ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 35059

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.068, 0.138, 0.208, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.138 std_dev=0.070
C2 B 0, 0.058, 0.137, 0.216, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.137 std_dev=0.079
C4 B 0, 0.039, 0.124, 0.208, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.124 std_dev=0.085
C4 A 0, 0.032, 0.143, 0.254, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.143 std_dev=0.111
N3 B 0, 0.043, 0.179, 0.314, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.179 std_dev=0.135
O4' A 0, 0.104, 0.257, 0.409, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.257 std_dev=0.153
N9 A 0, 0.061, 0.231, 0.401, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.231 std_dev=0.170
N1 A 0, 0.068, 0.259, 0.449, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.259 std_dev=0.190
C8 B 0, 0.071, 0.308, 0.546, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.308 std_dev=0.237
C1' B 0, 0.064, 0.303, 0.541, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.303 std_dev=0.239
N1 B 0, 0.011, 0.253, 0.494, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.253 std_dev=0.241
C4' B 0, 0.072, 0.335, 0.599, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.335 std_dev=0.263
C1' A 0, 0.042, 0.354, 0.666, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.354 std_dev=0.312
O4' B 0, 0.061, 0.375, 0.688, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.375 std_dev=0.314
C5 B 0, -0.019, 0.306, 0.631, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.306 std_dev=0.325
C2 A 0, 0.048, 0.374, 0.701, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.374 std_dev=0.326
C5' B 0, 0.058, 0.444, 0.830, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.444 std_dev=0.386
N3 A 0, -0.002, 0.388, 0.779, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.388 std_dev=0.390
C6 B 0, -0.037, 0.384, 0.804, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.384 std_dev=0.421
N7 B 0, 0.004, 0.437, 0.871, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.437 std_dev=0.434
C2' B 0, 0.031, 0.469, 0.908, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.469 std_dev=0.438
C5 A 0, -0.046, 0.525, 1.096, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.525 std_dev=0.571
C4' A 0, -0.051, 0.557, 1.166, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.557 std_dev=0.608
C6 A 0, -0.039, 0.586, 1.210, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.586 std_dev=0.625
O2' B 0, 0.038, 0.687, 1.336, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.687 std_dev=0.649
N6 B 0, -0.030, 0.627, 1.285, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.627 std_dev=0.658
C8 A 0, -0.030, 0.652, 1.334, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.652 std_dev=0.682
N2 A 0, 0.032, 0.748, 1.465, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.748 std_dev=0.716
N7 A 0, -0.080, 0.866, 1.811, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.866 std_dev=0.946
C3' B 0, -0.120, 0.866, 1.852, 2.342 max_d=2.342 avg_d=0.866 std_dev=0.986
C5' A 0, -0.074, 0.923, 1.921, 2.339 max_d=2.339 avg_d=0.923 std_dev=0.998
O5' B 0, 0.051, 1.052, 2.054, 2.603 max_d=2.603 avg_d=1.052 std_dev=1.001
O6 A 0, -0.074, 0.944, 1.961, 2.386 max_d=2.386 avg_d=0.944 std_dev=1.018
C2' A 0, -0.165, 0.888, 1.941, 2.417 max_d=2.417 avg_d=0.888 std_dev=1.053
C3' A 0, -0.219, 0.954, 2.126, 2.628 max_d=2.628 avg_d=0.954 std_dev=1.172
O5' A 0, -0.107, 1.362, 2.831, 3.440 max_d=3.440 avg_d=1.362 std_dev=1.469
O2' A 0, -0.223, 1.275, 2.772, 3.453 max_d=3.453 avg_d=1.275 std_dev=1.497
OP1 B 0, -0.030, 1.598, 3.227, 3.991 max_d=3.991 avg_d=1.598 std_dev=1.628
O3' A 0, -0.318, 1.360, 3.037, 3.740 max_d=3.740 avg_d=1.360 std_dev=1.678
P B 0, -0.079, 1.689, 3.457, 4.304 max_d=4.304 avg_d=1.689 std_dev=1.768
O3' B 0, -0.368, 1.583, 3.535, 4.426 max_d=4.426 avg_d=1.583 std_dev=1.952
P A 0, -0.323, 1.791, 3.906, 4.839 max_d=4.839 avg_d=1.791 std_dev=2.114
OP2 B 0, -0.179, 2.348, 4.875, 5.974 max_d=5.974 avg_d=2.348 std_dev=2.527
OP2 A 0, -0.538, 2.265, 5.068, 6.258 max_d=6.258 avg_d=2.265 std_dev=2.803
OP1 A 0, -0.533, 2.610, 5.752, 7.145 max_d=7.145 avg_d=2.610 std_dev=3.143

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.26 0.11 0.07
C2 0.05 0.00 0.21 0.25 0.02 0.10 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.31 0.06 0.08 0.03 0.52 0.54 0.08
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.02 0.09 0.07 0.16 0.25 0.21 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.18 0.16 0.10
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.15 0.01 0.11 0.02 0.14 0.04 0.21 0.28 0.23 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.14 0.15 0.10
C4 0.03 0.02 0.11 0.15 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.18 0.04 0.08 0.04 0.56 0.47 0.08
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.07 0.11 0.09 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.20 0.19 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.14 0.04 0.12 0.03 0.77 0.60 0.11
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.07 0.35 0.36 0.02
C6 0.04 0.02 0.09 0.14 0.03 0.04 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.08 0.20 0.06 0.11 0.01 0.82 0.67 0.11
C8 0.02 0.02 0.07 0.04 0.01 0.05 0.02 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.17 0.06 0.75 0.44 0.14
N1 0.05 0.01 0.16 0.21 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.12 0.28 0.06 0.08 0.02 0.69 0.63 0.09
N2 0.05 0.01 0.25 0.28 0.02 0.11 0.02 0.09 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.36 0.07 0.08 0.04 0.44 0.52 0.08
N3 0.05 0.01 0.21 0.23 0.01 0.09 0.02 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.27 0.05 0.06 0.04 0.44 0.44 0.07
N7 0.02 0.02 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.16 0.06 0.90 0.61 0.14
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.10 0.05 0.51 0.35 0.09
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.08 0.05 0.06 0.04 0.08 0.05 0.12 0.20 0.16 0.05 0.02 0.00 0.05 0.05 0.05 0.08 0.13 0.10 0.07
O3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.18 0.02 0.14 0.03 0.20 0.04 0.28 0.36 0.27 0.06 0.07 0.05 0.00 0.02 0.14 0.17 0.37 0.18 0.13
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.06 0.07 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.07 0.13 0.13 0.08
O5' 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.03 0.12 0.01 0.11 0.17 0.08 0.08 0.06 0.16 0.10 0.05 0.14 0.09 0.00 0.13 0.02 0.01 0.01
O6 0.05 0.03 0.07 0.11 0.04 0.03 0.03 0.07 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.08 0.17 0.07 0.13 0.00 0.97 0.71 0.14
OP1 0.26 0.52 0.18 0.14 0.56 0.20 0.77 0.35 0.82 0.75 0.69 0.44 0.44 0.90 0.51 0.13 0.37 0.13 0.02 0.97 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.54 0.16 0.15 0.47 0.19 0.60 0.36 0.67 0.44 0.63 0.52 0.44 0.61 0.35 0.10 0.18 0.13 0.01 0.71 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.10 0.10 0.08 0.04 0.11 0.02 0.11 0.14 0.09 0.08 0.07 0.14 0.09 0.07 0.13 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.28 0.34 0.77 0.28 0.20 0.37 0.28 0.42 0.33 0.39 0.21 0.49 0.40 0.26 0.53 1.74 0.42 0.25 0.42 0.56 0.53
C2 0.29 0.14 0.24 0.49 0.28 0.24 0.32 0.37 0.29 0.38 0.20 0.18 0.31 0.38 0.33 0.55 1.35 0.57 0.29 0.40 0.45 0.47
C2' 0.26 0.31 0.72 1.21 0.16 0.55 0.35 0.27 0.50 0.16 0.49 0.12 0.63 0.32 0.08 0.91 2.28 0.16 0.15 0.19 0.47 0.34
C3' 0.37 0.28 0.77 1.29 0.08 0.70 0.25 0.40 0.44 0.03 0.46 0.09 0.58 0.20 0.11 0.92 2.36 0.22 0.23 0.13 0.40 0.21
C4 0.22 0.25 0.19 0.52 0.27 0.16 0.32 0.29 0.34 0.31 0.30 0.22 0.37 0.34 0.27 0.43 1.43 0.44 0.26 0.37 0.50 0.46
C4' 0.10 0.30 0.45 0.95 0.19 0.34 0.32 0.15 0.43 0.19 0.42 0.16 0.52 0.30 0.11 0.58 1.97 0.18 0.11 0.26 0.49 0.40
C5 0.22 0.26 0.08 0.33 0.25 0.13 0.27 0.24 0.28 0.25 0.28 0.24 0.29 0.27 0.24 0.30 1.16 0.36 0.24 0.29 0.47 0.38
C5' 0.07 0.33 0.36 0.87 0.19 0.32 0.30 0.13 0.42 0.15 0.44 0.19 0.50 0.27 0.09 0.48 1.87 0.13 0.07 0.21 0.48 0.36
C6 0.25 0.19 0.14 0.19 0.22 0.17 0.21 0.25 0.19 0.23 0.18 0.23 0.18 0.22 0.24 0.25 0.92 0.35 0.24 0.26 0.42 0.33
C8 0.19 0.33 0.10 0.46 0.28 0.11 0.32 0.23 0.37 0.27 0.38 0.27 0.41 0.32 0.24 0.31 1.36 0.34 0.24 0.33 0.52 0.43
N1 0.29 0.10 0.10 0.25 0.24 0.22 0.23 0.31 0.18 0.29 0.12 0.18 0.18 0.27 0.28 0.37 0.99 0.46 0.26 0.30 0.41 0.37
N2 0.36 0.14 0.40 0.60 0.31 0.33 0.36 0.46 0.29 0.46 0.19 0.18 0.33 0.44 0.39 0.74 1.44 0.73 0.34 0.46 0.44 0.52
N3 0.26 0.20 0.30 0.63 0.29 0.22 0.36 0.35 0.35 0.38 0.28 0.19 0.39 0.40 0.32 0.56 1.56 0.54 0.29 0.43 0.50 0.51
N7 0.21 0.32 0.09 0.31 0.27 0.10 0.29 0.22 0.33 0.24 0.34 0.28 0.34 0.28 0.24 0.24 1.15 0.32 0.23 0.28 0.49 0.38
N9 0.20 0.29 0.21 0.59 0.28 0.17 0.35 0.27 0.39 0.31 0.36 0.24 0.43 0.36 0.26 0.42 1.53 0.41 0.26 0.38 0.53 0.48
O2' 0.23 0.35 0.74 1.24 0.26 0.49 0.45 0.26 0.58 0.31 0.54 0.18 0.72 0.46 0.18 0.92 2.31 0.28 0.21 0.35 0.60 0.52
O3' 0.57 0.27 1.00 1.57 0.09 0.97 0.21 0.63 0.44 0.13 0.47 0.13 0.61 0.14 0.25 1.11 2.67 0.43 0.40 0.23 0.34 0.12
O4' 0.22 0.30 0.22 0.66 0.29 0.17 0.37 0.30 0.41 0.34 0.37 0.24 0.46 0.39 0.28 0.37 1.62 0.45 0.27 0.44 0.57 0.55
O5' 0.09 0.36 0.30 0.80 0.20 0.35 0.29 0.15 0.42 0.12 0.46 0.22 0.50 0.24 0.08 0.43 1.78 0.09 0.06 0.14 0.46 0.30
O6 0.27 0.20 0.27 0.14 0.21 0.21 0.17 0.24 0.17 0.19 0.17 0.24 0.16 0.18 0.22 0.19 0.66 0.29 0.22 0.21 0.39 0.28
OP1 0.47 1.26 0.33 0.28 0.92 0.11 1.06 0.26 1.29 0.74 1.40 0.99 1.40 0.94 0.70 0.21 1.28 0.42 0.46 0.50 1.00 0.72
OP2 0.72 0.52 0.78 1.24 0.63 0.91 0.63 0.74 0.56 0.72 0.51 0.58 0.56 0.68 0.69 0.83 2.13 0.68 0.64 0.57 0.29 0.42
P 0.12 0.39 0.27 0.77 0.19 0.39 0.28 0.20 0.42 0.10 0.48 0.23 0.50 0.22 0.08 0.39 1.74 0.11 0.08 0.10 0.46 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.12 0.16 0.12 0.17
C2 0.03 0.00 0.08 0.04 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.55 0.45 0.08 0.09 0.11 0.20 0.11
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.21 0.04 0.08 0.05 0.08 0.06 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.46 0.42 0.64 0.54
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.17 0.00 0.33 0.02 0.30 0.50 0.17 0.04 0.39 0.49 0.25 0.02 0.01 0.02 0.10 0.05 0.15 0.10
C4 0.01 0.02 0.04 0.17 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.40 0.19 0.04 0.12 0.09 0.18 0.09
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.14 0.18 0.10 0.03 0.18 0.18 0.10 0.33 0.02 0.01 0.02 0.09 0.04 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.33 0.01 0.14 0.00 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.39 0.06 0.04 0.25 0.16 0.33 0.13
C5' 0.07 0.08 0.21 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.15 0.14 0.12 0.06 0.20 0.16 0.06 0.10 0.21 0.01 0.01 0.10 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.30 0.02 0.14 0.02 0.15 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.47 0.02 0.06 0.26 0.19 0.37 0.17
C8 0.03 0.02 0.08 0.50 0.01 0.18 0.01 0.14 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.16 0.34 0.07 0.29 0.13 0.29 0.10
N1 0.03 0.01 0.05 0.17 0.03 0.10 0.02 0.12 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.53 0.24 0.08 0.18 0.16 0.29 0.15
N3 0.02 0.01 0.08 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.49 0.49 0.07 0.06 0.09 0.15 0.11
N6 0.04 0.01 0.06 0.39 0.03 0.18 0.03 0.20 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.45 0.14 0.07 0.33 0.27 0.49 0.24
N7 0.02 0.02 0.07 0.49 0.00 0.18 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.27 0.33 0.06 0.34 0.19 0.42 0.15
N9 0.01 0.02 0.02 0.25 0.01 0.10 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.22 0.05 0.02 0.12 0.08 0.12 0.08
O2' 0.02 0.55 0.01 0.02 0.40 0.33 0.39 0.10 0.47 0.16 0.53 0.49 0.45 0.27 0.22 0.00 0.02 0.24 0.35 0.26 0.74 0.46
O3' 0.31 0.45 0.02 0.01 0.19 0.02 0.06 0.21 0.02 0.34 0.24 0.49 0.14 0.33 0.05 0.02 0.00 0.22 0.20 0.40 0.20 0.24
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.02 0.24 0.22 0.00 0.14 0.12 0.18 0.11
O5' 0.12 0.09 0.46 0.10 0.12 0.02 0.25 0.01 0.26 0.29 0.18 0.06 0.33 0.34 0.12 0.35 0.20 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.16 0.11 0.42 0.05 0.09 0.09 0.16 0.10 0.19 0.13 0.16 0.09 0.27 0.19 0.08 0.26 0.40 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.20 0.64 0.15 0.18 0.04 0.33 0.02 0.37 0.29 0.29 0.15 0.49 0.42 0.12 0.74 0.20 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.11 0.54 0.10 0.09 0.03 0.13 0.02 0.17 0.10 0.15 0.11 0.24 0.15 0.08 0.46 0.24 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00