ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 37233

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 2, 7, 28, 83, 66, 14, 23, 13, 5, 14, 21, 19, 80,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.445, 0.882, 1.318, 2.712 max_d=2.712 avg_d=0.882 std_dev=0.436
C1' B 0, 0.286, 0.772, 1.259, 3.805 max_d=3.805 avg_d=0.772 std_dev=0.486
C6 A 0, 0.462, 0.988, 1.513, 3.380 max_d=3.380 avg_d=0.988 std_dev=0.525
N1 A 0, 0.660, 1.188, 1.715, 3.568 max_d=3.568 avg_d=1.188 std_dev=0.528
C2 B 0, 0.910, 1.521, 2.132, 3.885 max_d=3.885 avg_d=1.521 std_dev=0.611
C5 A 0, 0.245, 0.910, 1.574, 3.264 max_d=3.264 avg_d=0.910 std_dev=0.665
C2 A 0, 0.827, 1.590, 2.352, 3.657 max_d=3.657 avg_d=1.590 std_dev=0.762
C1' A 0, 0.715, 1.491, 2.268, 4.579 max_d=4.579 avg_d=1.491 std_dev=0.776
O4' B 0, 0.051, 0.834, 1.617, 4.535 max_d=4.535 avg_d=0.834 std_dev=0.783
C2' B 0, 0.352, 1.218, 2.085, 5.398 max_d=5.398 avg_d=1.218 std_dev=0.867
N3 B 0, 1.022, 1.926, 2.830, 4.828 max_d=4.828 avg_d=1.926 std_dev=0.904
C4 A 0, 0.238, 1.165, 2.093, 4.039 max_d=4.039 avg_d=1.165 std_dev=0.927
C6 B 0, 0.390, 1.330, 2.271, 3.998 max_d=3.998 avg_d=1.330 std_dev=0.941
C3' B 0, 0.353, 1.373, 2.393, 6.634 max_d=6.634 avg_d=1.373 std_dev=1.020
C2' A 0, 0.564, 1.587, 2.609, 5.411 max_d=5.411 avg_d=1.587 std_dev=1.022
O2 A 0, 1.095, 2.135, 3.175, 4.935 max_d=4.935 avg_d=2.135 std_dev=1.040
N3 A 0, 0.520, 1.569, 2.618, 4.308 max_d=4.308 avg_d=1.569 std_dev=1.049
O2 B 0, 0.933, 2.014, 3.094, 4.625 max_d=4.625 avg_d=2.014 std_dev=1.081
C4 B 0, 0.893, 1.990, 3.086, 5.119 max_d=5.119 avg_d=1.990 std_dev=1.097
C4' B 0, 0.173, 1.290, 2.407, 6.611 max_d=6.611 avg_d=1.290 std_dev=1.117
O4' A 0, 0.484, 1.629, 2.773, 6.069 max_d=6.069 avg_d=1.629 std_dev=1.145
C5 B 0, 0.579, 1.805, 3.032, 5.371 max_d=5.371 avg_d=1.805 std_dev=1.226
O2' A 0, 1.003, 2.256, 3.509, 6.796 max_d=6.796 avg_d=2.256 std_dev=1.253
O3' B 0, 0.432, 1.692, 2.951, 7.687 max_d=7.687 avg_d=1.692 std_dev=1.259
O2' B 0, 0.265, 1.532, 2.799, 7.382 max_d=7.382 avg_d=1.532 std_dev=1.267
N4 A 0, 0.148, 1.449, 2.749, 6.440 max_d=6.440 avg_d=1.449 std_dev=1.301
C3' A 0, 0.145, 1.546, 2.946, 7.601 max_d=7.601 avg_d=1.546 std_dev=1.401
O5' B 0, 0.168, 1.578, 2.989, 7.838 max_d=7.838 avg_d=1.578 std_dev=1.410
O4 B 0, 1.079, 2.543, 4.008, 6.806 max_d=6.806 avg_d=2.543 std_dev=1.464
C5' B 0, 0.298, 1.766, 3.235, 8.217 max_d=8.217 avg_d=1.766 std_dev=1.468
C4' A 0, -0.027, 1.530, 3.087, 8.084 max_d=8.084 avg_d=1.530 std_dev=1.557
O3' A 0, 0.285, 2.085, 3.886, 10.275 max_d=10.275 avg_d=2.085 std_dev=1.801
P B 0, 0.207, 2.090, 3.972, 10.422 max_d=10.422 avg_d=2.090 std_dev=1.882
OP2 B 0, 0.021, 1.916, 3.811, 11.147 max_d=11.147 avg_d=1.916 std_dev=1.895
C5' A 0, -0.327, 1.619, 3.566, 9.414 max_d=9.414 avg_d=1.619 std_dev=1.947
O5' A 0, -0.440, 1.722, 3.883, 10.605 max_d=10.605 avg_d=1.722 std_dev=2.162
OP1 B 0, 0.811, 3.026, 5.241, 11.702 max_d=11.702 avg_d=3.026 std_dev=2.215
P A 0, -0.477, 2.169, 4.815, 13.438 max_d=13.438 avg_d=2.169 std_dev=2.646
OP2 A 0, -0.342, 2.547, 5.435, 13.642 max_d=13.642 avg_d=2.547 std_dev=2.889
OP1 A 0, -0.420, 2.518, 5.455, 15.073 max_d=15.073 avg_d=2.518 std_dev=2.937

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.11 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.27 0.01 0.31 0.38 0.53 0.32
C2 0.03 0.00 0.16 0.25 0.01 0.11 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.25 0.11 0.45 0.42 0.82 0.47
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.08 0.02 0.14 0.19 0.16 0.04 0.13 0.09 0.29 0.01 0.04 0.02 0.41 0.64 0.63 0.50
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.37 0.01 0.42 0.03 0.37 0.22 0.31 0.41 0.29 0.03 0.01 0.03 0.29 0.57 0.42 0.33
C4 0.03 0.01 0.08 0.37 0.00 0.16 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.32 0.21 0.05 0.63 0.54 1.23 0.74
C4' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.23 0.09 0.12 0.18 0.20 0.28 0.03 0.01 0.02 0.28 0.35 0.11
C5 0.02 0.02 0.14 0.42 0.01 0.23 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.30 0.11 0.70 0.58 1.28 0.80
C5' 0.11 0.18 0.19 0.03 0.26 0.01 0.32 0.00 0.28 0.14 0.21 0.30 0.25 0.17 0.20 0.02 0.01 0.25 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.37 0.01 0.23 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.25 0.14 0.62 0.46 1.01 0.64
N1 0.01 0.01 0.04 0.22 0.02 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.11 0.03 0.44 0.36 0.75 0.44
N3 0.03 0.01 0.13 0.31 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.29 0.21 0.09 0.54 0.48 1.03 0.60
N4 0.03 0.02 0.09 0.41 0.01 0.18 0.01 0.30 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.35 0.27 0.05 0.68 0.63 1.39 0.84
O2 0.06 0.01 0.29 0.29 0.02 0.20 0.02 0.25 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.27 0.47 0.20 0.41 0.47 0.71 0.43
O2' 0.02 0.24 0.01 0.03 0.32 0.28 0.34 0.17 0.29 0.19 0.29 0.35 0.27 0.00 0.13 0.20 0.41 0.68 0.72 0.54
O3' 0.27 0.25 0.04 0.01 0.21 0.03 0.30 0.20 0.25 0.11 0.21 0.27 0.47 0.13 0.00 0.19 0.37 0.70 0.58 0.43
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.05 0.01 0.11 0.02 0.14 0.03 0.09 0.05 0.20 0.20 0.19 0.00 0.21 0.29 0.42 0.22
O5' 0.31 0.45 0.41 0.29 0.63 0.02 0.70 0.01 0.62 0.44 0.54 0.68 0.41 0.41 0.37 0.21 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.38 0.42 0.64 0.57 0.54 0.28 0.58 0.25 0.46 0.36 0.48 0.63 0.47 0.68 0.70 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.53 0.82 0.63 0.42 1.23 0.35 1.28 0.29 1.01 0.75 1.03 1.39 0.71 0.72 0.58 0.42 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.47 0.50 0.33 0.74 0.11 0.80 0.02 0.64 0.44 0.60 0.84 0.43 0.54 0.43 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.77 2.84 1.75 1.29 3.13 0.97 2.67 0.74 2.25 2.28 3.21 2.92 1.75 1.29 3.36 1.28 0.68 0.93 0.84 0.51
C2 1.58 2.74 1.42 0.98 3.59 0.75 3.16 0.69 2.51 2.27 3.34 2.64 1.41 0.94 4.00 1.16 0.54 0.93 0.82 0.33
C2' 1.53 2.50 1.58 1.24 2.88 0.97 2.44 0.89 1.99 1.97 2.90 2.60 1.66 1.38 3.19 1.13 0.76 1.11 0.92 0.68
C3' 1.46 2.21 1.64 1.41 2.44 1.05 2.11 0.84 1.75 1.76 2.48 2.37 1.71 1.61 2.69 1.10 0.76 1.11 0.90 0.70
C4 1.21 2.05 1.12 0.82 2.89 0.70 2.78 0.77 2.20 1.79 2.53 1.95 1.15 0.83 3.21 0.94 0.51 0.96 0.88 0.37
C4' 1.69 2.35 1.93 1.58 2.29 1.19 1.98 0.86 1.74 1.90 2.47 2.61 2.01 1.74 2.44 1.27 0.79 0.99 0.89 0.68
C5 1.10 1.82 1.08 0.82 2.41 0.63 2.38 0.69 1.95 1.60 2.17 1.80 1.08 0.79 2.61 0.85 0.50 0.86 0.86 0.35
C5' 1.62 1.93 1.96 1.75 1.75 1.35 1.57 1.01 1.46 1.63 1.92 2.23 2.10 2.00 1.84 1.31 0.90 1.02 0.97 0.81
C6 1.33 2.12 1.33 1.03 2.57 0.74 2.41 0.68 2.03 1.82 2.44 2.12 1.31 0.98 2.73 0.99 0.59 0.87 0.84 0.44
N1 1.57 2.60 1.49 1.09 3.16 0.80 2.81 0.68 2.32 2.17 3.05 2.57 1.47 1.04 3.41 1.14 0.59 0.90 0.82 0.41
N3 1.43 2.47 1.27 0.89 3.44 0.74 3.14 0.76 2.46 2.10 3.07 2.33 1.29 0.88 3.88 1.08 0.53 0.97 0.86 0.35
N4 1.16 1.85 1.14 0.90 2.68 0.84 2.64 0.90 2.08 1.64 2.30 1.79 1.21 0.97 3.03 0.97 0.60 1.06 0.97 0.54
O2 1.74 3.03 1.54 1.04 3.90 0.82 3.32 0.70 2.63 2.46 3.70 2.96 1.54 1.00 4.43 1.27 0.56 0.95 0.81 0.33
O2' 1.74 2.76 1.78 1.35 3.04 1.08 2.52 0.97 2.09 2.16 3.16 2.93 1.90 1.48 3.38 1.28 0.87 1.19 1.04 0.82
O3' 1.40 2.10 1.63 1.43 2.32 1.08 1.99 0.87 1.63 1.65 2.36 2.31 1.74 1.71 2.61 1.08 0.78 1.17 0.92 0.73
O4' 1.91 2.77 2.01 1.53 2.72 1.16 2.35 0.79 2.10 2.27 2.93 2.95 2.02 1.52 2.83 1.42 0.77 0.90 0.84 0.60
O5' 1.73 1.87 2.06 2.04 1.69 1.65 1.56 1.33 1.51 1.66 1.83 2.12 2.14 2.30 1.75 1.51 1.14 0.85 1.06 0.85
OP1 1.90 1.83 2.14 2.08 1.43 1.86 1.31 1.51 1.39 1.66 1.67 2.16 2.36 2.48 1.43 1.75 1.21 1.02 1.12 0.96
OP2 1.95 1.80 2.16 2.33 1.59 2.20 1.58 2.04 1.62 1.74 1.69 2.03 2.24 2.62 1.61 1.95 1.82 1.54 1.72 1.56
P 1.94 1.82 2.22 2.32 1.46 2.03 1.38 1.69 1.46 1.70 1.65 2.10 2.35 2.72 1.45 1.82 1.41 1.02 1.18 1.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.25 0.03 0.01 0.24 0.57 0.44 0.29
C2 0.03 0.00 0.25 0.33 0.02 0.26 0.02 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.27 0.02 0.28 0.50 1.03 0.61 0.65
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.08 0.02 0.18 0.18 0.23 0.04 0.19 0.43 0.01 0.03 0.09 0.02 0.41 0.61 0.57 0.49
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.33 0.01 0.41 0.03 0.39 0.20 0.33 0.54 0.03 0.01 0.36 0.03 0.27 0.42 0.36 0.27
C4 0.02 0.02 0.08 0.33 0.00 0.15 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.30 0.23 0.01 0.05 0.57 0.95 1.03 0.64
C4' 0.01 0.26 0.02 0.01 0.15 0.00 0.30 0.01 0.34 0.08 0.20 0.49 0.26 0.03 0.16 0.01 0.02 0.32 0.32 0.12
C5 0.02 0.02 0.18 0.41 0.01 0.30 0.00 0.51 0.01 0.01 0.01 0.03 0.37 0.35 0.01 0.21 0.80 0.98 1.35 0.86
C5' 0.09 0.42 0.18 0.03 0.27 0.01 0.51 0.00 0.54 0.16 0.35 0.77 0.11 0.18 0.29 0.02 0.01 0.37 0.37 0.02
C6 0.03 0.01 0.23 0.39 0.01 0.34 0.01 0.54 0.00 0.01 0.02 0.02 0.36 0.33 0.02 0.28 0.78 0.85 1.17 0.79
N1 0.01 0.01 0.04 0.20 0.02 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.13 0.02 0.02 0.38 0.69 0.62 0.39
N3 0.03 0.01 0.19 0.33 0.01 0.20 0.01 0.35 0.02 0.01 0.00 0.02 0.29 0.23 0.01 0.20 0.51 1.06 0.75 0.66
O2 0.06 0.01 0.43 0.54 0.02 0.49 0.03 0.77 0.02 0.02 0.02 0.00 0.48 0.53 0.03 0.48 0.76 1.35 0.83 0.99
O2' 0.02 0.29 0.01 0.03 0.30 0.26 0.37 0.11 0.36 0.17 0.29 0.48 0.00 0.07 0.32 0.17 0.28 0.56 0.56 0.42
O3' 0.25 0.27 0.03 0.01 0.23 0.03 0.35 0.18 0.33 0.13 0.23 0.53 0.07 0.00 0.27 0.18 0.31 0.56 0.45 0.32
O4 0.03 0.02 0.09 0.36 0.01 0.16 0.01 0.29 0.02 0.02 0.01 0.03 0.32 0.27 0.00 0.05 0.60 1.03 1.13 0.70
O4' 0.01 0.28 0.02 0.03 0.05 0.01 0.21 0.02 0.28 0.02 0.20 0.48 0.17 0.18 0.05 0.00 0.21 0.56 0.44 0.31
O5' 0.24 0.50 0.41 0.27 0.57 0.02 0.80 0.01 0.78 0.38 0.51 0.76 0.28 0.31 0.60 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.57 1.03 0.61 0.42 0.95 0.32 0.98 0.37 0.85 0.69 1.06 1.35 0.56 0.56 1.03 0.56 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 0.61 0.57 0.36 1.03 0.32 1.35 0.37 1.17 0.62 0.75 0.83 0.56 0.45 1.13 0.44 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.65 0.49 0.27 0.64 0.12 0.86 0.02 0.79 0.39 0.66 0.99 0.42 0.32 0.70 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00