ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 36256

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 5,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.085, 0.790, 1.495, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.790 std_dev=0.705
C1' B 0, 0.095, 0.851, 1.608, 2.189 max_d=2.189 avg_d=0.851 std_dev=0.757
O4' B 0, 0.289, 1.259, 2.228, 2.843 max_d=2.843 avg_d=1.259 std_dev=0.969
N1 A 0, 0.252, 1.306, 2.359, 3.260 max_d=3.260 avg_d=1.306 std_dev=1.053
C2 A 0, 0.106, 1.161, 2.217, 2.771 max_d=2.771 avg_d=1.161 std_dev=1.055
C4 B 0, -0.129, 0.968, 2.064, 2.637 max_d=2.637 avg_d=0.968 std_dev=1.097
O5' B 0, 0.550, 1.667, 2.783, 3.562 max_d=3.562 avg_d=1.667 std_dev=1.116
N3 B 0, -0.026, 1.122, 2.271, 2.991 max_d=2.991 avg_d=1.122 std_dev=1.148
N2 A 0, 0.323, 1.504, 2.684, 3.435 max_d=3.435 avg_d=1.504 std_dev=1.180
C5 A 0, 0.181, 1.446, 2.711, 3.145 max_d=3.145 avg_d=1.446 std_dev=1.265
C8 B 0, 0.088, 1.353, 2.618, 3.699 max_d=3.699 avg_d=1.353 std_dev=1.265
C4 A 0, -0.195, 1.079, 2.352, 3.081 max_d=3.081 avg_d=1.079 std_dev=1.273
N3 A 0, 0.067, 1.357, 2.646, 3.230 max_d=3.230 avg_d=1.357 std_dev=1.289
C4' B 0, 0.389, 1.690, 2.992, 3.997 max_d=3.997 avg_d=1.690 std_dev=1.302
C2' B 0, 0.067, 1.383, 2.700, 3.454 max_d=3.454 avg_d=1.383 std_dev=1.317
C5' B 0, 0.556, 1.925, 3.294, 3.911 max_d=3.911 avg_d=1.925 std_dev=1.369
C8 A 0, 0.149, 1.519, 2.889, 3.497 max_d=3.497 avg_d=1.519 std_dev=1.370
C6 A 0, 0.309, 1.711, 3.114, 3.846 max_d=3.846 avg_d=1.711 std_dev=1.402
N9 A 0, -0.157, 1.297, 2.751, 3.663 max_d=3.663 avg_d=1.297 std_dev=1.454
C3' B 0, 0.314, 1.770, 3.226, 4.688 max_d=4.688 avg_d=1.770 std_dev=1.456
N7 A 0, 0.305, 1.809, 3.314, 3.399 max_d=3.399 avg_d=1.809 std_dev=1.505
P B 0, 0.523, 2.160, 3.797, 4.645 max_d=4.645 avg_d=2.160 std_dev=1.637
C2 B 0, -0.081, 1.560, 3.202, 4.228 max_d=4.228 avg_d=1.560 std_dev=1.641
O5' A 0, 0.211, 1.881, 3.550, 4.401 max_d=4.401 avg_d=1.881 std_dev=1.670
O2' B 0, 0.078, 1.755, 3.432, 4.882 max_d=4.882 avg_d=1.755 std_dev=1.677
C1' A 0, 0.181, 1.994, 3.807, 5.154 max_d=5.154 avg_d=1.994 std_dev=1.813
C5 B 0, -0.261, 1.575, 3.410, 4.298 max_d=4.298 avg_d=1.575 std_dev=1.836
OP2 B 0, 0.337, 2.215, 4.092, 5.819 max_d=5.819 avg_d=2.215 std_dev=1.878
P A 0, 0.419, 2.298, 4.177, 4.676 max_d=4.676 avg_d=2.298 std_dev=1.879
N7 B 0, -0.102, 1.866, 3.833, 5.345 max_d=5.345 avg_d=1.866 std_dev=1.968
O4' A 0, -0.049, 1.946, 3.942, 5.811 max_d=5.811 avg_d=1.946 std_dev=1.996
O6 A 0, 0.402, 2.399, 4.395, 5.254 max_d=5.254 avg_d=2.399 std_dev=1.997
OP1 B 0, 0.684, 2.699, 4.715, 5.704 max_d=5.704 avg_d=2.699 std_dev=2.016
OP1 A 0, 0.637, 2.741, 4.846, 5.337 max_d=5.337 avg_d=2.741 std_dev=2.104
OP2 A 0, 0.080, 2.202, 4.325, 5.401 max_d=5.401 avg_d=2.202 std_dev=2.122
O3' B 0, 0.400, 2.542, 4.683, 6.754 max_d=6.754 avg_d=2.542 std_dev=2.142
N1 B 0, -0.241, 1.971, 4.182, 5.629 max_d=5.629 avg_d=1.971 std_dev=2.211
C2' A 0, 0.507, 2.788, 5.069, 5.671 max_d=5.671 avg_d=2.788 std_dev=2.281
C6 B 0, -0.388, 2.039, 4.466, 5.797 max_d=5.797 avg_d=2.039 std_dev=2.427
C5' A 0, -0.021, 2.410, 4.841, 6.362 max_d=6.362 avg_d=2.410 std_dev=2.431
C4' A 0, -0.015, 2.478, 4.972, 6.051 max_d=6.051 avg_d=2.478 std_dev=2.493
C3' A 0, 0.304, 3.012, 5.720, 7.102 max_d=7.102 avg_d=3.012 std_dev=2.708
O2' A 0, 0.638, 3.361, 6.083, 7.251 max_d=7.251 avg_d=3.361 std_dev=2.723
O3' A 0, 0.483, 3.553, 6.623, 9.265 max_d=9.265 avg_d=3.553 std_dev=3.070
N6 B 0, -0.462, 2.777, 6.015, 7.537 max_d=7.537 avg_d=2.777 std_dev=3.238

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.04 0.01 0.02 0.33 0.01 0.32 0.04 0.54 0.30 0.27
C2 0.05 0.00 0.42 0.28 0.02 0.11 0.02 0.27 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.45 0.35 0.27 0.52 0.02 1.13 0.65 0.63
C2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.21 0.02 0.11 0.22 0.18 0.23 0.32 0.51 0.41 0.15 0.05 0.01 0.06 0.03 0.58 0.14 0.76 0.47 0.55
C3' 0.03 0.28 0.01 0.00 0.21 0.01 0.22 0.05 0.26 0.16 0.28 0.30 0.24 0.20 0.14 0.03 0.02 0.01 0.37 0.26 0.36 0.47 0.34
C4 0.02 0.02 0.21 0.21 0.00 0.08 0.01 0.25 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.25 0.15 0.53 0.02 1.13 0.55 0.63
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.17 0.09 0.15 0.12 0.17 0.07 0.24 0.04 0.00 0.03 0.13 0.25 0.21 0.08
C5 0.02 0.02 0.11 0.22 0.01 0.11 0.00 0.32 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.27 0.20 0.09 0.63 0.02 1.44 0.64 0.84
C5' 0.11 0.27 0.22 0.05 0.25 0.01 0.32 0.00 0.34 0.35 0.30 0.27 0.24 0.38 0.22 0.07 0.20 0.03 0.01 0.38 0.30 0.39 0.03
C6 0.03 0.02 0.18 0.26 0.02 0.11 0.02 0.34 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.29 0.24 0.14 0.65 0.01 1.54 0.70 0.89
C8 0.04 0.02 0.23 0.16 0.01 0.17 0.01 0.35 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.40 0.15 0.16 0.60 0.04 1.30 0.52 0.78
N1 0.04 0.01 0.32 0.28 0.02 0.09 0.02 0.30 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.35 0.30 0.22 0.60 0.01 1.37 0.69 0.78
N2 0.07 0.01 0.51 0.30 0.02 0.15 0.02 0.27 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.59 0.40 0.32 0.49 0.03 1.03 0.68 0.58
N3 0.06 0.01 0.41 0.24 0.01 0.12 0.01 0.24 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.43 0.35 0.27 0.47 0.02 0.97 0.59 0.54
N7 0.04 0.02 0.15 0.20 0.01 0.17 0.00 0.38 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.15 0.10 0.67 0.04 1.57 0.65 0.93
N9 0.01 0.03 0.05 0.14 0.01 0.07 0.02 0.22 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.19 0.21 0.03 0.48 0.04 0.97 0.43 0.54
O2' 0.02 0.45 0.01 0.03 0.23 0.24 0.27 0.07 0.29 0.40 0.35 0.59 0.43 0.38 0.19 0.00 0.07 0.16 0.48 0.32 0.72 0.36 0.46
O3' 0.33 0.35 0.06 0.02 0.25 0.04 0.20 0.20 0.24 0.15 0.30 0.40 0.35 0.15 0.21 0.07 0.00 0.23 0.27 0.23 0.41 0.55 0.35
O4' 0.01 0.27 0.03 0.01 0.15 0.00 0.09 0.03 0.14 0.16 0.22 0.32 0.27 0.10 0.03 0.16 0.23 0.00 0.09 0.13 0.19 0.26 0.07
O5' 0.32 0.52 0.58 0.37 0.53 0.03 0.63 0.01 0.65 0.60 0.60 0.49 0.47 0.67 0.48 0.48 0.27 0.09 0.00 0.71 0.03 0.04 0.01
O6 0.04 0.02 0.14 0.26 0.02 0.13 0.02 0.38 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.32 0.23 0.13 0.71 0.00 1.72 0.78 1.01
OP1 0.54 1.13 0.76 0.36 1.13 0.25 1.44 0.30 1.54 1.30 1.37 1.03 0.97 1.57 0.97 0.72 0.41 0.19 0.03 1.72 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.65 0.47 0.47 0.55 0.21 0.64 0.39 0.70 0.52 0.69 0.68 0.59 0.65 0.43 0.36 0.55 0.26 0.04 0.78 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.63 0.55 0.34 0.63 0.08 0.84 0.03 0.89 0.78 0.78 0.58 0.54 0.93 0.54 0.46 0.35 0.07 0.01 1.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.91 3.24 0.55 0.51 2.48 0.66 3.13 0.70 3.80 2.19 3.86 2.48 4.28 2.92 1.82 0.68 0.98 0.69 0.47 0.67 1.72 0.92
C2 0.98 2.36 0.66 0.47 2.13 0.57 2.49 0.62 2.72 1.95 2.66 2.03 2.87 2.37 1.72 0.81 0.99 0.76 0.53 0.69 1.60 0.91
C2' 0.94 3.52 0.75 0.78 2.61 0.65 3.27 0.63 4.01 2.21 4.14 2.68 4.51 3.00 1.87 0.88 1.09 0.54 0.47 0.54 1.67 0.85
C3' 0.94 3.61 0.72 0.66 2.65 0.59 3.30 0.63 4.09 2.19 4.24 2.75 4.62 3.00 1.89 0.82 0.99 0.50 0.41 0.47 1.68 0.85
C4 0.89 2.80 0.48 0.46 2.32 0.63 2.90 0.62 3.39 2.12 3.34 2.21 3.71 2.74 1.77 0.64 0.93 0.72 0.50 0.65 1.62 0.89
C4' 0.93 3.41 0.52 0.45 2.56 0.67 3.23 0.76 3.99 2.22 4.08 2.58 4.55 2.99 1.86 0.62 0.92 0.72 0.51 0.68 1.81 1.01
C5 0.84 2.50 0.34 0.45 2.17 0.68 2.80 0.61 3.22 2.09 3.06 1.96 3.57 2.70 1.69 0.53 0.88 0.78 0.61 0.81 1.57 0.95
C5' 1.04 3.45 0.56 0.35 2.65 0.68 3.36 0.76 4.13 2.36 4.19 2.62 4.73 3.14 1.98 0.59 0.88 0.86 0.66 0.75 1.89 1.13
C6 0.86 2.04 0.27 0.45 1.95 0.71 2.49 0.64 2.72 2.00 2.49 1.69 2.99 2.50 1.60 0.48 0.90 0.86 0.71 0.94 1.51 1.01
C8 0.82 2.86 0.36 0.45 2.31 0.68 3.02 0.62 3.64 2.16 3.56 2.15 4.15 2.88 1.73 0.55 0.87 0.73 0.55 0.74 1.63 0.93
N1 0.93 1.92 0.46 0.44 1.92 0.63 2.31 0.58 2.44 1.93 2.26 1.66 2.60 2.30 1.64 0.66 0.92 0.84 0.62 0.77 1.48 0.92
N2 1.07 2.25 0.87 0.54 1.99 0.55 2.20 0.73 2.39 1.77 2.40 2.03 2.47 2.09 1.63 1.00 1.09 0.77 0.59 0.89 1.67 1.02
N3 0.95 2.79 0.62 0.49 2.32 0.61 2.78 0.67 3.20 2.05 3.19 2.29 3.44 2.61 1.77 0.76 1.00 0.71 0.50 0.69 1.66 0.92
N7 0.80 2.59 0.29 0.45 2.17 0.71 2.87 0.64 3.40 2.10 3.24 1.97 3.89 2.79 1.66 0.49 0.87 0.78 0.64 0.90 1.60 1.00
N9 0.87 3.01 0.47 0.47 2.40 0.65 3.05 0.63 3.66 2.17 3.65 2.31 4.10 2.87 1.79 0.63 0.92 0.70 0.49 0.64 1.65 0.89
O2' 0.95 3.50 0.84 0.99 2.48 0.92 3.06 0.86 3.79 1.99 3.99 2.68 4.26 2.77 1.73 1.03 1.44 0.69 0.38 0.70 1.49 0.70
O3' 0.87 3.55 0.80 0.85 2.49 0.87 3.07 0.91 3.88 1.91 4.11 2.70 4.38 2.71 1.69 1.00 1.34 0.53 0.20 0.54 1.33 0.56
O4' 0.96 3.21 0.46 0.43 2.47 0.77 3.13 0.88 3.82 2.22 3.87 2.43 4.34 2.94 1.84 0.55 0.96 0.86 0.67 0.90 1.87 1.13
O5' 1.00 3.15 0.55 0.38 2.48 0.74 3.19 0.81 3.89 2.29 3.88 2.39 4.49 3.03 1.89 0.59 0.99 0.90 0.84 0.89 2.11 1.34
O6 0.86 1.75 0.20 0.50 1.70 0.82 2.23 0.77 2.39 1.90 2.11 1.49 2.70 2.38 1.44 0.38 0.94 0.97 0.88 1.24 1.54 1.19
OP1 1.69 3.39 1.33 1.10 2.86 1.33 3.47 1.31 4.07 2.70 4.02 2.77 4.64 3.35 2.36 1.27 1.56 1.58 1.50 1.50 2.62 1.92
OP2 1.07 2.92 0.46 0.61 2.36 1.05 3.08 1.16 3.75 2.29 3.69 2.20 4.41 2.99 1.85 0.27 1.08 1.15 1.11 1.21 2.33 1.64
P 1.20 3.18 0.73 0.51 2.60 0.83 3.32 0.91 3.98 2.48 3.92 2.46 4.62 3.20 2.05 0.63 1.02 1.10 1.13 1.20 2.34 1.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.07 0.02 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.01 0.08 0.21 0.01 0.14 0.22 0.59 0.24
C2 0.05 0.00 0.29 0.31 0.01 0.10 0.02 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.36 0.23 0.11 0.29 0.24 0.78 0.32
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.15 0.03 0.08 0.17 0.13 0.17 0.22 0.30 0.10 0.12 0.04 0.01 0.03 0.02 0.39 0.49 0.61 0.53
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.27 0.01 0.32 0.02 0.34 0.30 0.34 0.28 0.38 0.33 0.21 0.04 0.01 0.03 0.14 0.17 0.50 0.32
C4 0.03 0.01 0.15 0.27 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.19 0.06 0.32 0.22 0.77 0.32
C4' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.12 0.19 0.09 0.10 0.17 0.19 0.08 0.24 0.04 0.01 0.03 0.19 0.48 0.12
C5 0.01 0.02 0.08 0.32 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.36 0.37 0.04 0.44 0.24 0.99 0.46
C5' 0.07 0.11 0.17 0.02 0.14 0.01 0.23 0.00 0.22 0.28 0.16 0.10 0.29 0.31 0.14 0.29 0.30 0.03 0.01 0.37 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.34 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.33 0.36 0.04 0.46 0.26 1.07 0.51
C8 0.04 0.02 0.17 0.30 0.01 0.19 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.55 0.52 0.10 0.45 0.23 0.89 0.42
N1 0.04 0.00 0.22 0.34 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.28 0.24 0.07 0.38 0.25 0.95 0.42
N3 0.06 0.00 0.30 0.28 0.01 0.10 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.38 0.23 0.11 0.24 0.24 0.68 0.27
N6 0.03 0.01 0.10 0.38 0.02 0.17 0.02 0.29 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.42 0.48 0.05 0.55 0.30 1.26 0.63
N7 0.03 0.03 0.12 0.33 0.01 0.19 0.01 0.31 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.57 0.56 0.08 0.53 0.26 1.10 0.55
N9 0.01 0.02 0.04 0.21 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.24 0.22 0.01 0.28 0.22 0.69 0.28
O2' 0.08 0.36 0.01 0.04 0.21 0.24 0.36 0.29 0.33 0.55 0.28 0.38 0.42 0.57 0.24 0.00 0.37 0.17 0.69 1.03 0.82 0.89
O3' 0.21 0.23 0.03 0.01 0.19 0.04 0.37 0.30 0.36 0.52 0.24 0.23 0.48 0.56 0.22 0.37 0.00 0.14 0.45 0.59 0.62 0.46
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.03 0.04 0.10 0.07 0.11 0.05 0.08 0.01 0.17 0.14 0.00 0.16 0.25 0.66 0.32
O5' 0.14 0.29 0.39 0.14 0.32 0.03 0.44 0.01 0.46 0.45 0.38 0.24 0.55 0.53 0.28 0.69 0.45 0.16 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.22 0.24 0.49 0.17 0.22 0.19 0.24 0.37 0.26 0.23 0.25 0.24 0.30 0.26 0.22 1.03 0.59 0.25 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.59 0.78 0.61 0.50 0.77 0.48 0.99 0.40 1.07 0.89 0.95 0.68 1.26 1.10 0.69 0.82 0.62 0.66 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.32 0.53 0.32 0.32 0.12 0.46 0.02 0.51 0.42 0.42 0.27 0.63 0.55 0.28 0.89 0.46 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00