Doublet Group distance statistics: 35433

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 6, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.055, 0.094, 0.133, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.094 std_dev=0.039
N3	B	0, 0.074, 0.138, 0.203, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.138 std_dev=0.065
N1	A	0, 0.024, 0.089, 0.154, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.089 std_dev=0.065
N1	B	0, 0.021, 0.093, 0.166, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.093 std_dev=0.072
N3	A	0, 0.083, 0.160, 0.236, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.160 std_dev=0.076
O2	A	0, 0.092, 0.169, 0.246, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.169 std_dev=0.077
C1'	A	0, 0.065, 0.168, 0.271, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.168 std_dev=0.103
C4	B	0, 0.084, 0.188, 0.292, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.188 std_dev=0.104
C2	B	0, 0.022, 0.126, 0.230, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.126 std_dev=0.104
C6	A	0, 0.048, 0.156, 0.264, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.156 std_dev=0.108
C1'	B	0, 0.066, 0.178, 0.291, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.178 std_dev=0.112
C4	A	0, 0.090, 0.207, 0.324, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.207 std_dev=0.117
C2'	A	0, 0.103, 0.222, 0.342, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.222 std_dev=0.119
C5	A	0, 0.081, 0.203, 0.325, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.203 std_dev=0.122
C6	B	0, 0.054, 0.189, 0.323, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.189 std_dev=0.135
N4	B	0, 0.124, 0.281, 0.437, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.281 std_dev=0.156
C4'	A	0, 0.099, 0.258, 0.417, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.258 std_dev=0.159
C2'	B	0, 0.098, 0.258, 0.418, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.258 std_dev=0.160
O4'	B	0, 0.131, 0.302, 0.472, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.302 std_dev=0.171
C3'	A	0, 0.113, 0.286, 0.459, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.286 std_dev=0.173
C5	B	0, 0.067, 0.248, 0.430, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.248 std_dev=0.182
O5'	A	0, 0.188, 0.374, 0.559, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.374 std_dev=0.185
O4'	A	0, 0.037, 0.228, 0.418, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.228 std_dev=0.191
O2	B	0, 0.060, 0.257, 0.453, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.257 std_dev=0.196
C5'	A	0, 0.116, 0.313, 0.510, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.313 std_dev=0.197
O4	A	0, 0.127, 0.331, 0.535, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.331 std_dev=0.204
O2'	B	0, 0.135, 0.369, 0.604, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.369 std_dev=0.234
C3'	B	0, 0.153, 0.398, 0.644, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.398 std_dev=0.245
C4'	B	0, 0.159, 0.407, 0.655, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.407 std_dev=0.248
O2'	A	0, 0.105, 0.384, 0.664, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.384 std_dev=0.280
P	A	0, 0.201, 0.515, 0.828, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.515 std_dev=0.314
C5'	B	0, 0.197, 0.526, 0.855, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.526 std_dev=0.329
O3'	B	0, 0.211, 0.562, 0.914, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.562 std_dev=0.351
O5'	B	0, 0.130, 0.494, 0.858, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.494 std_dev=0.364
O3'	A	0, 0.097, 0.479, 0.860, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.479 std_dev=0.381
OP2	B	0, 0.159, 0.618, 1.076, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.618 std_dev=0.458
P	B	0, 0.145, 0.629, 1.113, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.629 std_dev=0.484
OP1	B	0, 0.201, 0.831, 1.460, 2.268 max_d=2.268 avg_d=0.831 std_dev=0.630
OP1	A	0, 0.205, 0.874, 1.543, 2.505 max_d=2.505 avg_d=0.874 std_dev=0.669
OP2	A	0, 0.168, 0.930, 1.692, 2.781 max_d=2.781 avg_d=0.930 std_dev=0.762

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.18	0.02	0.00	0.10	0.47	0.37	0.12
C2	0.01	0.00	0.09	0.06	0.01	0.02	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.14	0.20	0.02	0.06	0.13	0.65	0.59	0.16
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.03	0.01	0.09	0.10	0.11	0.02	0.06	0.18	0.00	0.04	0.04	0.02	0.18	0.34	0.26	0.16
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.08	0.03	0.05	0.11	0.02	0.01	0.05	0.01	0.07	0.22	0.12	0.10
C4	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.05	0.01	0.15	0.01	0.01	0.01	0.02	0.12	0.13	0.00	0.03	0.19	0.78	0.80	0.22
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.06	0.02	0.03	0.04	0.06	0.04	0.05	0.01	0.01	0.18	0.09	0.05
C5	0.01	0.01	0.09	0.08	0.01	0.07	0.00	0.17	0.00	0.00	0.01	0.01	0.16	0.09	0.01	0.06	0.22	0.79	0.82	0.24
C5'	0.04	0.09	0.10	0.01	0.15	0.00	0.17	0.00	0.15	0.09	0.12	0.06	0.04	0.11	0.16	0.01	0.01	0.10	0.11	0.02
C6	0.01	0.01	0.11	0.08	0.01	0.06	0.00	0.15	0.00	0.00	0.01	0.02	0.15	0.09	0.01	0.07	0.20	0.72	0.71	0.22
N1	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.02	0.00	0.09	0.00	0.00	0.01	0.01	0.07	0.15	0.01	0.01	0.14	0.63	0.57	0.16
N3	0.01	0.00	0.06	0.05	0.01	0.03	0.01	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01	0.13	0.18	0.01	0.04	0.16	0.73	0.70	0.19
O2	0.03	0.00	0.18	0.11	0.02	0.04	0.01	0.06	0.02	0.01	0.01	0.00	0.26	0.25	0.02	0.10	0.11	0.60	0.51	0.16
O2'	0.01	0.14	0.00	0.02	0.12	0.06	0.16	0.04	0.15	0.07	0.13	0.26	0.00	0.05	0.13	0.03	0.18	0.37	0.26	0.20
O3'	0.18	0.20	0.04	0.01	0.13	0.04	0.09	0.11	0.09	0.15	0.18	0.25	0.05	0.00	0.13	0.13	0.18	0.24	0.18	0.18
O4	0.02	0.02	0.04	0.05	0.00	0.05	0.01	0.16	0.01	0.01	0.01	0.02	0.13	0.13	0.00	0.04	0.20	0.81	0.84	0.23
O4'	0.00	0.06	0.02	0.01	0.03	0.01	0.06	0.01	0.07	0.01	0.04	0.10	0.03	0.13	0.04	0.00	0.07	0.42	0.35	0.16
O5'	0.10	0.13	0.18	0.07	0.19	0.01	0.22	0.01	0.20	0.14	0.16	0.11	0.18	0.18	0.20	0.07	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.47	0.65	0.34	0.22	0.78	0.18	0.79	0.10	0.72	0.63	0.73	0.60	0.37	0.24	0.81	0.42	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.37	0.59	0.26	0.12	0.80	0.09	0.82	0.11	0.71	0.57	0.70	0.51	0.26	0.18	0.84	0.35	0.01	0.02	0.00	0.01
P	0.12	0.16	0.16	0.10	0.22	0.05	0.24	0.02	0.22	0.16	0.19	0.16	0.20	0.18	0.23	0.16	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.23	0.18	0.19	0.22	0.13	0.24	0.17	0.25	0.21	0.21	0.15	0.12	0.19	0.22	0.23	0.28	0.26	0.34	0.30	0.31
C2	0.16	0.12	0.14	0.19	0.11	0.18	0.12	0.20	0.15	0.14	0.12	0.15	0.13	0.15	0.23	0.19	0.23	0.31	0.28	0.28
C2'	0.18	0.13	0.13	0.16	0.11	0.18	0.15	0.21	0.18	0.16	0.12	0.11	0.14	0.15	0.18	0.22	0.22	0.34	0.29	0.29
C3'	0.22	0.19	0.18	0.19	0.17	0.22	0.18	0.24	0.21	0.20	0.18	0.17	0.20	0.21	0.20	0.26	0.24	0.34	0.30	0.30
C4	0.18	0.12	0.14	0.18	0.10	0.18	0.16	0.19	0.19	0.16	0.12	0.15	0.12	0.16	0.20	0.21	0.20	0.29	0.29	0.26
C4'	0.23	0.20	0.19	0.19	0.16	0.23	0.17	0.24	0.20	0.21	0.18	0.15	0.22	0.23	0.19	0.27	0.25	0.32	0.28	0.29
C5	0.25	0.19	0.20	0.20	0.16	0.24	0.24	0.23	0.26	0.23	0.15	0.12	0.18	0.23	0.20	0.29	0.23	0.30	0.30	0.28
C5'	0.21	0.21	0.18	0.17	0.18	0.19	0.17	0.20	0.17	0.19	0.21	0.19	0.23	0.22	0.17	0.23	0.21	0.29	0.28	0.26
C6	0.26	0.20	0.20	0.21	0.16	0.25	0.22	0.24	0.25	0.23	0.17	0.13	0.20	0.23	0.21	0.29	0.24	0.31	0.30	0.29
N1	0.21	0.16	0.17	0.20	0.12	0.22	0.17	0.23	0.20	0.19	0.13	0.12	0.16	0.20	0.22	0.25	0.24	0.32	0.29	0.29
N3	0.14	0.11	0.13	0.18	0.11	0.15	0.11	0.18	0.14	0.13	0.13	0.18	0.12	0.13	0.22	0.17	0.21	0.30	0.28	0.26
O2	0.14	0.12	0.14	0.21	0.12	0.17	0.11	0.21	0.13	0.13	0.13	0.18	0.13	0.14	0.25	0.17	0.24	0.32	0.28	0.28
O2'	0.18	0.14	0.16	0.22	0.13	0.22	0.17	0.26	0.20	0.17	0.14	0.15	0.14	0.16	0.26	0.23	0.27	0.39	0.34	0.34
O3'	0.29	0.20	0.24	0.31	0.14	0.36	0.21	0.40	0.27	0.25	0.15	0.09	0.20	0.26	0.32	0.37	0.40	0.49	0.42	0.46
O4	0.17	0.11	0.13	0.16	0.11	0.17	0.17	0.17	0.20	0.15	0.13	0.21	0.12	0.14	0.19	0.21	0.18	0.28	0.29	0.25
O4'	0.26	0.22	0.22	0.23	0.17	0.26	0.20	0.26	0.22	0.24	0.19	0.15	0.24	0.25	0.23	0.30	0.27	0.32	0.29	0.31
O5'	0.27	0.27	0.25	0.20	0.26	0.22	0.26	0.19	0.26	0.27	0.27	0.26	0.28	0.29	0.18	0.28	0.20	0.25	0.24	0.22
OP1	0.76	0.76	0.76	0.79	0.77	0.79	0.77	0.81	0.77	0.77	0.75	0.76	0.74	0.75	0.79	0.77	0.80	0.83	0.82	0.82
OP2	1.07	1.06	1.04	0.97	1.04	1.01	1.03	0.95	1.04	1.06	1.05	1.03	1.06	1.09	0.95	1.06	0.89	0.83	0.84	0.85
P	0.39	0.39	0.36	0.29	0.36	0.31	0.35	0.26	0.36	0.38	0.39	0.36	0.41	0.42	0.27	0.37	0.19	0.24	0.25	0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.04	0.02	0.01	0.01	0.05	0.05	0.12	0.06
C2	0.02	0.00	0.07	0.10	0.01	0.05	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.07	0.11	0.02	0.16	0.20	0.25	0.19
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.02	0.01	0.06	0.01	0.07	0.01	0.05	0.02	0.14	0.00	0.01	0.01	0.05	0.07	0.08	0.05
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.08	0.00	0.11	0.01	0.13	0.05	0.10	0.09	0.15	0.02	0.01	0.01	0.06	0.08	0.05	0.05
C4	0.01	0.01	0.02	0.08	0.00	0.08	0.00	0.16	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.10	0.03	0.20	0.27	0.32	0.25
C4'	0.00	0.05	0.01	0.00	0.08	0.00	0.08	0.01	0.07	0.04	0.07	0.09	0.04	0.06	0.02	0.00	0.01	0.09	0.03	0.02
C5	0.01	0.01	0.06	0.11	0.00	0.08	0.00	0.16	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.14	0.06	0.16	0.21	0.27	0.21
C5'	0.02	0.11	0.01	0.01	0.16	0.01	0.16	0.00	0.12	0.08	0.15	0.19	0.08	0.06	0.03	0.01	0.01	0.10	0.01	0.02
C6	0.02	0.01	0.07	0.13	0.01	0.07	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.05	0.14	0.06	0.11	0.13	0.20	0.14
N1	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.04	0.01	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.10	0.12	0.18	0.13
N3	0.01	0.00	0.05	0.10	0.00	0.07	0.00	0.15	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.11	0.02	0.21	0.26	0.32	0.25
N4	0.01	0.01	0.02	0.09	0.00	0.09	0.01	0.19	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.05	0.11	0.04	0.23	0.32	0.37	0.30
O2	0.04	0.00	0.14	0.15	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.13	0.19	0.05	0.16	0.19	0.25	0.18
O2'	0.02	0.07	0.00	0.02	0.04	0.06	0.04	0.06	0.05	0.02	0.07	0.05	0.13	0.00	0.03	0.06	0.05	0.11	0.06	0.05
O3'	0.01	0.11	0.01	0.01	0.10	0.02	0.14	0.03	0.14	0.05	0.11	0.11	0.19	0.03	0.00	0.02	0.08	0.13	0.10	0.09
O4'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.00	0.06	0.01	0.06	0.01	0.02	0.04	0.05	0.06	0.02	0.00	0.06	0.08	0.11	0.07
O5'	0.05	0.16	0.05	0.06	0.20	0.01	0.16	0.01	0.11	0.10	0.21	0.23	0.16	0.05	0.08	0.06	0.00	0.03	0.01	0.01
OP1	0.05	0.20	0.07	0.08	0.27	0.09	0.21	0.10	0.13	0.12	0.26	0.32	0.19	0.11	0.13	0.08	0.03	0.00	0.01	0.01
OP2	0.12	0.25	0.08	0.05	0.32	0.03	0.27	0.01	0.20	0.18	0.32	0.37	0.25	0.06	0.10	0.11	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.06	0.19	0.05	0.05	0.25	0.02	0.21	0.02	0.14	0.13	0.25	0.30	0.18	0.05	0.09	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00