ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 36159

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 21, 55, 7, 10, 48, 40, 4, 6, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 3,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.346, 0.450, 0.553, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.450 std_dev=0.103
N1 B 0, 0.321, 0.494, 0.666, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.494 std_dev=0.173
C2 A 0, 0.272, 0.539, 0.806, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.539 std_dev=0.267
C6 B 0, 0.349, 0.621, 0.892, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.621 std_dev=0.271
N3 A 0, 0.398, 0.692, 0.987, 2.099 max_d=2.099 avg_d=0.692 std_dev=0.295
C5 B 0, 0.620, 0.935, 1.249, 3.403 max_d=3.403 avg_d=0.935 std_dev=0.314
C1' A 0, 0.503, 0.825, 1.147, 2.513 max_d=2.513 avg_d=0.825 std_dev=0.322
C2 B 0, 0.200, 0.523, 0.847, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.523 std_dev=0.324
C6 A 0, 0.154, 0.484, 0.815, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.484 std_dev=0.331
C4 A 0, 0.516, 0.867, 1.219, 2.533 max_d=2.533 avg_d=0.867 std_dev=0.351
C5 A 0, 0.409, 0.776, 1.143, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.776 std_dev=0.367
C4 B 0, 0.504, 0.900, 1.296, 4.046 max_d=4.046 avg_d=0.900 std_dev=0.396
O2 A 0, 0.489, 0.896, 1.303, 2.771 max_d=2.771 avg_d=0.896 std_dev=0.407
N3 B 0, 0.146, 0.563, 0.980, 3.548 max_d=3.548 avg_d=0.563 std_dev=0.417
C1' B 0, 0.520, 0.973, 1.426, 4.034 max_d=4.034 avg_d=0.973 std_dev=0.453
O4 A 0, 0.748, 1.274, 1.801, 4.076 max_d=4.076 avg_d=1.274 std_dev=0.526
O2 B 0, 0.464, 0.993, 1.523, 4.493 max_d=4.493 avg_d=0.993 std_dev=0.530
C2' A 0, 0.445, 1.040, 1.635, 3.558 max_d=3.558 avg_d=1.040 std_dev=0.595
O4 B 0, 0.679, 1.342, 2.006, 6.374 max_d=6.374 avg_d=1.342 std_dev=0.663
C2' B 0, 0.730, 1.397, 2.064, 5.188 max_d=5.188 avg_d=1.397 std_dev=0.667
O2' A 0, 0.871, 1.556, 2.241, 4.084 max_d=4.084 avg_d=1.556 std_dev=0.685
O4' B 0, 0.538, 1.269, 2.001, 5.529 max_d=5.529 avg_d=1.269 std_dev=0.731
C3' B 0, 0.795, 1.611, 2.428, 7.688 max_d=7.688 avg_d=1.611 std_dev=0.817
O4' A 0, 0.261, 1.178, 2.095, 4.464 max_d=4.464 avg_d=1.178 std_dev=0.917
C4' B 0, 0.685, 1.640, 2.595, 8.074 max_d=8.074 avg_d=1.640 std_dev=0.955
O3' B 0, 1.432, 2.389, 3.346, 8.811 max_d=8.811 avg_d=2.389 std_dev=0.957
O2' B 0, 0.846, 1.829, 2.811, 5.243 max_d=5.243 avg_d=1.829 std_dev=0.983
C3' A 0, 0.469, 1.597, 2.725, 5.085 max_d=5.085 avg_d=1.597 std_dev=1.128
C5' B 0, 0.792, 1.981, 3.170, 9.390 max_d=9.390 avg_d=1.981 std_dev=1.189
O3' A 0, 0.856, 2.134, 3.412, 5.447 max_d=5.447 avg_d=2.134 std_dev=1.278
C4' A 0, 0.267, 1.576, 2.884, 5.951 max_d=5.951 avg_d=1.576 std_dev=1.308
O5' B 0, 1.033, 2.621, 4.209, 11.077 max_d=11.077 avg_d=2.621 std_dev=1.588
OP2 B 0, 1.658, 3.357, 5.056, 12.430 max_d=12.430 avg_d=3.357 std_dev=1.699
C5' A 0, 0.024, 1.944, 3.865, 8.490 max_d=8.490 avg_d=1.944 std_dev=1.920
O5' A 0, 0.024, 1.956, 3.887, 9.327 max_d=9.327 avg_d=1.956 std_dev=1.931
P B 0, 1.171, 3.155, 5.139, 12.765 max_d=12.765 avg_d=3.155 std_dev=1.984
P A 0, 0.139, 2.581, 5.022, 12.076 max_d=12.076 avg_d=2.581 std_dev=2.441
OP1 B 0, 2.040, 4.578, 7.115, 14.594 max_d=14.594 avg_d=4.578 std_dev=2.537
OP2 A 0, 0.237, 2.886, 5.536, 13.904 max_d=13.904 avg_d=2.886 std_dev=2.650
OP1 A 0, 0.522, 3.232, 5.941, 13.705 max_d=13.705 avg_d=3.232 std_dev=2.710

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.29 0.02 0.00 0.40 0.41 0.53 0.35
C2 0.03 0.00 0.12 0.25 0.02 0.22 0.02 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.29 0.02 0.18 0.59 0.63 0.95 0.62
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.02 0.11 0.18 0.12 0.04 0.10 0.20 0.00 0.03 0.08 0.02 0.56 0.80 0.56 0.59
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.27 0.00 0.29 0.02 0.27 0.17 0.27 0.31 0.02 0.01 0.29 0.02 0.20 0.38 0.22 0.20
C4 0.02 0.02 0.07 0.27 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.03 0.34 0.15 0.00 0.05 0.58 0.84 1.02 0.60
C4' 0.01 0.22 0.02 0.00 0.13 0.00 0.21 0.01 0.23 0.08 0.18 0.39 0.25 0.03 0.14 0.00 0.02 0.27 0.25 0.08
C5 0.02 0.02 0.11 0.29 0.01 0.21 0.00 0.40 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.16 0.02 0.17 0.71 1.06 1.05 0.76
C5' 0.06 0.35 0.18 0.02 0.26 0.01 0.40 0.00 0.42 0.15 0.31 0.63 0.09 0.16 0.28 0.02 0.01 0.38 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.27 0.01 0.23 0.00 0.42 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.15 0.02 0.21 0.73 0.97 0.93 0.73
N1 0.01 0.01 0.04 0.17 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.15 0.02 0.03 0.50 0.58 0.72 0.45
N3 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.18 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.02 0.34 0.23 0.02 0.12 0.60 0.72 1.04 0.64
O2 0.05 0.01 0.20 0.31 0.03 0.39 0.02 0.63 0.02 0.02 0.02 0.00 0.40 0.45 0.04 0.34 0.84 0.84 1.21 0.93
O2' 0.03 0.31 0.00 0.02 0.34 0.25 0.33 0.09 0.28 0.19 0.34 0.40 0.00 0.08 0.36 0.20 0.36 0.75 0.49 0.47
O3' 0.29 0.29 0.03 0.01 0.15 0.03 0.16 0.16 0.15 0.15 0.23 0.45 0.08 0.00 0.17 0.19 0.38 0.43 0.55 0.35
O4 0.02 0.02 0.08 0.29 0.00 0.14 0.02 0.28 0.02 0.02 0.02 0.04 0.36 0.17 0.00 0.06 0.59 0.90 1.10 0.64
O4' 0.00 0.18 0.02 0.02 0.05 0.00 0.17 0.02 0.21 0.03 0.12 0.34 0.20 0.19 0.06 0.00 0.29 0.18 0.50 0.25
O5' 0.40 0.59 0.56 0.20 0.58 0.02 0.71 0.01 0.73 0.50 0.60 0.84 0.36 0.38 0.59 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.63 0.80 0.38 0.84 0.27 1.06 0.38 0.97 0.58 0.72 0.84 0.75 0.43 0.90 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.95 0.56 0.22 1.02 0.25 1.05 0.38 0.93 0.72 1.04 1.21 0.49 0.55 1.10 0.50 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.62 0.59 0.20 0.60 0.08 0.76 0.02 0.73 0.45 0.64 0.93 0.47 0.35 0.64 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.50 0.49 0.53 0.83 1.16 1.00 1.24 0.89 0.87 0.42 0.78 0.69 0.60 1.44 1.35 0.76 1.09 1.60 1.15 1.19
C2 0.91 0.40 0.93 1.04 0.88 1.45 0.81 1.45 0.35 0.40 0.50 0.68 0.95 1.42 1.25 1.31 1.17 1.81 0.78 1.04
C2' 0.51 0.42 0.52 0.80 1.01 0.92 1.19 1.03 0.95 0.49 0.63 0.68 0.63 1.38 1.19 0.76 1.42 2.04 1.62 1.68
C3' 0.62 0.61 0.59 0.96 1.29 1.01 1.45 1.23 1.21 0.70 0.92 0.72 0.69 1.54 1.49 0.90 1.49 1.93 1.78 1.83
C4 1.25 1.00 1.14 1.13 0.43 1.46 0.35 1.52 0.73 1.01 0.74 1.20 1.25 1.44 0.73 1.49 1.06 1.81 0.72 1.03
C4' 0.92 0.94 0.87 1.17 1.35 1.15 1.36 1.16 1.14 0.87 1.17 1.10 1.00 1.81 1.53 1.09 1.29 1.63 1.51 1.54
C5 1.21 1.01 1.07 1.10 0.38 1.29 0.36 1.22 0.60 0.95 0.69 1.27 1.25 1.50 0.61 1.33 0.91 1.60 0.81 0.94
C5' 1.13 1.06 1.11 1.31 1.37 1.23 1.27 1.16 1.00 0.90 1.25 1.36 1.38 1.95 1.65 1.17 1.25 1.64 1.62 1.57
C6 0.97 0.67 0.85 0.98 0.57 1.14 0.55 1.01 0.35 0.59 0.42 1.03 1.03 1.47 0.87 1.11 0.88 1.52 0.87 0.94
N1 0.76 0.32 0.71 0.91 0.87 1.17 0.88 1.05 0.42 0.24 0.46 0.70 0.81 1.43 1.15 1.05 0.98 1.59 0.89 0.99
N3 1.12 0.70 1.08 1.12 0.61 1.54 0.34 1.64 0.46 0.75 0.57 0.91 1.13 1.40 1.07 1.50 1.18 1.92 0.68 1.08
O2 0.93 0.48 1.07 1.18 1.10 1.61 1.08 1.67 0.62 0.49 0.68 0.67 1.05 1.49 1.45 1.32 1.44 1.97 0.92 1.23
O2' 0.68 0.62 0.74 0.89 1.05 1.10 1.22 1.25 0.98 0.63 0.72 0.84 0.79 1.35 1.23 0.94 1.65 2.37 1.91 1.95
O3' 0.80 0.73 0.81 1.23 1.36 1.32 1.57 1.67 1.40 0.88 1.01 0.76 0.78 1.63 1.54 1.16 1.80 2.17 2.05 2.17
O4 1.37 1.21 1.28 1.23 0.72 1.56 0.76 1.70 1.04 1.20 1.02 1.37 1.39 1.46 0.78 1.60 1.17 1.95 0.79 1.16
O4' 0.90 0.93 0.90 1.18 1.33 1.19 1.33 0.98 1.06 0.84 1.12 1.04 0.97 1.81 1.46 1.00 1.04 1.37 1.13 1.14
O5' 1.08 0.96 1.11 1.29 0.92 1.16 0.90 1.06 0.74 0.76 0.93 1.44 1.40 1.91 1.18 1.04 1.14 1.61 1.64 1.50
OP1 0.95 1.27 0.94 1.11 1.51 1.00 1.28 0.97 0.95 0.91 1.50 1.60 1.21 1.77 1.86 0.92 1.21 1.80 1.85 1.63
OP2 1.45 1.23 1.58 1.57 0.88 1.37 0.91 1.22 0.92 1.09 1.03 1.72 1.98 2.01 1.11 1.25 1.12 1.47 1.60 1.45
P 1.07 0.99 1.14 1.27 1.00 1.12 0.92 1.03 0.70 0.74 1.01 1.48 1.50 1.87 1.35 1.00 1.12 1.61 1.69 1.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.34 0.02 0.01 0.30 0.26 0.64 0.36
C2 0.03 0.00 0.19 0.24 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.25 0.02 0.15 0.62 0.51 1.07 0.69
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.06 0.02 0.14 0.22 0.18 0.03 0.14 0.33 0.00 0.04 0.06 0.02 0.24 0.35 0.42 0.25
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.39 0.01 0.41 0.02 0.36 0.24 0.32 0.20 0.02 0.01 0.42 0.03 0.39 0.54 0.37 0.26
C4 0.02 0.01 0.06 0.39 0.00 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.20 0.00 0.03 0.94 0.71 1.72 1.09
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.15 0.00 0.22 0.01 0.22 0.09 0.09 0.17 0.33 0.03 0.15 0.00 0.02 0.28 0.57 0.18
C5 0.02 0.01 0.14 0.41 0.01 0.22 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.44 0.26 0.01 0.11 1.04 0.81 1.85 1.21
C5' 0.09 0.19 0.22 0.02 0.22 0.01 0.29 0.00 0.26 0.13 0.19 0.29 0.14 0.22 0.23 0.02 0.01 0.40 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.36 0.01 0.22 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.39 0.19 0.01 0.15 0.92 0.67 1.49 1.01
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.15 0.01 0.02 0.62 0.42 1.03 0.67
N3 0.03 0.01 0.14 0.32 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.19 0.01 0.11 0.78 0.60 1.37 0.87
O2 0.05 0.01 0.33 0.20 0.01 0.17 0.02 0.29 0.02 0.02 0.01 0.00 0.26 0.43 0.02 0.24 0.54 0.60 0.94 0.62
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.37 0.33 0.44 0.14 0.39 0.22 0.27 0.26 0.00 0.07 0.39 0.21 0.27 0.47 0.38 0.24
O3' 0.34 0.25 0.04 0.01 0.20 0.03 0.26 0.22 0.19 0.15 0.19 0.43 0.07 0.00 0.24 0.23 0.43 0.79 0.58 0.40
O4 0.02 0.02 0.06 0.42 0.00 0.15 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.24 0.00 0.04 1.00 0.79 1.90 1.19
O4' 0.01 0.15 0.02 0.03 0.03 0.00 0.11 0.02 0.15 0.02 0.11 0.24 0.21 0.23 0.04 0.00 0.40 0.34 0.72 0.44
O5' 0.30 0.62 0.24 0.39 0.94 0.02 1.04 0.01 0.92 0.62 0.78 0.54 0.27 0.43 1.00 0.40 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.51 0.35 0.54 0.71 0.28 0.81 0.40 0.67 0.42 0.60 0.60 0.47 0.79 0.79 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.64 1.07 0.42 0.37 1.72 0.57 1.85 0.38 1.49 1.03 1.37 0.94 0.38 0.58 1.90 0.72 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.36 0.69 0.25 0.26 1.09 0.18 1.21 0.02 1.01 0.67 0.87 0.62 0.24 0.40 1.19 0.44 0.01 0.01 0.01 0.00