ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 35706

back

Distances from reference structure (by RMSD)

8, 136, 183, 94, 30, 21, 14, 5, 3, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.071, 0.164, 0.256, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.164 std_dev=0.092
N1 A 0, 0.071, 0.176, 0.281, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.176 std_dev=0.105
N9 B 0, 0.092, 0.244, 0.396, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.244 std_dev=0.152
C6 A 0, 0.071, 0.226, 0.380, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.226 std_dev=0.154
N3 B 0, 0.068, 0.224, 0.380, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.224 std_dev=0.156
C5 B 0, 0.112, 0.274, 0.436, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.274 std_dev=0.162
C2 A 0, 0.108, 0.276, 0.444, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.276 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.113, 0.299, 0.484, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.299 std_dev=0.186
C1' B 0, 0.079, 0.273, 0.466, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.273 std_dev=0.194
C2 B 0, 0.108, 0.304, 0.500, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.304 std_dev=0.196
C6 B 0, 0.104, 0.306, 0.508, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.306 std_dev=0.202
N3 A 0, 0.108, 0.325, 0.542, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.325 std_dev=0.217
C5 A 0, 0.092, 0.315, 0.538, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.315 std_dev=0.223
C1' A 0, 0.077, 0.310, 0.543, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.310 std_dev=0.233
C4 A 0, 0.094, 0.329, 0.564, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.329 std_dev=0.235
C8 B 0, 0.145, 0.402, 0.659, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.402 std_dev=0.257
N7 B 0, 0.153, 0.428, 0.704, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.428 std_dev=0.276
O2 A 0, 0.160, 0.447, 0.734, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.447 std_dev=0.287
O4' A 0, 0.055, 0.352, 0.648, 2.605 max_d=2.605 avg_d=0.352 std_dev=0.297
C2' A 0, 0.132, 0.436, 0.740, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.436 std_dev=0.304
O6 B 0, 0.120, 0.433, 0.746, 2.112 max_d=2.112 avg_d=0.433 std_dev=0.313
N2 B 0, 0.155, 0.480, 0.806, 2.423 max_d=2.423 avg_d=0.480 std_dev=0.326
C3' A 0, 0.148, 0.487, 0.826, 3.581 max_d=3.581 avg_d=0.487 std_dev=0.339
O4' B 0, 0.046, 0.394, 0.742, 2.729 max_d=2.729 avg_d=0.394 std_dev=0.348
C2' B 0, -0.034, 0.330, 0.694, 3.439 max_d=3.439 avg_d=0.330 std_dev=0.364
N4 A 0, 0.126, 0.495, 0.864, 2.555 max_d=2.555 avg_d=0.495 std_dev=0.369
C4' A 0, 0.077, 0.448, 0.819, 3.678 max_d=3.678 avg_d=0.448 std_dev=0.371
C5' A 0, 0.108, 0.549, 0.990, 4.226 max_d=4.226 avg_d=0.549 std_dev=0.441
O5' A 0, 0.073, 0.533, 0.993, 4.745 max_d=4.745 avg_d=0.533 std_dev=0.460
C3' B 0, -0.043, 0.423, 0.890, 4.806 max_d=4.806 avg_d=0.423 std_dev=0.467
O2' B 0, -0.033, 0.438, 0.908, 4.335 max_d=4.335 avg_d=0.438 std_dev=0.470
C4' B 0, -0.032, 0.444, 0.921, 4.252 max_d=4.252 avg_d=0.444 std_dev=0.476
O3' A 0, 0.218, 0.722, 1.227, 5.378 max_d=5.378 avg_d=0.722 std_dev=0.504
O2' A 0, 0.143, 0.651, 1.159, 3.278 max_d=3.278 avg_d=0.651 std_dev=0.508
P A 0, 0.030, 0.567, 1.104, 4.824 max_d=4.824 avg_d=0.567 std_dev=0.537
O3' B 0, -0.057, 0.508, 1.074, 5.231 max_d=5.231 avg_d=0.508 std_dev=0.566
OP1 A 0, 0.037, 0.715, 1.393, 5.352 max_d=5.352 avg_d=0.715 std_dev=0.678
C5' B 0, -0.022, 0.677, 1.375, 6.950 max_d=6.950 avg_d=0.677 std_dev=0.699
OP2 A 0, -0.008, 0.702, 1.412, 7.059 max_d=7.059 avg_d=0.702 std_dev=0.710
O5' B 0, 0.055, 0.962, 1.869, 8.760 max_d=8.760 avg_d=0.962 std_dev=0.907
P B 0, 0.121, 1.357, 2.593, 11.616 max_d=11.616 avg_d=1.357 std_dev=1.236
OP2 B 0, 0.125, 1.568, 3.011, 11.830 max_d=11.830 avg_d=1.568 std_dev=1.443
OP1 B 0, 0.198, 1.752, 3.305, 13.483 max_d=13.483 avg_d=1.752 std_dev=1.554

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.10 0.01 0.15 0.16 0.25 0.14
C2 0.02 0.00 0.10 0.13 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.13 0.05 0.29 0.27 0.41 0.28
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.07 0.10 0.03 0.08 0.07 0.18 0.00 0.02 0.01 0.22 0.27 0.29 0.22
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.16 0.01 0.17 0.03 0.16 0.10 0.15 0.18 0.16 0.02 0.01 0.02 0.23 0.28 0.18 0.19
C4 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.15 0.04 0.42 0.44 0.60 0.45
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.10 0.06 0.12 0.02 0.01 0.02 0.15 0.18 0.05
C5 0.02 0.01 0.09 0.17 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.17 0.06 0.45 0.46 0.61 0.48
C5' 0.04 0.10 0.07 0.03 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.10 0.14 0.20 0.08 0.07 0.08 0.02 0.01 0.16 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.15 0.07 0.39 0.35 0.47 0.37
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.07 0.02 0.28 0.25 0.36 0.26
N3 0.02 0.01 0.08 0.15 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.04 0.36 0.36 0.52 0.37
N4 0.03 0.02 0.07 0.18 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.17 0.18 0.04 0.45 0.51 0.68 0.51
O2 0.04 0.01 0.18 0.16 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.20 0.08 0.23 0.23 0.34 0.22
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.15 0.12 0.17 0.07 0.15 0.08 0.13 0.17 0.16 0.00 0.05 0.09 0.13 0.27 0.29 0.18
O3' 0.10 0.13 0.02 0.01 0.15 0.02 0.17 0.08 0.15 0.07 0.14 0.18 0.20 0.05 0.00 0.06 0.22 0.37 0.23 0.23
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.04 0.08 0.09 0.06 0.00 0.11 0.14 0.25 0.14
O5' 0.15 0.29 0.22 0.23 0.42 0.02 0.45 0.01 0.39 0.28 0.36 0.45 0.23 0.13 0.22 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.27 0.27 0.28 0.44 0.15 0.46 0.16 0.35 0.25 0.36 0.51 0.23 0.27 0.37 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.41 0.29 0.18 0.60 0.18 0.61 0.23 0.47 0.36 0.52 0.68 0.34 0.29 0.23 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.28 0.22 0.19 0.45 0.05 0.48 0.02 0.37 0.26 0.37 0.51 0.22 0.18 0.23 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.36 0.40 0.40 0.41 0.39 0.38 0.51 0.45 0.54 0.50 0.48 0.47 0.34 0.55 0.40 0.45 0.40 0.39 0.62 0.61 0.75 0.79 0.67
C2 0.42 0.33 0.43 0.46 0.39 0.42 0.50 0.52 0.48 0.56 0.34 0.49 0.34 0.61 0.45 0.47 0.42 0.43 0.78 0.58 0.98 1.03 0.87
C2' 0.32 0.40 0.37 0.41 0.35 0.38 0.46 0.48 0.50 0.46 0.46 0.48 0.32 0.51 0.36 0.42 0.42 0.37 0.64 0.57 0.81 0.83 0.71
C3' 0.27 0.38 0.38 0.44 0.30 0.38 0.40 0.46 0.45 0.40 0.43 0.47 0.30 0.45 0.30 0.42 0.49 0.33 0.59 0.51 0.77 0.76 0.65
C4 0.46 0.51 0.51 0.58 0.36 0.54 0.32 0.65 0.25 0.53 0.42 0.66 0.45 0.51 0.44 0.54 0.55 0.49 0.95 0.29 1.20 1.23 1.06
C4' 0.30 0.45 0.40 0.43 0.36 0.37 0.44 0.41 0.49 0.43 0.49 0.52 0.36 0.48 0.34 0.45 0.47 0.35 0.51 0.54 0.65 0.64 0.54
C5 0.43 0.52 0.52 0.61 0.32 0.54 0.24 0.63 0.31 0.42 0.46 0.63 0.46 0.36 0.37 0.56 0.59 0.45 0.90 0.36 1.11 1.11 0.98
C5' 0.30 0.47 0.44 0.48 0.35 0.41 0.40 0.42 0.44 0.39 0.47 0.55 0.40 0.42 0.32 0.49 0.56 0.33 0.49 0.48 0.66 0.59 0.51
C6 0.34 0.43 0.46 0.53 0.24 0.43 0.29 0.50 0.34 0.38 0.38 0.56 0.36 0.40 0.29 0.50 0.53 0.35 0.75 0.42 0.91 0.91 0.79
N1 0.34 0.31 0.41 0.45 0.29 0.38 0.41 0.46 0.42 0.47 0.34 0.47 0.26 0.52 0.35 0.46 0.44 0.36 0.70 0.51 0.86 0.89 0.76
N3 0.45 0.43 0.46 0.51 0.40 0.48 0.46 0.59 0.38 0.58 0.33 0.61 0.41 0.62 0.47 0.50 0.48 0.47 0.88 0.47 1.12 1.17 0.99
N4 0.53 0.62 0.56 0.64 0.47 0.63 0.42 0.76 0.41 0.60 0.59 0.74 0.54 0.55 0.51 0.58 0.61 0.57 1.06 0.38 1.37 1.40 1.22
O2 0.46 0.43 0.44 0.44 0.50 0.44 0.61 0.54 0.64 0.61 0.52 0.49 0.43 0.68 0.51 0.48 0.39 0.48 0.78 0.74 0.97 1.04 0.88
O2' 0.42 0.51 0.42 0.42 0.46 0.45 0.54 0.55 0.60 0.52 0.57 0.58 0.45 0.57 0.45 0.47 0.40 0.47 0.67 0.67 0.82 0.85 0.74
O3' 0.28 0.39 0.38 0.44 0.31 0.41 0.39 0.49 0.45 0.40 0.44 0.48 0.31 0.44 0.31 0.42 0.52 0.35 0.59 0.52 0.80 0.77 0.66
O4' 0.33 0.44 0.42 0.43 0.39 0.37 0.49 0.41 0.53 0.48 0.50 0.50 0.35 0.53 0.38 0.47 0.44 0.37 0.55 0.58 0.66 0.67 0.57
O5' 0.30 0.42 0.46 0.54 0.32 0.42 0.35 0.47 0.38 0.38 0.41 0.50 0.37 0.39 0.30 0.47 0.61 0.31 0.61 0.41 0.79 0.68 0.64
OP1 0.26 0.38 0.39 0.55 0.26 0.50 0.29 0.60 0.34 0.32 0.36 0.46 0.33 0.34 0.24 0.44 0.70 0.32 0.67 0.39 0.97 0.78 0.73
OP2 0.29 0.47 0.36 0.54 0.39 0.49 0.45 0.67 0.48 0.47 0.48 0.53 0.42 0.51 0.36 0.32 0.55 0.36 0.85 0.52 1.14 0.97 0.95
P 0.24 0.35 0.41 0.60 0.24 0.51 0.29 0.60 0.31 0.34 0.33 0.43 0.30 0.35 0.24 0.37 0.71 0.33 0.70 0.35 0.94 0.76 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.11 0.01 0.22 0.03 0.37 0.32 0.22
C2 0.04 0.00 0.19 0.21 0.01 0.14 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.24 0.12 0.44 0.02 0.70 0.67 0.51
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.08 0.09 0.10 0.15 0.23 0.19 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.27 0.08 0.38 0.32 0.26
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.14 0.01 0.15 0.03 0.17 0.17 0.20 0.25 0.19 0.17 0.10 0.02 0.01 0.02 0.31 0.18 0.39 0.27 0.26
C4 0.02 0.01 0.10 0.14 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.06 0.43 0.01 0.64 0.59 0.45
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.13 0.11 0.17 0.13 0.12 0.06 0.12 0.02 0.00 0.02 0.10 0.21 0.28 0.09
C5 0.02 0.01 0.06 0.15 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.12 0.04 0.53 0.01 0.78 0.75 0.58
C5' 0.05 0.27 0.08 0.03 0.18 0.01 0.20 0.00 0.23 0.22 0.25 0.32 0.24 0.23 0.13 0.07 0.09 0.02 0.01 0.24 0.25 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.16 0.06 0.55 0.01 0.84 0.82 0.63
C8 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.15 0.08 0.56 0.02 0.72 0.69 0.57
N1 0.04 0.01 0.15 0.20 0.01 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.20 0.10 0.50 0.01 0.79 0.75 0.58
N2 0.06 0.01 0.23 0.25 0.02 0.17 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.30 0.15 0.45 0.02 0.72 0.70 0.55
N3 0.04 0.01 0.19 0.19 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.22 0.12 0.39 0.02 0.61 0.57 0.44
N7 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.12 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.15 0.05 0.60 0.03 0.85 0.84 0.67
N9 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.40 0.02 0.55 0.50 0.39
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.10 0.12 0.12 0.07 0.13 0.15 0.15 0.22 0.16 0.15 0.07 0.00 0.06 0.09 0.13 0.14 0.32 0.34 0.19
O3' 0.11 0.24 0.03 0.01 0.12 0.02 0.12 0.09 0.16 0.15 0.20 0.30 0.22 0.15 0.07 0.06 0.00 0.08 0.29 0.16 0.49 0.39 0.31
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.10 0.15 0.12 0.05 0.02 0.09 0.08 0.00 0.18 0.05 0.33 0.34 0.22
O5' 0.22 0.44 0.27 0.31 0.43 0.02 0.53 0.01 0.55 0.56 0.50 0.45 0.39 0.60 0.40 0.13 0.29 0.18 0.00 0.59 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.18 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.14 0.16 0.05 0.59 0.00 0.92 0.92 0.70
OP1 0.37 0.70 0.38 0.39 0.64 0.21 0.78 0.25 0.84 0.72 0.79 0.72 0.61 0.85 0.55 0.32 0.49 0.33 0.02 0.92 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.67 0.32 0.27 0.59 0.28 0.75 0.34 0.82 0.69 0.75 0.70 0.57 0.84 0.50 0.34 0.39 0.34 0.02 0.92 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.51 0.26 0.26 0.45 0.09 0.58 0.02 0.63 0.57 0.58 0.55 0.44 0.67 0.39 0.19 0.31 0.22 0.01 0.70 0.01 0.01 0.00