ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 35694

back

Distances from reference structure (by RMSD)

8, 165, 145, 82, 45, 12, 4, 9, 5, 13, 7, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.065, 0.141, 0.217, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.141 std_dev=0.076
N1 A 0, 0.055, 0.187, 0.320, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.187 std_dev=0.132
C6 A 0, 0.076, 0.224, 0.372, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.224 std_dev=0.148
C2 B 0, 0.079, 0.258, 0.438, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.258 std_dev=0.180
C2 A 0, 0.071, 0.254, 0.437, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.254 std_dev=0.183
C1' B 0, 0.061, 0.255, 0.448, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.255 std_dev=0.194
C6 B 0, 0.032, 0.237, 0.442, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.237 std_dev=0.205
N3 A 0, 0.081, 0.322, 0.563, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.322 std_dev=0.241
N3 B 0, 0.081, 0.332, 0.582, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.332 std_dev=0.251
C5 A 0, 0.048, 0.307, 0.565, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.307 std_dev=0.258
C2' B 0, 0.055, 0.320, 0.584, 2.363 max_d=2.363 avg_d=0.320 std_dev=0.265
C1' A 0, 0.067, 0.362, 0.658, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.362 std_dev=0.295
C4 A 0, 0.050, 0.345, 0.641, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.345 std_dev=0.295
C3' B 0, 0.050, 0.351, 0.652, 2.314 max_d=2.314 avg_d=0.351 std_dev=0.301
C5 B 0, 0.049, 0.353, 0.657, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.353 std_dev=0.304
C4 B 0, 0.071, 0.380, 0.689, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.380 std_dev=0.309
O4' B 0, 0.050, 0.368, 0.686, 2.162 max_d=2.162 avg_d=0.368 std_dev=0.318
O2 B 0, 0.093, 0.414, 0.735, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.414 std_dev=0.321
O2 A 0, 0.079, 0.408, 0.737, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.408 std_dev=0.329
O4' A 0, 0.071, 0.415, 0.759, 3.445 max_d=3.445 avg_d=0.415 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.042, 0.429, 0.816, 2.305 max_d=2.305 avg_d=0.429 std_dev=0.387
O2' B 0, 0.110, 0.499, 0.889, 3.358 max_d=3.358 avg_d=0.499 std_dev=0.389
C2' A 0, 0.073, 0.472, 0.871, 2.366 max_d=2.366 avg_d=0.472 std_dev=0.399
O3' B 0, 0.066, 0.487, 0.907, 3.004 max_d=3.004 avg_d=0.487 std_dev=0.420
O4 B 0, 0.108, 0.550, 0.993, 2.962 max_d=2.962 avg_d=0.550 std_dev=0.442
C4' A 0, 0.034, 0.494, 0.955, 4.285 max_d=4.285 avg_d=0.494 std_dev=0.461
N4 A 0, 0.056, 0.540, 1.024, 2.524 max_d=2.524 avg_d=0.540 std_dev=0.484
C3' A 0, -0.006, 0.505, 1.016, 4.237 max_d=4.237 avg_d=0.505 std_dev=0.511
C5' A 0, 0.037, 0.573, 1.108, 5.383 max_d=5.383 avg_d=0.573 std_dev=0.535
O5' A 0, 0.016, 0.552, 1.088, 5.149 max_d=5.149 avg_d=0.552 std_dev=0.536
C5' B 0, 0.088, 0.626, 1.163, 3.581 max_d=3.581 avg_d=0.626 std_dev=0.537
O5' B 0, 0.149, 0.716, 1.282, 3.882 max_d=3.882 avg_d=0.716 std_dev=0.566
O2' A 0, 0.087, 0.701, 1.315, 3.119 max_d=3.119 avg_d=0.701 std_dev=0.614
P A 0, -0.061, 0.643, 1.347, 5.992 max_d=5.992 avg_d=0.643 std_dev=0.704
P B 0, 0.299, 1.047, 1.796, 5.903 max_d=5.903 avg_d=1.047 std_dev=0.748
OP2 A 0, 0.031, 0.789, 1.546, 6.134 max_d=6.134 avg_d=0.789 std_dev=0.758
O3' A 0, -0.023, 0.750, 1.524, 6.006 max_d=6.006 avg_d=0.750 std_dev=0.774
OP2 B 0, 0.341, 1.235, 2.130, 7.100 max_d=7.100 avg_d=1.235 std_dev=0.895
OP1 A 0, -0.024, 0.876, 1.777, 6.921 max_d=6.921 avg_d=0.876 std_dev=0.900
OP1 B 0, 0.326, 1.269, 2.212, 7.616 max_d=7.616 avg_d=1.269 std_dev=0.943

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.08 0.01 0.15 0.20 0.22 0.15
C2 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.15 0.05 0.27 0.28 0.36 0.27
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.07 0.08 0.03 0.08 0.07 0.16 0.01 0.03 0.01 0.23 0.32 0.27 0.24
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.15 0.01 0.17 0.03 0.16 0.09 0.14 0.17 0.16 0.02 0.01 0.02 0.24 0.32 0.18 0.21
C4 0.02 0.01 0.06 0.15 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.15 0.04 0.40 0.43 0.53 0.42
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.07 0.10 0.08 0.11 0.03 0.01 0.02 0.16 0.18 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.17 0.05 0.43 0.45 0.53 0.45
C5' 0.05 0.11 0.07 0.03 0.19 0.01 0.21 0.00 0.18 0.11 0.15 0.21 0.10 0.07 0.08 0.02 0.01 0.15 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.06 0.37 0.35 0.39 0.35
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.07 0.02 0.27 0.26 0.31 0.24
N3 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.15 0.05 0.34 0.36 0.45 0.35
N4 0.03 0.02 0.07 0.17 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.13 0.18 0.05 0.43 0.49 0.60 0.48
O2 0.04 0.01 0.16 0.16 0.02 0.08 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.23 0.08 0.22 0.25 0.32 0.22
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.12 0.11 0.11 0.07 0.10 0.07 0.12 0.13 0.15 0.00 0.07 0.08 0.15 0.30 0.29 0.21
O3' 0.08 0.15 0.03 0.01 0.15 0.03 0.17 0.08 0.15 0.07 0.15 0.18 0.23 0.07 0.00 0.07 0.23 0.37 0.24 0.24
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.08 0.08 0.07 0.00 0.09 0.16 0.22 0.14
O5' 0.15 0.27 0.23 0.24 0.40 0.02 0.43 0.01 0.37 0.27 0.34 0.43 0.22 0.15 0.23 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.28 0.32 0.32 0.43 0.16 0.45 0.15 0.35 0.26 0.36 0.49 0.25 0.30 0.37 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.36 0.27 0.18 0.53 0.18 0.53 0.24 0.39 0.31 0.45 0.60 0.32 0.29 0.24 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.27 0.24 0.21 0.42 0.06 0.45 0.02 0.35 0.24 0.35 0.48 0.22 0.21 0.24 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.40 0.34 0.37 0.69 0.33 0.64 0.37 0.50 0.37 0.57 0.38 0.46 0.43 0.79 0.31 0.49 0.57 0.66 0.54
C2 0.31 0.29 0.36 0.34 0.54 0.32 0.60 0.44 0.44 0.28 0.33 0.49 0.49 0.36 0.68 0.31 0.60 0.74 0.84 0.70
C2' 0.27 0.37 0.31 0.35 0.63 0.30 0.58 0.34 0.44 0.32 0.52 0.38 0.41 0.45 0.75 0.26 0.47 0.59 0.67 0.53
C3' 0.31 0.33 0.40 0.50 0.52 0.44 0.49 0.48 0.41 0.32 0.44 0.34 0.45 0.63 0.61 0.34 0.55 0.70 0.70 0.60
C4 0.44 0.49 0.51 0.48 0.25 0.49 0.35 0.63 0.36 0.38 0.43 0.65 0.58 0.49 0.35 0.44 0.74 0.92 0.97 0.85
C4' 0.38 0.43 0.45 0.53 0.58 0.48 0.54 0.49 0.47 0.40 0.53 0.42 0.49 0.63 0.65 0.40 0.54 0.65 0.64 0.56
C5 0.40 0.43 0.49 0.46 0.33 0.46 0.32 0.57 0.29 0.32 0.40 0.57 0.56 0.49 0.43 0.40 0.67 0.81 0.85 0.75
C5' 0.44 0.40 0.52 0.61 0.48 0.59 0.49 0.60 0.47 0.41 0.45 0.42 0.56 0.74 0.53 0.48 0.61 0.76 0.69 0.64
C6 0.28 0.30 0.38 0.38 0.41 0.35 0.44 0.44 0.33 0.23 0.33 0.44 0.47 0.42 0.49 0.29 0.56 0.68 0.74 0.63
N1 0.24 0.25 0.32 0.33 0.54 0.29 0.56 0.38 0.40 0.23 0.37 0.38 0.45 0.38 0.64 0.25 0.53 0.64 0.73 0.60
N3 0.40 0.41 0.44 0.41 0.36 0.42 0.51 0.56 0.43 0.35 0.33 0.62 0.54 0.42 0.47 0.40 0.70 0.87 0.95 0.82
N4 0.56 0.63 0.60 0.60 0.44 0.63 0.39 0.78 0.47 0.52 0.64 0.75 0.65 0.60 0.49 0.58 0.88 1.09 1.10 1.01
O2 0.35 0.35 0.36 0.34 0.69 0.33 0.70 0.43 0.52 0.35 0.47 0.48 0.51 0.36 0.87 0.35 0.59 0.72 0.84 0.70
O2' 0.37 0.51 0.37 0.38 0.76 0.34 0.67 0.33 0.51 0.43 0.67 0.50 0.49 0.45 0.90 0.35 0.44 0.53 0.63 0.48
O3' 0.29 0.35 0.38 0.50 0.52 0.44 0.46 0.47 0.37 0.29 0.47 0.38 0.44 0.67 0.63 0.31 0.52 0.72 0.67 0.57
O4' 0.36 0.45 0.42 0.48 0.65 0.43 0.62 0.44 0.52 0.43 0.58 0.41 0.49 0.53 0.72 0.38 0.52 0.59 0.63 0.54
O5' 0.41 0.34 0.48 0.60 0.40 0.56 0.46 0.61 0.46 0.39 0.36 0.35 0.45 0.70 0.42 0.47 0.66 0.82 0.74 0.70
OP1 0.50 0.32 0.53 0.75 0.38 0.80 0.49 0.90 0.53 0.43 0.31 0.32 0.51 0.94 0.39 0.65 0.88 1.17 0.96 0.97
OP2 0.47 0.43 0.44 0.65 0.57 0.70 0.66 0.84 0.65 0.51 0.47 0.36 0.30 0.69 0.57 0.60 0.91 1.13 1.03 1.00
P 0.48 0.32 0.50 0.74 0.40 0.75 0.52 0.83 0.55 0.44 0.32 0.28 0.41 0.88 0.39 0.62 0.85 1.04 0.90 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.17 0.23 0.26 0.18
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.02 0.04 0.31 0.35 0.42 0.30
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.05 0.08 0.03 0.07 0.15 0.00 0.03 0.07 0.01 0.18 0.25 0.20 0.16
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.14 0.01 0.17 0.03 0.16 0.08 0.12 0.14 0.02 0.01 0.16 0.02 0.21 0.30 0.20 0.18
C4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.14 0.01 0.04 0.43 0.49 0.63 0.45
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.06 0.09 0.02 0.10 0.00 0.02 0.17 0.21 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.18 0.01 0.05 0.45 0.50 0.63 0.46
C5' 0.04 0.11 0.05 0.03 0.19 0.01 0.22 0.00 0.18 0.11 0.15 0.09 0.06 0.07 0.21 0.02 0.01 0.20 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.05 0.40 0.41 0.49 0.37
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.02 0.30 0.32 0.38 0.28
N3 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.12 0.01 0.04 0.37 0.42 0.53 0.38
O2 0.04 0.01 0.15 0.14 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.20 0.02 0.07 0.25 0.31 0.37 0.26
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.11 0.09 0.10 0.06 0.09 0.06 0.13 0.18 0.00 0.06 0.12 0.07 0.09 0.21 0.21 0.12
O3' 0.08 0.12 0.03 0.01 0.14 0.02 0.18 0.07 0.16 0.06 0.12 0.20 0.06 0.00 0.16 0.05 0.22 0.41 0.31 0.24
O4 0.02 0.02 0.07 0.16 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.16 0.00 0.04 0.45 0.54 0.70 0.49
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.00 0.15 0.23 0.29 0.21
O5' 0.17 0.31 0.18 0.21 0.43 0.02 0.45 0.01 0.40 0.30 0.37 0.25 0.09 0.22 0.45 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.35 0.25 0.30 0.49 0.17 0.50 0.20 0.41 0.32 0.42 0.31 0.21 0.41 0.54 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.42 0.20 0.20 0.63 0.21 0.63 0.25 0.49 0.38 0.53 0.37 0.21 0.31 0.70 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.30 0.16 0.18 0.45 0.07 0.46 0.02 0.37 0.28 0.38 0.26 0.12 0.24 0.49 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00