ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 35060

back

Distances from reference structure (by RMSD)

9, 36, 10, 26, 38, 24, 49, 0, 1, 1, 0, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.041, 0.119, 0.198, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.119 std_dev=0.078
N1 B 0, 0.062, 0.144, 0.225, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.144 std_dev=0.082
N3 A 0, 0.093, 0.184, 0.274, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.184 std_dev=0.090
N3 B 0, 0.142, 0.265, 0.388, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.265 std_dev=0.123
C2 B 0, 0.174, 0.324, 0.475, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.324 std_dev=0.150
N9 A 0, 0.144, 0.307, 0.470, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.307 std_dev=0.163
C2 A 0, 0.164, 0.336, 0.508, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.336 std_dev=0.172
C8 A 0, 0.117, 0.312, 0.506, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.312 std_dev=0.194
C5 A 0, 0.063, 0.268, 0.473, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.268 std_dev=0.205
C6 B 0, 0.203, 0.428, 0.652, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.428 std_dev=0.224
C1' B 0, 0.156, 0.394, 0.632, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.394 std_dev=0.238
N2 A 0, 0.206, 0.450, 0.694, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.450 std_dev=0.244
N7 A 0, 0.059, 0.305, 0.550, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.305 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.214, 0.501, 0.787, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.501 std_dev=0.286
C2' B 0, 0.296, 0.590, 0.884, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.590 std_dev=0.294
N1 A 0, 0.191, 0.510, 0.829, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.510 std_dev=0.319
C6 A 0, 0.145, 0.500, 0.856, 2.100 max_d=2.100 avg_d=0.500 std_dev=0.355
C1' A 0, 0.225, 0.581, 0.938, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.581 std_dev=0.357
C5 B 0, 0.290, 0.670, 1.049, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.670 std_dev=0.380
O2 B 0, 0.313, 0.710, 1.106, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.710 std_dev=0.396
O4' B 0, 0.119, 0.559, 0.998, 3.381 max_d=3.381 avg_d=0.559 std_dev=0.440
N4 B 0, 0.280, 0.763, 1.246, 2.444 max_d=2.444 avg_d=0.763 std_dev=0.483
O6 A 0, 0.213, 0.727, 1.241, 3.096 max_d=3.096 avg_d=0.727 std_dev=0.514
C4' B 0, 0.233, 0.765, 1.296, 4.256 max_d=4.256 avg_d=0.765 std_dev=0.531
C2' A 0, 0.445, 1.109, 1.774, 3.083 max_d=3.083 avg_d=1.109 std_dev=0.664
O2' B 0, 0.191, 0.882, 1.573, 3.900 max_d=3.900 avg_d=0.882 std_dev=0.691
C3' B 0, 0.211, 0.941, 1.670, 3.112 max_d=3.112 avg_d=0.941 std_dev=0.730
C5' B 0, -0.082, 0.695, 1.473, 5.917 max_d=5.917 avg_d=0.695 std_dev=0.778
O4' A 0, 0.413, 1.202, 1.992, 3.951 max_d=3.951 avg_d=1.202 std_dev=0.790
O2' A 0, 0.488, 1.352, 2.217, 5.081 max_d=5.081 avg_d=1.352 std_dev=0.864
O5' B 0, -0.094, 0.931, 1.956, 7.630 max_d=7.630 avg_d=0.931 std_dev=1.025
C3' A 0, 0.502, 1.574, 2.646, 4.394 max_d=4.394 avg_d=1.574 std_dev=1.072
C4' A 0, 0.461, 1.627, 2.792, 5.045 max_d=5.045 avg_d=1.627 std_dev=1.165
O3' A 0, 0.683, 2.031, 3.379, 6.074 max_d=6.074 avg_d=2.031 std_dev=1.348
P B 0, -0.093, 1.282, 2.656, 9.657 max_d=9.657 avg_d=1.282 std_dev=1.375
O3' B 0, 0.132, 1.575, 3.019, 3.899 max_d=3.899 avg_d=1.575 std_dev=1.443
OP2 B 0, 0.281, 1.743, 3.205, 9.326 max_d=9.326 avg_d=1.743 std_dev=1.462
O5' A 0, 0.249, 1.799, 3.349, 8.527 max_d=8.527 avg_d=1.799 std_dev=1.550
C5' A 0, 0.336, 2.014, 3.693, 7.801 max_d=7.801 avg_d=2.014 std_dev=1.679
OP1 B 0, -0.013, 1.800, 3.612, 11.249 max_d=11.249 avg_d=1.800 std_dev=1.813
P A 0, 0.150, 2.167, 4.184, 11.601 max_d=11.601 avg_d=2.167 std_dev=2.017
OP1 A 0, 0.251, 2.433, 4.615, 12.778 max_d=12.778 avg_d=2.433 std_dev=2.182
OP2 A 0, -0.087, 2.591, 5.269, 12.456 max_d=12.456 avg_d=2.591 std_dev=2.678

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.31 0.01 0.20 0.03 0.67 0.47 0.35
C2 0.04 0.00 0.50 0.43 0.01 0.19 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.32 0.30 0.32 0.32 0.02 1.05 0.64 0.56
C2' 0.00 0.50 0.00 0.01 0.26 0.02 0.13 0.20 0.23 0.24 0.39 0.59 0.48 0.13 0.03 0.00 0.04 0.01 0.44 0.17 0.81 0.48 0.54
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.35 0.01 0.39 0.03 0.44 0.25 0.46 0.44 0.38 0.33 0.23 0.02 0.01 0.03 0.17 0.45 0.25 0.19 0.16
C4 0.02 0.01 0.26 0.35 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.18 0.25 0.02 1.03 0.53 0.47
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.12 0.17 0.15 0.24 0.18 0.16 0.07 0.32 0.03 0.00 0.02 0.12 0.18 0.37 0.06
C5 0.02 0.01 0.13 0.39 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.21 0.09 0.29 0.01 1.20 0.55 0.51
C5' 0.10 0.38 0.20 0.03 0.24 0.01 0.24 0.00 0.28 0.21 0.34 0.45 0.34 0.23 0.15 0.13 0.22 0.02 0.01 0.28 0.37 0.41 0.02
C6 0.03 0.01 0.23 0.44 0.01 0.12 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.20 0.27 0.16 0.31 0.01 1.25 0.58 0.54
C8 0.01 0.01 0.24 0.25 0.01 0.17 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.46 0.13 0.17 0.33 0.02 1.16 0.50 0.48
N1 0.04 0.01 0.39 0.46 0.02 0.15 0.01 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.30 0.26 0.31 0.01 1.16 0.61 0.55
N2 0.05 0.00 0.59 0.44 0.01 0.24 0.01 0.45 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.48 0.35 0.38 0.38 0.02 1.03 0.72 0.61
N3 0.04 0.00 0.48 0.38 0.01 0.18 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.32 0.27 0.31 0.29 0.02 0.96 0.61 0.51
N7 0.01 0.01 0.13 0.33 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.44 0.20 0.08 0.35 0.02 1.29 0.59 0.52
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.07 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.11 0.02 0.23 0.02 0.95 0.47 0.42
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.12 0.32 0.24 0.13 0.20 0.46 0.19 0.48 0.32 0.44 0.20 0.00 0.06 0.21 0.29 0.26 0.69 0.42 0.41
O3' 0.31 0.30 0.04 0.01 0.18 0.03 0.21 0.22 0.27 0.13 0.30 0.35 0.27 0.20 0.11 0.06 0.00 0.23 0.31 0.31 0.60 0.36 0.38
O4' 0.01 0.32 0.01 0.03 0.18 0.00 0.09 0.02 0.16 0.17 0.26 0.38 0.31 0.08 0.02 0.21 0.23 0.00 0.12 0.13 0.31 0.50 0.20
O5' 0.20 0.32 0.44 0.17 0.25 0.02 0.29 0.01 0.31 0.33 0.31 0.38 0.29 0.35 0.23 0.29 0.31 0.12 0.00 0.33 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.17 0.45 0.02 0.12 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.26 0.31 0.13 0.33 0.00 1.32 0.61 0.55
OP1 0.67 1.05 0.81 0.25 1.03 0.18 1.20 0.37 1.25 1.16 1.16 1.03 0.96 1.29 0.95 0.69 0.60 0.31 0.02 1.32 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.64 0.48 0.19 0.53 0.37 0.55 0.41 0.58 0.50 0.61 0.72 0.61 0.59 0.47 0.42 0.36 0.50 0.02 0.61 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.56 0.54 0.16 0.47 0.06 0.51 0.02 0.54 0.48 0.55 0.61 0.51 0.52 0.42 0.41 0.38 0.20 0.01 0.55 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.21 0.29 0.38 0.47 0.61 0.45 0.73 0.34 0.23 0.37 0.60 0.15 0.56 0.62 0.60 0.75 1.18 0.85 1.02
C2 0.23 0.20 0.32 0.26 0.39 0.47 0.34 0.51 0.25 0.17 0.35 0.47 0.12 0.51 0.45 0.47 0.50 0.95 0.65 0.71
C2' 0.76 0.40 0.74 0.67 0.24 1.02 0.28 1.01 0.42 0.51 0.26 0.28 0.52 0.77 0.66 1.01 0.69 0.89 0.94 0.85
C3' 0.67 0.38 0.54 0.56 0.23 0.92 0.29 0.93 0.38 0.45 0.24 0.27 0.51 0.64 0.71 0.95 0.72 1.05 0.87 0.93
C4 0.27 0.18 0.30 0.29 0.39 0.53 0.34 0.61 0.25 0.19 0.32 0.49 0.16 0.51 0.50 0.53 0.59 1.08 0.76 0.84
C4' 0.45 0.38 0.48 0.64 0.71 0.75 0.74 0.88 0.62 0.46 0.54 0.85 0.24 0.72 0.89 0.70 1.02 1.49 1.04 1.30
C5 0.30 0.19 0.36 0.29 0.32 0.50 0.28 0.55 0.22 0.20 0.28 0.42 0.21 0.47 0.43 0.49 0.51 1.06 0.78 0.75
C5' 0.64 0.59 0.69 0.84 0.95 0.89 0.98 1.01 0.84 0.67 0.75 1.10 0.42 0.87 1.07 0.82 1.19 1.73 1.19 1.48
C6 0.31 0.21 0.42 0.33 0.28 0.45 0.25 0.46 0.22 0.23 0.26 0.35 0.24 0.46 0.37 0.44 0.42 0.99 0.77 0.63
C8 0.30 0.19 0.31 0.30 0.37 0.55 0.33 0.64 0.25 0.21 0.30 0.48 0.20 0.49 0.50 0.55 0.62 1.16 0.82 0.89
N1 0.27 0.16 0.41 0.30 0.29 0.43 0.23 0.44 0.18 0.17 0.26 0.36 0.17 0.47 0.37 0.42 0.39 0.93 0.68 0.60
N2 0.20 0.29 0.30 0.26 0.45 0.44 0.41 0.47 0.32 0.24 0.42 0.51 0.20 0.54 0.46 0.44 0.49 0.87 0.59 0.68
N3 0.25 0.21 0.28 0.30 0.44 0.53 0.40 0.60 0.30 0.20 0.37 0.53 0.13 0.54 0.53 0.52 0.61 1.03 0.72 0.84
N7 0.31 0.21 0.36 0.30 0.33 0.52 0.29 0.58 0.24 0.23 0.29 0.43 0.23 0.47 0.44 0.51 0.54 1.12 0.82 0.80
N9 0.29 0.19 0.29 0.32 0.41 0.57 0.37 0.66 0.28 0.20 0.33 0.53 0.16 0.52 0.54 0.56 0.66 1.15 0.81 0.92
O2' 0.63 0.33 0.64 0.63 0.39 0.96 0.38 1.03 0.41 0.42 0.36 0.49 0.35 0.70 0.67 0.92 0.79 1.04 1.06 1.01
O3' 0.55 0.36 0.44 0.62 0.45 0.84 0.51 0.96 0.50 0.44 0.37 0.51 0.37 0.66 0.90 0.87 0.93 1.32 1.01 1.18
O4' 0.52 0.57 0.55 0.70 0.92 0.74 0.94 0.94 0.81 0.63 0.74 1.04 0.35 0.83 0.93 0.70 1.17 1.67 1.14 1.46
O5' 0.59 0.42 0.63 0.81 0.68 0.91 0.71 1.00 0.62 0.51 0.53 0.82 0.35 0.76 1.03 0.82 1.05 1.59 1.09 1.31
O6 0.35 0.30 0.49 0.40 0.34 0.42 0.33 0.43 0.32 0.32 0.33 0.38 0.31 0.44 0.35 0.40 0.40 0.97 0.86 0.57
OP1 1.09 1.30 1.18 1.34 1.69 1.23 1.64 1.42 1.45 1.28 1.54 1.89 1.11 1.33 1.60 1.13 1.66 2.38 1.60 1.95
OP2 0.71 0.76 0.87 1.01 1.17 0.93 1.19 1.11 1.03 0.82 0.97 1.35 0.56 1.06 1.28 0.81 1.36 2.17 1.32 1.70
P 0.73 0.74 0.84 1.02 1.11 0.99 1.12 1.14 0.98 0.80 0.94 1.29 0.55 0.99 1.27 0.88 1.30 1.99 1.29 1.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.31 0.01 0.24 0.68 0.39 0.35
C2 0.02 0.00 0.18 0.27 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.17 0.13 0.25 1.01 0.64 0.42
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.05 0.02 0.11 0.22 0.16 0.02 0.15 0.06 0.31 0.01 0.06 0.01 0.51 0.64 0.49 0.58
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.40 0.01 0.40 0.02 0.34 0.24 0.35 0.44 0.21 0.02 0.01 0.02 0.18 0.27 0.21 0.15
C4 0.02 0.01 0.05 0.40 0.00 0.13 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.26 0.04 0.38 1.32 0.84 0.49
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.18 0.08 0.09 0.14 0.14 0.32 0.04 0.01 0.01 0.14 0.24 0.06
C5 0.01 0.01 0.11 0.40 0.01 0.18 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.32 0.10 0.46 1.39 0.80 0.53
C5' 0.10 0.13 0.22 0.02 0.17 0.01 0.24 0.00 0.23 0.11 0.13 0.19 0.19 0.11 0.25 0.02 0.01 0.17 0.39 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.34 0.01 0.18 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.24 0.14 0.42 1.22 0.60 0.49
N1 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.14 0.02 0.28 0.98 0.53 0.40
N3 0.02 0.01 0.15 0.35 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.18 0.10 0.30 1.17 0.77 0.45
N4 0.02 0.01 0.06 0.44 0.00 0.14 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.34 0.32 0.04 0.41 1.39 0.95 0.51
O2 0.03 0.01 0.31 0.21 0.01 0.14 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.29 0.31 0.21 0.24 0.89 0.61 0.43
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.32 0.32 0.36 0.11 0.33 0.20 0.27 0.34 0.29 0.00 0.08 0.22 0.37 0.49 0.50 0.47
O3' 0.31 0.17 0.06 0.01 0.26 0.04 0.32 0.25 0.24 0.14 0.18 0.32 0.31 0.08 0.00 0.23 0.35 0.79 0.42 0.46
O4' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.04 0.01 0.10 0.02 0.14 0.02 0.10 0.04 0.21 0.22 0.23 0.00 0.11 0.46 0.32 0.19
O5' 0.24 0.25 0.51 0.18 0.38 0.01 0.46 0.01 0.42 0.28 0.30 0.41 0.24 0.37 0.35 0.11 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.68 1.01 0.64 0.27 1.32 0.14 1.39 0.17 1.22 0.98 1.17 1.39 0.89 0.49 0.79 0.46 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.64 0.49 0.21 0.84 0.24 0.80 0.39 0.60 0.53 0.77 0.95 0.61 0.50 0.42 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.35 0.42 0.58 0.15 0.49 0.06 0.53 0.02 0.49 0.40 0.45 0.51 0.43 0.47 0.46 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00