ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 35156

back

Distances from reference structure (by RMSD)

49, 7, 2, 2, 12, 5, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, -0.006, 0.085, 0.176, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.085 std_dev=0.091
C2 A 0, 0.010, 0.120, 0.229, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.120 std_dev=0.109
N1 B 0, -0.009, 0.103, 0.215, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.103 std_dev=0.112
C6 A 0, -0.001, 0.120, 0.241, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.120 std_dev=0.121
C5 A 0, 0.018, 0.163, 0.308, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.163 std_dev=0.145
C6 B 0, -0.002, 0.148, 0.299, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.148 std_dev=0.150
O2 A 0, 0.008, 0.165, 0.322, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.165 std_dev=0.157
C1' A 0, -0.033, 0.168, 0.368, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.168 std_dev=0.201
N3 A 0, -0.016, 0.196, 0.408, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.196 std_dev=0.212
C4 A 0, -0.021, 0.202, 0.424, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.202 std_dev=0.223
C4 B 0, -0.034, 0.190, 0.413, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.190 std_dev=0.223
C5 B 0, -0.032, 0.203, 0.438, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.203 std_dev=0.235
C2 B 0, -0.027, 0.212, 0.450, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.212 std_dev=0.238
N3 B 0, -0.025, 0.220, 0.465, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.220 std_dev=0.245
C1' B 0, -0.056, 0.204, 0.464, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.204 std_dev=0.260
N4 A 0, -0.044, 0.310, 0.664, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.310 std_dev=0.354
N4 B 0, -0.046, 0.321, 0.688, 1.893 max_d=1.893 avg_d=0.321 std_dev=0.367
O4' B 0, -0.107, 0.268, 0.644, 2.563 max_d=2.563 avg_d=0.268 std_dev=0.375
O2 B 0, -0.073, 0.361, 0.795, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.361 std_dev=0.434
C2' A 0, -0.104, 0.341, 0.786, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.341 std_dev=0.445
O4' A 0, -0.114, 0.341, 0.796, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.341 std_dev=0.455
O2' A 0, -0.103, 0.402, 0.907, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.402 std_dev=0.505
C4' B 0, -0.173, 0.498, 1.168, 2.734 max_d=2.734 avg_d=0.498 std_dev=0.670
C4' A 0, -0.187, 0.498, 1.184, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.498 std_dev=0.686
C3' A 0, -0.182, 0.508, 1.197, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.508 std_dev=0.689
C2' B 0, -0.209, 0.485, 1.180, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.485 std_dev=0.694
C3' B 0, -0.232, 0.617, 1.467, 2.547 max_d=2.547 avg_d=0.617 std_dev=0.850
C5' A 0, -0.225, 0.692, 1.608, 2.599 max_d=2.599 avg_d=0.692 std_dev=0.916
O2' B 0, -0.285, 0.652, 1.589, 2.754 max_d=2.754 avg_d=0.652 std_dev=0.937
O3' A 0, -0.250, 0.735, 1.721, 2.927 max_d=2.927 avg_d=0.735 std_dev=0.986
O5' B 0, -0.289, 0.727, 1.742, 4.628 max_d=4.628 avg_d=0.727 std_dev=1.016
C5' B 0, -0.338, 0.752, 1.842, 5.067 max_d=5.067 avg_d=0.752 std_dev=1.090
O3' B 0, -0.320, 0.876, 2.072, 3.515 max_d=3.515 avg_d=0.876 std_dev=1.196
OP2 B 0, -0.415, 0.961, 2.337, 5.533 max_d=5.533 avg_d=0.961 std_dev=1.376
P B 0, -0.475, 0.913, 2.301, 6.112 max_d=6.112 avg_d=0.913 std_dev=1.388
O5' A 0, -0.524, 1.164, 2.852, 4.568 max_d=4.568 avg_d=1.164 std_dev=1.688
OP1 B 0, -0.590, 1.122, 2.834, 8.050 max_d=8.050 avg_d=1.122 std_dev=1.712
P A 0, -0.603, 1.342, 3.286, 5.179 max_d=5.179 avg_d=1.342 std_dev=1.944
OP2 A 0, -0.698, 1.614, 3.925, 6.008 max_d=6.008 avg_d=1.614 std_dev=2.311
OP1 A 0, -0.940, 1.831, 4.602, 7.441 max_d=7.441 avg_d=1.831 std_dev=2.771

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.09 0.00 0.19 0.12 0.30 0.20
C2 0.02 0.00 0.12 0.13 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.16 0.05 0.42 0.25 0.81 0.43
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.07 0.08 0.02 0.10 0.05 0.21 0.01 0.02 0.01 0.27 0.32 0.21 0.24
C3' 0.03 0.13 0.00 0.00 0.14 0.01 0.16 0.02 0.15 0.09 0.14 0.15 0.18 0.02 0.01 0.03 0.37 0.52 0.12 0.29
C4 0.02 0.01 0.05 0.14 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.03 0.67 0.53 1.29 0.73
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.04 0.07 0.07 0.12 0.02 0.01 0.02 0.17 0.21 0.03
C5 0.02 0.02 0.06 0.16 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.15 0.06 0.74 0.63 1.31 0.80
C5' 0.04 0.07 0.07 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.09 0.12 0.08 0.08 0.09 0.01 0.01 0.34 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.08 0.65 0.51 1.00 0.66
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.07 0.02 0.43 0.29 0.71 0.43
N3 0.02 0.00 0.10 0.14 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.15 0.04 0.54 0.36 1.07 0.57
N4 0.02 0.02 0.05 0.15 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.14 0.03 0.73 0.61 1.46 0.82
O2 0.04 0.01 0.21 0.18 0.01 0.07 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.22 0.26 0.09 0.29 0.15 0.62 0.29
O2' 0.03 0.14 0.01 0.02 0.12 0.12 0.11 0.08 0.10 0.07 0.15 0.13 0.22 0.00 0.06 0.09 0.11 0.18 0.14 0.10
O3' 0.09 0.16 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.09 0.14 0.07 0.15 0.14 0.26 0.06 0.00 0.07 0.28 0.61 0.24 0.22
O4' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.04 0.03 0.09 0.09 0.07 0.00 0.10 0.13 0.12 0.12
O5' 0.19 0.42 0.27 0.37 0.67 0.02 0.74 0.01 0.65 0.43 0.54 0.73 0.29 0.11 0.28 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.25 0.32 0.52 0.53 0.17 0.63 0.34 0.51 0.29 0.36 0.61 0.15 0.18 0.61 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.81 0.21 0.12 1.29 0.21 1.31 0.37 1.00 0.71 1.07 1.46 0.62 0.14 0.24 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.43 0.24 0.29 0.73 0.03 0.80 0.01 0.66 0.43 0.57 0.82 0.29 0.10 0.22 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.24 0.64 0.64 0.23 0.40 0.23 0.38 0.20 0.24 0.18 0.36 0.36 0.74 0.84 0.22 0.28 0.51 0.63 0.41
C2 0.31 0.15 0.71 0.76 0.26 0.45 0.22 0.42 0.17 0.19 0.18 0.41 0.24 0.80 1.00 0.20 0.26 0.48 0.53 0.34
C2' 0.39 0.29 0.71 0.67 0.33 0.43 0.34 0.36 0.26 0.28 0.22 0.51 0.45 0.87 0.88 0.26 0.33 0.54 0.72 0.48
C3' 0.47 0.40 0.70 0.62 0.29 0.44 0.31 0.38 0.27 0.35 0.28 0.45 0.59 0.88 0.78 0.34 0.35 0.57 0.76 0.52
C4 0.29 0.13 0.72 0.76 0.27 0.44 0.21 0.41 0.16 0.17 0.22 0.41 0.21 0.78 0.98 0.19 0.26 0.47 0.51 0.33
C4' 0.39 0.36 0.57 0.53 0.23 0.38 0.25 0.36 0.24 0.31 0.28 0.30 0.49 0.71 0.66 0.29 0.35 0.59 0.76 0.52
C5 0.30 0.21 0.63 0.64 0.23 0.39 0.20 0.37 0.17 0.21 0.18 0.36 0.32 0.69 0.81 0.20 0.25 0.46 0.57 0.36
C5' 0.41 0.43 0.52 0.46 0.31 0.38 0.30 0.38 0.30 0.36 0.38 0.34 0.54 0.64 0.55 0.33 0.44 0.67 0.84 0.61
C6 0.32 0.24 0.61 0.61 0.23 0.38 0.22 0.36 0.20 0.24 0.19 0.36 0.36 0.69 0.78 0.22 0.28 0.49 0.62 0.40
N1 0.32 0.21 0.66 0.67 0.24 0.41 0.22 0.38 0.19 0.22 0.17 0.38 0.32 0.75 0.87 0.21 0.26 0.48 0.59 0.38
N3 0.30 0.13 0.75 0.80 0.28 0.47 0.22 0.44 0.17 0.17 0.22 0.43 0.18 0.83 1.06 0.20 0.28 0.49 0.50 0.33
N4 0.28 0.16 0.78 0.83 0.32 0.47 0.24 0.45 0.19 0.17 0.32 0.42 0.19 0.82 1.06 0.19 0.30 0.49 0.49 0.34
O2 0.31 0.15 0.72 0.78 0.27 0.47 0.23 0.43 0.17 0.19 0.18 0.42 0.22 0.82 1.04 0.21 0.27 0.49 0.53 0.34
O2' 0.41 0.31 0.72 0.69 0.36 0.45 0.37 0.39 0.31 0.32 0.27 0.51 0.44 0.87 0.90 0.29 0.36 0.57 0.74 0.51
O3' 0.53 0.46 0.75 0.64 0.36 0.49 0.39 0.41 0.33 0.40 0.34 0.52 0.67 0.96 0.80 0.40 0.41 0.63 0.82 0.58
O4' 0.33 0.29 0.55 0.56 0.19 0.38 0.20 0.38 0.21 0.27 0.23 0.24 0.39 0.65 0.70 0.24 0.30 0.54 0.66 0.44
O5' 1.13 1.15 1.15 1.10 0.94 1.10 0.88 1.04 0.96 1.08 1.10 0.83 1.23 1.25 1.15 1.09 0.78 0.94 0.82 0.81
OP1 1.15 1.22 0.97 0.93 1.23 1.10 1.15 1.10 1.13 1.17 1.27 1.28 1.22 1.03 0.86 1.21 0.88 1.03 0.89 0.94
OP2 2.07 2.11 2.00 1.93 1.94 2.00 1.82 1.91 1.91 2.04 2.10 1.81 2.13 2.07 1.93 2.05 1.62 1.64 1.38 1.54
P 1.26 1.32 1.19 1.14 1.23 1.21 1.13 1.17 1.17 1.25 1.34 1.20 1.35 1.26 1.13 1.27 0.92 1.05 0.88 0.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.14 0.20 0.27 0.12
C2 0.02 0.00 0.14 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.20 0.06 0.24 0.24 0.43 0.25
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.05 0.02 0.08 0.05 0.10 0.03 0.12 0.06 0.24 0.01 0.03 0.01 0.24 0.27 0.34 0.20
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.09 0.01 0.13 0.03 0.15 0.06 0.14 0.10 0.25 0.03 0.01 0.02 0.27 0.31 0.30 0.22
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.09 0.04 0.37 0.35 0.59 0.41
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.05 0.07 0.10 0.09 0.03 0.00 0.03 0.22 0.18 0.09
C5 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.11 0.05 0.40 0.37 0.59 0.44
C5' 0.03 0.11 0.05 0.03 0.14 0.01 0.16 0.00 0.15 0.08 0.13 0.16 0.13 0.07 0.08 0.02 0.01 0.12 0.18 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.15 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.06 0.36 0.29 0.46 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.03 0.25 0.22 0.38 0.22
N3 0.02 0.01 0.12 0.14 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.18 0.05 0.30 0.29 0.52 0.33
N4 0.02 0.02 0.06 0.10 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.10 0.05 0.39 0.40 0.66 0.47
O2 0.04 0.01 0.24 0.25 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.21 0.33 0.08 0.18 0.23 0.39 0.20
O2' 0.02 0.13 0.01 0.03 0.13 0.09 0.13 0.07 0.12 0.07 0.14 0.14 0.21 0.00 0.06 0.06 0.15 0.29 0.28 0.14
O3' 0.09 0.20 0.03 0.01 0.09 0.03 0.11 0.08 0.14 0.06 0.18 0.10 0.33 0.06 0.00 0.05 0.25 0.40 0.31 0.25
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.03 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.00 0.09 0.22 0.29 0.18
O5' 0.14 0.24 0.24 0.27 0.37 0.03 0.40 0.01 0.36 0.25 0.30 0.39 0.18 0.15 0.25 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.24 0.27 0.31 0.35 0.22 0.37 0.12 0.29 0.22 0.29 0.40 0.23 0.29 0.40 0.22 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.43 0.34 0.30 0.59 0.18 0.59 0.18 0.46 0.38 0.52 0.66 0.39 0.28 0.31 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.25 0.20 0.22 0.41 0.09 0.44 0.02 0.33 0.22 0.33 0.47 0.20 0.14 0.25 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00