ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 36164

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 165, 73, 26, 13, 1, 1, 6, 6, 4, 11, 24, 12, 26, 17, 7, 14, 17, 10, 66,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.037, 0.302, 0.568, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.302 std_dev=0.265
N1 A 0, 0.045, 0.454, 0.864, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.454 std_dev=0.410
C5 B 0, 0.104, 0.534, 0.964, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.534 std_dev=0.430
N3 B 0, 0.085, 0.529, 0.972, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.529 std_dev=0.444
C2 A 0, 0.093, 0.570, 1.047, 2.109 max_d=2.109 avg_d=0.570 std_dev=0.477
N3 A 0, 0.113, 0.802, 1.491, 3.052 max_d=3.052 avg_d=0.802 std_dev=0.689
N9 B 0, -0.002, 0.696, 1.394, 2.554 max_d=2.554 avg_d=0.696 std_dev=0.698
C6 A 0, -0.040, 0.702, 1.445, 2.606 max_d=2.606 avg_d=0.702 std_dev=0.743
N7 B 0, 0.123, 0.873, 1.624, 3.337 max_d=3.337 avg_d=0.873 std_dev=0.751
C2 B 0, 0.056, 0.826, 1.595, 2.860 max_d=2.860 avg_d=0.826 std_dev=0.770
C6 B 0, 0.054, 0.848, 1.641, 2.840 max_d=2.840 avg_d=0.848 std_dev=0.794
C8 B 0, 0.010, 0.924, 1.838, 3.420 max_d=3.420 avg_d=0.924 std_dev=0.914
C4 A 0, 0.022, 0.950, 1.879, 3.834 max_d=3.834 avg_d=0.950 std_dev=0.928
C5 A 0, -0.074, 0.902, 1.878, 3.673 max_d=3.673 avg_d=0.902 std_dev=0.976
N1 B 0, 0.017, 0.996, 1.974, 3.106 max_d=3.106 avg_d=0.996 std_dev=0.978
C1' A 0, -0.022, 1.020, 2.062, 4.209 max_d=4.209 avg_d=1.020 std_dev=1.042
O2 A 0, 0.003, 1.053, 2.102, 4.310 max_d=4.310 avg_d=1.053 std_dev=1.049
C1' B 0, -0.074, 1.048, 2.170, 3.944 max_d=3.944 avg_d=1.048 std_dev=1.122
N6 B 0, 0.095, 1.269, 2.444, 4.464 max_d=4.464 avg_d=1.269 std_dev=1.174
O2' B 0, 0.256, 1.502, 2.747, 4.686 max_d=4.686 avg_d=1.502 std_dev=1.245
C2' B 0, -0.008, 1.258, 2.524, 4.602 max_d=4.602 avg_d=1.258 std_dev=1.266
C2' A 0, 0.012, 1.297, 2.582, 4.958 max_d=4.958 avg_d=1.297 std_dev=1.285
O4 A 0, 0.002, 1.465, 2.928, 6.075 max_d=6.075 avg_d=1.465 std_dev=1.463
O4' A 0, -0.069, 1.499, 3.067, 5.924 max_d=5.924 avg_d=1.499 std_dev=1.568
C3' A 0, 0.117, 1.769, 3.420, 6.127 max_d=6.127 avg_d=1.769 std_dev=1.651
O4' B 0, -0.118, 1.573, 3.263, 6.027 max_d=6.027 avg_d=1.573 std_dev=1.690
O2' A 0, 0.008, 1.753, 3.498, 7.479 max_d=7.479 avg_d=1.753 std_dev=1.745
C3' B 0, -0.072, 1.753, 3.577, 6.229 max_d=6.229 avg_d=1.753 std_dev=1.824
C4' A 0, 0.028, 1.993, 3.957, 7.562 max_d=7.562 avg_d=1.993 std_dev=1.965
C4' B 0, -0.118, 1.973, 4.063, 7.540 max_d=7.540 avg_d=1.973 std_dev=2.090
O3' A 0, 0.237, 2.377, 4.516, 7.930 max_d=7.930 avg_d=2.377 std_dev=2.140
O3' B 0, 0.030, 2.171, 4.311, 7.747 max_d=7.747 avg_d=2.171 std_dev=2.140
O5' A 0, 0.270, 2.524, 4.779, 9.744 max_d=9.744 avg_d=2.524 std_dev=2.254
C5' A 0, 0.081, 2.431, 4.782, 8.904 max_d=8.904 avg_d=2.431 std_dev=2.350
O5' B 0, 0.024, 2.392, 4.760, 8.344 max_d=8.344 avg_d=2.392 std_dev=2.368
C5' B 0, -0.147, 2.399, 4.945, 9.077 max_d=9.077 avg_d=2.399 std_dev=2.546
P A 0, -0.012, 2.749, 5.510, 11.697 max_d=11.697 avg_d=2.749 std_dev=2.761
OP2 A 0, 0.143, 3.156, 6.169, 12.321 max_d=12.321 avg_d=3.156 std_dev=3.013
P B 0, -0.030, 3.030, 6.090, 11.033 max_d=11.033 avg_d=3.030 std_dev=3.060
OP1 A 0, 0.088, 3.315, 6.543, 13.631 max_d=13.631 avg_d=3.315 std_dev=3.228
OP1 B 0, 0.571, 3.984, 7.397, 11.849 max_d=11.849 avg_d=3.984 std_dev=3.413
OP2 B 0, 0.072, 3.770, 7.468, 12.720 max_d=12.720 avg_d=3.770 std_dev=3.698

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.29 0.02 0.01 0.24 0.33 0.39 0.25
C2 0.02 0.00 0.18 0.28 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.19 0.02 0.11 0.42 0.51 0.78 0.49
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.21 0.19 0.03 0.13 0.33 0.01 0.04 0.07 0.02 0.40 0.55 0.50 0.45
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.34 0.01 0.32 0.03 0.26 0.21 0.33 0.31 0.02 0.01 0.37 0.02 0.23 0.28 0.31 0.22
C4 0.02 0.01 0.06 0.34 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.20 0.01 0.04 0.56 0.71 1.20 0.73
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.17 0.08 0.11 0.17 0.28 0.03 0.14 0.01 0.02 0.21 0.25 0.07
C5 0.02 0.01 0.15 0.32 0.01 0.17 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.21 0.01 0.10 0.58 0.75 1.18 0.77
C5' 0.10 0.17 0.21 0.03 0.21 0.01 0.26 0.00 0.24 0.13 0.18 0.24 0.11 0.22 0.22 0.02 0.01 0.30 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.26 0.01 0.17 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.16 0.01 0.13 0.51 0.63 0.92 0.64
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.13 0.02 0.02 0.38 0.47 0.68 0.44
N3 0.02 0.00 0.13 0.33 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.18 0.02 0.08 0.50 0.61 1.02 0.62
O2 0.04 0.01 0.33 0.31 0.02 0.17 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.00 0.28 0.32 0.02 0.18 0.43 0.50 0.71 0.48
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.35 0.28 0.36 0.11 0.31 0.20 0.29 0.28 0.00 0.07 0.38 0.20 0.31 0.50 0.53 0.42
O3' 0.29 0.19 0.04 0.01 0.20 0.03 0.21 0.22 0.16 0.13 0.18 0.32 0.07 0.00 0.24 0.22 0.33 0.44 0.43 0.31
O4 0.02 0.02 0.07 0.37 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.02 0.02 0.02 0.38 0.24 0.00 0.04 0.59 0.77 1.33 0.80
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.04 0.01 0.10 0.02 0.13 0.02 0.08 0.18 0.20 0.22 0.04 0.00 0.20 0.28 0.32 0.25
O5' 0.24 0.42 0.40 0.23 0.56 0.02 0.58 0.01 0.51 0.38 0.50 0.43 0.31 0.33 0.59 0.20 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.33 0.51 0.55 0.28 0.71 0.21 0.75 0.30 0.63 0.47 0.61 0.50 0.50 0.44 0.77 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.78 0.50 0.31 1.20 0.25 1.18 0.35 0.92 0.68 1.02 0.71 0.53 0.43 1.33 0.32 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.49 0.45 0.22 0.73 0.07 0.77 0.02 0.64 0.44 0.62 0.48 0.42 0.31 0.80 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.15 1.29 1.29 1.55 0.73 1.94 0.87 2.23 1.22 1.08 1.47 0.87 1.39 0.92 0.90 1.14 1.63 1.76 2.08 2.90 2.25 2.30
C2 0.90 0.91 0.90 0.99 0.39 1.25 0.30 1.39 0.64 0.88 0.96 0.64 0.82 0.62 0.70 0.88 1.19 1.27 1.42 2.47 1.60 1.68
C2' 1.01 1.27 1.18 1.39 0.71 1.74 0.79 2.10 1.10 1.03 1.37 0.91 1.25 0.88 0.83 1.10 1.49 1.56 2.01 2.93 2.41 2.33
C3' 1.30 1.35 1.49 1.73 0.95 2.00 1.02 2.28 1.29 1.21 1.50 1.06 1.48 1.09 1.09 1.45 1.84 1.78 2.12 2.75 2.40 2.31
C4 1.11 0.70 0.95 1.09 0.70 1.26 0.55 1.21 0.52 0.91 0.59 0.81 0.81 0.83 0.90 1.02 1.44 1.30 1.18 1.96 1.32 1.32
C4' 1.60 1.72 1.76 2.06 1.32 2.35 1.37 2.62 1.67 1.44 1.89 1.42 1.87 1.34 1.39 1.69 2.14 2.06 2.37 2.84 2.52 2.47
C5 1.20 0.58 1.09 1.36 0.44 1.51 0.54 1.38 0.88 0.70 0.82 0.59 1.29 0.71 0.76 1.14 1.77 1.46 1.24 1.91 1.27 1.30
C5' 1.70 1.88 1.86 2.22 1.41 2.46 1.47 2.64 1.86 1.39 2.08 1.56 2.12 1.35 1.42 1.85 2.39 2.12 2.33 2.65 2.37 2.33
C6 1.21 0.83 1.18 1.50 0.38 1.75 0.61 1.68 1.08 0.68 1.17 0.49 1.40 0.60 0.72 1.11 1.83 1.66 1.47 2.14 1.41 1.50
N1 1.03 0.99 1.05 1.29 0.38 1.61 0.55 1.72 0.98 0.81 1.20 0.55 1.17 0.61 0.69 0.94 1.49 1.56 1.60 2.47 1.67 1.77
N3 1.00 0.77 0.89 0.96 0.63 1.17 0.44 1.20 0.42 0.93 0.70 0.74 0.58 0.74 0.86 0.93 1.22 1.23 1.22 2.18 1.37 1.42
O2 0.93 1.09 1.02 1.03 0.52 1.26 0.45 1.49 0.73 1.00 1.06 0.85 0.93 0.80 0.75 1.10 1.19 1.24 1.61 2.77 1.94 1.98
O2' 1.02 1.36 1.22 1.46 0.70 1.88 0.83 2.41 1.15 1.15 1.44 0.96 1.33 1.01 0.85 1.13 1.52 1.63 2.37 3.41 3.02 2.86
O3' 1.54 1.61 1.77 1.95 1.31 2.15 1.42 2.49 1.61 1.59 1.75 1.36 1.79 1.54 1.42 1.79 2.01 1.92 2.39 3.00 2.74 2.63
O4 1.25 1.09 1.09 1.22 0.99 1.37 0.84 1.39 0.68 1.14 0.80 1.17 0.82 1.10 1.10 1.20 1.53 1.41 1.40 2.02 1.60 1.55
O4' 1.49 1.61 1.63 1.96 1.22 2.32 1.31 2.55 1.63 1.32 1.84 1.28 1.82 1.24 1.27 1.47 2.04 2.01 2.26 2.77 2.29 2.33
O5' 1.46 1.54 1.67 2.03 1.09 2.22 1.24 2.33 1.69 1.10 1.84 1.20 2.04 1.13 1.11 1.68 2.29 1.88 2.03 2.34 2.05 2.00
OP1 1.71 1.63 1.92 2.39 1.20 2.59 1.42 2.62 1.95 1.20 2.05 1.28 2.44 1.32 1.24 2.06 2.82 2.12 2.23 2.42 2.17 2.14
OP2 1.32 1.46 1.53 1.97 0.94 2.00 1.12 2.05 1.59 0.86 1.72 1.16 2.02 1.03 0.91 1.59 2.38 1.64 1.83 2.12 1.97 1.82
P 1.51 1.33 1.70 2.19 0.86 2.34 1.04 2.34 1.57 0.87 1.69 1.01 2.04 0.93 0.97 1.78 2.65 1.93 1.98 2.21 1.95 1.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.32 0.82 0.38 0.37
C2 0.04 0.00 0.30 0.56 0.01 0.53 0.01 0.88 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.52 0.48 0.36 0.75 1.10 1.20 0.83
C2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.15 0.02 0.08 0.21 0.14 0.17 0.23 0.30 0.10 0.11 0.03 0.00 0.04 0.02 0.56 0.80 0.69 0.60
C3' 0.02 0.56 0.01 0.00 0.36 0.01 0.36 0.03 0.42 0.34 0.50 0.52 0.42 0.36 0.22 0.02 0.01 0.02 0.28 0.58 0.47 0.31
C4 0.02 0.01 0.15 0.36 0.00 0.27 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.25 0.19 0.33 1.01 0.66 0.38
C4' 0.01 0.53 0.02 0.01 0.27 0.00 0.20 0.01 0.28 0.26 0.43 0.50 0.25 0.21 0.10 0.29 0.03 0.01 0.02 0.33 0.31 0.10
C5 0.02 0.01 0.08 0.36 0.01 0.20 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.17 0.09 0.42 1.27 0.78 0.53
C5' 0.07 0.88 0.21 0.03 0.41 0.01 0.31 0.00 0.47 0.41 0.72 0.79 0.41 0.33 0.14 0.10 0.22 0.02 0.01 0.28 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.42 0.01 0.28 0.01 0.47 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.45 0.24 0.17 0.42 1.21 0.90 0.51
C8 0.02 0.02 0.17 0.34 0.01 0.26 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.31 0.23 0.20 0.83 1.65 0.97 1.00
N1 0.03 0.01 0.23 0.50 0.01 0.43 0.01 0.72 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.50 0.37 0.28 0.59 1.12 1.10 0.66
N3 0.04 0.01 0.30 0.52 0.01 0.50 0.01 0.79 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.47 0.47 0.36 0.64 0.97 0.98 0.68
N6 0.02 0.02 0.10 0.42 0.01 0.25 0.01 0.41 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.46 0.22 0.12 0.46 1.35 0.97 0.59
N7 0.02 0.02 0.11 0.36 0.01 0.21 0.01 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.36 0.21 0.11 0.74 1.66 1.01 0.94
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.16 0.02 0.42 1.12 0.55 0.50
O2' 0.02 0.52 0.00 0.02 0.36 0.29 0.38 0.10 0.45 0.31 0.50 0.47 0.46 0.36 0.22 0.00 0.07 0.21 0.45 0.71 0.78 0.53
O3' 0.34 0.48 0.04 0.01 0.25 0.03 0.17 0.22 0.24 0.23 0.37 0.47 0.22 0.21 0.16 0.07 0.00 0.23 0.37 0.75 0.59 0.47
O4' 0.01 0.36 0.02 0.02 0.19 0.01 0.09 0.02 0.17 0.20 0.28 0.36 0.12 0.11 0.02 0.21 0.23 0.00 0.20 0.76 0.30 0.31
O5' 0.32 0.75 0.56 0.28 0.33 0.02 0.42 0.01 0.42 0.83 0.59 0.64 0.46 0.74 0.42 0.45 0.37 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.82 1.10 0.80 0.58 1.01 0.33 1.27 0.28 1.21 1.65 1.12 0.97 1.35 1.66 1.12 0.71 0.75 0.76 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 1.20 0.69 0.47 0.66 0.31 0.78 0.41 0.90 0.97 1.10 0.98 0.97 1.01 0.55 0.78 0.59 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.37 0.83 0.60 0.31 0.38 0.10 0.53 0.02 0.51 1.00 0.66 0.68 0.59 0.94 0.50 0.53 0.47 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00