ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 37238

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 6, 4, 13, 19, 30, 64, 59, 63, 26, 3, 5, 4, 13, 1, 7, 0, 1, 0, 176,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 B 0, 0.402, 1.309, 2.216, 3.738 max_d=3.738 avg_d=1.309 std_dev=0.907
C6 A 0, 0.081, 0.990, 1.898, 3.701 max_d=3.701 avg_d=0.990 std_dev=0.909
O4' B 0, 0.095, 1.086, 2.077, 4.673 max_d=4.673 avg_d=1.086 std_dev=0.991
C5 A 0, 0.061, 1.056, 2.051, 3.882 max_d=3.882 avg_d=1.056 std_dev=0.995
C4 B 0, 0.101, 1.139, 2.177, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.139 std_dev=1.038
C1' B 0, -0.023, 1.035, 2.092, 3.776 max_d=3.776 avg_d=1.035 std_dev=1.057
N1 A 0, 0.240, 1.305, 2.371, 4.264 max_d=4.264 avg_d=1.305 std_dev=1.065
N9 B 0, 0.029, 1.137, 2.245, 3.714 max_d=3.714 avg_d=1.137 std_dev=1.108
C2 B 0, 0.551, 1.668, 2.784, 4.377 max_d=4.377 avg_d=1.668 std_dev=1.116
C4 A 0, 0.046, 1.360, 2.674, 4.879 max_d=4.879 avg_d=1.360 std_dev=1.314
C2 A 0, 0.262, 1.599, 2.935, 4.754 max_d=4.754 avg_d=1.599 std_dev=1.336
C1' A 0, 0.404, 1.754, 3.104, 5.968 max_d=5.968 avg_d=1.754 std_dev=1.350
C2' A 0, 0.591, 1.971, 3.352, 6.026 max_d=6.026 avg_d=1.971 std_dev=1.380
N1 B 0, 0.434, 1.839, 3.244, 5.627 max_d=5.627 avg_d=1.839 std_dev=1.405
C4' B 0, -0.047, 1.385, 2.817, 6.148 max_d=6.148 avg_d=1.385 std_dev=1.432
C5 B 0, 0.122, 1.577, 3.032, 4.705 max_d=4.705 avg_d=1.577 std_dev=1.455
N3 A 0, 0.078, 1.575, 3.071, 5.013 max_d=5.013 avg_d=1.575 std_dev=1.497
C3' A 0, 0.379, 1.916, 3.453, 7.557 max_d=7.557 avg_d=1.916 std_dev=1.537
C2' B 0, 0.008, 1.546, 3.083, 5.652 max_d=5.652 avg_d=1.546 std_dev=1.537
C8 B 0, 0.090, 1.681, 3.273, 5.655 max_d=5.655 avg_d=1.681 std_dev=1.591
C6 B 0, 0.254, 1.857, 3.461, 5.910 max_d=5.910 avg_d=1.857 std_dev=1.603
O4' A 0, 0.109, 1.753, 3.397, 7.475 max_d=7.475 avg_d=1.753 std_dev=1.644
O2 A 0, 0.429, 2.108, 3.786, 6.098 max_d=6.098 avg_d=2.108 std_dev=1.679
O5' B 0, 0.089, 1.773, 3.458, 8.509 max_d=8.509 avg_d=1.773 std_dev=1.684
C3' B 0, -0.045, 1.647, 3.340, 6.779 max_d=6.779 avg_d=1.647 std_dev=1.693
N4 A 0, 0.029, 1.763, 3.496, 7.143 max_d=7.143 avg_d=1.763 std_dev=1.734
C5' B 0, 0.067, 1.802, 3.537, 8.008 max_d=8.008 avg_d=1.802 std_dev=1.735
C4' A 0, -0.012, 1.823, 3.657, 8.626 max_d=8.626 avg_d=1.823 std_dev=1.835
N7 B 0, 0.063, 1.918, 3.772, 6.237 max_d=6.237 avg_d=1.918 std_dev=1.855
O2' B 0, 0.114, 1.983, 3.853, 6.494 max_d=6.494 avg_d=1.983 std_dev=1.870
O2' A 0, 0.783, 2.708, 4.634, 8.108 max_d=8.108 avg_d=2.708 std_dev=1.925
O3' A 0, 0.565, 2.495, 4.426, 9.311 max_d=9.311 avg_d=2.495 std_dev=1.930
OP2 B 0, 0.244, 2.213, 4.183, 10.777 max_d=10.777 avg_d=2.213 std_dev=1.970
O3' B 0, -0.036, 2.054, 4.144, 9.054 max_d=9.054 avg_d=2.054 std_dev=2.090
P B 0, -0.028, 2.098, 4.225, 10.711 max_d=10.711 avg_d=2.098 std_dev=2.127
N6 B 0, 0.218, 2.352, 4.487, 7.500 max_d=7.500 avg_d=2.352 std_dev=2.135
C5' A 0, -0.222, 1.917, 4.056, 9.846 max_d=9.846 avg_d=1.917 std_dev=2.139
O5' A 0, -0.005, 2.134, 4.273, 10.232 max_d=10.232 avg_d=2.134 std_dev=2.139
OP1 B 0, 0.233, 2.742, 5.252, 12.089 max_d=12.089 avg_d=2.742 std_dev=2.510
P A 0, -0.333, 2.492, 5.318, 12.449 max_d=12.449 avg_d=2.492 std_dev=2.826
OP2 A 0, -0.106, 2.819, 5.743, 11.707 max_d=11.707 avg_d=2.819 std_dev=2.924
OP1 A 0, -0.318, 2.871, 6.060, 14.030 max_d=14.030 avg_d=2.871 std_dev=3.189

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.26 0.01 0.30 0.43 0.42 0.25
C2 0.02 0.00 0.23 0.27 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.16 0.20 0.49 0.43 0.76 0.42
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.07 0.02 0.13 0.18 0.19 0.04 0.19 0.08 0.38 0.00 0.04 0.01 0.38 0.50 0.46 0.32
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.36 0.01 0.34 0.03 0.29 0.21 0.33 0.39 0.25 0.02 0.01 0.02 0.39 0.51 0.34 0.29
C4 0.02 0.01 0.07 0.36 0.00 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.21 0.04 0.77 0.66 1.20 0.81
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.24 0.09 0.10 0.15 0.21 0.26 0.03 0.01 0.02 0.39 0.39 0.14
C5 0.02 0.01 0.13 0.34 0.01 0.23 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.24 0.14 0.91 0.81 1.34 1.00
C5' 0.08 0.21 0.18 0.03 0.24 0.01 0.32 0.00 0.31 0.14 0.22 0.26 0.32 0.10 0.18 0.02 0.01 0.30 0.43 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.29 0.01 0.24 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.18 0.20 0.83 0.69 1.07 0.85
N1 0.01 0.01 0.04 0.21 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.10 0.02 0.54 0.45 0.70 0.47
N3 0.02 0.01 0.19 0.33 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.18 0.16 0.61 0.51 0.96 0.58
N4 0.02 0.02 0.08 0.39 0.01 0.15 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.28 0.26 0.04 0.81 0.75 1.35 0.91
O2 0.04 0.01 0.38 0.25 0.02 0.21 0.02 0.32 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.34 0.27 0.34 0.41 0.49 0.73 0.36
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.26 0.26 0.39 0.10 0.38 0.16 0.17 0.28 0.34 0.00 0.07 0.18 0.26 0.64 0.43 0.33
O3' 0.26 0.16 0.04 0.01 0.21 0.03 0.24 0.18 0.18 0.10 0.18 0.26 0.27 0.07 0.00 0.19 0.38 0.70 0.39 0.39
O4' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.04 0.01 0.14 0.02 0.20 0.02 0.16 0.04 0.34 0.18 0.19 0.00 0.26 0.45 0.47 0.31
O5' 0.30 0.49 0.38 0.39 0.77 0.02 0.91 0.01 0.83 0.54 0.61 0.81 0.41 0.26 0.38 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.43 0.50 0.51 0.66 0.39 0.81 0.30 0.69 0.45 0.51 0.75 0.49 0.64 0.70 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.76 0.46 0.34 1.20 0.39 1.34 0.43 1.07 0.70 0.96 1.35 0.73 0.43 0.39 0.47 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.42 0.32 0.29 0.81 0.14 1.00 0.02 0.85 0.47 0.58 0.91 0.36 0.33 0.39 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.12 3.53 2.42 1.90 2.91 1.30 3.02 0.91 3.36 2.39 3.60 3.17 3.37 2.69 2.44 2.50 1.92 1.47 0.72 0.70 0.83 0.40
C2 1.95 3.51 1.99 1.48 3.01 1.01 3.46 0.71 3.87 2.76 3.87 3.04 4.12 3.29 2.52 2.01 1.35 1.39 0.61 0.83 0.79 0.30
C2' 1.69 3.27 2.08 1.67 2.50 1.04 2.64 0.86 3.08 1.95 3.38 2.83 3.17 2.31 1.99 2.21 1.82 1.07 0.69 0.93 0.81 0.59
C3' 1.79 3.01 2.26 1.97 2.31 1.35 2.32 1.10 2.67 1.78 2.99 2.68 2.69 2.00 1.90 2.44 2.24 1.29 0.87 0.67 0.92 0.50
C4 1.65 2.69 1.60 1.24 2.49 0.91 2.99 0.73 3.21 2.66 3.02 2.37 3.50 3.12 2.21 1.59 1.09 1.29 0.69 0.98 0.81 0.43
C4' 2.12 3.00 2.63 2.27 2.40 1.65 2.27 1.27 2.52 1.88 2.88 2.78 2.44 1.95 2.10 2.87 2.52 1.61 1.02 0.64 0.94 0.60
C5 1.55 2.37 1.64 1.37 2.19 0.92 2.53 0.71 2.63 2.37 2.54 2.13 2.78 2.66 2.00 1.59 1.29 1.17 0.62 0.85 0.77 0.29
C5' 2.09 2.62 2.63 2.40 2.09 1.81 1.88 1.42 2.07 1.68 2.44 2.47 1.94 1.63 1.92 2.92 2.78 1.70 1.17 0.72 0.97 0.72
C6 1.74 2.67 1.96 1.65 2.39 1.07 2.59 0.76 2.74 2.31 2.77 2.43 2.80 2.55 2.13 1.94 1.62 1.24 0.61 0.73 0.81 0.30
N1 1.95 3.26 2.13 1.68 2.82 1.11 3.08 0.77 3.37 2.53 3.44 2.91 3.46 2.90 2.40 2.14 1.62 1.36 0.63 0.74 0.80 0.30
N3 1.82 3.21 1.76 1.30 2.85 0.93 3.40 0.71 3.77 2.82 3.63 2.77 4.13 3.39 2.44 1.77 1.13 1.37 0.66 0.94 0.82 0.39
N4 1.61 2.46 1.50 1.16 2.34 1.00 2.88 0.88 3.07 2.66 2.81 2.17 3.45 3.13 2.14 1.49 1.03 1.37 0.85 1.12 0.90 0.62
O2 2.06 3.90 2.09 1.51 3.22 1.05 3.67 0.73 4.23 2.82 4.32 3.32 4.53 3.40 2.64 2.15 1.38 1.46 0.62 0.83 0.80 0.31
O2' 1.72 3.50 2.11 1.62 2.58 1.00 2.69 0.87 3.20 1.93 3.59 3.00 3.29 2.29 2.01 2.28 1.77 1.07 0.76 1.16 0.95 0.84
O3' 1.71 2.93 2.22 1.99 2.15 1.41 2.11 1.20 2.49 1.57 2.88 2.59 2.52 1.77 1.74 2.47 2.34 1.30 0.93 0.71 0.97 0.56
O4' 2.34 3.27 2.76 2.27 2.77 1.67 2.67 1.23 2.88 2.26 3.18 3.07 2.79 2.37 2.45 2.90 2.35 1.75 0.99 0.64 0.92 0.58
O5' 2.40 2.71 2.86 2.75 2.31 2.22 2.10 1.77 2.21 1.98 2.53 2.62 2.07 1.88 2.21 3.05 3.12 2.10 1.50 0.98 0.98 0.98
OP1 2.26 2.59 2.62 2.61 2.08 2.20 1.87 1.70 2.08 1.69 2.46 2.43 1.98 1.59 1.96 2.97 3.24 2.05 1.40 1.36 0.96 1.06
OP2 2.57 2.57 2.79 2.93 2.34 2.64 2.18 2.31 2.20 2.25 2.42 2.53 2.08 2.10 2.36 2.90 3.27 2.49 2.05 1.88 1.47 1.67
P 2.59 2.64 2.98 3.02 2.32 2.55 2.09 2.04 2.16 2.08 2.47 2.59 2.01 1.91 2.31 3.20 3.56 2.39 1.73 1.42 1.06 1.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.28 0.01 0.25 0.62 0.50 0.29
C2 0.04 0.00 0.38 0.58 0.01 0.58 0.01 0.96 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.53 0.47 0.95 1.31 0.91 0.95
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.20 0.02 0.10 0.19 0.18 0.20 0.30 0.38 0.13 0.12 0.03 0.01 0.03 0.02 0.46 0.81 0.55 0.55
C3' 0.02 0.58 0.01 0.00 0.34 0.01 0.33 0.03 0.39 0.40 0.50 0.56 0.39 0.39 0.21 0.02 0.01 0.02 0.32 0.53 0.42 0.34
C4 0.02 0.01 0.20 0.34 0.00 0.26 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.24 0.24 0.46 0.84 0.64 0.41
C4' 0.01 0.58 0.02 0.01 0.26 0.00 0.15 0.01 0.24 0.38 0.44 0.56 0.19 0.29 0.10 0.27 0.03 0.01 0.02 0.41 0.38 0.16
C5 0.02 0.01 0.10 0.33 0.01 0.15 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.19 0.11 0.49 0.84 0.95 0.50
C5' 0.10 0.96 0.19 0.03 0.42 0.01 0.32 0.00 0.45 0.63 0.74 0.88 0.39 0.52 0.22 0.10 0.20 0.02 0.01 0.35 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.39 0.01 0.24 0.01 0.45 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.27 0.21 0.53 0.94 0.87 0.50
C8 0.02 0.02 0.20 0.40 0.01 0.38 0.01 0.63 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.37 0.30 0.27 0.90 0.94 1.39 0.97
N1 0.03 0.00 0.30 0.50 0.01 0.44 0.01 0.74 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.42 0.36 0.75 1.16 0.78 0.72
N3 0.04 0.01 0.38 0.56 0.01 0.56 0.01 0.88 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.44 0.50 0.47 0.85 1.17 0.81 0.84
N6 0.02 0.01 0.13 0.39 0.01 0.19 0.01 0.39 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.30 0.27 0.14 0.54 0.96 1.08 0.59
N7 0.01 0.01 0.12 0.39 0.01 0.29 0.00 0.52 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.35 0.27 0.15 0.81 0.98 1.47 0.95
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.13 0.02 0.42 0.67 0.75 0.41
O2' 0.02 0.45 0.01 0.02 0.25 0.27 0.26 0.10 0.30 0.37 0.37 0.44 0.30 0.35 0.18 0.00 0.06 0.19 0.33 0.87 0.55 0.53
O3' 0.28 0.53 0.03 0.01 0.24 0.03 0.19 0.20 0.27 0.30 0.42 0.50 0.27 0.27 0.13 0.06 0.00 0.22 0.35 0.68 0.50 0.39
O4' 0.01 0.47 0.02 0.02 0.24 0.01 0.11 0.02 0.21 0.27 0.36 0.47 0.14 0.15 0.02 0.19 0.22 0.00 0.22 0.56 0.54 0.34
O5' 0.25 0.95 0.46 0.32 0.46 0.02 0.49 0.01 0.53 0.90 0.75 0.85 0.54 0.81 0.42 0.33 0.35 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.62 1.31 0.81 0.53 0.84 0.41 0.84 0.35 0.94 0.94 1.16 1.17 0.96 0.98 0.67 0.87 0.68 0.56 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.50 0.91 0.55 0.42 0.64 0.38 0.95 0.38 0.87 1.39 0.78 0.81 1.08 1.47 0.75 0.55 0.50 0.54 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.95 0.55 0.34 0.41 0.16 0.50 0.02 0.50 0.97 0.72 0.84 0.59 0.95 0.41 0.53 0.39 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00