ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 34855

back

Distances from reference structure (by RMSD)

8, 1, 2, 1, 0, 1, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, -0.107, 1.365, 2.838, 3.501 max_d=3.501 avg_d=1.365 std_dev=1.472
N3 B 0, -0.095, 1.395, 2.886, 3.498 max_d=3.498 avg_d=1.395 std_dev=1.490
C4 B 0, -0.232, 1.891, 4.013, 4.701 max_d=4.701 avg_d=1.891 std_dev=2.123
C4 A 0, -0.295, 1.847, 3.989, 4.683 max_d=4.683 avg_d=1.847 std_dev=2.142
N4 B 0, -0.138, 2.007, 4.152, 5.051 max_d=5.051 avg_d=2.007 std_dev=2.145
N4 A 0, -0.264, 1.957, 4.178, 5.069 max_d=5.069 avg_d=1.957 std_dev=2.221
C2 A 0, -0.348, 2.251, 4.851, 6.021 max_d=6.021 avg_d=2.251 std_dev=2.600
C2 B 0, -0.364, 2.255, 4.874, 6.025 max_d=6.025 avg_d=2.255 std_dev=2.619
O2 A 0, -0.316, 2.682, 5.679, 7.148 max_d=7.148 avg_d=2.682 std_dev=2.997
O2 B 0, -0.349, 2.677, 5.704, 7.139 max_d=7.139 avg_d=2.677 std_dev=3.027
C5 B 0, -0.519, 2.934, 6.387, 7.386 max_d=7.386 avg_d=2.934 std_dev=3.453
C5 A 0, -0.577, 2.899, 6.376, 7.338 max_d=7.338 avg_d=2.899 std_dev=3.476
N1 A 0, -0.639, 3.125, 6.888, 8.232 max_d=8.232 avg_d=3.125 std_dev=3.763
N1 B 0, -0.653, 3.118, 6.888, 8.233 max_d=8.233 avg_d=3.118 std_dev=3.770
C6 B 0, -0.683, 3.375, 7.434, 8.639 max_d=8.639 avg_d=3.375 std_dev=4.058
C6 A 0, -0.690, 3.381, 7.452, 8.651 max_d=8.651 avg_d=3.381 std_dev=4.071
C1' B 0, -0.832, 4.149, 9.130, 10.915 max_d=10.915 avg_d=4.149 std_dev=4.981
C1' A 0, -0.839, 4.146, 9.132, 10.890 max_d=10.890 avg_d=4.146 std_dev=4.986
C2' B 0, -0.833, 4.458, 9.750, 11.800 max_d=11.800 avg_d=4.458 std_dev=5.292
C2' A 0, -0.757, 4.676, 10.108, 11.888 max_d=11.888 avg_d=4.676 std_dev=5.432
C3' B 0, -0.955, 4.865, 10.686, 12.776 max_d=12.776 avg_d=4.865 std_dev=5.821
O4' A 0, -0.791, 5.043, 10.878, 12.807 max_d=12.807 avg_d=5.043 std_dev=5.834
O4' B 0, -1.016, 4.960, 10.936, 12.848 max_d=12.848 avg_d=4.960 std_dev=5.976
O2' A 0, -0.740, 5.257, 11.254, 13.713 max_d=13.713 avg_d=5.257 std_dev=5.997
O2' B 0, -0.880, 5.445, 11.769, 14.185 max_d=14.185 avg_d=5.445 std_dev=6.325
C3' A 0, -0.859, 5.554, 11.966, 13.940 max_d=13.940 avg_d=5.554 std_dev=6.413
O5' B 0, -0.654, 5.842, 12.338, 14.944 max_d=14.944 avg_d=5.842 std_dev=6.496
O3' B 0, -1.057, 5.459, 11.975, 14.364 max_d=14.364 avg_d=5.459 std_dev=6.516
C4' B 0, -1.063, 5.616, 12.294, 14.514 max_d=14.514 avg_d=5.616 std_dev=6.678
OP2 B 0, -0.093, 6.589, 13.272, 15.817 max_d=15.817 avg_d=6.589 std_dev=6.683
C4' A 0, -0.926, 5.990, 12.906, 15.009 max_d=15.009 avg_d=5.990 std_dev=6.916
O5' A 0, -0.660, 6.486, 13.633, 15.235 max_d=15.235 avg_d=6.486 std_dev=7.147
P B 0, -0.611, 6.536, 13.683, 16.189 max_d=16.189 avg_d=6.536 std_dev=7.147
C5' B 0, -0.980, 6.175, 13.330, 15.583 max_d=15.583 avg_d=6.175 std_dev=7.155
O3' A 0, -0.939, 6.232, 13.403, 15.733 max_d=15.733 avg_d=6.232 std_dev=7.171
OP1 B 0, -0.502, 6.844, 14.189, 17.228 max_d=17.228 avg_d=6.844 std_dev=7.345
OP2 A 0, -0.595, 6.997, 14.590, 16.384 max_d=16.384 avg_d=6.997 std_dev=7.593
C5' A 0, -0.853, 6.825, 14.503, 16.586 max_d=16.586 avg_d=6.825 std_dev=7.678
P A 0, -0.725, 7.328, 15.382, 17.121 max_d=17.121 avg_d=7.328 std_dev=8.054
OP1 A 0, -0.781, 8.030, 16.841, 19.206 max_d=19.206 avg_d=8.030 std_dev=8.811

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.26 0.01 0.21 0.33 0.21 0.20
C2 0.03 0.00 0.15 0.20 0.01 0.17 0.02 0.38 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.13 0.13 0.09 0.33 0.17 0.10
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.08 0.01 0.16 0.18 0.18 0.04 0.10 0.08 0.29 0.01 0.04 0.03 0.34 0.38 0.44 0.31
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.31 0.01 0.38 0.02 0.35 0.20 0.24 0.34 0.26 0.02 0.01 0.02 0.12 0.47 0.18 0.18
C4 0.03 0.01 0.08 0.31 0.00 0.13 0.01 0.14 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.34 0.16 0.04 0.50 0.69 0.61 0.54
C4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.13 0.00 0.26 0.01 0.28 0.08 0.13 0.14 0.34 0.26 0.04 0.01 0.02 0.23 0.10 0.05
C5 0.03 0.02 0.16 0.38 0.01 0.26 0.00 0.31 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.40 0.21 0.14 0.81 0.99 1.01 0.90
C5' 0.07 0.38 0.18 0.02 0.14 0.01 0.31 0.00 0.34 0.08 0.32 0.16 0.69 0.09 0.18 0.02 0.01 0.21 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.35 0.02 0.28 0.01 0.34 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.34 0.15 0.18 0.79 0.92 0.89 0.84
N1 0.02 0.01 0.04 0.20 0.02 0.08 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.19 0.09 0.03 0.34 0.49 0.35 0.34
N3 0.03 0.01 0.10 0.24 0.01 0.13 0.02 0.32 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.24 0.10 0.10 0.18 0.41 0.22 0.17
N4 0.03 0.02 0.08 0.34 0.01 0.14 0.02 0.16 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.38 0.20 0.05 0.53 0.76 0.70 0.61
O2 0.06 0.01 0.29 0.26 0.03 0.34 0.02 0.69 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.17 0.25 0.23 0.41 0.49 0.57 0.47
O2' 0.03 0.14 0.01 0.02 0.34 0.26 0.40 0.09 0.34 0.19 0.24 0.38 0.17 0.00 0.06 0.18 0.25 0.37 0.51 0.27
O3' 0.26 0.13 0.04 0.01 0.16 0.04 0.21 0.18 0.15 0.09 0.10 0.20 0.25 0.06 0.00 0.18 0.16 0.75 0.27 0.37
O4' 0.01 0.13 0.03 0.02 0.04 0.01 0.14 0.02 0.18 0.03 0.10 0.05 0.23 0.18 0.18 0.00 0.22 0.28 0.14 0.18
O5' 0.21 0.09 0.34 0.12 0.50 0.02 0.81 0.01 0.79 0.34 0.18 0.53 0.41 0.25 0.16 0.22 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.33 0.33 0.38 0.47 0.69 0.23 0.99 0.21 0.92 0.49 0.41 0.76 0.49 0.37 0.75 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.17 0.44 0.18 0.61 0.10 1.01 0.18 0.89 0.35 0.22 0.70 0.57 0.51 0.27 0.14 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.10 0.31 0.18 0.54 0.05 0.90 0.02 0.84 0.34 0.17 0.61 0.47 0.27 0.37 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.60 0.60 0.71 0.61 0.34 0.53 0.31 0.47 0.39 0.52 0.50 0.27 0.74 0.82 0.65 0.50 0.57 1.10 0.60 0.58
C2 0.61 0.63 0.71 0.57 0.26 0.51 0.24 0.42 0.35 0.52 0.50 0.27 0.81 0.83 0.60 0.50 0.52 1.02 0.64 0.55
C2' 0.62 0.60 0.73 0.63 0.36 0.56 0.37 0.50 0.44 0.55 0.49 0.30 0.74 0.84 0.68 0.54 0.73 1.26 0.60 0.75
C3' 0.57 0.51 0.66 0.61 0.40 0.55 0.42 0.51 0.45 0.50 0.43 0.40 0.59 0.76 0.66 0.52 0.80 1.27 0.65 0.80
C4 0.43 0.29 0.58 0.45 0.33 0.39 0.26 0.29 0.14 0.26 0.14 0.60 0.57 0.77 0.53 0.34 0.49 0.89 0.66 0.52
C4' 0.69 0.67 0.77 0.71 0.61 0.66 0.61 0.62 0.63 0.66 0.63 0.62 0.73 0.85 0.75 0.64 0.79 1.14 0.79 0.77
C5 0.40 0.26 0.57 0.46 0.27 0.39 0.23 0.30 0.14 0.25 0.13 0.50 0.48 0.75 0.55 0.33 0.50 0.89 0.64 0.51
C5' 0.91 0.87 0.94 0.96 1.01 0.94 1.05 0.95 1.00 0.93 0.90 1.09 0.82 0.98 0.97 0.92 1.13 1.31 1.22 1.14
C6 0.48 0.39 0.63 0.52 0.19 0.44 0.19 0.36 0.22 0.35 0.23 0.35 0.59 0.78 0.60 0.39 0.51 0.95 0.62 0.52
N1 0.56 0.54 0.69 0.57 0.24 0.50 0.24 0.42 0.32 0.47 0.41 0.27 0.72 0.81 0.62 0.46 0.54 1.02 0.62 0.55
N3 0.55 0.52 0.66 0.51 0.20 0.45 0.19 0.35 0.22 0.42 0.29 0.50 0.77 0.81 0.55 0.44 0.51 0.95 0.67 0.54
N4 0.35 0.15 0.51 0.38 0.53 0.34 0.40 0.24 0.20 0.17 0.39 0.74 0.40 0.73 0.48 0.29 0.48 0.81 0.67 0.50
O2 0.72 0.78 0.78 0.64 0.48 0.60 0.40 0.51 0.51 0.67 0.73 0.33 0.91 0.87 0.64 0.61 0.53 1.06 0.63 0.56
O2' 0.88 0.87 1.02 0.93 0.56 0.82 0.53 0.74 0.64 0.79 0.75 0.41 1.03 1.12 1.00 0.77 0.66 1.16 0.62 0.67
O3' 0.71 0.67 0.80 0.75 0.54 0.70 0.55 0.67 0.60 0.66 0.60 0.52 0.74 0.88 0.80 0.67 0.74 1.20 0.60 0.74
O4' 0.66 0.65 0.76 0.68 0.49 0.61 0.47 0.54 0.52 0.60 0.59 0.46 0.76 0.86 0.73 0.58 0.61 1.01 0.67 0.59
O5' 0.53 0.45 0.59 0.62 0.72 0.60 0.80 0.65 0.69 0.55 0.50 0.88 0.41 0.68 0.66 0.56 0.94 1.17 1.09 0.97
OP1 0.49 0.43 0.44 0.57 0.90 0.62 1.03 0.79 0.86 0.59 0.57 1.10 0.23 0.46 0.55 0.62 1.21 1.48 1.54 1.33
OP2 0.62 0.53 0.59 0.74 1.06 0.78 1.21 0.94 1.02 0.72 0.68 1.28 0.29 0.60 0.73 0.75 1.32 1.46 1.62 1.42
P 0.55 0.46 0.56 0.65 0.87 0.68 1.00 0.79 0.85 0.62 0.56 1.06 0.33 0.61 0.65 0.64 1.13 1.32 1.41 1.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.00 0.33 0.43 0.31 0.24
C2 0.03 0.00 0.06 0.10 0.01 0.05 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.11 0.03 0.52 0.78 0.53 0.47
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.06 0.10 0.00 0.02 0.01 0.21 0.32 0.46 0.17
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.12 0.01 0.11 0.03 0.09 0.06 0.11 0.13 0.12 0.02 0.01 0.03 0.21 0.32 0.56 0.23
C4 0.03 0.01 0.05 0.12 0.00 0.11 0.01 0.23 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.14 0.05 0.70 1.15 0.77 0.72
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.10 0.05 0.08 0.13 0.05 0.07 0.03 0.01 0.02 0.22 0.37 0.06
C5 0.03 0.02 0.06 0.11 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.13 0.07 0.75 1.18 0.78 0.76
C5' 0.03 0.13 0.02 0.03 0.23 0.01 0.24 0.00 0.19 0.12 0.18 0.26 0.09 0.08 0.08 0.02 0.01 0.31 0.37 0.02
C6 0.03 0.02 0.06 0.09 0.02 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.10 0.07 0.69 0.94 0.58 0.62
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.05 0.02 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.53 0.72 0.45 0.44
N3 0.03 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.02 0.18 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.13 0.04 0.61 0.98 0.66 0.60
N4 0.03 0.02 0.06 0.13 0.01 0.13 0.02 0.26 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.08 0.16 0.06 0.74 1.29 0.87 0.80
O2 0.05 0.01 0.10 0.12 0.02 0.05 0.03 0.09 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.12 0.13 0.06 0.43 0.64 0.48 0.37
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.04 0.09 0.08 0.12 0.00 0.05 0.06 0.09 0.21 0.47 0.12
O3' 0.03 0.11 0.02 0.01 0.14 0.03 0.13 0.08 0.10 0.06 0.13 0.16 0.13 0.05 0.00 0.03 0.29 0.47 0.75 0.37
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.04 0.06 0.06 0.06 0.03 0.00 0.31 0.37 0.24 0.23
O5' 0.33 0.52 0.21 0.21 0.70 0.02 0.75 0.01 0.69 0.53 0.61 0.74 0.43 0.09 0.29 0.31 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.43 0.78 0.32 0.32 1.15 0.22 1.18 0.31 0.94 0.72 0.98 1.29 0.64 0.21 0.47 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.53 0.46 0.56 0.77 0.37 0.78 0.37 0.58 0.45 0.66 0.87 0.48 0.47 0.75 0.24 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.47 0.17 0.23 0.72 0.06 0.76 0.02 0.62 0.44 0.60 0.80 0.37 0.12 0.37 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00