ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 35702

back

Distances from reference structure (by RMSD)

12, 94, 126, 91, 71, 34, 24, 21, 8, 3, 9, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 3, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.077, 0.192, 0.307, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.192 std_dev=0.115
N1 A 0, 0.084, 0.212, 0.340, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.212 std_dev=0.128
C6 A 0, 0.044, 0.245, 0.446, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.245 std_dev=0.201
N3 B 0, 0.096, 0.310, 0.524, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.310 std_dev=0.214
C2 A 0, 0.117, 0.334, 0.551, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.334 std_dev=0.217
N9 B 0, 0.065, 0.286, 0.507, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.286 std_dev=0.221
C5 B 0, 0.128, 0.369, 0.610, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.369 std_dev=0.241
C1' B 0, 0.034, 0.308, 0.582, 2.189 max_d=2.189 avg_d=0.308 std_dev=0.274
C6 B 0, 0.119, 0.410, 0.702, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.410 std_dev=0.292
C2 B 0, 0.125, 0.425, 0.725, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.425 std_dev=0.300
N1 B 0, 0.109, 0.418, 0.727, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.418 std_dev=0.309
C5 A 0, 0.059, 0.389, 0.718, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.389 std_dev=0.330
N3 A 0, 0.098, 0.431, 0.764, 2.208 max_d=2.208 avg_d=0.431 std_dev=0.333
C1' A 0, 0.095, 0.433, 0.770, 2.475 max_d=2.475 avg_d=0.433 std_dev=0.338
O2 A 0, 0.161, 0.533, 0.905, 2.851 max_d=2.851 avg_d=0.533 std_dev=0.372
C4 A 0, 0.065, 0.456, 0.848, 2.363 max_d=2.363 avg_d=0.456 std_dev=0.391
C8 B 0, 0.161, 0.553, 0.945, 2.222 max_d=2.222 avg_d=0.553 std_dev=0.392
N7 B 0, 0.189, 0.606, 1.023, 2.089 max_d=2.089 avg_d=0.606 std_dev=0.417
C2' A 0, 0.136, 0.567, 0.997, 2.531 max_d=2.531 avg_d=0.567 std_dev=0.430
O4' B 0, 0.067, 0.499, 0.930, 2.830 max_d=2.830 avg_d=0.499 std_dev=0.431
O4' A 0, 0.054, 0.497, 0.939, 3.679 max_d=3.679 avg_d=0.497 std_dev=0.442
N6 B 0, 0.160, 0.604, 1.048, 2.576 max_d=2.576 avg_d=0.604 std_dev=0.444
C2' B 0, -0.059, 0.391, 0.841, 4.658 max_d=4.658 avg_d=0.391 std_dev=0.450
C3' A 0, 0.158, 0.646, 1.134, 3.478 max_d=3.478 avg_d=0.646 std_dev=0.488
C4' A 0, 0.084, 0.638, 1.193, 4.175 max_d=4.175 avg_d=0.638 std_dev=0.555
O2' B 0, 0.057, 0.625, 1.193, 5.835 max_d=5.835 avg_d=0.625 std_dev=0.568
C3' B 0, -0.077, 0.520, 1.117, 5.340 max_d=5.340 avg_d=0.520 std_dev=0.597
C4' B 0, -0.035, 0.564, 1.164, 4.609 max_d=4.609 avg_d=0.564 std_dev=0.599
N4 A 0, 0.097, 0.715, 1.333, 3.860 max_d=3.860 avg_d=0.715 std_dev=0.618
O2' A 0, 0.198, 0.839, 1.481, 3.921 max_d=3.921 avg_d=0.839 std_dev=0.641
O5' A 0, 0.073, 0.726, 1.378, 5.055 max_d=5.055 avg_d=0.726 std_dev=0.652
C5' A 0, 0.077, 0.731, 1.384, 5.324 max_d=5.324 avg_d=0.731 std_dev=0.654
O3' A 0, 0.259, 0.924, 1.590, 5.346 max_d=5.346 avg_d=0.924 std_dev=0.666
O3' B 0, -0.180, 0.608, 1.396, 7.450 max_d=7.450 avg_d=0.608 std_dev=0.788
P A 0, -0.094, 0.718, 1.530, 6.948 max_d=6.948 avg_d=0.718 std_dev=0.812
C5' B 0, -0.011, 0.854, 1.719, 6.595 max_d=6.595 avg_d=0.854 std_dev=0.865
O5' B 0, 0.145, 1.062, 1.979, 6.344 max_d=6.344 avg_d=1.062 std_dev=0.917
OP2 A 0, -0.090, 0.831, 1.752, 7.951 max_d=7.951 avg_d=0.831 std_dev=0.921
OP1 A 0, -0.008, 0.952, 1.912, 8.105 max_d=8.105 avg_d=0.952 std_dev=0.960
P B 0, 0.231, 1.490, 2.749, 8.709 max_d=8.709 avg_d=1.490 std_dev=1.259
OP1 B 0, 0.399, 1.826, 3.254, 9.416 max_d=9.416 avg_d=1.826 std_dev=1.427
OP2 B 0, 0.319, 1.802, 3.286, 10.692 max_d=10.692 avg_d=1.802 std_dev=1.483

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.16 0.16 0.24 0.14
C2 0.02 0.00 0.10 0.13 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.04 0.31 0.29 0.35 0.26
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.08 0.02 0.10 0.07 0.11 0.05 0.09 0.09 0.17 0.00 0.02 0.01 0.23 0.27 0.25 0.20
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.15 0.01 0.17 0.03 0.16 0.09 0.15 0.17 0.17 0.02 0.01 0.02 0.25 0.32 0.19 0.19
C4 0.02 0.01 0.08 0.15 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.15 0.04 0.44 0.43 0.51 0.40
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.10 0.07 0.11 0.03 0.00 0.02 0.14 0.24 0.06
C5 0.02 0.01 0.10 0.17 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.18 0.05 0.46 0.44 0.50 0.42
C5' 0.04 0.11 0.07 0.03 0.17 0.01 0.19 0.00 0.16 0.10 0.14 0.19 0.10 0.07 0.08 0.02 0.01 0.19 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.16 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.16 0.06 0.41 0.35 0.38 0.33
N1 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.07 0.02 0.30 0.26 0.31 0.24
N3 0.02 0.00 0.09 0.15 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.04 0.38 0.37 0.43 0.34
N4 0.02 0.01 0.09 0.17 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.15 0.18 0.04 0.47 0.49 0.57 0.45
O2 0.04 0.01 0.17 0.17 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.21 0.07 0.25 0.25 0.31 0.21
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.14 0.11 0.15 0.07 0.13 0.08 0.13 0.15 0.16 0.00 0.05 0.08 0.12 0.20 0.28 0.15
O3' 0.09 0.13 0.02 0.01 0.15 0.03 0.18 0.08 0.16 0.07 0.14 0.18 0.21 0.05 0.00 0.07 0.21 0.41 0.25 0.23
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.08 0.07 0.00 0.10 0.14 0.31 0.17
O5' 0.16 0.31 0.23 0.25 0.44 0.02 0.46 0.01 0.41 0.30 0.38 0.47 0.25 0.12 0.21 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.29 0.27 0.32 0.43 0.14 0.44 0.19 0.35 0.26 0.37 0.49 0.25 0.20 0.41 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.35 0.25 0.19 0.51 0.24 0.50 0.29 0.38 0.31 0.43 0.57 0.31 0.28 0.25 0.31 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.26 0.20 0.19 0.40 0.06 0.42 0.02 0.33 0.24 0.34 0.45 0.21 0.15 0.23 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.51 0.48 0.52 0.45 0.45 0.64 0.57 0.69 0.64 0.61 0.41 0.82 0.74 0.46 0.59 0.52 0.40 0.78 1.05 1.06 0.92
C2 0.38 0.51 0.41 0.43 0.33 0.44 0.51 0.64 0.48 0.64 0.41 0.44 0.67 0.74 0.41 0.56 0.39 0.42 0.91 1.23 1.36 1.11
C2' 0.35 0.51 0.46 0.50 0.41 0.43 0.59 0.59 0.66 0.59 0.61 0.40 0.81 0.69 0.41 0.56 0.53 0.37 0.81 1.13 1.12 0.99
C3' 0.33 0.49 0.48 0.56 0.36 0.46 0.50 0.58 0.56 0.51 0.55 0.39 0.68 0.59 0.36 0.56 0.65 0.35 0.77 1.09 1.01 0.93
C4 0.42 0.77 0.45 0.50 0.41 0.57 0.34 0.80 0.44 0.54 0.71 0.63 0.43 0.52 0.39 0.55 0.48 0.50 1.07 1.42 1.60 1.32
C4' 0.40 0.58 0.58 0.63 0.44 0.50 0.55 0.55 0.62 0.53 0.63 0.48 0.72 0.61 0.41 0.67 0.73 0.39 0.68 0.97 0.85 0.80
C5 0.42 0.68 0.49 0.59 0.39 0.61 0.31 0.81 0.44 0.46 0.62 0.59 0.45 0.42 0.36 0.53 0.57 0.50 1.04 1.31 1.43 1.21
C5' 0.47 0.57 0.69 0.76 0.41 0.60 0.45 0.58 0.53 0.45 0.57 0.51 0.61 0.50 0.39 0.79 0.92 0.45 0.62 0.87 0.72 0.68
C6 0.34 0.53 0.46 0.57 0.28 0.52 0.33 0.67 0.39 0.48 0.47 0.46 0.47 0.50 0.31 0.50 0.57 0.40 0.87 1.10 1.18 1.00
N1 0.32 0.44 0.41 0.47 0.29 0.42 0.48 0.59 0.48 0.58 0.42 0.36 0.62 0.67 0.36 0.51 0.46 0.36 0.83 1.10 1.19 0.99
N3 0.40 0.70 0.42 0.43 0.36 0.49 0.40 0.72 0.37 0.62 0.57 0.57 0.48 0.67 0.41 0.57 0.40 0.46 1.00 1.36 1.53 1.24
N4 0.52 0.91 0.53 0.56 0.55 0.67 0.51 0.92 0.70 0.59 0.93 0.73 0.68 0.54 0.49 0.64 0.54 0.60 1.18 1.61 1.80 1.49
O2 0.47 0.52 0.49 0.48 0.44 0.49 0.65 0.67 0.68 0.71 0.51 0.47 0.92 0.84 0.50 0.65 0.44 0.49 0.93 1.24 1.37 1.13
O2' 0.46 0.65 0.54 0.56 0.54 0.52 0.71 0.66 0.82 0.67 0.78 0.53 0.97 0.77 0.51 0.65 0.56 0.47 0.86 1.18 1.16 1.05
O3' 0.37 0.54 0.50 0.58 0.40 0.51 0.52 0.65 0.60 0.52 0.60 0.44 0.71 0.59 0.39 0.57 0.67 0.41 0.82 1.14 1.07 1.00
O4' 0.41 0.57 0.57 0.62 0.46 0.49 0.60 0.54 0.66 0.59 0.63 0.47 0.75 0.67 0.45 0.67 0.67 0.40 0.69 0.93 0.88 0.78
O5' 0.47 0.50 0.69 0.82 0.38 0.65 0.41 0.66 0.47 0.45 0.49 0.45 0.55 0.47 0.39 0.69 0.98 0.47 0.71 0.90 0.77 0.74
OP1 0.40 0.44 0.60 0.85 0.23 0.75 0.31 0.79 0.44 0.34 0.47 0.35 0.59 0.38 0.25 0.64 1.10 0.48 0.72 0.98 0.79 0.76
OP2 0.60 0.48 0.76 1.03 0.45 0.92 0.45 1.03 0.44 0.60 0.45 0.47 0.49 0.55 0.53 0.67 1.15 0.68 1.03 1.23 1.11 1.08
P 0.52 0.37 0.74 0.99 0.28 0.86 0.28 0.88 0.32 0.43 0.35 0.36 0.43 0.38 0.39 0.69 1.20 0.60 0.84 0.99 0.85 0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.18 0.33 0.33 0.19
C2 0.03 0.00 0.20 0.24 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.28 0.10 0.40 0.66 0.64 0.44
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.07 0.10 0.10 0.16 0.20 0.08 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.23 0.38 0.31 0.23
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.15 0.00 0.15 0.03 0.18 0.18 0.22 0.22 0.18 0.17 0.09 0.02 0.01 0.02 0.24 0.38 0.27 0.22
C4 0.02 0.01 0.10 0.15 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.05 0.38 0.59 0.59 0.40
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.06 0.11 0.02 0.00 0.02 0.24 0.25 0.09
C5 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.03 0.47 0.71 0.75 0.51
C5' 0.05 0.20 0.07 0.03 0.16 0.01 0.20 0.00 0.21 0.21 0.21 0.18 0.24 0.23 0.13 0.06 0.08 0.02 0.01 0.25 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.05 0.48 0.78 0.81 0.55
C8 0.01 0.01 0.10 0.18 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.18 0.07 0.46 0.60 0.67 0.46
N1 0.03 0.00 0.16 0.22 0.01 0.11 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.24 0.08 0.45 0.75 0.75 0.51
N3 0.03 0.01 0.20 0.22 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.26 0.10 0.35 0.58 0.55 0.37
N6 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.11 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.18 0.05 0.52 0.86 0.91 0.62
N7 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.12 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.17 0.04 0.51 0.74 0.82 0.56
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.34 0.49 0.50 0.33
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.10 0.11 0.10 0.06 0.12 0.13 0.16 0.18 0.13 0.13 0.07 0.00 0.05 0.08 0.12 0.36 0.29 0.19
O3' 0.10 0.28 0.02 0.01 0.14 0.02 0.13 0.08 0.17 0.18 0.24 0.26 0.18 0.17 0.07 0.05 0.00 0.08 0.24 0.52 0.34 0.28
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.08 0.10 0.05 0.04 0.01 0.08 0.08 0.00 0.14 0.29 0.34 0.21
O5' 0.18 0.40 0.23 0.24 0.38 0.02 0.47 0.01 0.48 0.46 0.45 0.35 0.52 0.51 0.34 0.12 0.24 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.66 0.38 0.38 0.59 0.24 0.71 0.25 0.78 0.60 0.75 0.58 0.86 0.74 0.49 0.36 0.52 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.64 0.31 0.27 0.59 0.25 0.75 0.31 0.81 0.67 0.75 0.55 0.91 0.82 0.50 0.29 0.34 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.44 0.23 0.22 0.40 0.09 0.51 0.02 0.55 0.46 0.51 0.37 0.62 0.56 0.33 0.19 0.28 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00