ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 36246

back

Distances from reference structure (by RMSD)

19, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 9,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' B 0, -0.089, 0.258, 0.606, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.258 std_dev=0.348
N1 B 0, -0.152, 0.309, 0.769, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.309 std_dev=0.460
C2 B 0, -0.125, 0.423, 0.972, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.423 std_dev=0.548
O4' B 0, -0.127, 0.477, 1.080, 2.330 max_d=2.330 avg_d=0.477 std_dev=0.603
N1 A 0, -0.192, 0.437, 1.066, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.437 std_dev=0.629
O2 B 0, -0.163, 0.602, 1.368, 3.475 max_d=3.475 avg_d=0.602 std_dev=0.766
C5' B 0, -0.166, 0.613, 1.392, 3.343 max_d=3.343 avg_d=0.613 std_dev=0.779
C2 A 0, -0.256, 0.532, 1.320, 2.986 max_d=2.986 avg_d=0.532 std_dev=0.788
N3 A 0, -0.260, 0.536, 1.333, 2.779 max_d=2.779 avg_d=0.536 std_dev=0.796
C4' B 0, -0.155, 0.675, 1.505, 2.914 max_d=2.914 avg_d=0.675 std_dev=0.830
C4 A 0, -0.314, 0.525, 1.364, 2.338 max_d=2.338 avg_d=0.525 std_dev=0.839
C2' B 0, -0.231, 0.621, 1.473, 2.771 max_d=2.771 avg_d=0.621 std_dev=0.852
C1' A 0, -0.332, 0.680, 1.693, 3.231 max_d=3.231 avg_d=0.680 std_dev=1.013
C6 A 0, -0.325, 0.724, 1.774, 2.858 max_d=2.858 avg_d=0.724 std_dev=1.050
O2' B 0, -0.294, 0.766, 1.826, 4.571 max_d=4.571 avg_d=0.766 std_dev=1.060
N9 A 0, -0.386, 0.703, 1.791, 2.999 max_d=2.999 avg_d=0.703 std_dev=1.088
N3 B 0, -0.372, 0.729, 1.831, 3.195 max_d=3.195 avg_d=0.729 std_dev=1.102
O5' B 0, -0.303, 0.801, 1.905, 5.507 max_d=5.507 avg_d=0.801 std_dev=1.104
C6 B 0, -0.385, 0.749, 1.883, 2.932 max_d=2.932 avg_d=0.749 std_dev=1.134
O4' A 0, -0.345, 0.815, 1.974, 3.281 max_d=3.281 avg_d=0.815 std_dev=1.159
C5 A 0, -0.398, 0.789, 1.976, 3.119 max_d=3.119 avg_d=0.789 std_dev=1.187
C3' B 0, -0.331, 0.871, 2.073, 3.520 max_d=3.520 avg_d=0.871 std_dev=1.202
N2 A 0, -0.494, 0.844, 2.182, 5.244 max_d=5.244 avg_d=0.844 std_dev=1.338
C2' A 0, -0.429, 0.956, 2.341, 4.633 max_d=4.633 avg_d=0.956 std_dev=1.385
C4' A 0, -0.437, 0.973, 2.384, 4.248 max_d=4.248 avg_d=0.973 std_dev=1.411
O6 A 0, -0.450, 1.004, 2.459, 4.448 max_d=4.448 avg_d=1.004 std_dev=1.454
O2' A 0, -0.538, 0.975, 2.488, 6.019 max_d=6.019 avg_d=0.975 std_dev=1.513
C3' A 0, -0.509, 1.134, 2.777, 4.669 max_d=4.669 avg_d=1.134 std_dev=1.643
C8 A 0, -0.577, 1.088, 2.753, 4.922 max_d=4.922 avg_d=1.088 std_dev=1.665
C4 B 0, -0.651, 1.079, 2.809, 4.781 max_d=4.781 avg_d=1.079 std_dev=1.730
C5' A 0, -0.479, 1.266, 3.010, 4.697 max_d=4.697 avg_d=1.266 std_dev=1.744
C5 B 0, -0.621, 1.123, 2.868, 4.485 max_d=4.485 avg_d=1.123 std_dev=1.745
N7 A 0, -0.625, 1.179, 2.982, 5.263 max_d=5.263 avg_d=1.179 std_dev=1.804
P B 0, -0.532, 1.288, 3.108, 7.645 max_d=7.645 avg_d=1.288 std_dev=1.820
OP1 B 0, -0.597, 1.352, 3.301, 8.618 max_d=8.618 avg_d=1.352 std_dev=1.949
O3' A 0, -0.584, 1.379, 3.342, 6.388 max_d=6.388 avg_d=1.379 std_dev=1.963
O3' B 0, -0.570, 1.444, 3.458, 5.566 max_d=5.566 avg_d=1.444 std_dev=2.014
O5' A 0, -0.641, 1.465, 3.572, 6.191 max_d=6.191 avg_d=1.465 std_dev=2.107
O4 B 0, -0.829, 1.457, 3.742, 6.514 max_d=6.514 avg_d=1.457 std_dev=2.285
OP2 B 0, -0.659, 1.643, 3.945, 7.804 max_d=7.804 avg_d=1.643 std_dev=2.302
P A 0, -0.921, 1.842, 4.605, 8.676 max_d=8.676 avg_d=1.842 std_dev=2.763
OP1 A 0, -0.953, 2.102, 5.156, 9.363 max_d=9.363 avg_d=2.102 std_dev=3.055
OP2 A 0, -0.962, 2.145, 5.251, 10.043 max_d=10.043 avg_d=2.145 std_dev=3.106

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.12 0.02 0.45 0.15 0.19
C2 0.05 0.00 0.18 0.18 0.01 0.19 0.01 0.41 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.19 0.17 0.55 0.02 0.89 0.48 0.66
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.04 0.11 0.08 0.11 0.14 0.22 0.18 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.24 0.06 0.38 0.24 0.28
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.16 0.01 0.23 0.02 0.22 0.31 0.19 0.21 0.16 0.31 0.17 0.03 0.01 0.02 0.13 0.25 0.19 0.13 0.12
C4 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.09 0.09 0.27 0.01 0.69 0.27 0.36
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.21 0.13 0.26 0.19 0.18 0.07 0.23 0.03 0.00 0.02 0.08 0.18 0.16 0.07
C5 0.02 0.01 0.04 0.23 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.12 0.05 0.23 0.01 0.69 0.42 0.33
C5' 0.04 0.41 0.11 0.02 0.18 0.01 0.14 0.00 0.18 0.31 0.30 0.54 0.38 0.27 0.10 0.11 0.15 0.02 0.01 0.17 0.17 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.22 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.22 0.12 0.08 0.28 0.01 0.76 0.40 0.39
C8 0.02 0.02 0.11 0.31 0.01 0.21 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.23 0.20 0.11 0.40 0.02 0.60 0.62 0.41
N1 0.04 0.01 0.14 0.19 0.01 0.13 0.01 0.30 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.20 0.13 0.13 0.42 0.01 0.85 0.39 0.54
N2 0.06 0.01 0.22 0.21 0.02 0.26 0.02 0.54 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.27 0.21 0.71 0.02 0.98 0.68 0.83
N3 0.05 0.01 0.18 0.16 0.01 0.19 0.01 0.38 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.20 0.17 0.51 0.02 0.81 0.42 0.59
N7 0.01 0.02 0.07 0.31 0.01 0.18 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.22 0.08 0.36 0.03 0.67 0.68 0.41
N9 0.01 0.02 0.02 0.17 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.06 0.02 0.17 0.02 0.55 0.28 0.24
O2' 0.02 0.20 0.00 0.03 0.16 0.23 0.21 0.11 0.22 0.23 0.20 0.25 0.19 0.25 0.14 0.00 0.07 0.16 0.16 0.24 0.28 0.23 0.20
O3' 0.18 0.19 0.03 0.01 0.09 0.03 0.12 0.15 0.12 0.20 0.13 0.27 0.20 0.22 0.06 0.07 0.00 0.12 0.26 0.16 0.45 0.29 0.30
O4' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.02 0.08 0.11 0.13 0.21 0.17 0.08 0.02 0.16 0.12 0.00 0.10 0.07 0.45 0.16 0.19
O5' 0.12 0.55 0.24 0.13 0.27 0.02 0.23 0.01 0.28 0.40 0.42 0.71 0.51 0.36 0.17 0.16 0.26 0.10 0.00 0.27 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.06 0.25 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.24 0.16 0.07 0.27 0.00 0.77 0.50 0.38
OP1 0.45 0.89 0.38 0.19 0.69 0.18 0.69 0.17 0.76 0.60 0.85 0.98 0.81 0.67 0.55 0.28 0.45 0.45 0.03 0.77 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.48 0.24 0.13 0.27 0.16 0.42 0.25 0.40 0.62 0.39 0.68 0.42 0.68 0.28 0.23 0.29 0.16 0.02 0.50 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.66 0.28 0.12 0.36 0.07 0.33 0.02 0.39 0.41 0.54 0.83 0.59 0.41 0.24 0.20 0.30 0.19 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.57 1.25 0.22 0.25 2.72 0.29 2.59 0.63 1.92 1.27 2.02 0.63 0.13 0.67 3.32 0.60 1.24 1.44 2.18 1.66
C2 0.34 0.93 0.14 0.26 1.74 0.21 1.66 0.29 1.29 0.90 1.41 0.50 0.15 0.57 1.92 0.29 0.80 0.88 1.43 1.04
C2' 0.68 1.36 0.29 0.33 2.85 0.40 2.65 0.72 1.97 1.35 2.14 0.75 0.21 0.70 3.51 0.76 1.26 1.40 2.08 1.63
C3' 0.77 1.42 0.31 0.34 3.00 0.48 2.87 0.87 2.14 1.45 2.21 0.77 0.22 0.75 3.70 0.88 1.44 1.64 2.38 1.89
C4 0.59 1.22 0.25 0.27 2.54 0.30 2.50 0.63 1.91 1.27 1.89 0.62 0.14 0.68 2.92 0.57 1.27 1.42 2.15 1.63
C4' 0.62 1.25 0.23 0.41 2.81 0.42 2.72 0.77 2.00 1.30 2.03 0.60 0.27 0.84 3.49 0.71 1.36 1.63 2.41 1.86
C5 0.72 1.26 0.40 0.35 2.55 0.45 2.67 0.86 2.11 1.39 1.86 0.76 0.15 0.72 2.86 0.71 1.57 1.76 2.55 1.97
C5' 0.75 1.26 0.44 0.61 2.85 0.61 2.83 0.96 2.11 1.37 2.02 0.64 0.49 1.00 3.51 0.85 1.55 1.87 2.71 2.10
C6 0.71 1.15 0.47 0.39 2.14 0.46 2.34 0.86 1.95 1.30 1.60 0.80 0.16 0.69 2.31 0.67 1.55 1.71 2.41 1.88
C8 0.76 1.35 0.38 0.34 2.90 0.49 2.97 0.95 2.27 1.48 2.08 0.77 0.14 0.74 3.42 0.80 1.67 1.94 2.80 2.17
N1 0.49 0.94 0.28 0.28 1.71 0.27 1.78 0.49 1.49 1.03 1.33 0.56 0.15 0.62 1.84 0.40 1.07 1.16 1.71 1.29
N2 0.21 0.73 0.30 0.36 1.19 0.37 1.06 0.31 0.80 0.56 1.05 0.61 0.18 0.46 1.35 0.26 0.54 0.63 1.04 0.76
N3 0.42 1.08 0.16 0.27 2.16 0.22 2.03 0.40 1.53 1.04 1.70 0.56 0.15 0.62 2.48 0.39 0.93 1.05 1.67 1.24
N7 0.81 1.36 0.47 0.40 2.79 0.56 2.96 1.06 2.32 1.51 2.00 0.87 0.15 0.75 3.19 0.85 1.82 2.11 2.98 2.33
N9 0.64 1.28 0.27 0.27 2.77 0.35 2.72 0.73 2.05 1.35 2.03 0.66 0.13 0.70 3.30 0.66 1.38 1.58 2.37 1.81
O2' 0.54 1.17 0.35 0.42 2.48 0.33 2.26 0.56 1.65 1.11 1.89 0.68 0.30 0.70 3.09 0.60 1.02 1.17 1.79 1.39
O3' 0.72 1.38 0.27 0.32 2.92 0.42 2.76 0.81 2.05 1.39 2.16 0.78 0.24 0.74 3.63 0.86 1.34 1.55 2.23 1.80
O4' 0.58 1.21 0.25 0.42 2.72 0.41 2.63 0.70 1.93 1.25 1.97 0.61 0.26 0.84 3.35 0.63 1.30 1.57 2.37 1.79
O5' 0.94 1.40 0.62 0.76 3.00 0.80 3.04 1.18 2.32 1.54 2.13 0.81 0.62 1.10 3.63 1.04 1.79 2.13 3.00 2.37
O6 0.81 1.19 0.64 0.54 2.02 0.64 2.29 1.11 2.00 1.34 1.55 1.01 0.19 0.70 2.15 0.80 1.87 2.10 2.79 2.25
OP1 1.25 1.62 0.99 1.14 3.05 1.15 3.11 1.42 2.43 1.72 2.25 1.24 1.01 1.50 3.67 1.35 1.90 2.28 3.15 2.54
OP2 1.16 1.61 0.79 0.84 3.22 1.02 3.40 1.60 2.69 1.82 2.32 0.97 0.59 0.98 3.80 1.32 2.32 2.82 3.71 3.03
P 1.09 1.51 0.81 0.95 3.05 0.99 3.15 1.38 2.45 1.66 2.20 0.99 0.76 1.25 3.66 1.21 1.99 2.40 3.30 2.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.10 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.24 0.03 0.01 0.25 0.22 0.31 0.23
C2 0.03 0.00 0.13 0.20 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.16 0.02 0.11 0.20 0.25 0.36 0.18
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.04 0.11 0.17 0.13 0.05 0.11 0.21 0.00 0.07 0.08 0.02 0.46 0.49 0.53 0.47
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.37 0.01 0.39 0.04 0.34 0.21 0.29 0.13 0.03 0.01 0.39 0.02 0.20 0.26 0.23 0.14
C4 0.03 0.01 0.08 0.37 0.00 0.15 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.27 0.01 0.04 0.22 0.28 0.63 0.28
C4' 0.01 0.04 0.04 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.19 0.07 0.08 0.11 0.29 0.04 0.17 0.00 0.02 0.09 0.29 0.07
C5 0.03 0.01 0.11 0.39 0.01 0.21 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.34 0.01 0.10 0.26 0.26 0.74 0.35
C5' 0.10 0.09 0.17 0.04 0.17 0.01 0.20 0.00 0.15 0.08 0.11 0.14 0.12 0.17 0.20 0.02 0.01 0.16 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.34 0.01 0.19 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.27 0.02 0.12 0.24 0.18 0.63 0.32
N1 0.02 0.01 0.05 0.21 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.13 0.02 0.03 0.22 0.19 0.41 0.23
N3 0.03 0.01 0.11 0.29 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.17 0.01 0.07 0.19 0.28 0.46 0.20
O2 0.05 0.01 0.21 0.13 0.02 0.11 0.02 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.26 0.30 0.02 0.19 0.22 0.30 0.29 0.19
O2' 0.04 0.26 0.00 0.03 0.35 0.29 0.34 0.12 0.27 0.21 0.32 0.26 0.00 0.11 0.39 0.19 0.32 0.36 0.54 0.36
O3' 0.24 0.16 0.07 0.01 0.27 0.04 0.34 0.17 0.27 0.13 0.17 0.30 0.11 0.00 0.31 0.18 0.22 0.32 0.38 0.22
O4 0.03 0.02 0.08 0.39 0.01 0.17 0.01 0.20 0.02 0.02 0.01 0.02 0.39 0.31 0.00 0.05 0.24 0.33 0.68 0.29
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.04 0.00 0.10 0.02 0.12 0.03 0.07 0.19 0.19 0.18 0.05 0.00 0.12 0.17 0.28 0.16
O5' 0.25 0.20 0.46 0.20 0.22 0.02 0.26 0.01 0.24 0.22 0.19 0.22 0.32 0.22 0.24 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.25 0.49 0.26 0.28 0.09 0.26 0.16 0.18 0.19 0.28 0.30 0.36 0.32 0.33 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.36 0.53 0.23 0.63 0.29 0.74 0.22 0.63 0.41 0.46 0.29 0.54 0.38 0.68 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.18 0.47 0.14 0.28 0.07 0.35 0.02 0.32 0.23 0.20 0.19 0.36 0.22 0.29 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00