ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 37240

back

Distances from reference structure (by RMSD)

27, 29, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 4, 28, 23, 6, 38, 126,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.229, 0.947, 1.666, 3.555 max_d=3.555 avg_d=0.947 std_dev=0.719
N1 A 0, 0.343, 1.081, 1.819, 3.427 max_d=3.427 avg_d=1.081 std_dev=0.738
C6 A 0, 0.384, 1.132, 1.880, 2.684 max_d=2.684 avg_d=1.132 std_dev=0.748
N9 B 0, 0.346, 1.157, 1.967, 3.368 max_d=3.368 avg_d=1.157 std_dev=0.810
C1' B 0, 0.273, 1.152, 2.030, 3.965 max_d=3.965 avg_d=1.152 std_dev=0.878
C5 B 0, 0.714, 1.671, 2.629, 3.281 max_d=3.281 avg_d=1.671 std_dev=0.958
C2' B 0, 0.419, 1.389, 2.360, 4.501 max_d=4.501 avg_d=1.389 std_dev=0.971
C6 B 0, 0.760, 1.771, 2.783, 4.311 max_d=4.311 avg_d=1.771 std_dev=1.012
N1 B 0, 0.638, 1.783, 2.927, 5.079 max_d=5.079 avg_d=1.783 std_dev=1.144
N3 B 0, 0.708, 1.859, 3.011, 4.971 max_d=4.971 avg_d=1.859 std_dev=1.151
C2 A 0, 0.213, 1.408, 2.603, 5.252 max_d=5.252 avg_d=1.408 std_dev=1.195
C1' A 0, 0.649, 1.913, 3.178, 4.445 max_d=4.445 avg_d=1.913 std_dev=1.264
C5 A 0, 0.541, 1.827, 3.112, 3.832 max_d=3.832 avg_d=1.827 std_dev=1.286
C3' B 0, 0.325, 1.628, 2.930, 6.212 max_d=6.212 avg_d=1.628 std_dev=1.303
C2 B 0, 0.888, 2.295, 3.702, 5.841 max_d=5.841 avg_d=2.295 std_dev=1.407
O4' B 0, 0.610, 2.042, 3.474, 5.971 max_d=5.971 avg_d=2.042 std_dev=1.432
C4' B 0, 0.497, 1.950, 3.403, 6.890 max_d=6.890 avg_d=1.950 std_dev=1.453
N3 A 0, 0.507, 1.964, 3.421, 6.454 max_d=6.454 avg_d=1.964 std_dev=1.457
O4' A 0, 0.600, 2.079, 3.558, 5.586 max_d=5.586 avg_d=2.079 std_dev=1.479
C4 A 0, 0.782, 2.273, 3.764, 5.884 max_d=5.884 avg_d=2.273 std_dev=1.491
O2 A 0, 0.619, 2.118, 3.617, 6.391 max_d=6.391 avg_d=2.118 std_dev=1.499
O6 B 0, 0.992, 2.508, 4.024, 5.255 max_d=5.255 avg_d=2.508 std_dev=1.516
O2' B 0, 0.673, 2.198, 3.723, 5.683 max_d=5.683 avg_d=2.198 std_dev=1.525
C8 B 0, 0.605, 2.296, 3.988, 4.727 max_d=4.727 avg_d=2.296 std_dev=1.692
O5' A 0, 0.679, 2.410, 4.141, 9.220 max_d=9.220 avg_d=2.410 std_dev=1.731
C2' A 0, 0.847, 2.584, 4.321, 6.020 max_d=6.020 avg_d=2.584 std_dev=1.737
O3' B 0, 0.790, 2.555, 4.321, 7.177 max_d=7.177 avg_d=2.555 std_dev=1.765
C5' A 0, 0.637, 2.431, 4.226, 9.281 max_d=9.281 avg_d=2.431 std_dev=1.795
N7 B 0, 0.795, 2.658, 4.521, 5.402 max_d=5.402 avg_d=2.658 std_dev=1.863
C4' A 0, 0.688, 2.553, 4.417, 7.641 max_d=7.641 avg_d=2.553 std_dev=1.865
C3' A 0, 0.896, 2.849, 4.801, 8.501 max_d=8.501 avg_d=2.849 std_dev=1.953
N4 A 0, 1.171, 3.346, 5.522, 7.722 max_d=7.722 avg_d=3.346 std_dev=2.176
C5' B 0, 0.612, 2.835, 5.057, 8.718 max_d=8.718 avg_d=2.835 std_dev=2.223
N2 B 0, 1.270, 3.583, 5.897, 7.910 max_d=7.910 avg_d=3.583 std_dev=2.314
O3' A 0, 1.350, 3.699, 6.048, 9.904 max_d=9.904 avg_d=3.699 std_dev=2.349
O2' A 0, 1.179, 3.563, 5.946, 7.707 max_d=7.707 avg_d=3.563 std_dev=2.384
P A 0, 0.711, 3.140, 5.569, 11.729 max_d=11.729 avg_d=3.140 std_dev=2.429
OP2 A 0, 0.865, 3.408, 5.951, 11.919 max_d=11.919 avg_d=3.408 std_dev=2.543
O5' B 0, 0.567, 3.269, 5.972, 8.854 max_d=8.854 avg_d=3.269 std_dev=2.702
OP1 A 0, 0.946, 3.845, 6.743, 14.111 max_d=14.111 avg_d=3.845 std_dev=2.899
OP1 B 0, 2.324, 5.271, 8.219, 11.593 max_d=11.593 avg_d=5.271 std_dev=2.948
P B 0, 1.356, 4.646, 7.936, 10.310 max_d=10.310 avg_d=4.646 std_dev=3.290
OP2 B 0, 2.096, 5.872, 9.647, 12.279 max_d=12.279 avg_d=5.872 std_dev=3.776

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.33 0.01 0.37 0.38 0.62 0.37
C2 0.03 0.00 0.24 0.28 0.01 0.08 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.35 0.29 0.14 0.66 0.65 1.03 0.72
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.24 0.21 0.03 0.19 0.07 0.42 0.00 0.04 0.02 0.66 0.57 1.10 0.81
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.38 0.01 0.40 0.02 0.36 0.23 0.34 0.41 0.29 0.02 0.01 0.03 0.38 0.39 0.77 0.46
C4 0.02 0.01 0.06 0.38 0.00 0.18 0.01 0.42 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.33 0.24 0.04 0.91 0.95 1.52 1.08
C4' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.18 0.00 0.25 0.01 0.24 0.10 0.11 0.20 0.15 0.30 0.03 0.01 0.02 0.27 0.41 0.11
C5 0.02 0.01 0.15 0.40 0.01 0.25 0.00 0.50 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.25 0.13 0.99 1.10 1.63 1.21
C5' 0.10 0.25 0.24 0.02 0.42 0.01 0.50 0.00 0.44 0.25 0.33 0.47 0.24 0.11 0.23 0.02 0.01 0.29 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.36 0.01 0.24 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.32 0.19 0.17 0.89 0.90 1.30 1.01
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.02 0.10 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.16 0.02 0.63 0.55 0.92 0.65
N3 0.02 0.01 0.19 0.34 0.01 0.11 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.36 0.26 0.10 0.79 0.78 1.27 0.90
N4 0.03 0.02 0.07 0.41 0.01 0.20 0.01 0.47 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.36 0.28 0.04 0.97 1.09 1.71 1.21
O2 0.05 0.01 0.42 0.29 0.02 0.15 0.02 0.24 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.53 0.45 0.24 0.61 0.80 0.98 0.71
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.33 0.30 0.34 0.11 0.32 0.20 0.36 0.36 0.53 0.00 0.09 0.21 0.49 0.46 1.16 0.72
O3' 0.33 0.29 0.04 0.01 0.24 0.03 0.25 0.23 0.19 0.16 0.26 0.28 0.45 0.09 0.00 0.27 0.37 0.62 0.64 0.38
O4' 0.01 0.14 0.02 0.03 0.04 0.01 0.13 0.02 0.17 0.02 0.10 0.04 0.24 0.21 0.27 0.00 0.23 0.42 0.41 0.29
O5' 0.37 0.66 0.66 0.38 0.91 0.02 0.99 0.01 0.89 0.63 0.79 0.97 0.61 0.49 0.37 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 0.65 0.57 0.39 0.95 0.27 1.10 0.29 0.90 0.55 0.78 1.09 0.80 0.46 0.62 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.62 1.03 1.10 0.77 1.52 0.41 1.63 0.37 1.30 0.92 1.27 1.71 0.98 1.16 0.64 0.41 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.37 0.72 0.81 0.46 1.08 0.11 1.21 0.02 1.01 0.65 0.90 1.21 0.71 0.72 0.38 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.51 2.98 1.43 1.11 2.28 1.22 2.36 1.05 2.74 1.65 2.98 3.25 2.64 2.03 1.76 1.51 1.38 1.57 0.75 2.81 1.40 0.57 0.71
C2 1.59 3.27 1.28 1.03 2.50 1.23 2.70 0.96 3.18 1.85 3.40 3.51 2.82 2.35 1.90 1.30 1.39 1.64 0.67 3.33 1.10 0.72 0.40
C2' 1.90 2.87 1.46 1.23 2.25 1.66 2.21 1.39 2.51 1.72 2.79 3.17 2.66 1.93 1.89 1.61 1.56 2.07 1.00 2.56 1.28 0.71 0.77
C3' 1.63 2.49 1.46 1.23 1.94 1.38 1.93 1.11 2.19 1.50 2.42 2.77 2.28 1.71 1.62 1.66 1.54 1.74 0.80 2.25 1.29 0.62 0.64
C4 1.56 2.70 1.18 0.93 2.30 1.14 2.57 0.86 2.90 1.95 2.91 2.76 2.41 2.40 1.87 1.18 1.15 1.60 0.67 3.07 0.90 0.96 0.32
C4' 1.36 2.40 1.61 1.40 1.84 1.16 1.87 0.96 2.15 1.37 2.37 2.67 2.16 1.62 1.47 1.79 1.78 1.33 0.78 2.20 1.73 0.80 1.00
C5 1.29 2.23 1.07 0.88 1.97 1.03 2.19 0.87 2.39 1.76 2.37 2.26 2.01 2.11 1.63 1.02 0.98 1.41 0.67 2.50 0.90 0.76 0.34
C5' 1.37 1.88 1.80 1.76 1.54 1.32 1.53 1.08 1.69 1.29 1.83 2.08 1.75 1.40 1.36 1.93 2.19 1.27 1.00 1.72 1.90 1.10 1.23
C6 1.33 2.38 1.23 0.99 2.04 1.10 2.18 0.97 2.40 1.67 2.46 2.44 2.18 2.00 1.65 1.22 1.11 1.45 0.72 2.46 1.15 0.61 0.56
N1 1.46 2.90 1.29 1.02 2.30 1.19 2.44 0.99 2.79 1.72 2.97 3.07 2.57 2.14 1.77 1.30 1.28 1.56 0.71 2.87 1.21 0.60 0.55
N3 1.68 3.20 1.28 1.02 2.54 1.22 2.78 0.91 3.26 1.97 3.40 3.36 2.79 2.48 1.99 1.32 1.35 1.68 0.66 3.45 0.98 0.90 0.33
N4 1.67 2.67 1.25 0.96 2.36 1.13 2.65 0.83 2.95 2.12 2.90 2.70 2.41 2.56 2.01 1.29 1.15 1.63 0.70 3.18 0.93 1.20 0.50
O2 1.65 3.57 1.33 1.08 2.60 1.26 2.80 0.98 3.37 1.86 3.69 3.96 3.03 2.38 1.95 1.39 1.51 1.67 0.67 3.56 1.15 0.71 0.42
O2' 2.06 3.18 1.58 1.29 2.43 1.70 2.38 1.43 2.70 1.93 3.05 3.60 2.90 2.10 2.06 1.77 1.59 2.15 1.05 2.75 1.28 0.86 0.85
O3' 1.73 2.59 1.59 1.27 1.99 1.39 1.95 1.10 2.23 1.55 2.49 2.94 2.38 1.73 1.69 1.89 1.52 1.78 0.80 2.29 1.40 0.68 0.73
O4' 1.42 2.70 1.73 1.36 2.14 1.08 2.21 0.95 2.50 1.61 2.70 2.91 2.42 1.92 1.69 1.86 1.61 1.30 0.76 2.55 1.68 0.69 0.96
O5' 1.73 1.67 2.22 2.41 1.52 1.83 1.46 1.41 1.48 1.51 1.58 1.84 1.65 1.47 1.55 2.20 2.90 1.54 1.40 1.48 1.98 1.35 1.43
OP1 2.17 1.60 2.79 3.15 1.65 2.39 1.53 2.09 1.39 1.89 1.44 1.77 1.69 1.69 1.88 2.80 3.70 1.91 2.07 1.33 2.62 2.02 2.12
OP2 2.07 1.64 2.46 2.73 1.78 2.07 1.79 1.86 1.67 2.07 1.58 1.70 1.74 1.99 1.94 2.39 3.20 1.80 2.05 1.70 2.45 2.22 2.10
P 2.22 1.61 2.76 3.07 1.75 2.30 1.65 1.84 1.50 1.97 1.49 1.69 1.75 1.80 1.96 2.73 3.68 1.91 1.86 1.45 2.25 1.77 1.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.37 0.01 0.30 0.03 0.39 0.53 0.29
C2 0.06 0.00 0.53 0.52 0.01 0.50 0.01 0.95 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.48 0.62 0.43 1.02 0.02 1.58 1.66 1.29
C2' 0.01 0.53 0.00 0.01 0.27 0.02 0.13 0.21 0.23 0.27 0.40 0.64 0.52 0.15 0.03 0.01 0.04 0.03 0.35 0.18 0.55 0.51 0.38
C3' 0.02 0.52 0.01 0.00 0.29 0.01 0.35 0.03 0.37 0.53 0.42 0.66 0.49 0.50 0.25 0.02 0.01 0.02 0.37 0.40 0.58 0.44 0.37
C4 0.03 0.01 0.27 0.29 0.00 0.22 0.01 0.44 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.31 0.22 0.57 0.02 0.80 1.12 0.69
C4' 0.01 0.50 0.02 0.01 0.22 0.00 0.18 0.01 0.22 0.39 0.36 0.65 0.48 0.32 0.13 0.31 0.03 0.01 0.02 0.22 0.47 0.28 0.14
C5 0.02 0.01 0.13 0.35 0.01 0.18 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.38 0.17 0.09 0.71 0.02 0.97 1.39 0.91
C5' 0.09 0.95 0.21 0.03 0.44 0.01 0.38 0.00 0.49 0.65 0.74 1.24 0.86 0.57 0.25 0.14 0.22 0.03 0.01 0.47 0.33 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.23 0.37 0.01 0.22 0.01 0.49 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.42 0.26 0.17 0.70 0.01 1.10 1.51 0.96
C8 0.02 0.02 0.27 0.53 0.01 0.39 0.01 0.65 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.29 0.25 1.12 0.04 1.25 1.52 1.29
N1 0.04 0.01 0.40 0.42 0.01 0.36 0.01 0.74 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.45 0.45 0.32 0.81 0.01 1.35 1.57 1.09
N2 0.07 0.01 0.64 0.66 0.02 0.65 0.02 1.24 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.55 0.80 0.51 1.38 0.03 2.16 2.07 1.77
N3 0.06 0.01 0.52 0.49 0.01 0.48 0.01 0.86 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.43 0.60 0.42 0.91 0.02 1.30 1.41 1.09
N7 0.02 0.02 0.15 0.50 0.01 0.32 0.01 0.57 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.40 0.24 0.14 1.08 0.04 1.32 1.71 1.33
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.13 0.01 0.25 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.24 0.17 0.02 0.58 0.03 0.64 0.94 0.64
O2' 0.02 0.48 0.01 0.02 0.33 0.31 0.38 0.14 0.42 0.37 0.45 0.55 0.43 0.40 0.24 0.00 0.06 0.23 0.35 0.44 0.53 0.55 0.39
O3' 0.37 0.62 0.04 0.01 0.31 0.03 0.17 0.22 0.26 0.29 0.45 0.80 0.60 0.24 0.17 0.06 0.00 0.24 0.40 0.22 0.85 0.50 0.47
O4' 0.01 0.43 0.03 0.02 0.22 0.01 0.09 0.03 0.17 0.25 0.32 0.51 0.42 0.14 0.02 0.23 0.24 0.00 0.30 0.12 0.42 0.41 0.29
O5' 0.30 1.02 0.35 0.37 0.57 0.02 0.71 0.01 0.70 1.12 0.81 1.38 0.91 1.08 0.58 0.35 0.40 0.30 0.00 0.78 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.18 0.40 0.02 0.22 0.02 0.47 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.44 0.22 0.12 0.78 0.00 1.21 1.67 1.09
OP1 0.39 1.58 0.55 0.58 0.80 0.47 0.97 0.33 1.10 1.25 1.35 2.16 1.30 1.32 0.64 0.53 0.85 0.42 0.02 1.21 0.00 0.02 0.01
OP2 0.53 1.66 0.51 0.44 1.12 0.28 1.39 0.34 1.51 1.52 1.57 2.07 1.41 1.71 0.94 0.55 0.50 0.41 0.02 1.67 0.02 0.00 0.01
P 0.29 1.29 0.38 0.37 0.69 0.14 0.91 0.02 0.96 1.29 1.09 1.77 1.09 1.33 0.64 0.39 0.47 0.29 0.01 1.09 0.01 0.01 0.00