ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 36165

back

Distances from reference structure (by RMSD)

14, 32, 8, 7, 5, 4, 2, 2, 2, 6, 12, 8, 4, 0, 3, 14, 1, 2, 0, 11,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.062, 0.359, 0.656, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.359 std_dev=0.297
N1 A 0, 0.056, 0.372, 0.689, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.372 std_dev=0.316
C6 B 0, 0.138, 0.613, 1.089, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.613 std_dev=0.476
C6 A 0, 0.083, 0.617, 1.152, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.617 std_dev=0.535
C2 A 0, 0.078, 0.626, 1.174, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.626 std_dev=0.548
C2 B 0, 0.111, 0.699, 1.286, 2.239 max_d=2.239 avg_d=0.699 std_dev=0.588
N3 A 0, 0.071, 0.717, 1.364, 2.596 max_d=2.596 avg_d=0.717 std_dev=0.646
C5 B 0, 0.115, 0.815, 1.515, 2.659 max_d=2.659 avg_d=0.815 std_dev=0.700
N3 B 0, 0.130, 0.864, 1.598, 3.093 max_d=3.093 avg_d=0.864 std_dev=0.734
C4 B 0, 0.057, 0.803, 1.548, 2.950 max_d=2.950 avg_d=0.803 std_dev=0.745
C1' B 0, 0.031, 0.857, 1.683, 2.857 max_d=2.857 avg_d=0.857 std_dev=0.826
C5 A 0, 0.056, 0.903, 1.750, 3.332 max_d=3.332 avg_d=0.903 std_dev=0.847
C4 A 0, 0.007, 0.866, 1.726, 3.637 max_d=3.637 avg_d=0.866 std_dev=0.859
C1' A 0, 0.049, 0.926, 1.802, 3.733 max_d=3.733 avg_d=0.926 std_dev=0.876
C2' A 0, -0.035, 0.996, 2.028, 4.698 max_d=4.698 avg_d=0.996 std_dev=1.032
O2 B 0, 0.156, 1.257, 2.358, 4.054 max_d=4.054 avg_d=1.257 std_dev=1.101
O2 A 0, 0.094, 1.196, 2.298, 3.916 max_d=3.916 avg_d=1.196 std_dev=1.102
O4' B 0, 0.115, 1.321, 2.527, 4.418 max_d=4.418 avg_d=1.321 std_dev=1.206
N4 B 0, 0.069, 1.305, 2.541, 4.809 max_d=4.809 avg_d=1.305 std_dev=1.236
C3' A 0, 0.111, 1.451, 2.790, 6.339 max_d=6.339 avg_d=1.451 std_dev=1.339
O4 A 0, -0.011, 1.366, 2.742, 5.745 max_d=5.745 avg_d=1.366 std_dev=1.376
C2' B 0, 0.138, 1.589, 3.041, 4.363 max_d=4.363 avg_d=1.589 std_dev=1.452
O4' A 0, 0.056, 1.538, 3.019, 5.354 max_d=5.354 avg_d=1.538 std_dev=1.481
O2' A 0, 0.143, 1.727, 3.312, 5.901 max_d=5.901 avg_d=1.727 std_dev=1.585
O3' A 0, 0.115, 1.817, 3.519, 6.676 max_d=6.676 avg_d=1.817 std_dev=1.702
C4' B 0, 0.072, 1.830, 3.588, 6.328 max_d=6.328 avg_d=1.830 std_dev=1.758
C4' A 0, 0.118, 1.895, 3.671, 7.109 max_d=7.109 avg_d=1.895 std_dev=1.776
C3' B 0, 0.061, 1.867, 3.674, 5.946 max_d=5.946 avg_d=1.867 std_dev=1.807
O2' B 0, 0.279, 2.120, 3.961, 5.919 max_d=5.919 avg_d=2.120 std_dev=1.841
O3' B 0, 0.064, 2.071, 4.078, 6.211 max_d=6.211 avg_d=2.071 std_dev=2.007
C5' A 0, 0.092, 2.533, 4.975, 8.223 max_d=8.223 avg_d=2.533 std_dev=2.441
C5' B 0, 0.155, 2.611, 5.068, 7.560 max_d=7.560 avg_d=2.611 std_dev=2.456
O5' A 0, 0.190, 2.708, 5.227, 9.138 max_d=9.138 avg_d=2.708 std_dev=2.518
O5' B 0, 0.087, 2.985, 5.883, 8.978 max_d=8.978 avg_d=2.985 std_dev=2.898
P A 0, 0.122, 3.555, 6.987, 10.595 max_d=10.595 avg_d=3.555 std_dev=3.433
OP2 A 0, 0.342, 4.063, 7.783, 12.367 max_d=12.367 avg_d=4.063 std_dev=3.721
OP1 A 0, 0.326, 4.092, 7.857, 11.899 max_d=11.899 avg_d=4.092 std_dev=3.766
P B 0, 0.186, 4.177, 8.168, 12.060 max_d=12.060 avg_d=4.177 std_dev=3.991
OP1 B 0, 0.495, 4.779, 9.062, 13.049 max_d=13.049 avg_d=4.779 std_dev=4.283
OP2 B 0, 0.246, 4.582, 8.918, 13.726 max_d=13.726 avg_d=4.582 std_dev=4.336

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.34 0.03 0.01 0.20 0.42 0.45 0.24
C2 0.03 0.00 0.25 0.27 0.02 0.16 0.02 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.21 0.02 0.24 0.42 0.66 0.78 0.42
C2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.07 0.02 0.16 0.18 0.22 0.03 0.20 0.42 0.01 0.04 0.08 0.03 0.44 0.61 0.57 0.47
C3' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.42 0.01 0.43 0.03 0.36 0.25 0.36 0.24 0.02 0.01 0.45 0.02 0.26 0.66 0.31 0.28
C4 0.03 0.02 0.07 0.42 0.00 0.20 0.01 0.36 0.01 0.02 0.01 0.02 0.42 0.17 0.01 0.05 0.74 0.95 1.28 0.73
C4' 0.03 0.16 0.02 0.01 0.20 0.00 0.34 0.01 0.35 0.11 0.13 0.35 0.31 0.03 0.21 0.01 0.03 0.34 0.31 0.11
C5 0.02 0.02 0.16 0.43 0.01 0.34 0.00 0.56 0.01 0.02 0.01 0.03 0.56 0.21 0.02 0.21 0.93 1.10 1.43 0.94
C5' 0.06 0.26 0.18 0.03 0.36 0.01 0.56 0.00 0.54 0.19 0.26 0.51 0.15 0.20 0.39 0.03 0.01 0.24 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.36 0.01 0.35 0.01 0.54 0.00 0.01 0.01 0.02 0.54 0.16 0.02 0.28 0.85 0.93 1.16 0.80
N1 0.02 0.01 0.03 0.25 0.02 0.11 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.24 0.14 0.02 0.03 0.45 0.59 0.75 0.39
N3 0.03 0.01 0.20 0.36 0.01 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.02 0.33 0.15 0.02 0.16 0.54 0.77 1.01 0.52
O2 0.05 0.01 0.42 0.24 0.02 0.35 0.03 0.51 0.02 0.02 0.02 0.00 0.53 0.37 0.03 0.43 0.51 0.81 0.76 0.61
O2' 0.02 0.31 0.01 0.02 0.42 0.31 0.56 0.15 0.54 0.24 0.33 0.53 0.00 0.06 0.44 0.22 0.33 0.62 0.65 0.42
O3' 0.34 0.21 0.04 0.01 0.17 0.03 0.21 0.20 0.16 0.14 0.15 0.37 0.06 0.00 0.20 0.21 0.24 0.94 0.45 0.44
O4 0.03 0.02 0.08 0.45 0.01 0.21 0.02 0.39 0.02 0.02 0.02 0.03 0.44 0.20 0.00 0.06 0.79 1.04 1.42 0.81
O4' 0.01 0.24 0.03 0.02 0.05 0.01 0.21 0.03 0.28 0.03 0.16 0.43 0.22 0.21 0.06 0.00 0.20 0.38 0.46 0.31
O5' 0.20 0.42 0.44 0.26 0.74 0.03 0.93 0.01 0.85 0.45 0.54 0.51 0.33 0.24 0.79 0.20 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.42 0.66 0.61 0.66 0.95 0.34 1.10 0.24 0.93 0.59 0.77 0.81 0.62 0.94 1.04 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.78 0.57 0.31 1.28 0.31 1.43 0.36 1.16 0.75 1.01 0.76 0.65 0.45 1.42 0.46 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.42 0.47 0.28 0.73 0.11 0.94 0.02 0.80 0.39 0.52 0.61 0.42 0.44 0.81 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.04 0.99 1.17 1.20 0.82 1.44 0.83 1.61 0.72 0.82 0.88 1.04 1.31 1.28 1.58 1.45 1.45 1.51 1.49 1.60
C2 0.78 0.66 0.81 0.88 0.67 1.10 0.56 1.34 0.54 0.60 0.71 0.85 0.77 0.80 1.11 1.13 1.37 1.33 1.71 1.58
C2' 0.93 0.70 1.05 1.22 0.73 1.59 0.85 2.04 0.74 0.66 0.62 1.00 1.03 1.18 1.58 1.52 1.91 2.17 2.05 2.19
C3' 1.03 0.82 1.26 1.39 0.81 1.50 1.01 1.72 0.90 0.75 0.74 1.05 1.21 1.52 1.89 1.42 1.53 1.84 1.69 1.80
C4 0.92 0.59 0.90 1.10 0.48 0.86 0.54 0.80 0.62 0.68 0.44 0.81 0.80 0.94 1.17 0.87 0.85 1.12 0.99 0.86
C4' 1.28 1.06 1.56 1.61 0.85 1.59 1.08 1.52 0.97 0.92 0.89 1.10 1.58 1.88 2.15 1.51 1.30 1.45 1.28 1.41
C5 1.02 0.56 1.21 1.44 0.51 1.02 0.57 0.97 0.73 0.75 0.48 0.80 0.73 1.26 1.49 0.91 1.12 1.43 1.08 1.07
C5' 1.23 0.99 1.78 1.88 0.94 1.47 1.28 1.27 1.14 0.88 0.92 1.19 1.52 2.16 2.45 1.24 1.15 1.31 1.18 1.17
C6 0.76 0.45 1.12 1.25 0.54 0.76 0.62 0.73 0.64 0.51 0.56 0.74 0.66 1.18 1.42 0.66 0.85 1.08 0.87 0.81
N1 0.64 0.64 0.84 0.89 0.65 0.85 0.59 0.99 0.43 0.44 0.69 0.84 0.85 0.91 1.22 0.89 0.93 0.98 1.13 1.07
N3 0.70 0.52 0.64 0.76 0.52 0.81 0.54 0.96 0.54 0.51 0.54 0.73 0.69 0.66 0.93 0.88 0.99 1.03 1.41 1.18
O2 1.24 0.93 1.32 1.39 0.84 1.75 0.78 2.11 0.94 1.01 0.90 1.05 1.02 1.25 1.50 1.67 2.22 2.18 2.61 2.50
O2' 1.22 0.85 1.37 1.64 0.78 2.18 0.88 2.79 0.81 0.86 0.69 1.10 1.19 1.37 1.81 1.92 2.59 3.00 2.70 2.93
O3' 1.39 0.99 1.54 1.72 0.97 1.97 1.22 2.22 1.19 1.08 0.85 1.17 1.32 1.76 2.15 1.82 1.97 2.37 2.14 2.29
O4 1.24 0.88 1.16 1.36 0.63 1.20 0.76 1.11 0.84 0.95 0.62 0.98 1.18 1.24 1.37 1.19 1.14 1.49 1.20 1.15
O4' 1.25 1.13 1.50 1.51 0.83 1.48 0.96 1.34 0.85 0.92 0.95 1.07 1.62 1.72 1.97 1.45 1.13 1.16 1.07 1.18
O5' 1.24 0.76 2.06 2.26 0.88 1.53 1.26 1.38 1.23 0.84 0.83 1.12 1.20 2.40 2.79 1.06 1.34 1.52 1.39 1.30
OP1 1.67 0.80 2.51 2.89 0.83 2.09 1.35 1.99 1.49 1.17 0.70 1.01 1.13 2.90 3.42 1.41 1.97 2.15 2.06 1.91
OP2 1.95 1.31 2.89 3.30 1.12 2.42 1.38 2.42 1.64 1.50 1.25 1.27 1.62 3.10 3.67 1.72 2.35 2.70 2.31 2.30
P 1.77 0.93 2.69 3.08 0.81 2.20 1.35 2.08 1.54 1.27 0.78 0.93 1.27 2.98 3.63 1.51 2.00 2.20 2.01 1.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.35 0.01 0.32 0.26 0.70 0.36
C2 0.04 0.00 0.24 0.37 0.01 0.30 0.02 0.46 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.37 0.25 0.32 0.74 0.91 1.14 0.85
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.08 0.02 0.18 0.22 0.24 0.04 0.19 0.09 0.40 0.01 0.04 0.03 0.65 0.54 1.06 0.65
C3' 0.03 0.37 0.01 0.00 0.36 0.01 0.34 0.02 0.31 0.21 0.39 0.39 0.48 0.02 0.01 0.02 0.39 0.50 0.54 0.31
C4 0.03 0.01 0.08 0.36 0.00 0.14 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.16 0.06 0.57 0.84 1.25 0.85
C4' 0.02 0.30 0.02 0.01 0.14 0.00 0.30 0.01 0.34 0.09 0.24 0.15 0.56 0.30 0.03 0.01 0.03 0.38 0.32 0.12
C5 0.02 0.02 0.18 0.34 0.01 0.30 0.00 0.48 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.52 0.21 0.25 0.74 0.87 1.44 1.05
C5' 0.08 0.46 0.22 0.02 0.23 0.01 0.48 0.00 0.52 0.13 0.39 0.26 0.88 0.11 0.22 0.03 0.01 0.30 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.24 0.31 0.01 0.34 0.00 0.52 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.53 0.21 0.33 0.76 0.77 1.34 1.00
N1 0.02 0.01 0.04 0.21 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.18 0.03 0.44 0.44 0.95 0.58
N3 0.03 0.01 0.19 0.39 0.01 0.24 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.35 0.21 0.23 0.72 1.04 1.25 0.92
N4 0.03 0.02 0.09 0.39 0.01 0.15 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.39 0.19 0.07 0.60 0.98 1.33 0.93
O2 0.06 0.01 0.40 0.48 0.02 0.56 0.03 0.88 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.63 0.40 0.58 1.19 1.38 1.49 1.30
O2' 0.02 0.37 0.01 0.02 0.36 0.30 0.52 0.11 0.53 0.22 0.35 0.39 0.63 0.00 0.07 0.19 0.50 0.59 1.00 0.51
O3' 0.35 0.25 0.04 0.01 0.16 0.03 0.21 0.22 0.21 0.18 0.21 0.19 0.40 0.07 0.00 0.24 0.33 0.75 0.42 0.36
O4' 0.01 0.32 0.03 0.02 0.06 0.01 0.25 0.03 0.33 0.03 0.23 0.07 0.58 0.19 0.24 0.00 0.19 0.27 0.52 0.30
O5' 0.32 0.74 0.65 0.39 0.57 0.03 0.74 0.01 0.76 0.44 0.72 0.60 1.19 0.50 0.33 0.19 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.26 0.91 0.54 0.50 0.84 0.38 0.87 0.30 0.77 0.44 1.04 0.98 1.38 0.59 0.75 0.27 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.70 1.14 1.06 0.54 1.25 0.32 1.44 0.30 1.34 0.95 1.25 1.33 1.49 1.00 0.42 0.52 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.36 0.85 0.65 0.31 0.85 0.12 1.05 0.02 1.00 0.58 0.92 0.93 1.30 0.51 0.36 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00