ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 35058

back

Distances from reference structure (by RMSD)

50, 5, 2, 2, 1, 1, 2, 3, 14, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, -0.046, 0.199, 0.445, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.199 std_dev=0.245
N1 B 0, -0.022, 0.229, 0.479, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.229 std_dev=0.250
C4 B 0, -0.046, 0.219, 0.485, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.219 std_dev=0.266
C6 B 0, -0.028, 0.278, 0.584, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.278 std_dev=0.306
C2' B 0, -0.006, 0.302, 0.609, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.302 std_dev=0.307
N9 B 0, -0.053, 0.261, 0.574, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.261 std_dev=0.313
N3 B 0, -0.028, 0.305, 0.638, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.305 std_dev=0.333
C1' B 0, -0.045, 0.290, 0.626, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.290 std_dev=0.335
C5 B 0, -0.056, 0.281, 0.619, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.281 std_dev=0.337
C2 B 0, -0.028, 0.314, 0.655, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.314 std_dev=0.342
C5 A 0, -0.091, 0.274, 0.638, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.274 std_dev=0.365
N9 A 0, -0.093, 0.274, 0.642, 2.325 max_d=2.325 avg_d=0.274 std_dev=0.368
O6 B 0, -0.029, 0.394, 0.816, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.394 std_dev=0.422
C6 A 0, -0.064, 0.381, 0.827, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.381 std_dev=0.446
C3' B 0, -0.016, 0.445, 0.907, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.445 std_dev=0.461
C8 B 0, -0.073, 0.389, 0.851, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.389 std_dev=0.462
N3 A 0, -0.114, 0.358, 0.830, 2.234 max_d=2.234 avg_d=0.358 std_dev=0.472
N1 A 0, -0.081, 0.428, 0.936, 2.274 max_d=2.274 avg_d=0.428 std_dev=0.509
N7 B 0, -0.084, 0.430, 0.943, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.430 std_dev=0.513
N2 B 0, -0.034, 0.483, 1.001, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.483 std_dev=0.518
O2' B 0, -0.032, 0.488, 1.008, 2.062 max_d=2.062 avg_d=0.488 std_dev=0.520
C4' B 0, -0.031, 0.498, 1.027, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.498 std_dev=0.529
C1' A 0, -0.098, 0.438, 0.974, 2.176 max_d=2.176 avg_d=0.438 std_dev=0.536
O4' B 0, -0.075, 0.479, 1.033, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.479 std_dev=0.554
C2 A 0, -0.154, 0.441, 1.037, 3.337 max_d=3.337 avg_d=0.441 std_dev=0.596
C8 A 0, -0.266, 0.371, 1.008, 4.758 max_d=4.758 avg_d=0.371 std_dev=0.637
O3' B 0, -0.028, 0.617, 1.261, 2.047 max_d=2.047 avg_d=0.617 std_dev=0.644
O6 A 0, -0.117, 0.544, 1.205, 3.027 max_d=3.027 avg_d=0.544 std_dev=0.661
N7 A 0, -0.276, 0.396, 1.068, 4.834 max_d=4.834 avg_d=0.396 std_dev=0.672
C5' B 0, -0.070, 0.841, 1.752, 3.128 max_d=3.128 avg_d=0.841 std_dev=0.911
N2 A 0, -0.304, 0.648, 1.600, 5.983 max_d=5.983 avg_d=0.648 std_dev=0.952
O5' B 0, -0.011, 1.093, 2.197, 4.016 max_d=4.016 avg_d=1.093 std_dev=1.104
C2' A 0, -0.283, 0.824, 1.932, 3.737 max_d=3.737 avg_d=0.824 std_dev=1.107
O4' A 0, -0.260, 0.990, 2.240, 3.350 max_d=3.350 avg_d=0.990 std_dev=1.250
C3' A 0, -0.297, 0.957, 2.212, 3.843 max_d=3.843 avg_d=0.957 std_dev=1.255
C4' A 0, -0.311, 1.062, 2.435, 3.698 max_d=3.698 avg_d=1.062 std_dev=1.373
P B 0, -0.129, 1.429, 2.988, 5.383 max_d=5.383 avg_d=1.429 std_dev=1.559
O3' A 0, -0.557, 1.033, 2.624, 5.232 max_d=5.232 avg_d=1.033 std_dev=1.591
OP1 B 0, 0.033, 1.653, 3.274, 5.713 max_d=5.713 avg_d=1.653 std_dev=1.620
OP2 B 0, -0.125, 1.600, 3.325, 6.879 max_d=6.879 avg_d=1.600 std_dev=1.725
O2' A 0, -0.378, 1.428, 3.235, 5.468 max_d=5.468 avg_d=1.428 std_dev=1.807
C5' A 0, -0.553, 2.032, 4.616, 6.343 max_d=6.343 avg_d=2.032 std_dev=2.585
O5' A 0, -0.620, 2.470, 5.561, 7.508 max_d=7.508 avg_d=2.470 std_dev=3.091
P A 0, -0.958, 3.385, 7.728, 10.619 max_d=10.619 avg_d=3.385 std_dev=4.343
OP2 A 0, -1.030, 3.636, 8.303, 11.757 max_d=11.757 avg_d=3.636 std_dev=4.666
OP1 A 0, -1.043, 3.821, 8.686, 12.052 max_d=12.052 avg_d=3.821 std_dev=4.865

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.24 0.00 0.21 0.03 0.41 0.67 0.38
C2 0.05 0.00 0.44 0.80 0.02 0.52 0.01 0.77 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.29 0.57 0.33 1.15 0.01 1.37 0.84 1.27
C2' 0.00 0.44 0.00 0.01 0.20 0.01 0.06 0.19 0.15 0.30 0.32 0.55 0.44 0.19 0.04 0.00 0.03 0.02 0.36 0.10 0.83 0.88 0.65
C3' 0.02 0.80 0.01 0.00 0.36 0.01 0.21 0.02 0.33 0.45 0.60 1.03 0.77 0.33 0.13 0.02 0.01 0.03 0.20 0.27 0.64 0.48 0.33
C4 0.02 0.02 0.20 0.36 0.00 0.20 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.19 0.17 0.34 0.02 0.46 0.50 0.25
C4' 0.02 0.52 0.01 0.01 0.20 0.00 0.06 0.01 0.15 0.38 0.36 0.69 0.51 0.28 0.08 0.22 0.02 0.01 0.02 0.09 0.33 0.23 0.12
C5 0.02 0.01 0.06 0.21 0.00 0.06 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.11 0.08 0.35 0.02 0.48 1.07 0.45
C5' 0.09 0.77 0.19 0.02 0.21 0.01 0.20 0.00 0.19 0.75 0.50 1.09 0.70 0.63 0.25 0.07 0.20 0.01 0.01 0.19 0.20 0.30 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.33 0.01 0.15 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.22 0.16 0.15 0.35 0.01 0.59 0.73 0.30
C8 0.02 0.03 0.30 0.45 0.01 0.38 0.01 0.75 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.29 0.45 0.19 1.09 0.03 1.16 2.02 1.41
N1 0.05 0.01 0.32 0.60 0.02 0.36 0.02 0.50 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.25 0.39 0.26 0.79 0.01 1.06 0.37 0.83
N2 0.06 0.01 0.55 1.03 0.02 0.69 0.02 1.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.36 0.80 0.40 1.62 0.02 1.93 1.58 1.93
N3 0.05 0.01 0.44 0.77 0.01 0.51 0.01 0.70 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.27 0.52 0.32 1.01 0.01 1.09 0.67 1.03
N7 0.02 0.01 0.19 0.33 0.01 0.28 0.00 0.63 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.36 0.10 0.93 0.03 1.02 1.97 1.25
N9 0.01 0.03 0.04 0.13 0.01 0.08 0.01 0.25 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.14 0.18 0.02 0.40 0.03 0.49 1.04 0.57
O2' 0.03 0.29 0.00 0.02 0.16 0.22 0.21 0.07 0.22 0.29 0.25 0.36 0.27 0.28 0.14 0.00 0.04 0.13 0.26 0.24 0.81 0.91 0.60
O3' 0.24 0.57 0.03 0.01 0.19 0.02 0.11 0.20 0.16 0.45 0.39 0.80 0.52 0.36 0.18 0.04 0.00 0.18 0.29 0.13 0.52 0.73 0.34
O4' 0.00 0.33 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.01 0.15 0.19 0.26 0.40 0.32 0.10 0.02 0.13 0.18 0.00 0.09 0.12 0.17 0.35 0.15
O5' 0.21 1.15 0.36 0.20 0.34 0.02 0.35 0.01 0.35 1.09 0.79 1.62 1.01 0.93 0.40 0.26 0.29 0.09 0.00 0.35 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.10 0.27 0.02 0.09 0.02 0.19 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.24 0.13 0.12 0.35 0.00 0.58 1.04 0.38
OP1 0.41 1.37 0.83 0.64 0.46 0.33 0.48 0.20 0.59 1.16 1.06 1.93 1.09 1.02 0.49 0.81 0.52 0.17 0.02 0.58 0.00 0.01 0.01
OP2 0.67 0.84 0.88 0.48 0.50 0.23 1.07 0.30 0.73 2.02 0.37 1.58 0.67 1.97 1.04 0.91 0.73 0.35 0.02 1.04 0.01 0.00 0.01
P 0.38 1.27 0.65 0.33 0.25 0.12 0.45 0.02 0.30 1.41 0.83 1.93 1.03 1.25 0.57 0.60 0.34 0.15 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.77 0.56 0.51 0.56 0.66 0.74 0.64 0.77 0.58 0.72 0.54 0.50 0.63 0.68 0.72 0.55 0.62 0.91 0.69 0.56 0.75 0.68 0.73
C2 0.64 0.72 0.43 0.45 0.72 0.51 0.72 0.55 0.73 0.69 0.72 0.69 0.72 0.72 0.69 0.40 0.62 0.73 0.54 0.73 0.54 0.57 0.56
C2' 0.46 0.34 0.49 0.60 0.38 0.51 0.36 0.55 0.34 0.41 0.33 0.34 0.37 0.38 0.41 0.49 0.89 0.61 0.50 0.34 0.56 0.55 0.52
C3' 0.44 0.29 0.78 0.93 0.34 0.68 0.33 0.71 0.31 0.40 0.30 0.29 0.31 0.37 0.39 0.80 1.25 0.48 0.68 0.32 0.76 0.72 0.65
C4 0.56 0.49 0.30 0.35 0.54 0.48 0.54 0.53 0.52 0.57 0.49 0.44 0.52 0.56 0.56 0.28 0.51 0.71 0.48 0.52 0.50 0.50 0.51
C4' 0.48 0.48 0.58 0.69 0.46 0.57 0.47 0.61 0.49 0.48 0.50 0.51 0.46 0.47 0.47 0.59 0.90 0.53 0.57 0.50 0.62 0.60 0.55
C5 0.45 0.34 0.35 0.42 0.41 0.43 0.41 0.46 0.40 0.45 0.37 0.29 0.37 0.44 0.44 0.37 0.59 0.60 0.44 0.41 0.44 0.45 0.44
C5' 0.70 0.49 0.89 1.05 0.48 1.00 0.47 1.05 0.48 0.59 0.52 0.57 0.46 0.51 0.58 0.96 1.28 0.81 0.96 0.51 1.07 0.93 0.95
C6 0.39 0.32 0.46 0.48 0.36 0.38 0.38 0.40 0.40 0.39 0.37 0.27 0.32 0.40 0.38 0.50 0.68 0.51 0.41 0.42 0.38 0.42 0.39
C8 0.60 0.34 0.44 0.54 0.46 0.63 0.44 0.67 0.39 0.54 0.34 0.28 0.42 0.49 0.54 0.47 0.67 0.76 0.60 0.38 0.65 0.58 0.62
N1 0.43 0.51 0.43 0.46 0.49 0.40 0.53 0.43 0.57 0.49 0.56 0.50 0.46 0.52 0.46 0.49 0.68 0.56 0.43 0.59 0.41 0.45 0.43
N2 0.88 0.93 0.69 0.68 0.96 0.72 0.95 0.75 0.95 0.92 0.93 0.87 0.97 0.94 0.93 0.65 0.81 0.90 0.74 0.94 0.73 0.77 0.75
N3 0.70 0.67 0.44 0.44 0.71 0.57 0.70 0.60 0.69 0.71 0.67 0.63 0.70 0.71 0.71 0.40 0.55 0.80 0.57 0.68 0.58 0.60 0.60
N7 0.55 0.33 0.50 0.58 0.43 0.59 0.41 0.61 0.37 0.49 0.34 0.29 0.39 0.45 0.49 0.53 0.72 0.69 0.57 0.38 0.59 0.56 0.57
N9 0.63 0.45 0.37 0.44 0.54 0.60 0.53 0.64 0.48 0.60 0.45 0.39 0.51 0.56 0.59 0.39 0.56 0.78 0.56 0.47 0.61 0.56 0.60
O2' 0.94 0.60 0.60 0.63 0.73 0.93 0.67 0.97 0.59 0.81 0.56 0.56 0.70 0.73 0.83 0.72 0.71 1.15 0.84 0.56 0.92 0.78 0.91
O3' 0.34 0.33 0.65 0.79 0.28 0.51 0.27 0.52 0.28 0.27 0.32 0.38 0.32 0.25 0.29 0.70 1.16 0.35 0.44 0.28 0.60 0.45 0.41
O4' 0.62 0.60 0.53 0.61 0.62 0.61 0.62 0.64 0.62 0.64 0.60 0.59 0.60 0.64 0.63 0.52 0.72 0.68 0.61 0.62 0.66 0.64 0.62
O5' 1.22 0.56 1.45 1.64 0.78 1.62 0.71 1.68 0.58 1.01 0.55 0.58 0.68 0.84 1.01 1.58 1.88 1.37 1.56 0.57 1.68 1.47 1.54
O6 0.50 0.38 0.68 0.67 0.42 0.51 0.40 0.48 0.38 0.43 0.37 0.39 0.44 0.41 0.45 0.71 0.83 0.53 0.52 0.40 0.46 0.52 0.48
OP1 1.85 0.76 1.99 2.20 1.22 2.32 1.12 2.41 0.86 1.59 0.72 0.63 1.04 1.34 1.56 2.14 2.37 2.09 2.25 0.81 2.42 2.14 2.27
OP2 1.33 0.76 1.57 1.90 0.69 1.99 0.64 2.12 0.69 1.01 0.84 1.03 0.63 0.77 0.99 1.78 2.25 1.62 1.91 0.76 2.18 1.74 1.92
P 1.69 0.56 1.90 2.15 1.01 2.24 0.90 2.33 0.64 1.40 0.54 0.54 0.82 1.13 1.37 2.07 2.39 1.94 2.16 0.59 2.35 2.02 2.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.02 0.15 0.11 0.09
C2 0.03 0.00 0.21 0.24 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.30 0.09 0.22 0.01 0.29 0.31 0.24
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.02 0.07 0.02 0.10 0.10 0.16 0.25 0.20 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.14 0.09 0.24 0.16 0.14
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.16 0.00 0.16 0.02 0.19 0.13 0.23 0.27 0.21 0.14 0.09 0.03 0.01 0.01 0.20 0.19 0.27 0.18 0.18
C4 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.18 0.05 0.21 0.01 0.24 0.25 0.22
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.05 0.09 0.02 0.00 0.01 0.09 0.12 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.18 0.02 0.27 0.01 0.29 0.34 0.30
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.13 0.12 0.11 0.10 0.08 0.14 0.07 0.08 0.04 0.01 0.01 0.15 0.09 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.24 0.04 0.29 0.01 0.33 0.39 0.32
C8 0.01 0.01 0.10 0.13 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.15 0.06 0.28 0.02 0.24 0.29 0.29
N1 0.03 0.00 0.16 0.23 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.29 0.07 0.26 0.01 0.31 0.36 0.28
N2 0.03 0.00 0.25 0.27 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.35 0.11 0.22 0.01 0.30 0.32 0.24
N3 0.03 0.00 0.20 0.21 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.26 0.09 0.19 0.01 0.25 0.25 0.20
N7 0.01 0.01 0.06 0.14 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.04 0.31 0.02 0.30 0.38 0.35
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.19 0.02 0.19 0.19 0.19
O2' 0.02 0.17 0.00 0.03 0.09 0.09 0.07 0.08 0.10 0.07 0.14 0.21 0.16 0.06 0.03 0.00 0.06 0.07 0.07 0.09 0.20 0.12 0.09
O3' 0.02 0.30 0.03 0.01 0.18 0.02 0.18 0.04 0.24 0.15 0.29 0.35 0.26 0.16 0.09 0.06 0.00 0.02 0.21 0.25 0.32 0.22 0.21
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.11 0.09 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.09 0.03 0.11 0.15 0.08
O5' 0.09 0.22 0.14 0.20 0.21 0.01 0.27 0.01 0.29 0.28 0.26 0.22 0.19 0.31 0.19 0.07 0.21 0.09 0.00 0.32 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.25 0.03 0.32 0.00 0.36 0.44 0.37
OP1 0.15 0.29 0.24 0.27 0.24 0.12 0.29 0.09 0.33 0.24 0.31 0.30 0.25 0.30 0.19 0.20 0.32 0.11 0.02 0.36 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.31 0.16 0.18 0.25 0.13 0.34 0.18 0.39 0.29 0.36 0.32 0.25 0.38 0.19 0.12 0.22 0.15 0.02 0.44 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.24 0.14 0.18 0.22 0.04 0.30 0.02 0.32 0.29 0.28 0.24 0.20 0.35 0.19 0.09 0.21 0.08 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00