ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 35504

back

Distances from reference structure (by RMSD)

21, 39, 56, 21, 2, 1, 6, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 8, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.027, 0.101, 0.175, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.101 std_dev=0.074
N1 B 0, 0.027, 0.119, 0.211, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.119 std_dev=0.092
N9 A 0, 0.011, 0.167, 0.322, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.167 std_dev=0.155
C5 A 0, 0.041, 0.207, 0.372, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.207 std_dev=0.166
N3 A 0, 0.032, 0.202, 0.373, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.202 std_dev=0.170
N1 A 0, -0.003, 0.169, 0.340, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.169 std_dev=0.171
C6 A 0, 0.024, 0.219, 0.414, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.219 std_dev=0.195
C4 B 0, 0.153, 0.354, 0.555, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.354 std_dev=0.201
C2 A 0, 0.004, 0.215, 0.426, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.215 std_dev=0.211
C1' B 0, 0.093, 0.317, 0.542, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.317 std_dev=0.224
C1' A 0, 0.068, 0.295, 0.523, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.295 std_dev=0.227
C8 A 0, 0.013, 0.300, 0.586, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.300 std_dev=0.286
N7 A 0, 0.040, 0.357, 0.675, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.357 std_dev=0.318
N4 B 0, 0.226, 0.544, 0.863, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.544 std_dev=0.319
O6 A 0, 0.012, 0.338, 0.664, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.338 std_dev=0.326
N3 B 0, -0.022, 0.346, 0.715, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.346 std_dev=0.369
N2 A 0, -0.018, 0.360, 0.738, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.360 std_dev=0.378
O4' B 0, 0.022, 0.422, 0.822, 3.499 max_d=3.499 avg_d=0.422 std_dev=0.400
C6 B 0, -0.179, 0.320, 0.819, 2.297 max_d=2.297 avg_d=0.320 std_dev=0.499
C2 B 0, -0.196, 0.325, 0.846, 2.430 max_d=2.430 avg_d=0.325 std_dev=0.521
C5 B 0, -0.150, 0.482, 1.114, 2.924 max_d=2.924 avg_d=0.482 std_dev=0.632
C4' B 0, -0.024, 0.613, 1.251, 4.349 max_d=4.349 avg_d=0.613 std_dev=0.638
C2' B 0, -0.107, 0.639, 1.386, 3.667 max_d=3.667 avg_d=0.639 std_dev=0.747
C3' B 0, -0.195, 0.721, 1.637, 4.323 max_d=4.323 avg_d=0.721 std_dev=0.916
C2' A 0, 0.217, 1.162, 2.108, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.162 std_dev=0.945
O4' A 0, 0.192, 1.194, 2.196, 3.150 max_d=3.150 avg_d=1.194 std_dev=1.002
O2' B 0, -0.103, 0.915, 1.932, 4.899 max_d=4.899 avg_d=0.915 std_dev=1.017
O2 B 0, -0.441, 0.604, 1.648, 4.796 max_d=4.796 avg_d=0.604 std_dev=1.045
C5' B 0, -0.403, 0.867, 2.138, 7.211 max_d=7.211 avg_d=0.867 std_dev=1.270
O2' A 0, 0.414, 1.694, 2.973, 4.400 max_d=4.400 avg_d=1.694 std_dev=1.280
C3' A 0, 0.283, 1.572, 2.861, 4.592 max_d=4.592 avg_d=1.572 std_dev=1.289
O3' B 0, -0.325, 1.033, 2.391, 6.408 max_d=6.408 avg_d=1.033 std_dev=1.358
C4' A 0, 0.290, 1.666, 3.041, 4.642 max_d=4.642 avg_d=1.666 std_dev=1.375
O3' A 0, 0.303, 1.756, 3.208, 5.656 max_d=5.656 avg_d=1.756 std_dev=1.453
O5' B 0, -0.620, 1.094, 2.808, 8.504 max_d=8.504 avg_d=1.094 std_dev=1.714
C5' A 0, 0.505, 2.544, 4.582, 6.096 max_d=6.096 avg_d=2.544 std_dev=2.038
O5' A 0, 0.618, 2.703, 4.788, 6.953 max_d=6.953 avg_d=2.703 std_dev=2.085
OP1 A 0, 0.236, 2.411, 4.587, 8.076 max_d=8.076 avg_d=2.411 std_dev=2.176
P B 0, -0.853, 1.538, 3.929, 10.911 max_d=10.911 avg_d=1.538 std_dev=2.391
P A 0, 0.354, 2.753, 5.152, 8.075 max_d=8.075 avg_d=2.753 std_dev=2.399
OP2 B 0, -0.942, 1.764, 4.469, 12.683 max_d=12.683 avg_d=1.764 std_dev=2.706
OP1 B 0, -0.842, 1.873, 4.589, 11.000 max_d=11.000 avg_d=1.873 std_dev=2.715
OP2 A 0, 0.652, 3.717, 6.782, 9.756 max_d=9.756 avg_d=3.717 std_dev=3.065

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.17 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.32 0.01 0.31 0.03 0.52 0.69 0.29
C2 0.05 0.00 0.37 0.20 0.01 0.55 0.01 0.92 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.48 0.38 0.63 0.52 0.01 0.83 0.63 0.45
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.19 0.02 0.09 0.28 0.16 0.22 0.28 0.44 0.36 0.13 0.03 0.00 0.03 0.01 0.45 0.12 1.14 0.37 0.48
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.19 0.01 0.28 0.02 0.27 0.36 0.22 0.23 0.18 0.36 0.20 0.02 0.01 0.02 0.36 0.31 0.78 0.30 0.31
C4 0.03 0.01 0.19 0.19 0.00 0.26 0.01 0.57 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.21 0.33 0.41 0.01 0.67 0.73 0.40
C4' 0.01 0.55 0.02 0.01 0.26 0.00 0.14 0.01 0.23 0.32 0.42 0.70 0.52 0.21 0.07 0.29 0.03 0.01 0.02 0.17 0.31 0.40 0.08
C5 0.02 0.01 0.09 0.28 0.01 0.14 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.14 0.14 0.52 0.01 0.61 0.96 0.55
C5' 0.17 0.92 0.28 0.02 0.57 0.01 0.44 0.00 0.58 0.31 0.80 1.08 0.85 0.28 0.27 0.09 0.25 0.02 0.01 0.50 0.27 0.34 0.01
C6 0.03 0.01 0.16 0.27 0.01 0.23 0.01 0.58 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.26 0.48 0.00 0.68 0.87 0.53
C8 0.02 0.01 0.22 0.36 0.01 0.32 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.55 0.18 0.32 0.79 0.02 0.43 1.35 0.78
N1 0.04 0.00 0.28 0.22 0.01 0.42 0.01 0.80 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.28 0.48 0.47 0.01 0.78 0.69 0.45
N2 0.07 0.00 0.44 0.23 0.02 0.70 0.01 1.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.68 0.49 0.76 0.64 0.02 0.92 0.69 0.54
N3 0.05 0.01 0.36 0.18 0.00 0.52 0.01 0.85 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.47 0.38 0.64 0.47 0.01 0.80 0.60 0.40
N7 0.01 0.01 0.13 0.36 0.01 0.21 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.46 0.20 0.17 0.74 0.02 0.51 1.35 0.80
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.07 0.01 0.27 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.12 0.01 0.47 0.02 0.54 0.88 0.44
O2' 0.02 0.48 0.00 0.02 0.15 0.29 0.18 0.09 0.16 0.55 0.30 0.68 0.47 0.46 0.18 0.00 0.07 0.20 0.24 0.21 1.09 0.43 0.38
O3' 0.32 0.38 0.03 0.01 0.21 0.03 0.14 0.25 0.18 0.18 0.28 0.49 0.38 0.20 0.12 0.07 0.00 0.30 0.26 0.19 0.62 0.39 0.27
O4' 0.01 0.63 0.01 0.02 0.33 0.01 0.14 0.02 0.26 0.32 0.48 0.76 0.64 0.17 0.01 0.20 0.30 0.00 0.44 0.18 0.19 0.83 0.54
O5' 0.31 0.52 0.45 0.36 0.41 0.02 0.52 0.01 0.48 0.79 0.47 0.64 0.47 0.74 0.47 0.24 0.26 0.44 0.00 0.53 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.12 0.31 0.01 0.17 0.01 0.50 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.21 0.19 0.18 0.53 0.00 0.65 0.99 0.62
OP1 0.52 0.83 1.14 0.78 0.67 0.31 0.61 0.27 0.68 0.43 0.78 0.92 0.80 0.51 0.54 1.09 0.62 0.19 0.02 0.65 0.00 0.01 0.01
OP2 0.69 0.63 0.37 0.30 0.73 0.40 0.96 0.34 0.87 1.35 0.69 0.69 0.60 1.35 0.88 0.43 0.39 0.83 0.02 0.99 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.45 0.48 0.31 0.40 0.08 0.55 0.01 0.53 0.78 0.45 0.54 0.40 0.80 0.44 0.38 0.27 0.54 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.40 0.47 0.49 0.36 0.40 0.33 0.47 0.33 0.36 0.41 0.39 0.43 0.49 0.55 0.34 0.63 0.76 0.94 0.73
C2 0.35 0.50 0.48 0.43 0.17 0.35 0.25 0.48 0.17 0.29 0.45 0.25 0.71 0.59 0.48 0.29 0.51 0.49 0.64 0.46
C2' 0.77 0.79 0.82 0.75 0.65 0.73 0.66 0.69 0.70 0.74 0.76 0.56 0.86 0.90 0.76 0.75 0.78 0.81 0.93 0.78
C3' 0.61 0.68 0.69 0.63 0.52 0.59 0.51 0.62 0.53 0.58 0.66 0.47 0.81 0.77 0.67 0.57 0.91 1.06 1.27 1.08
C4 0.23 0.26 0.32 0.37 0.20 0.32 0.26 0.45 0.23 0.21 0.24 0.24 0.35 0.37 0.40 0.26 0.51 0.54 0.69 0.49
C4' 1.05 1.09 1.09 1.06 0.99 1.01 0.94 1.01 0.97 1.04 1.08 0.94 1.15 1.11 1.09 1.01 1.21 1.33 1.45 1.34
C5 0.24 0.27 0.34 0.38 0.19 0.32 0.27 0.46 0.22 0.20 0.23 0.26 0.40 0.41 0.43 0.27 0.51 0.51 0.65 0.46
C5' 1.36 1.41 1.37 1.29 1.18 1.27 1.10 1.21 1.19 1.32 1.35 1.06 1.51 1.43 1.31 1.29 1.35 1.43 1.48 1.43
C6 0.30 0.38 0.44 0.43 0.17 0.35 0.28 0.50 0.20 0.23 0.31 0.27 0.58 0.56 0.51 0.30 0.52 0.50 0.63 0.46
C8 0.27 0.28 0.35 0.40 0.27 0.34 0.29 0.45 0.27 0.27 0.28 0.28 0.32 0.38 0.44 0.29 0.53 0.60 0.77 0.56
N1 0.37 0.49 0.53 0.47 0.17 0.38 0.28 0.52 0.18 0.29 0.43 0.28 0.74 0.66 0.55 0.32 0.53 0.51 0.65 0.48
N2 0.47 0.69 0.62 0.50 0.25 0.40 0.25 0.51 0.18 0.40 0.64 0.29 0.96 0.75 0.56 0.35 0.53 0.51 0.67 0.50
N3 0.26 0.34 0.34 0.37 0.17 0.31 0.25 0.45 0.20 0.23 0.32 0.22 0.47 0.41 0.40 0.26 0.51 0.52 0.68 0.48
N7 0.23 0.24 0.32 0.37 0.23 0.33 0.28 0.46 0.25 0.22 0.22 0.27 0.31 0.37 0.42 0.28 0.51 0.54 0.69 0.49
N9 0.27 0.28 0.35 0.40 0.27 0.34 0.28 0.45 0.27 0.27 0.28 0.28 0.31 0.37 0.44 0.29 0.55 0.62 0.79 0.58
O2' 1.40 1.34 1.40 1.29 1.12 1.34 1.19 1.26 1.28 1.34 1.25 0.92 1.41 1.49 1.28 1.41 1.21 1.14 1.13 1.12
O3' 0.94 1.00 1.00 0.95 0.87 0.94 0.92 0.99 0.91 0.92 0.96 0.84 1.14 1.07 0.97 0.93 1.31 1.50 1.74 1.53
O4' 1.03 1.09 1.11 1.14 1.09 1.04 1.02 1.07 1.02 1.05 1.12 1.11 1.09 1.08 1.18 0.99 1.24 1.33 1.47 1.34
O5' 1.15 1.12 1.13 1.12 0.97 1.13 0.98 1.15 1.05 1.11 1.06 0.87 1.17 1.16 1.13 1.15 1.29 1.43 1.50 1.43
O6 0.33 0.40 0.49 0.46 0.18 0.38 0.30 0.53 0.21 0.24 0.32 0.29 0.63 0.62 0.56 0.33 0.55 0.53 0.65 0.49
OP1 1.25 1.24 1.26 1.25 1.13 1.25 1.12 1.29 1.17 1.22 1.21 1.07 1.30 1.28 1.28 1.25 1.44 1.63 1.70 1.62
OP2 1.18 1.08 1.08 1.02 0.83 1.12 0.86 1.10 0.98 1.08 0.95 0.69 1.18 1.17 0.99 1.20 1.30 1.34 1.41 1.36
P 1.05 0.98 0.99 0.99 0.83 1.04 0.86 1.07 0.94 0.99 0.90 0.71 1.04 1.03 0.99 1.08 1.24 1.39 1.45 1.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.19 0.22 0.26 0.17
C2 0.02 0.00 0.07 0.13 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.12 0.08 0.36 0.36 0.42 0.32
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.02 0.07 0.05 0.08 0.03 0.06 0.06 0.13 0.00 0.02 0.01 0.26 0.35 0.21 0.20
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.16 0.00 0.16 0.02 0.15 0.10 0.15 0.17 0.14 0.02 0.01 0.01 0.32 0.46 0.17 0.26
C4 0.02 0.01 0.05 0.16 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.16 0.03 0.52 0.52 0.68 0.51
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.10 0.12 0.15 0.11 0.02 0.00 0.01 0.18 0.26 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.14 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.07 0.57 0.56 0.73 0.58
C5' 0.04 0.18 0.05 0.02 0.22 0.01 0.26 0.00 0.23 0.12 0.21 0.25 0.26 0.08 0.07 0.01 0.01 0.25 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.13 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.14 0.09 0.51 0.47 0.58 0.48
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.02 0.36 0.34 0.40 0.31
N3 0.02 0.00 0.06 0.15 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.06 0.44 0.44 0.55 0.41
N4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.19 0.04 0.55 0.58 0.77 0.58
O2 0.05 0.00 0.13 0.14 0.01 0.15 0.01 0.26 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.19 0.15 0.16 0.33 0.36 0.36 0.30
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.12 0.11 0.11 0.08 0.10 0.07 0.13 0.13 0.19 0.00 0.05 0.09 0.12 0.30 0.18 0.13
O3' 0.07 0.12 0.02 0.01 0.16 0.02 0.18 0.07 0.14 0.08 0.14 0.19 0.15 0.05 0.00 0.04 0.28 0.59 0.22 0.32
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.06 0.04 0.16 0.09 0.04 0.00 0.12 0.17 0.32 0.18
O5' 0.19 0.36 0.26 0.32 0.52 0.01 0.57 0.01 0.51 0.36 0.44 0.55 0.33 0.12 0.28 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.22 0.36 0.35 0.46 0.52 0.18 0.56 0.25 0.47 0.34 0.44 0.58 0.36 0.30 0.59 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.42 0.21 0.17 0.68 0.26 0.73 0.36 0.58 0.40 0.55 0.77 0.36 0.18 0.22 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.32 0.20 0.26 0.51 0.06 0.58 0.02 0.48 0.31 0.41 0.58 0.30 0.13 0.32 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00