ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 36167

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 7, 2, 2, 57, 9, 7, 69, 96, 69, 31, 1, 53, 8, 49, 16, 5, 0, 0, 15,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.215, 0.367, 0.519, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.367 std_dev=0.152
N1 A 0, 0.312, 0.510, 0.707, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.510 std_dev=0.197
C5 B 0, 0.370, 0.636, 0.902, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.636 std_dev=0.266
N3 B 0, 0.306, 0.587, 0.868, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.587 std_dev=0.281
N9 B 0, 0.520, 0.813, 1.107, 2.051 max_d=2.051 avg_d=0.813 std_dev=0.294
C2 B 0, 0.534, 0.877, 1.221, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.877 std_dev=0.343
C6 B 0, 0.559, 0.918, 1.277, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.918 std_dev=0.359
C2 A 0, 0.374, 0.734, 1.094, 2.390 max_d=2.390 avg_d=0.734 std_dev=0.360
C6 A 0, 0.379, 0.745, 1.111, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.745 std_dev=0.366
N1 B 0, 0.550, 0.964, 1.378, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.964 std_dev=0.414
C8 B 0, 0.714, 1.139, 1.564, 3.090 max_d=3.090 avg_d=1.139 std_dev=0.425
C5 A 0, 0.638, 1.128, 1.618, 2.975 max_d=2.975 avg_d=1.128 std_dev=0.490
N7 B 0, 0.549, 1.056, 1.564, 2.951 max_d=2.951 avg_d=1.056 std_dev=0.507
C1' B 0, 0.667, 1.182, 1.696, 2.507 max_d=2.507 avg_d=1.182 std_dev=0.515
N3 A 0, 0.438, 0.966, 1.494, 3.320 max_d=3.320 avg_d=0.966 std_dev=0.528
N2 B 0, 0.879, 1.415, 1.952, 3.123 max_d=3.123 avg_d=1.415 std_dev=0.537
C4 A 0, 0.622, 1.210, 1.799, 3.591 max_d=3.591 avg_d=1.210 std_dev=0.589
O6 B 0, 0.770, 1.366, 1.961, 2.841 max_d=2.841 avg_d=1.366 std_dev=0.596
C1' A 0, 0.591, 1.206, 1.820, 3.818 max_d=3.818 avg_d=1.206 std_dev=0.615
C2' A 0, 0.722, 1.413, 2.104, 4.715 max_d=4.715 avg_d=1.413 std_dev=0.691
O2 A 0, 0.590, 1.322, 2.053, 4.330 max_d=4.330 avg_d=1.322 std_dev=0.731
C2' B 0, 0.769, 1.518, 2.267, 3.033 max_d=3.033 avg_d=1.518 std_dev=0.749
O4' B 0, 0.812, 1.670, 2.527, 3.948 max_d=3.948 avg_d=1.670 std_dev=0.858
O4' A 0, 0.833, 1.769, 2.705, 5.132 max_d=5.132 avg_d=1.769 std_dev=0.936
O4 A 0, 0.911, 1.858, 2.806, 5.682 max_d=5.682 avg_d=1.858 std_dev=0.948
C3' B 0, 1.065, 2.076, 3.087, 4.320 max_d=4.320 avg_d=2.076 std_dev=1.011
C3' A 0, 1.278, 2.356, 3.435, 7.237 max_d=7.237 avg_d=2.356 std_dev=1.079
C4' B 0, 0.816, 1.899, 2.982, 4.701 max_d=4.701 avg_d=1.899 std_dev=1.083
O2' A 0, 0.903, 2.079, 3.254, 5.866 max_d=5.866 avg_d=2.079 std_dev=1.176
C4' A 0, 1.243, 2.463, 3.684, 7.366 max_d=7.366 avg_d=2.463 std_dev=1.221
O5' A 0, 1.461, 2.846, 4.232, 7.707 max_d=7.707 avg_d=2.846 std_dev=1.385
O2' B 0, 0.920, 2.313, 3.706, 4.938 max_d=4.938 avg_d=2.313 std_dev=1.393
C5' B 0, 1.336, 2.796, 4.256, 7.447 max_d=7.447 avg_d=2.796 std_dev=1.460
O3' B 0, 1.453, 2.927, 4.401, 5.844 max_d=5.844 avg_d=2.927 std_dev=1.474
C5' A 0, 1.408, 2.926, 4.443, 8.230 max_d=8.230 avg_d=2.926 std_dev=1.517
O3' A 0, 1.660, 3.188, 4.716, 8.432 max_d=8.432 avg_d=3.188 std_dev=1.528
O5' B 0, 1.642, 3.186, 4.730, 8.643 max_d=8.643 avg_d=3.186 std_dev=1.544
P A 0, 1.629, 3.397, 5.166, 10.311 max_d=10.311 avg_d=3.397 std_dev=1.768
OP2 A 0, 1.935, 3.707, 5.480, 11.412 max_d=11.412 avg_d=3.707 std_dev=1.772
OP1 A 0, 2.209, 4.178, 6.147, 10.607 max_d=10.607 avg_d=4.178 std_dev=1.969
P B 0, 1.966, 4.302, 6.638, 11.463 max_d=11.463 avg_d=4.302 std_dev=2.336
OP2 B 0, 2.631, 5.030, 7.428, 12.496 max_d=12.496 avg_d=5.030 std_dev=2.398
OP1 B 0, 2.070, 5.071, 8.073, 12.861 max_d=12.861 avg_d=5.071 std_dev=3.002

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.34 0.02 0.01 0.35 0.62 0.45 0.38
C2 0.03 0.00 0.18 0.28 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.24 0.01 0.10 0.56 0.93 0.81 0.65
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.22 0.19 0.03 0.13 0.33 0.00 0.04 0.07 0.02 0.58 0.65 0.71 0.60
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.40 0.01 0.40 0.02 0.34 0.24 0.35 0.26 0.02 0.01 0.42 0.03 0.31 0.41 0.32 0.27
C4 0.02 0.01 0.06 0.40 0.00 0.15 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.20 0.01 0.04 0.76 1.29 1.18 0.94
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.19 0.09 0.11 0.13 0.32 0.03 0.16 0.01 0.02 0.29 0.24 0.09
C5 0.02 0.01 0.15 0.40 0.01 0.20 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.25 0.01 0.09 0.80 1.34 1.17 0.98
C5' 0.09 0.15 0.22 0.02 0.23 0.01 0.28 0.00 0.24 0.13 0.18 0.21 0.13 0.24 0.25 0.02 0.01 0.30 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.34 0.01 0.19 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.18 0.01 0.12 0.72 1.15 0.94 0.83
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.15 0.01 0.02 0.55 0.90 0.72 0.62
N3 0.02 0.00 0.13 0.35 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.19 0.01 0.08 0.66 1.12 1.02 0.80
O2 0.04 0.00 0.33 0.26 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.41 0.02 0.18 0.49 0.84 0.72 0.58
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.40 0.32 0.41 0.13 0.35 0.23 0.34 0.28 0.00 0.07 0.43 0.22 0.38 0.63 0.68 0.45
O3' 0.34 0.24 0.04 0.01 0.20 0.03 0.25 0.24 0.18 0.15 0.19 0.41 0.07 0.00 0.24 0.23 0.26 0.60 0.43 0.34
O4 0.02 0.01 0.07 0.42 0.01 0.16 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.24 0.00 0.04 0.80 1.39 1.30 1.02
O4' 0.01 0.10 0.02 0.03 0.04 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.08 0.18 0.22 0.23 0.04 0.00 0.26 0.59 0.29 0.29
O5' 0.35 0.56 0.58 0.31 0.76 0.02 0.80 0.01 0.72 0.55 0.66 0.49 0.38 0.26 0.80 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.62 0.93 0.65 0.41 1.29 0.29 1.34 0.30 1.15 0.90 1.12 0.84 0.63 0.60 1.39 0.59 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.81 0.71 0.32 1.18 0.24 1.17 0.36 0.94 0.72 1.02 0.72 0.68 0.43 1.30 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.65 0.60 0.27 0.94 0.09 0.98 0.02 0.83 0.62 0.80 0.58 0.45 0.34 1.02 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.56 1.18 0.82 1.03 0.61 1.05 0.77 1.41 0.94 0.94 1.10 1.50 0.93 0.96 0.56 0.91 1.27 1.01 1.46 1.02 2.27 1.85 1.89
C2 1.00 0.79 1.14 1.09 0.54 1.06 0.41 1.13 0.51 0.89 0.74 1.05 0.69 0.73 0.81 1.23 1.18 1.10 1.04 0.74 1.90 1.15 1.33
C2' 0.53 1.11 1.03 1.15 0.60 1.01 0.69 1.45 0.83 0.83 1.00 1.44 0.92 0.88 0.51 1.21 1.48 0.89 1.63 0.93 2.58 2.20 2.22
C3' 0.83 1.24 0.90 1.28 0.86 1.49 1.01 2.02 1.05 1.29 1.17 1.61 1.01 1.29 0.92 0.94 1.57 1.47 2.36 1.13 3.04 2.84 2.89
C4 1.20 0.64 1.19 1.12 0.89 1.14 0.94 1.15 0.80 1.27 0.55 0.93 0.80 1.23 1.12 1.34 1.32 1.23 1.16 1.04 1.79 1.23 1.33
C4' 1.31 1.51 1.04 1.46 1.21 1.86 1.32 2.30 1.30 1.73 1.44 1.90 1.27 1.62 1.38 0.96 1.65 1.95 2.53 1.32 2.93 2.81 2.83
C5 1.26 0.50 1.24 1.21 0.76 1.25 0.80 1.19 0.83 1.08 0.67 0.67 0.67 1.01 1.04 1.43 1.56 1.33 1.13 1.10 1.74 1.17 1.29
C5' 1.73 1.59 1.41 1.80 1.28 2.30 1.30 2.63 1.32 1.81 1.56 2.02 1.32 1.57 1.57 1.41 2.02 2.38 2.75 1.35 3.08 2.85 2.95
C6 1.10 0.62 1.07 1.13 0.53 1.24 0.60 1.25 0.71 0.97 0.79 0.87 0.43 0.82 0.87 1.20 1.46 1.32 1.18 0.89 1.85 1.26 1.40
N1 0.75 0.83 0.87 0.92 0.38 0.96 0.46 1.11 0.63 0.82 0.82 1.10 0.59 0.71 0.60 0.96 1.16 1.02 1.08 0.75 1.93 1.30 1.43
N3 1.16 0.64 1.19 1.14 0.76 1.16 0.75 1.22 0.54 1.23 0.52 1.01 0.66 1.10 1.08 1.27 1.20 1.25 1.19 0.77 1.88 1.21 1.37
O2 1.33 1.00 1.52 1.46 0.73 1.39 0.50 1.40 0.80 0.89 1.02 1.22 0.95 0.70 0.98 1.66 1.49 1.36 1.22 1.06 2.06 1.31 1.48
O2' 0.87 1.21 1.55 1.64 0.69 1.31 0.73 1.67 0.94 0.81 1.07 1.58 1.12 0.93 0.60 1.84 2.04 0.93 1.69 1.16 2.83 2.46 2.39
O3' 1.17 1.39 1.24 1.68 1.28 1.88 1.55 2.52 1.54 1.79 1.43 1.66 1.24 1.90 1.36 1.23 1.91 1.77 2.93 1.70 3.47 3.61 3.54
O4 1.34 1.01 1.34 1.27 1.13 1.28 1.20 1.34 1.07 1.50 0.86 1.30 1.12 1.52 1.30 1.51 1.44 1.35 1.41 1.32 1.92 1.56 1.57
O4' 1.08 1.44 0.79 1.17 1.07 1.53 1.21 1.86 1.25 1.50 1.40 1.79 1.14 1.42 1.17 0.77 1.39 1.61 1.94 1.26 2.39 2.19 2.20
O5' 1.57 1.40 1.35 1.74 0.97 2.18 1.01 2.52 1.13 1.56 1.42 1.92 1.01 1.30 1.33 1.39 2.04 2.18 2.60 1.22 3.01 2.69 2.84
OP1 2.19 1.75 2.02 2.20 1.61 2.61 1.59 2.93 1.61 2.04 1.76 2.13 1.60 1.81 1.92 2.22 2.42 2.58 3.05 1.70 3.53 3.16 3.32
OP2 1.92 1.22 1.84 2.17 1.02 2.54 0.95 2.75 1.10 1.55 1.36 1.67 0.98 1.20 1.47 2.07 2.53 2.44 2.75 1.29 3.17 2.80 2.96
P 1.92 1.34 1.76 2.11 1.12 2.53 1.09 2.80 1.16 1.70 1.40 1.82 1.08 1.38 1.55 1.91 2.44 2.46 2.83 1.30 3.24 2.86 3.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.30 0.01 0.33 0.02 0.56 0.43 0.35
C2 0.04 0.00 0.48 0.70 0.01 0.61 0.01 1.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.54 0.67 0.46 0.75 0.01 1.49 1.00 0.99
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.24 0.02 0.12 0.21 0.21 0.25 0.36 0.58 0.47 0.15 0.04 0.00 0.04 0.02 0.61 0.16 0.78 0.77 0.68
C3' 0.02 0.70 0.01 0.00 0.40 0.01 0.36 0.02 0.44 0.44 0.58 0.86 0.66 0.41 0.23 0.02 0.01 0.02 0.37 0.43 0.67 0.47 0.39
C4 0.02 0.01 0.24 0.40 0.00 0.28 0.00 0.43 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.29 0.24 0.36 0.01 0.89 0.65 0.42
C4' 0.01 0.61 0.02 0.01 0.28 0.00 0.17 0.01 0.27 0.33 0.47 0.76 0.57 0.23 0.08 0.30 0.03 0.00 0.02 0.23 0.27 0.23 0.07
C5 0.01 0.01 0.12 0.36 0.00 0.17 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.20 0.11 0.50 0.01 1.03 0.91 0.55
C5' 0.08 1.00 0.21 0.02 0.43 0.01 0.26 0.00 0.45 0.51 0.78 1.29 0.90 0.37 0.12 0.11 0.21 0.02 0.01 0.37 0.33 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.44 0.01 0.27 0.01 0.45 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.41 0.31 0.20 0.44 0.01 1.13 0.92 0.54
C8 0.01 0.01 0.25 0.44 0.01 0.33 0.01 0.51 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.34 0.37 0.26 1.04 0.02 1.37 1.27 1.12
N1 0.03 0.00 0.36 0.58 0.01 0.47 0.01 0.78 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.49 0.51 0.36 0.56 0.01 1.36 0.92 0.77
N2 0.05 0.01 0.58 0.86 0.01 0.76 0.02 1.29 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.64 0.89 0.56 1.06 0.02 1.91 1.32 1.40
N3 0.04 0.01 0.47 0.66 0.01 0.57 0.01 0.90 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.50 0.62 0.46 0.65 0.01 1.22 0.83 0.82
N7 0.01 0.01 0.15 0.41 0.01 0.23 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.32 0.14 0.93 0.02 1.36 1.32 1.04
N9 0.01 0.02 0.04 0.23 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.13 0.02 0.51 0.02 0.81 0.69 0.51
O2' 0.02 0.54 0.00 0.02 0.34 0.30 0.35 0.11 0.41 0.34 0.49 0.64 0.50 0.36 0.21 0.00 0.07 0.21 0.38 0.42 0.62 0.75 0.54
O3' 0.30 0.67 0.04 0.01 0.29 0.03 0.20 0.21 0.31 0.37 0.51 0.89 0.62 0.32 0.13 0.07 0.00 0.22 0.34 0.29 0.86 0.53 0.46
O4' 0.01 0.46 0.02 0.02 0.24 0.00 0.11 0.02 0.20 0.26 0.36 0.56 0.46 0.14 0.02 0.21 0.22 0.00 0.20 0.15 0.40 0.25 0.21
O5' 0.33 0.75 0.61 0.37 0.36 0.02 0.50 0.01 0.44 1.04 0.56 1.06 0.65 0.93 0.51 0.38 0.34 0.20 0.00 0.51 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.16 0.43 0.01 0.23 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.42 0.29 0.15 0.51 0.00 1.19 1.06 0.60
OP1 0.56 1.49 0.78 0.67 0.89 0.27 1.03 0.33 1.13 1.37 1.36 1.91 1.22 1.36 0.81 0.62 0.86 0.40 0.02 1.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 1.00 0.77 0.47 0.65 0.23 0.91 0.39 0.92 1.27 0.92 1.32 0.83 1.32 0.69 0.75 0.53 0.25 0.02 1.06 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.99 0.68 0.39 0.42 0.07 0.55 0.02 0.54 1.12 0.77 1.40 0.82 1.04 0.51 0.54 0.46 0.21 0.01 0.60 0.01 0.01 0.00