73 0.69 0.94 0.70 1.08 0.67 0.89 0.67 0.67 0.63 0.82 0.79 0.77 0.69 1.00 1.07 0.70 1.38 1.71 1.29
O4' 0.59 0.35 0.46 0.53 0.43 0.70 0.46 0.84 0.38 0.72 0.38 0.42 0.34 0.66 0.57 0.51 0.49 0.77 0.83 0.41 1.14 1.38 1.05
O5' 1.04 1.04 0.96 0.87 1.03 0.97 1.05 0.99 1.06 1.09 1.06 1.05 1.02 1.08 1.05 1.04 0.82 1.08 0.95 1.09 1.08 1.33 1.01
OP1 1.91 1.97 1.83 1.71 1.92 1.79 1.91 1.75 1.95 1.87 1.98 1.99 1.94 1.86 1.90 1.91 1.65 1.90 1.66 1.95 1.76 1.90 1.68
OP2 1.53 1.83 1.52 1.30 1.63 1.32 1.61 1.22 1.74 1.47 1.85 1.91 1.72 1.49 1.54 1.64 1.25 1.43 1.15 1.76 1.16 1.32 1.09
P 1.49 1.62 1.41 1.26 1.53 1.33 1.54 1.28 1.61 1.48 1.65 1.66 1.57 1.49 1.49 1.51 1.18 1.46 1.21 1.64 1.29 1.46 1.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.08 0.03 0.17 0.22 0.13
C2 0.05 0.00 0.25 0.24 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.26 0.18 0.22 0.02 0.27 0.29 0.23
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.07 0.11 0.13 0.19 0.30 0.24 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.09 0.32 0.27 0.22
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.17 0.00 0.16 0.02 0.20 0.11 0.24 0.27 0.21 0.13 0.09 0.02 0.01 0.01 0.10 0.20 0.26 0.28 0.11
C4 0.02 0.01 0.12 0.17 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.15 0.10 0.17 0.01 0.24 0.29 0.18
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.11 0.09 0.14 0.11 0.10 0.04 0.11 0.02 0.01 0.02 0.08 0.12 0.17 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.05 0.19 0.02 0.31 0.37 0.22
C5' 0.03 0.19 0.07 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.15 0.14 0.17 0.22 0.17 0.15 0.07 0.06 0.07 0.02 0.01 0.16 0.13 0.20 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.20 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.21 0.08 0.22 0.01 0.34 0.37 0.25
C8 0.02 0.01 0.13 0.11 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.09 0.10 0.17 0.03 0.28 0.45 0.20
N1 0.04 0.00 0.19 0.24 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.25 0.14 0.23 0.01 0.31 0.32 0.25
N2 0.06 0.01 0.30 0.27 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.31 0.31 0.21 0.24 0.02 0.27 0.30 0.25
N3 0.05 0.01 0.24 0.21 0.00 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.22 0.18 0.19 0.01 0.24 0.27 0.20
N7 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.11 0.06 0.20 0.03 0.35 0.48 0.24
N9 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.11 0.02 0.21 0.30 0.15
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.07 0.11 0.08 0.06 0.08 0.22 0.15 0.31 0.21 0.19 0.07 0.00 0.04 0.08 0.10 0.09 0.30 0.30 0.20
O3' 0.09 0.26 0.02 0.01 0.15 0.02 0.15 0.07 0.21 0.09 0.25 0.31 0.22 0.11 0.06 0.04 0.00 0.07 0.14 0.21 0.28 0.51 0.16
O4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.10 0.01 0.05 0.02 0.08 0.10 0.14 0.21 0.18 0.06 0.01 0.08 0.07 0.00 0.09 0.07 0.13 0.23 0.14
O5' 0.08 0.22 0.15 0.10 0.17 0.02 0.19 0.01 0.22 0.17 0.23 0.24 0.19 0.20 0.11 0.10 0.14 0.09 0.00 0.24 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.20 0.01 0.08 0.02 0.16 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.09 0.21 0.07 0.24 0.00 0.38 0.41 0.28
OP1 0.17 0.27 0.32 0.26 0.24 0.12 0.31 0.13 0.34 0.28 0.31 0.27 0.24 0.35 0.21 0.30 0.28 0.13 0.02 0.38 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.29 0.27 0.28 0.29 0.17 0.37 0.20 0.37 0.45 0.32 0.30 0.27 0.48 0.30 0.30 0.51 0.23 0.02 0.41 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.23 0.22 0.11 0.18 0.05 0.22 0.02 0.25 0.20 0.25 0.25 0.20 0.24 0.15 0.20 0.16 0.14 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00